卢武铉在简短的电视讲话中说：“虽然所有的韩国人和政府都希望并祈祷金善日先生的安全归来，但悲剧还是发生了，对此我感到十分难过和深深的遗憾。”
卢武铉谴责恐怖主义是“对人类的犯罪”，并称韩国政府决心同国际社会一道严厉打击恐怖主义。卢武铉重申，韩国计划向伊拉克派兵不是对伊拉克人或其他阿拉伯人有敌意，而是为了帮助伊拉克进行重建，恢复那里的秩序。
金善日被绑架分子杀害，韩国举国震惊。悲痛之余，人们开始追究有关方面救人不力的责任。
金善日被害后，韩国舆论首先对他在伊拉克何时遭绑架提出了质疑。在21日半岛电视台播放恐怖分子威胁要杀害金善日的录像前，韩国外交通商部对金善日遭绑架一无所知。事后，据金善日所属的驻伊佳纳贸易公司社长金千浩称，金善日于6月17日前后失踪。其实，金千浩试图自己组织营救，隐瞒了金善日早在5月31日便失踪的真相。金千浩的行动使韩国外交通商部等机构失去了了解情况和营救金善日的第一次机会。
关键问题在于另一次可能使金善日获救的机会。美联社6月24日报道说，该社曾获得一盘金善日被武装分子绑架的录像带，并于6月3日由该社首尔分社记者打电话给韩国外交通商部求证。但韩国有关人员接电话后既未核对事实，也未向上级报告。
韩国公众对这一爆炸性新闻感到异常震惊，对韩国外交通商部的质疑和斥责之声一时不绝于耳。韩国舆论认为，外交通商部不仅没有掌握失踪达20天之久的金善日的情况，而且与一次营救金善日的绝佳良机失之交臂。
在舆论的强大压力下，韩国总统卢武铉24日破例要求监察院调查外交通商部在处理金善日被绑架问题时是否失职。监察院随后还将调查对象扩大到国防部、国家情报院和国家安全保障会议。后三个部门同样因对金善日遭绑架茫然不知而遭到公众指责。国家情报院误将绑架金善日和绑架日本人质视为同一组织所为，当金善日已被杀害后，国家安全保障会议仍向卢武铉报告他有希望获释。26日，执政的开放国民党和在野的大国家党达成协议，决定动用国会的国政调查权，对营救金善日的时机被错过一事进行调查，以追究有关部门的责任。刚刚上任才半年的潘基文面临巨大压力。他理解舆论和人们的心情，也对未能挽救同胞的生命感到内疚。他现在要做的，就是尽力处理好善后事宜，至于自己的仕途命运，那就看总统和国民的最后决定了。
6月26日，在伊拉克被恐怖分子斩首的韩国人质金善日的遗体由大韩航空公司的一架飞机从阿联酋的迪拜运抵韩国仁川国际机场。潘基文神色凝重，与遇难者的姐姐一道在机场等候。当金善日的棺木被手持突击步枪、身着白色制服的韩国警察荣誉卫队护送出来时，潘基文心情沉重地向遇难者默哀。在仁川机场举行悼念仪式后，金善日的遗体由军用飞机运至釜山，被安置在釜山医院殡仪馆。
国会也从7月30日开始举行历时四天的听证会，调查政府在处理这一事件中的作为，包括潘基文在内的外交、国防、安保等众多政府要员纷纷到会接受质询。国会方面在公布的调查报告中指出，不管调查结果如何，政府都没有理由逃脱保护在境外的韩国国民的责任。报告还对政府在营救金善日过程中的作为表示遗憾。有舆论认为，这份报告无疑给韩国政府施加了更大的压力，使政府不得不做好预防措施，防止类似的悲剧重演。
韩国政府也发表声明，劝诫国民不要去伊拉克等地旅行，并要求所有在危险地区的韩国人尽快归国或者撤到安全的邻近国家。
韩国外交通商部长官潘基文和国防部长官尹光雄在8月份举行了联合记者招待会，这在韩国是相当不同寻常的。两位长官在联名发表的声明中表示，目前任何人在伊拉克都无法得到安全保障，因此韩国政府劝诫国民不要赴伊旅行。如果韩国国民一定要去人身安全得不到保障的国家，就应积极配合韩国政府有关方面的管理，防止再次发生不幸事件。声明同时重申韩国政府准备继续向伊拉克派兵，帮助伊拉克重建。
另外，针对
伊拉克持续恶化的治安状况，韩国外交部举行了由外交通商部长官潘基文主持的局势讨论会。外交通商部称，类似的讨论会今后将每周举行3次。
金善日事件最终没有导致潘基文丢掉乌纱帽。潘基文在这一事件中显示了出色的危机处理能力。他处变不惊，一方面采取积极措施处理后事，安抚遇害者家属，另一方面对外表示将重整外交部，最后，设立了一个24小时的求助热线，海外的韩国人可以通过它随时随地寻求到帮助。潘基文也巧妙地与媒体沟通。公众的愤怒终于得以平息，而潘基文也赢回了公众的尊重。
这次事件还连带了一幅画的命运。金善日事件发生后，韩国外交通商部一再受到各方谴责，结果该部办公楼一层的一幅骏马图成了“替罪羊”。
这幅骏马图从建立外交部大厦开始就挂在墙上，名叫《 跳跃 》，长12米，宽2。5米，描画了20多匹马向不同的方向奔跑的场面。据在外交部流传的传言，画中的马给人一种惊慌不知所措的印象，这令人联想起因金善日事件受到谴责的外交部的现状。
