疑案，越发对马新贻的声名不利。
还有一些人则比较说得坦率，而话愈坦率，愈见得此案难办。他们向孙衣言、袁保庆提出一个难题：张文祥在刑讯之下，据实招供，是湘军某某人、某某人所指使，说不定还会扯上江南水师提督黄翼升的名字，请问办是不办？到时候说不定军机处会来一道廷寄，转述密旨，以大局为重，不了了之，则欲求此刻所得的结果，将张文祥比照大逆治罪，或许亦不可得。再有少数人的措词，更玄妙得叫人无法置答，说是倘或因严追指使而激出变故，地方受害，只怕反令公忠体国的马新贻，在九泉之下不安。这样，孙、袁二人的执持，反倒是违反死者的本意了。
就这样川流不息地争辩着，搞得孙衣言和袁保庆筋疲力竭，六神不安。最后有了结果，认为张文祥的行凶原因，与魁玉、张之万的审问所得，完全一样。
供词已经全部整理好，即将出奏，会审的人照例都该“阅供”具名，表示负责。孙衣言和袁保庆，使出最后一项法宝，拒绝具名。
“这是无法勉强的事。”郑敦谨苦笑着说，“案子总得要结，只好我跟涤相会衔出奏。反正凶手是张文祥，定拟了‘比照谋反叛逆，凌迟处死，并摘心致祭’的罪，对马端愍也算有了交代了。”
在会衔复奏时，曾国藩特别附了一个夹片，陈明“实无主使别情”。他是个重实践的人，与那些三天一奏、五天一折，喜欢发议论以见其能的督抚，纯然两路，无事不上奏，所以上奏格外有力，附这样一个夹片，虽不免“此地无银三百两”的痕迹，但确有用处，意思是知会军机，此案到此就算结束，再也问不出别的来了。这样，倘或还有言官不服，要想翻案，军机处就会替他挡在前面，设法消弭，不致再别生枝节。
当然，马新贻的家属、旧部，还有些秉性正直的人，心有不甘，但也只能发发牢骚，无可作为。朝廷重视此案，两派钦使，而且对马新贻的恤典甚厚，总算仁至义尽，这口气还能叫人咽得下去。至于案子的办得不彻底，细舷想去，也实在有些难处，再加上曾国藩的“面子”，就只有忍气吞声。不过孙衣言是个读书人，有笔在手，可以不争一时争千秋，他为马新贻所撰的墓志铭，秉笔直书：
“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏！衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”
这篇文章一出，外界才知别有隐情，对郑敦谨的声名，是个很大的打击。他本来就有难言的委屈，从结案以后，就杜门不出，钦差在办案期间，关防是要严密的，一到结案，便不妨会客应酬。而魁玉邀游清凉山，曾国藩约在后湖泛舟，郑敦谨一概辞谢，只传谕首县办差雇船，定在二月初回京复命。
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于是曾国藩派了一名戈什哈，去送程仪，两名司官每人一百两，这在“曾中堂”，出手已经算很阔的了。送郑敦谨的是二百两，附了一封曾国藩亲笔写的信，说这笔程仪，是致送同年，不是馈赠钦差，同时表明，绝非公款，是从他个人的薪给中分出来的，请郑敦谨无论如何不可推却，否则就是不念交情。
郑敦谨还是“不念交情”，断然谢绝。到了二月初六，携带随从，上船回京，一路闷闷不乐，每每终宵长吁短叹。这样到了清江浦，便得起旱换车北上，新任漕运总督张兆栋把他接到衙门里去住，留他盘桓数日，郑敦谨无可无不可地答应了。
