发现了“罗塞塔石碑”①，艺术家德农在底比斯、卢克苏尔和卡纳卡发现了大量古代神庙的遗址（包括法国军队后来带回法国置于杜伊勒里宫花园里的方尖塔）。但是，也许拿破仑最伟大的创举就在于他创建了埃及科学院，他将其视为传播文明的最有力的手段。
埃及科学院建立于1798年8月22日，此举在督政府和法国人民的眼里，在历史上以及在埃及人的印象中都被认为是一件好事。但它的意义远不止于此，这得益于蒙日、贝托莱和他们的同事们的积极参与。特别是蒙日，他现在每天都在开罗与拿破仑见面，得以逐渐影响拿破仑，使其认识到以知识分子而不是政客作为组建政府以及政府执政方向的指导力量的重要性。拿破仑一贯喜欢视自己为“公仆”——当然是有学问的公仆（他甚至在发布军事命令时常常签上“科学院院士”的字样），他在业余时间通常和考古学家、历史学家和科学家在一起，而不是和粗鲁的士兵在一起。这些科学家的非凡创造力使法军不必依赖欧洲本土的后方，而在埃及自给自足地生存下去。
严格说来，科学院有3大目的：一是在埃及传播知识和技术；二是研究埃及的博物学历史、工业和人文历史；三是“为政府出谋献策”——最后一项实际上是其主要的功能，它是埃及第一个完全有组织的科学智囊团。
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第九章失败的阴影（3）
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科学院分成4个部门：数学部（包括蒙日和拿破仑）、物理和政治经济部（包括解救过约瑟芬的前督政塔里昂）和文学艺术部（包括德农，未来的卢浮宫艺术馆馆长）。拿破仑还亲自在缺乏人才的埃及从自己的军官和士兵中选拔合格的科学院成员。
科学院院址设在被没收的马穆鲁克宫廷，离厄尔费宫仅数英里路程。蒙日、贝托莱和其他院士就居住在这两个宫廷里面。同时，在那里还有植物学、物理学和化学实验室、科学资料和埃及古玩以及拉丁文、希腊文和阿拉伯文的图书馆。
科学院于8月23日在院长蒙日的主持下举行了成立仪式，但其实际的院长无疑是副院长拿破仑。拿破仑给科学院的第一个课题是立即为法国军队改良面包烤炉，以提高效率和生产量；研究啤酒花的可能的替代品，以便为军队提供啤酒；用最好的办法净化取自尼罗河的饮水以及适于埃及使用的风磨和水磨；建立铸造厂和制硝厂以生产机器、工具和火药。此外科学院还研究适用于埃及的民事和刑事司法制度和教育制度。拿破仑每周都要亲临科学院数次，能摆脱司令部来到这里，他总是很高兴。
科学院的设立为帮助拿破仑解决军队面临的各种技术难题起到了不可估量的作用，同时，确立了蒙日在他心目中的无可辩驳的地位。蒙日作为政治行政委员会的高级成员控制着埃及大部分的“本地”行政手段；现在，他又主持着在这个国家进行的一切科学研究工作。
回过头来说，在阿布基尔海战失败后不久，8月15日，拿破仑的29岁生日聚会很少有喜庆的气氛；甚至他的9名副官以及他的养子欧仁·博阿尔内和愁眉苦脸的弟弟路易·波拿巴也只是敷衍了事地对他道了一句生日快乐而已。海军失败的阴影似乎笼罩了一切。拿破仑的远征军在中东的形势发生了急剧的变化，埃及被地中海上强大的英国海军封锁，迫使拿破仑放弃了他原来制定的进攻印度的计划。
拿破仑曾经想过，在攻占了马耳他和埃及后，回到法国以当代英雄的身份推翻督政府。这在目前看来也是不可能了，法国舰队的失败抵消了他前面所取得的一切胜利。拿破仑需要在返回巴黎之前进行新的征服，还有什么样的征服比征服圣地（巴勒斯坦）、大马士革和君士坦丁堡更有影响的呢？
