对日本这名大臣的“独岛讲话”，潘基文随即表示“深感遗憾”。
潘基文强调说：“这种讲话源于没有顺应时代发展的观念，韩国坚决反对这种做法。”
潘基文在外交通商部举行的记者招待会上说，在韩日关系上，韩国政府一直希望结束历史问题反复引起矛盾摩擦的恶性循环，并着眼于未来提出不把历史问题当做外交争论焦点，期待日本能够自行解决历史问题，但部分日本政界人士肆意歪曲历史的言行不断、日本岛根县议会制定“竹岛之日”等激起了韩国国民的愤怒。
潘基文说，韩国政府认为，抛开独岛和历史问题不谈，是不可能建立真正意义上的面向未来的韩日关系的，因此韩国国家安全会议和韩国总统本人已经就韩日关系表明了立场，日本应该接受韩国政府和国民的认识和姿态，以行动来表明为建设真正面向未来的韩日关系而对过去进行彻底反省。韩国政府对中山成彬作为审定历史教科书部门的主管负责人是否对历史进行反省以及是否顾及到韩日关系的未来持怀疑态度。
潘基文同时表示，韩国政府将按原计划推进同日本的政治外交交往，向日本说明韩国的立场并敦促日方以诚相待。
时间到了10月份，又发生了日本首相小泉参拜靖国神社事件。
“靖国神社”是日本明治时期为祭祀在历次战争中战死的人修建的，里面供奉有战犯，也有其他的战死者。日本政客频频参拜的东京靖国神社里供奉着东条英机等14名二战甲级战犯和约2000名乙、丙级战犯的牌位。靖国神社已成为日本右翼势力的精神支柱和聚会地。
小泉纯一郎上台后曾多次参拜靖国神社。小泉2001年竞选自民党总裁时承诺每年8月15日参拜靖国神社，然而，出于对中、韩等邻国的顾虑，他在同年提前于8月13日首次参拜靖国神社。其第二次参拜是在2002年，于靖国神社举行春季例行祭典的前一天，即4月21日进行参拜。小泉对靖国神社的第三次参拜，是2003年1月14日，2004年1月1日小泉又第四次参拜。小泉每次参拜靖国神社，都激起中国、韩国等亚洲邻国人民的强烈反对。但小泉一意孤行，在2005年10月17日再次参拜了供奉有二战甲级战犯牌位、有军国主义象征意味的靖国神社。这是这位日本首相第五次参拜靖国神社。
小泉的行径理所当然地遭到了韩国的强烈抗议。
正在日本访问的韩国外交通商部长官潘基文在东京与日本外相町村信孝会谈时，严厉谴责日本首相小泉纯一郎参拜靖国神社，并表示在目前的气氛下难以确定韩国总统卢武铉预定于2005年12月对日本的访问能否成行。
会谈一开始，町村外相表示希望双方能够坦率地交换意见。对此，潘基文说，他是怀着十分沉重的心情来参加这次会谈的，小泉再次参拜靖国神社使韩国国民非常失望。潘基文还指出，小泉参拜靖国神社是对韩国国民感情的践踏，如果有正确的历史认识，首相参拜靖国神社是不可想像的，参拜靖国神社不可能得到国际社会的理解。此前，在9月份参加联合国首脑会议时，潘基文曾会见日本外相町村信孝，敦促日本考虑另外修建中立的追悼设施，以取代靖国神社。町村信孝对此表示，对日本而言这是一项非常重要的国内问题，日方需要考虑日本民众的意见慎重决定。
据日本时事社报道，在发生小泉拜“鬼”事件后，潘基文一度表示要取消这次访问，但后来考虑到在靖国神社和历史问题上，韩国必须直接向日本政府表达自己的见解，所以最终还是按计划于10月27日抵达日本访问。
