。还在赵顼弥留之际，她就当着赵顼的面说：“我要给你改某事某事，共20余条。”她对新法憎恨到这等地步，竟连垂死的儿子都不肯原谅。现在年幼的孙子当皇帝，她不仅被尊为太皇太后，而且继续权同听政，实际掌握了最高决策权。一朝权在手，便把令来行。一场彻底清算新法的运动便毫无顾忌地展开了。由于高氏操纵的这一运动主要发生在元祐年间（1086～1094年），所以史书上称之为“元祐更化”。
垂帘听政不久，高氏就为全面废除新法，做起了舆论上的准备。元丰八年五月五日，在朝堂贴出诏令，让百官言朝政失。但这时仍然在朝廷的各要害部门掌权的新党人物，却不愿意反对派的言论趁此机会冒出头来，于是利用自己的权力在诏令中做了6条规定加以限制，说上书言朝政是可以的，但若怀有阴谋，或者言事的内容超过了本职范围，或者造谣生事，干扰机务，或者迎合已行之令，上则顾望朝廷之意，以侥幸求进，下则眩惑流俗之情以猎取虚名，如此者，必罚无赦。司马光从变法一开始就坚定地站到了改革的对立面，每逢一项新法出台，他都毫不犹豫地跳出来大唱反调，不遗余力地进行攻击和谩骂，这使他赫然成了反对派阵营中一颗光采夺目的巨星，一面纠集旧党的旗帜，而当之无愧地受到了旧党们的一致推崇和高氏的极度垂青。三月十七日，司马光从洛阳来汴京为赵顼奔丧，然后依旧回到洛阳，高氏听说他已经走了，懊悔得不得了，随即派内供奉官梁惟简赶往洛阳劳问，称赞他历事数朝，忠亮显著，要他进言政务得失，并询问治国应先从何处入手。不多久，又派专车接司马光进京。司马光早就憋足劲，要在新的形势下大干一场了，立即登车启程。然而高氏废新法的心情比驿车的行进还要急切，司马光还在路上，她就派出使者拿着她的亲笔手书迎劳于途，再次询问今日设施以何为先。司马光还没来得及奏明，她就迫不及待地遣散修筑京城的民夫，裁减皇城司的察事兵卒，停止宫廷工技制造，废导洛司，驱逐尤无善行的宦官宋用臣等人，告诫内外官员不得苛暴聚敛，放宽民间保户马之规定。这些事全是她从宫中直接发号施令去办的，连宰相王珪等人事先都不知道。摧新复旧的闹剧，就这样由她一手拉开了序幕。
就像变法改革因遭到旧党的顽强反对进行得不一帆风顺一样，废除新法的活动在变法派成员们的抵制下，同样进行得不一帆风顺。长期与变法派斗争的实践，使高氏和司马光等人深深懂得了这样一个道理：政权上每放弃一块阵地，变法改革就会迈进一步；政权上只要保留一个角落，就能或多或少地阻碍变法的进展。新法是与变法派紧密联系在一起的，而当时变法派首领蔡确、章惇、韩缜仍身居相位，要想进一步废除新法，除了积聚、扩大自己的势力之外，还必须不遗余力地排挤打击变法派，从而把全部政权攫取在自己手中。为了达到这一目的，高氏决定加强旧党在御史台、谏院中的力量，她在把王岩里、刘挚、孙觉等人分别任命为监察御史、侍御史、谏议大夫之后，又在元丰八年十月，不经过谏官须由知制诰以上官员荐举，然后由宰执大臣进奏的正规程序，直接下令任命唐淑向为左司谏，朱光庭为右正言。苏辙为右司谏。宋代的御史台、谏院（合称台谏）职掌纠察百官、肃正纲纪，它控制言路，权力气势几与宰相抗衡，而且有“风闻奏事”的特权，即不一定需要真凭实据，只要抓住道听途说的传闻，就可以用来弹劾大臣，这一职能无疑大大强化了皇权，而使宰相的权力更受牵制。一班旧党的干将被接连安插进台谏之后，对变法派的参劾顿时掀起了更高的声浪。