不久，从江宁来的消息，郑敦谨和曾国藩会衔的奏折，已奉上谕批准，马新贻“着再加恩，照阵亡例赐恤，并于江宁省城建立专祠，用示笃念荩臣，有加无已至意。”而张文祥也就在上谕到达的第二天伏法，行刑的地点在江宁城北小营，曾国藩亲临监视。两江总督亲莅刑场，监视正法，是从未有过的事，因而引起许多揣测，说倘非如此，或者会有意想不到的变故，唯有曾国藩亲临坐镇，才得安然无事。
郑敦谨又听到消息，说马家的报复甚酷，定制了一把刀、一把钩，交给刽子手作行刑之用。凌迟重刑，数十年难得一见，有人说只“扎八刀”，有点脔割的意思就行了，有人说要用“鱼鳞剐”，一片片细切。而张文祥则是介乎其间，用定制的钩子扎住皮肉往上一拉，快刀割切，钩一下，割一下，自辰至未，方始完事，张文祥始终不曾出声。
于是郑敦谨以一种奇怪的、豁达的声音对张兆栋说：“我的责任已了！该回去了。”
“春寒料峭，起旱苦得很，何不再玩些日子？”张兆栋说，“反正案子已了，回京复命就晚些也不要紧。”
“我不回京。”郑敦谨摇摇头说，“我回家。”
张兆栋愕然，想了一下说道：“想来老前辈出京时就已请了假，顺道回籍扫墓？”
“‘田园将芜胡不归’！”郑敦谨朗声念了这一句，又黯然摇头：“九陌红尘，目迷五色，我真的厌倦了。”
张兆栋大为诧异：“老前辈圣眷优隆，老当益壮，着实还有一番桑榆晚景，何以忽有浩然归去之志？”
“早归早好。”郑敦谨说：“涤相是抽身不得，以致于不能克保全名。象我，驽马恋栈，只恐真如涤相所说的，‘名既裂矣，身败在即！’归去，归去！岳麓山下，白头弟兄，负暄闲话，强似千里奔波来审无头命案！”
这一说张兆栋才知是为马新贻一案，受了委屈，先还当他是发发牢骚，解劝了一番，也就丢开了。谁知第二天一早，郑敦谨亲自来跟张兆栋要求，派一名专差为他递告病的奏折，同时请张兆栋替他雇一只官船到长沙，竟真个要辞官回里了。“老前辈何必？”张兆栋说，“就要告病，等回京复了命再奏请开缺，也还不迟。”
“那就辞不成功了。”郑敦谨说，“士各有志，老兄成全了我吧！”
说到这话，张兆栋不便再劝，当天就派了专差，为他递折，接着又传淮安府首县的山阳知县办差，派了一只大号官船，床帐衾褥，动用器具，一律新置，作为对这位刑部尚书的敬意。
那两名司官，自然也要苦劝，而郑敦谨执意不听。问他辞官的原因，他答了八个字：“外惭清议，内疚神明。”说唯有辞了官，才能消除对马新贻和他的家属，以及孙衣言、袁保庆等人的疚歉之感。
“此案外界闲言闲语很多。大人这样子一办，见得朝廷屈法，恐怕上头会不高兴。”
“那也是没法子的事，”郑敦谨说，“只怕不高兴的不是朝廷，是我们湖南同乡。然而我也顾不得了！屈法是无奈之事。若以为屈法是顾全大局，以此自宽自解，恬然窃位，岂不愧对职守？”
说到这话，那两名司官心里也很难过。原来是打算着办这件名案可以出一出风头，就象总理衙门的章京陈钦办天津教案那样，虽然费心费力，到底名利双收。谁知年前冲寒冒雪，吃尽辛苦到江宁，落得这么个窝囊的结果，除了曾国藩的一百两程仪以外，什么也没有捞到！
于是吃了一顿张兆栋特备的，索然寡味的离筵，水陆异途，各奔前程。郑敦谨趁一帆东风，过洞庭湖回长沙，两名司官走旱路回京复命。一到部就为同事包围，都要知道郑尚书辞官的真相。