围绕历史教科书、独岛（日方称竹岛）领土归属、小泉首相第五次参拜靖国神社等问题，韩国与日本的外交关系降到冰点，两国正常交流越来越窄。11月下旬在韩国釜山的亚太经合组织非正式领导人会议上，作为东道主，卢武铉总统勉为其难会见了小泉首相。韩国官员把这次会见称为“礼仪性外交活动”。会见中，小泉竭力为参拜靖国神社辩解，但显然没有得到韩国总统的认同。
韩国外交通商部长官潘基文随后在一次记者招待会上说，在12月的亚洲领导人峰会上，韩国不会考虑与日本举行首脑会谈；但潘基文表示，他愿意会一会新上任的日本外相麻生太郎，目的是向那位不断大放厥词的外相提出抗议。
潘基文说，12月中旬将在
马来西亚吉隆坡举行东盟与中日韩领导人会议以及首届东亚峰会，“我考虑利用这种‘自然’安排的机会，就麻生外相的历史观与之交换意见，并向他转达我国政府的立场”。
潘基文说：“我打算告诉他，作为外交大臣，应该采取一种更谨慎的态度，这样才能有助于解决各种悬而未决的问题。”
在担任日本外相之前，麻生太郎并不出众，人气也平平，还屡屡失言得罪同僚甚至首相。但是，鹰派作风和强硬言论令他赢得了小泉的信任。日本首相小泉纯一郎任命麻生出任外相时，韩国媒体就一片哗然，认为麻生就任外相，将给日韩和日中关系的改善增添许多麻烦。果然，麻生上任以来，不断发表刺激邻国感情的言论。11月26日，麻生在回答关于小泉参拜的问题时，不耐烦地表示，“世界上只有中国与韩国揪住靖国神社话题不放”。21日，麻生更是大放厥词，公然声称靖国神社内的军国主义象征“游就馆”代表日本历史真实，没有美化战争的痕迹。这些言行引起
中韩两国的强烈反弹，令人质疑身为日本外相的麻生是否有基本的外交常识。刚刚卸任的前外相町村信孝说：“我为了日本的外交，在任一年多从没参拜过靖国神社。”但麻生日前被问及是否会在任期内参拜时，他以小泉的“经典名言”——“我会作出适当的判断”来作答。一直以来，麻生每年都要去参拜靖国神社。2005年4月，他成为靖国神社春祭期间前往参拜的惟一内阁成员。
对于韩国人来说，麻生更是一个“反面角色”。两年前，身为内阁阁僚的麻生放言说，日本殖民时期韩国人自愿把姓名改成日本名字。29日，麻生家族被控曾在殖民时期强制征用了上万名朝鲜人采矿，韩国方面当天要求日本有关机构找出记录麻生家族这一不光彩历史的资料。
韩国追查麻生家族，在日本反响很大。不仅《 朝日新闻 》、 《日本经济新闻 》等主流媒体加以报道，《 神户新闻 》 等多家地方媒体也作了报道。很多媒体不无讽刺地说：“韩国批判麻生外相的声音高涨。本来应该成为调解人的外相却成了引起摩擦的‘种子’。”
韩日之间的外交斗争持续到2006年。日本获悉韩国政府计划把独岛附近的海底山脉命名为“沈兴泽海底山”，被列入韩国冠名计划的共有18处海底地形，其中包括日韩存在争议的海域。日本据此认为：“韩国计划将竹岛附近海底地形全部以韩国名称命名。”为了阻止韩国的冠名计划，4月14日，日本政府宣布，日本要在竹岛海域展开海洋勘测。日本海上保安厅两艘勘测船4月18日晚从东京出发，此事随即在韩国朝野激起强烈反应。4月19日，韩国政府宣布已将18艘舰艇部署到独岛附近，并将采取“一切手段”制止日本的勘测行动；而20日日本则宣布将调派23艘军舰在附近海域进行军演，其中还包括“宙斯盾”导弹驱逐舰。