果然，司马光一当宰相，立即加快了废新法的步伐，同时也加紧了对新党的排挤。正月时，司马光连上两道奏章，要求废免役法恢复差役法，他挖空心思说尽了免役法的坏的漏洞和弄虚作假的伎俩，被任知枢密院事的变法派首领章惇一一捉住，敲点出来。司马光老羞成怒，与章惇把官司打到了高氏帘前，章惇自恃有理，对司马光冷讽热嘲，大加挖苦，甚至说将来我岂能陪着你挨刀吃剑。原来对章惇就反感的高氏这下子更火冒三丈，立即部署台谏上章讨伐。王岩里说：“章惇轻佻浮薄，奸险凶悍，寡廉鲜耻，无大臣之礼，平常动不动说些诙谐下流的市井俚语，侮辱同事，今于帘前争役法，又出言不逊。凌上侮下，败群乱众，大概是见陛下用司马光做相，眼红忌妒，心怀怨恨，请求痛贬以谢天下。”闰二月二十三日，章惇被贬至汝州（河南临汝）。一个月后，韩缜也被贬到颍昌府。
高氏和司马光等排挤新党是为了给废新法扫清障碍。到元祐三年底，新法已废黜净尽，新党分子也基本上全部扫地出朝，有的被贬为地方官，有的被逐出政府，赶回老家闲住，有的被“编管”到偏远州县，失去迁居自由，高氏却仍不放松对他们的迫害打击。被“安置”到建州的原是王安石主要助手的吕惠卿后来曾说：“我被贬的9年间，连一口冷水都不敢喝，惟恐生病，让那些好事之徒抓住把柄，说我是因悲戚愁叹得病的。”如果说吕惠卿不敢喝凉水是由于他自身恐惧紧张导致的话，那么蔡确贬死于岭南则完全是高氏一手造成的。
蔡确被骂出朝廷后，第二年又被褫夺了官职、移贬安州（今湖北安陆）。此地有一处名胜，唤作车盖亭；蔡确有一天前去游览，诗兴大发，连题10首，尽兴而归。却不料这10首诗被仇人知汉阳军吴处厚瞧见，种下了进一步挨整的祸根。原来，蔡确早年曾随吴处厚学过赋，做相之后，吴写信来请求照顾，蔡置之不理，王珪想提拔吴任馆阁之职，蔡又从中阻拦，吴处厚蓄意报复，就把蔡确的诗断章取义，滥加引申，上报朝廷，说：“诗中提到的郝甄山，就是唐高宗时封为甄山公的郝处俊，高宗想传位武则天，被郝谏阻，蔡确用此讥讪太皇太后。诗中说沧海扬尘，意思是希望时局大变。”谏官吴安诗、范祖禹、王岩里立即上书弹劾，皆言蔡确怀怨谤讪，罪大该杀。宰相范纯仁却认为仅凭暧昧不清的语言文字诛杀大臣简直太过分了，文彦博提议将蔡确贬到岭南，范纯仁向另一位宰相吕大防说：“此路自丁晋公（谓）之后，荆棘六七十年了，一旦重开，我辈恐怕也免不了。”然而高氏却坚持非痛贬蔡确不可，她采纳文彦博的建议，发布命令，贬蔡确为英州别驾，新州安置。刘挚说蔡确有老母在家，不要像唐朝柳宗元、刘禹锡贬至播州那样，将他整得太惨，吕大防也请求贬得近一些。哪知高氏勃然怒道：“蔡确肯定死不了！山可移，此州不可移！”当晚就差出入内供奉官裴彦臣，把蔡确押到了新州。新州是岭南蛮荒之地，瘴气氤氲，潮湿闷热，人极易生病，所以贬至此地是北宋最重的处罚。蔡确至此，很快患病，不几年就死在那里。
蔡确事件后，高氏为了使变法派永无翻身之日，继续加强对他们的打击，她授意梁煮，开具了一份新党分子的黑名单，把安焘、邢恕等47人列为蔡确的亲党，把章惇、吕惠卿、沈括等30人列为王安石的亲党。然后她拿着这份名单对宰执大臣说：“蔡确奸党仍有不少窃居朝官。”范纯仁说：“朋党难辨，可别误伤好人。”高氏很不高兴，梁焘竟弹劾范纯仁也是蔡确之党，高氏遂将范纯仁罢相，贬知颍昌府。“亲党”的黑名单也在朝堂张贴出来，告诫人们永远不准这些人再做官。