有关骏马图的传言惊动了外交通商部长官潘基文，他在记者招待会上表示：“虽然是闲话，但外交部像最近这样如此长时间地受到国民谴责，还是我35年公职生涯以来的头一次。在这种情况下，最近出现了挂在一层的画有问题的传言，这令我们头疼不已。”潘基文表示：“由于马奔跑的方向各自不同，外交部似乎找不到方向，应该用秩序井然的画代替这幅画。”据说，韩国外交通商部曾考虑撤掉该画，但因该画是行政自治部的财产，所以未能随意处置。
后来，外交通商部在此画前布置展示了《 朝英修好通商条约 》、《 海牙世界和平会谈三密使 》、 《 停战协议书 》等13件主要历史资料的座台，以压倒这一骏马图的“不良”气势。
韩国有记者给潘基文取了一个绰号叫“泥鳅”，说他善于逃避问题。而美国《 时代 》 周刊则称潘基文为“特富龙式的外交官”，是说他像特富龙不粘锅一样，无论有什么麻烦，他都能脱身得干干净净。潘基文此番化险为夷的大逆转，可以说是一次潘基文式的招牌演出，是一次有标志性意义的表现，正如有媒体所说，它告诉人们：潘基文很温和，但也很有效。
外交官的楷模（1）
2005年2月16日上午，在首尔世宗路外交部大楼3楼的国际会议厅，担任外交通商部长官已经一年的潘基文召开了“2005年度驻外使领馆负责人会议”。在这次会上，潘基文提出了三个外交政策目标，这就是“国民外交”、“和平外交”及“建立以知识为基础的外交”。
他说：“国民的理解和支持在外交上不可或缺，过去认为外交只是外交官的事，但是现在如果脱离国民的理解去搞外交，将无法获得国民的信赖。要把外交部作为重要的为民服务部门看待，并扩大便民利民服务。”
潘基文接着表示：“今年也要改革外交部，这是不可逆转的时代趋势。国民认为外交部既保守又安于现状，为了改变这一印象，需要主动进行改革，改变旧的不合理惯例和惰性，保持较高的道德和伦理水平，在行政管理中做到公私分明。”潘基文的讲话显示了他励精图治的决心。
他是这样说的，也是这样做的。
在30多年职业外交生涯中，潘基文几乎担任过了韩国所有最重要的外交职位，在2004年成为韩国外长之前，他的职业履历中包括了在新德里、华盛顿、联合国和维也纳的外交经历。多年在海外工作，让他在国际上交游广泛，由此建立起来的人脉和声誉为他累积了重要的政治资本；同时，也使他得以避免受国内已经“中毒的”政治环境的影响。他永远在微笑，没人看过他发怒和失态。韩国反对党的一位高级官员说：“他从不得罪人，很善于交朋友。”
与此同时，他也在任外长期间表现了强硬的一面。他改革了外交通商部，革除了晋升机制中的按资排辈，引入一批精英外交官。他的一个助手就称他是“外柔内刚”。他被奉为韩国外交界后辈学习的典范。同僚对潘基文的评价是：勤奋、沉稳，具有出色的口才和非同寻常的记忆力。潘基文外貌温文尔雅，待人亲切诚恳，同时，他头脑敏捷，观察细致，总是能敏锐地抓住细节，摆脱媒体和对手为他设置的陷阱。
担任外交官以后，由于为人诚实细致，潘基文一直受到各级上司的赏识。他在外交通商部有个“主事”的绰号。主事是古代新罗时期的官职，潘基文得到这一绰号，是因为不管把多么琐碎的业务交给他，他都能处理得井井有条、十分妥当。前任韩国总统助理及国会成员姜尚敏说： “潘基文绝不会把事情弄糟，他身上出什么问题简直是不可想像的，他没有什么特殊之处，但这就是他最大的优势。”潘基文是个埋头做事的职业外交官。在他看来，努力完成交给的任务是第一原则，这样的话，在生活中就不会吃亏，也不会遇到误会，更不会被人怨恨。有一件小事很能说明潘基文的这一工作哲学。2006年9月13日，正在美国访问的韩国总统卢武铉向位于华盛顿DC公园的朝鲜战争参战纪念碑献花，他们乘车到达现场。即将抵达活动现场时，尾随总统座车的4辆陪同人员的专车却拐进了另一个莫名其妙的地点，其中就包括潘基文。为了在指定时间内赶到现场，潘基文便和其他陪同人员一道，身着正装跑步前往朝鲜战争参战纪念碑的仪式地点。这一段跑步距离约为200米。就美国司机带路失误一事，美国白宫警卫室事后向韩国方面表示了道歉。
潘基文能够在金泳三、金大中和卢武铉三届政权中担任外交要职，受到朝野两党器重，这也证明他具有超人的“政治均衡感”。
潘基文在韩国国务院深受爱戴，同时在他的管理下，韩国的贸易事务卓有成效，正是依靠出口贸易，韩国才在
二战后的废墟中异军突起，一跃成为亚洲经济强国之一。
对于自己热爱的外交事业，潘基文投入的精力相当大。一名韩国外交官曾说，虽然身为韩国外交通商部长官，潘基文却是这个机构中工作最辛苦的人。潘基文工作细致，一直坚持亲自回复每个电话，亲自在每年发送的
贺卡上签名。他工作勤奋，他的工作计划是以每五分钟为单位的，而且一旦确定，必定完成。其助手每天早上5时半便要到达其官邸候命。他曾说，“要努力学习上司的长处，并把它变成自己的”，而他也真的如同他曾经的上司卢信永一般，保持办公桌的整洁有条理。由于经常很早上班，他甚至亲自给下属开门，以表示体恤他们的辛苦：“因为我早上班，他们自然也得早上班。”
在外交领域36年的历练也为潘基文带来较高声望。前总统顾问张成旻说，潘基文精通英语、法语，并且熟悉德语和日语，言谈温和、举止谦逊的风格使他在外交通商部非常受欢迎，