拿破仑开进新征服的开罗时忧心忡忡，完全不是一个征服英雄应有的模样。只有蒙日和布列纳知道其中缘由。拿破仑发现埃及所面临的问题比他原来估计的要大得多，也复杂得多，包括对埃及人民的反抗情绪的错误估计。当备受相思折磨的贝尔蒂埃被准假回欧洲投入他意大利情妇维丝孔蒂（Visconti）的怀抱时，拿破仑也急于回到法国去见约瑟芬。
拿破仑年轻的副官朱诺曾对拿破仑报告说：约瑟芬和夏尔的风流韵事仍在继续。这对于本以为噩梦已经过去的拿破仑是一个沉重的打击。贝尔蒂埃和朱利安都对拿破仑承认：在意大利战役期间经常看到约瑟芬和夏尔厮混在一起。“一切都昭然若揭，”拿破仑给他的哥哥写信道，“对心上人产生如此复杂的感情，真是一件可悲的事。”在海军舰队覆灭的消息之外又加上这样一件事，对拿破仑无疑是雪上加霜。不过倒霉的事还在后面。
拿破仑已经断了自己在巴黎的政治后路，在督政府里没有了朋友。至少他们不会急于前来营救这位被困的英雄，拿破仑悲叹道：“他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。”即使他们打算组建一支新的地中海舰队前来营救他，建造和修理军舰也不是朝夕能够成功的事。即使督政府有条件派出军队和舰只前来埃及救援，难道法国海岸就不需要保护吗？事实上，拿破仑应该承认由于他的不可一世和（他历来厌恶的埃及政治家似的）自我炫耀，埃及战役是失败了。他没有能够像一个成熟的职业军人那样精心策划对埃及的远征战役。
拿破仑认为在埃及战役中已经被歼灭的马穆鲁克军实际上只是暂时退避三舍而已，东北的易卜拉欣贝伊军和南面的穆拉德贝伊军随时会卷土重来。拿破仑被遍布埃及的大约2万多贝伊军包围着。德塞已经被派到了尼罗河上游，克莱贝尔在海岸地区。在三角洲的最东面，迪盖和扎约翁谢克率领着总共4；000多人的部队在平定梅努夫地区。东北部沙尔黑耶（Salheyeh）周围地区的雷尼尔力争和迪盖协调配合，扫除那个地区的强大的贝都因军，同时确保尼罗河一线的安全。所有这一切行动都是为了向叙利亚进军做好准备。在达米亚塔和罗塞塔之间的大片三角洲地区也需要平息。迪马的骑兵现在只有1；677人（包括骆驼兵和步兵），在这片广袤的荒原上南北征战。在埃及荒漠上，骑兵的重要性远远大于在欧洲的战场——这又是拿破仑的一个重大失算。
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第九章失败的阴影（4）
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结果，不服从、失败、牢骚和绝望的情绪在战地各军中油然而生，他们拒绝执行下达给他们的不可能执行的任务；他们的兵力过于分散，无法有效地对敌作战；弹药缺乏和后勤支援几乎没有；补给物和增援无法送到，因为缺乏精确的地图。
“谁能否认全军弥漫着一种厌战的情绪，军官和士兵的最大愿望就是回国，请求离队的人多得令人胆战心惊。”亲眼目睹这一切的布列纳悲叹道。不满情绪继续加剧。贝尔蒂埃带头不满。骑兵军官迪马当众公开与拿破仑对抗，实在有些过分。反战的军人究竟有多少不清楚，按照布列纳的说法是“普遍不满”，估计数量应该不少。这自然蔓延到了下级军官和士兵，结果是军纪败坏，拒绝执行命令，一片混乱。除了拿破仑，军队没有更高的首领可以恳求，仅由于士兵在荒漠中无处可去，才没有公开叛乱。漫长而难熬的岁月，无休止的军事任务；骇人听闻的生存条件……