这一时间恰恰与日本保安厅海洋勘测船预计进行所谓“水路测量”的时间完全相同。对此，日本媒体公开表示，日本实施大规模海上军事训练与韩日独岛之争不无关联，可以将其视为一种“示威性训练”。
韩国政府在此次测量危机中表现出了十分强硬的立场，拿韩国总统卢武铉的话说，就是“尽管我们多年来一直按照平静外交的方针作出有分寸的反应，但日本却变本加厉，采取越来越具有侵略性的立场，因此，我们可能已经到了该决定是否继续这种反应方式的时候了”。
对两国间愈演愈烈的危机，韩国官员说，部署在独岛附近海域的18艘韩国海洋警察厅警备舰艇将举行为期一天的大规模海上演习，演练对付日本测量船的各种手段。
韩海洋警察厅官员说，参加演习的还有五六架直升机和搭乘舰艇的数十名特种兵。训练核心是检验根据日本测量船不同“挑衅程度”而采取的不同级别应对方案。比如，韩国舰艇将首先通过扩音喇叭向日本测量船发出口头警告，劝说其离开韩国专属经济区。如果对方置之不理，韩国舰艇将靠近日本测量船，逼迫其离开。在此过程中，韩国直升机将盘旋在日本测量船上空，密切监视其一举一动。在设想中最糟糕的情况下，韩国舰艇将不得不扣押日本测量船，甚至会有船只在双方的碰撞中沉没。
在这场“测量危机”中，配合军事行动，潘基文也表现出了强硬的外交立场。潘基文20日紧急召见日本驻韩国大使大岛正太郎，要求日本立即取消在韩日两国有争议的独岛附近海域的海洋勘测计划。
潘基文在外交通商部召见大岛正太郎时表示，独岛附近海域是韩国的专属经济区，韩国政府将日本政府派船进入该区域测量航道的计划视为对韩国主权的公然挑衅。这是日本政府14日宣布勘测独岛附近海域计划后，韩国外交通商部第二次召见日本驻韩国大使。
韩国外交通商部发言人称：“目前，显然存在发生身体冲突的可能，两国是否发生冲突的决定性因素在于日本一方。”
鉴于韩日关系紧张，为防止民众采取反日暴力行动，韩国政府派出大批防暴警察驻守在首尔市的日本大使馆外。但即便如此，在使馆外还是发生了示威抗议，甚至有人切腹表示对日本勘测行动的不满。
面对韩国的强硬态度，日本不得不三思而后行。
4月21日开始，在韩国首尔举行的日韩副外长级会谈持续了两天。双方断断续续共进行了16个多小时的谈判。
与此同时，日本测量船一直在日本西南沿海鸟取县境港附近海域待命。日本海上保安厅有关人士透露说，面对谈判僵局，日本政府内部开始出现强行勘测的主张。强硬派认为，如果韩国缉拿日本测量船，“韩方将遭到国际社会的谴责”。
4月22日中午过后，日本内阁官房长官安倍晋三通过电话向日本谈判代表、外务省事务次官谷内正太郎发出指示：“如果达不成协议可以退席回国。”谷内随即向韩国外交通商部第一次官柳明桓发出最后通告：“如果不能达成共识，日本将不得不着手勘测。”
此后，柳明桓表示“谈判破裂在所难免”，便快步离开会场。这时，日方代表追了上去，递交了一张纸条，上面写着，日本单方面确认韩国将不会在6月提交冠名议案，韩方可以在新闻发布会上宣布“将在必要时候适当地提出议案”。至此，双方终于达成妥协。4月23日，日本测量船撤回东京。
这一场“测量危机”以日本的妥协暂告一段落。
到了7月份，韩国和日本再次因独岛（日本称竹岛）问题争端而陷入紧张态势。7月2日晚，韩国国立海洋调查院20多位调查人员登上一艘名为“海洋2000”的调查船，在夜色中从釜山港起程出海，驶向韩日两国有主权