最后连恭王也知道了，特地传谕，叫那两名司官到军机处去见他，询向郑敦谨倦勤的原因，那两名司官不敢隐瞒，照实答复。于是恭王也就据实陈奏两宫太后，因为两宫太后也觉得事出突然，颇为怀疑，曾经一再问起，恭王不能不奏。
“我说呢，郑敦谨年纪虽大，精神一向很好，怎么一下子就告了病。原来其中还有这么多隐情！”慈禧太后停了一下又说：“不过他就是告病，也该回京复了命再说，就这么擅自回籍，也太说不过去了。”
听她的语意不满，恭王怕惹出“交部议处”的话来，会引起各方的揣测，又生是非，因而赶紧为郑敦谨进言：“这一案，郑敦谨劳而无功，不免觉得委屈。臣等叫人写信劝他销假，请两位皇太后，暂时不必追究了。”
既然恭王为他乞情，慈禧太后也就算了，“最好让他销假。”她说，“不然，面子上不好看。”
这话就算说得很重了，恭王不敢再多说什么，只答应一声：“是！”
“倭仁的病，怎么样了？”慈安太后问。
“不行了！”恭王微微摇头，“不过拖日子罢了。”
“那是先帝敬重的人。”慈安太后看着右面，用征询的语气说，“给他一个什么恩典，冲冲喜吧！”
“也好！”慈禧太后看着恭王问：“你们倒看看，怎么办才合适？”
问到这一层，恭王恰好可以陈奏拟议中的办法。大学士本以官文为首，他已在正月里病故，这是个满缺，该由瑞常以协办大学士坐升，瑞常空出来的一个缺，照例由六部之首的吏部尚书升任，而文祥是在同治六年就已调任吏部，等着拜相，此时顺理成章地得了协办。但是四位大学士，两殿两阁，需要重新安排，官文所遗的文华殿大学士，为殿阁之首，依惯例应该由曾国藩以武英殿大学士改授，但入阁是倭仁在先，科名亦是倭仁早，因此，倭仁以文渊阁改为文华殿，亦未始不可。
等恭王把这番周折奏明以后，两宫太后一致认可，以倭仁为文华殿大学士。这是名义上的“首辅”，说到做官，算是“一人之下，万人之上”，无以复加的高官。但是冲喜没有能把倭仁冲好，到四月里假满，再赏假两个月，并颁赐人参，这就再无销假之期了。师傅的恤典，一向优厚，加赠太保，入祀贤良祠，赐谥第一个字自是“文”字，第二个不出大家所料，是理学大臣专享的“端”字。
这一下又出一个大学士缺，应该由文祥坐升，以他的圣眷，两宫太后应该早有交代，但一直不提，就知道事情有变化了。
一打听，是两广总督瑞麟的儿子，刑部主事怀塔布在替他父亲活动入阁。瑞麟是内务府管银库出身，家资豪富，两广总督又是有名的肥缺，加以瑞麟于慈禧太后娘家有恩，文祥已知道争他不过。果然，等瑞麟为大婚进贡的珍品一到，两宫太后亲临检视以后，慈禧太后有话下来了。
“倭仁的遗缺，该谁补啊？”她这样问。
问到这话，即是不愿让文祥升任的明确表示，好在恭王已跟文祥商量过，所以答奏得很漂亮。
“照规矩，该由文祥升补。”恭王手指着说，“不过文祥已经跟臣说了，受恩深重，不敢再邀非分之荣，而且刚得协办不久，资望还浅，应该多历练历练。倭仁病故，空出来的大学士一缺，请两位皇太后另简资深望重的大臣接补。”
“嗯，嗯！”慈禧太后深为满意，转脸向慈安太后问道，“你看，叫瑞麟补，怎么样？”
慈安太后因为瑞麟对“大婚传办事件”，相当巴结，表示同意：“讲资望，瑞麟也够了。他是那一年进的军机？我记得是咸丰三年。”
“是！”恭王是跟瑞麟一起进军机的，记得很清楚：“咸丰三年十月里。”
“那就叫瑞麟补！”慈禧太后觉得对文祥有疚歉