士兵吃不惯大米。面包在几周之后开始供应，但没有酒。有咖啡和糖，但没有法国人离不开的奶酪。士兵饮用的尼罗河水当然比不上法国葡萄酒，而且患疟疾的人有增无减。同样糟糕的是这里缺乏欧洲的娱乐。上万士兵中仅有很少几个未婚的欧洲女子。所以，当官兵闲来无事时，除了坐在咖啡馆里赌博和发牢骚之外，别无事情可做。士兵们都知道增援部队在几个月、也许几年内都不可能到来，不祥的气氛笼罩全军。“焦虑、忧郁和怀乡病几乎侵袭着每一个人……远征军的光辉前景几乎从一开始就烟消云散了，眼前只有无情的现实，实在可悲。”布列纳悲叹道，“军中充满怨恨和牢骚，却一筹莫展、无计可施，这使拿破仑十分烦恼……”
埃及的灾难才刚刚开始对拿破仑拉开序幕。他无法和正在忙于科学院事务，特别是为军队解决日益缺乏的弹药问题的蒙日商讨军事方面的事情。法国人实际上要在埃及自己动手解决一切他们所需要的东西，这是在海上封锁之前拿破仑没有预计到的。和一贯乐观的蒙日不同，陷入孤立无援深渊中的拿破仑有时陷于极度的苦恼之中——辉煌的厄尔费宫廷成了囚禁他的牢笼。
然而，从外表上看，拿破仑仍然对未来充满信心，他以热烈的方式检阅队伍，庆祝节日，以鼓舞士气。拿破仑的一项重要活动就是研究埃及的穆斯林传统和宗教节日，包括尼罗河洪水季节开始时的古老庆典活动，这项活动可以追溯到法老王的时代。从亚历山大仍然不断传来人员伤亡和军队遭到损失的消息，拿破仑很难说有什么庆祝节日的心情，但在8月18日清晨6点，就在他回到开罗后第4天，拿破仑带着路易·波拿巴、欧仁·博阿尔内以及3个师团的将军、军官和一支卫队，随同开罗穆斯林的显贵来到马德加斯，这里暴涨的河水即将冲过堤堰涌进灌溉渠道。拿破仑及其随员在场时，法国炮舰和城堡里的大炮齐放礼炮，伴随传统的埃及乐曲和穆斯林的祈祷，庆典开始，埃及人挖开堤堰将当年的第一次洪峰放入干枯的田地。全身披挂的拿破仑身披毛拉②的传统黑袍，将一把把钱币抛入成千上万的人群之中，然后向38名穆斯林官员赠送了长袍。
两天后，在厄尔费宫举行了纪念先知穆罕默德的仪式，夜晚在开罗城举行了火把游行，教徒通宵祈祷，活动持续了几天。无法忍受的少校德托耶称庆祝活动造成了“恶魔般的喧闹声”。8月24日结束那天，耍猴的、耍熊的和耍蛇的江湖艺人为拿破仑和开罗市民做了表演，妇女、儿童不停地唱歌，法国驻军的骑兵和步兵在军乐队的伴奏下列队经过艾兹拜基耶广场表演队列操练时，礼炮齐鸣。接着在宫廷里举行了盛筵，成千上万的市民观看了随军工程师研制的焰火，可惜由于火药的质量太差，常常出现咝咝冒烟的“臭弹”。看来这些活动对埃及人民具有一定的吸引力，拿破仑决定进一步赢得埃及农民和穆斯林的支持，继续竭尽一切努力表示他对他们宗教信仰的尊重。
早在庆祝活动结束前，18日，拿破仑就命令海军少将佩雷将马尔蒙准将送到尼罗河下游去负责确保亚历山大、罗塞塔和开罗一线的物资运输通道的联络和安全。运河沿线的运输虽然有法军的武装护送，仍不断遭到贝都因军从陆上和水上的袭击，十分危险。而且，阿拉伯人四处毁坏堤坝使得卡弗雷里将军率领的法国工兵穷于应付。马尔蒙是个很有能力而且精力旺盛的年轻军官，拿破仑曾经对他面授机宜（他对拿破仑的忠心仍然一如既往）道：“你要将情况尽量详细地写给我……让我知道英国人的情况和我们的舰队在阿布基尔湾海战中表现情况的一切细节。”
同时，拿破仑向督政府提交了一份关于纳尔逊击败法国舰队的个人报告，报告中几乎没有提到这场灾难本身，却称法国人在这场战役中受伤的有“800人”（在亚历