范纯仁的下场以及蔡确事件中彭汝硕、盛陶等人的遭遇，从一个侧面更加证明了高氏对变法派的憎恶，任何人不能替变法派说半句好话，任何人不能阻碍她对变法派的打击，哪怕这些人都曾经是旧党中的重要成员，都曾为她废新法逐新党效过劳、出过力。这些事同时也证明，所谓的旧党也并不是铁板一块，随着形势的发展、特别是牵涉到利害冲突的时候，矛盾斗争同样会在他们中间展开。
事实上，这种矛盾斗争早在旧党成员上台伊始就已展开了。这是因为，尽管对新法的一致反对和受变法派排挤的共同遭遇曾一度使旧党们结成了广泛的统一战线，但他们内部在如何对待新法和如何处置新党等问题上仍存在严重分歧。例如对于免役法，范纯仁、王岩里、李常等人就不主张全部废除，苏轼还与司马光进行了一场激烈的争辩。有一天，经过多次争论之后，在政事堂上苏轼再次提出了支持免役法的意见，司马光很不高兴，有些怒形于色，苏轼毫不客气地说：“当年韩魏公（琦）刺配陕西义勇兵，你当谏官，极力反对，韩公不乐，你也不顾。我过去曾几次听你讲起此事。难道说今天你当了宰相，反而也不许我尽言吗？”司马光尴尬地笑了笑，向苏轼表示歉意，但最后仍废除了免役法，气得苏轼大骂：“司马牛！司马牛！”至于对新党分子的打击，旧党中的许多人或者出于公正之心，或者考虑到自己将来的政治前途，总是想方设法为自己留条后路，而反对过分打击新党，像范纯仁对吕大防所说的“我辈恐怕也免不了”的话，就典型地反映了这种心态。这些政治观点的分歧，再加上旧党分子中早就存在的个人恩怨和在新的形势下出现的利害冲突，终于使他们中间演出了一场激烈的党争闹剧。
虽然高氏曾经讲过“要一心为国，不要拉帮结党”的话，但总起来看，她对党争的态度是比较超然的，她不像赵煦那样反感党争，也不像有的人那样对党争忧心忡忡，她不在乎党争如何激烈，如何荒唐，甚至有时还会给党争煽风点火，扩大党争的规模。如朱光庭抓住苏轼给馆职考试出的试题的一些话，弹劾苏轼，吏部尚书兼侍读傅尧俞和王岩里也说试题不当，她说：“这是朱光庭的私意，你们只是党附朱光庭罢了。”吓得傅、王赶紧要求辞职。然后她再下诏对试题批评一番，请傅尧俞、王岩里、朱光庭依然上班供职。这显然是在利用党争各方的矛盾来维护自己仲裁一切的权威。因此，她对党争各方孰是孰非的评判，始终坚持了一条标准，即任何一方只要不妨碍她垂帘听政，不蔑视她的权威，无论争得多么激烈，多么荒唐，她都能容忍。但如果某一党对她稍有妨碍，或者稍有指责，无论他是什么人，她都会立即翻脸，给个颜色看。
程颐是著名的理学家，司马光称赞他力学好古，安贫守节，言必忠信，动遵礼法，推荐他当了崇政殿说书，即赵煦的老师。元祐二年（1069年）八月的时候，赵煦生了一场麻疹，好几天没有上朝，也没去迩英殿听课，这事宰执大臣们连过问一声都没有，高氏也照旧上殿视事。程颐看不下去，就站出来问宰相吕公著：“皇上没上朝坐殿，什么原因你知道吗？”吕公著回答：“不知道。”程颐说：“二圣（即赵煦和高氏）临朝，皇上不坐殿，太皇太后就不应该自己坐在那里。而且皇上生病，宰相居然不知道，行吗？”第二天吕公著等才去向赵煦问疾。程颐则因这番多嘴得罪了高氏，不几天就被罢官，赶回洛阳老家去了。一个月后，贾易也被加上“诣事程颐，默受教戒，附下罔上，背公死党”的罪名，被贬出朝。到了元祐七年（1092年），宰相又建议