起来指责拿破仑亲自命令他毒死了成千的伤员和瘟疫患者，而不将他们带回埃及治疗——他只愿为医疗队本身的责任负责，他指责拿破仑是要将罪责“加到每个人的头上”。他当场提出辞职，要求退役返回法国。拿破仑则当场拒绝了他的要求。他将这个医生留在了埃及，虽然拿破仑以后最不愿意在埃及见到的就是他。
返回巴黎后首要的也是最头疼的事情是如何解释当前的形势，拿破仑在报告中说：“叙利亚战役的最大的成功是，我们完全控制了整个沙漠地区，其结果我们在这一年内挫败了敌人侵略我们的计划……我们在这里建立了牢固的基础。”事实上，拿破仑在阿尔拉什的前哨基地并未得到巩固，整个埃及，包括埃及南部占全国2/3的领土都还没有在法军的控制之下，因为驻守这些地方需要军需后勤的供给和足够的军队。拿破仑承认瘟疫流行已经波及亚历山大和雅法，但他报告督政府瘟疫并没有影响开罗和埃及的其余地区。事实上，几个月来开罗的医院里收容的瘟疫患者已经是人满为患。拿破仑承认法军损失了5；344人，为此，他提出急需补充至少6；000人的生力军。他说如果给他15；000人的话，“我们便可以打到任何地方，甚至打到君士坦丁堡”。他要求增加100名医生和外科医生。他指出目前的人数不足于对抗敌人发动的海陆联合进攻，“如果不能按照我的要求派来援兵，那么我们这里只能求和”。
一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者带来了驻守亚历山大港的马尔蒙的一份紧急报告。这天，1799年7月11日，土耳其军在英国和俄国舰队的保护下，已经抵达阿布基尔湾，穆斯塔法·帕萨的15；000人马已经登陆上岸。阿布基尔要塞和阿布基尔后面的一处堡垒都已经落入敌军之手，驻守的法军全部被俘，亚历山大遭到猛烈的炮轰。易卜拉欣贝伊军在加沙重新集结，南面的穆拉德贝伊军正在威胁开罗。拿破仑必须刻不容缓地率领他的10；000多人开往前线。
拿破仑于7月15日指示德塞：“如果登陆行动果然十分重要，你应该放弃整个上埃及，只留下少数人据守那里的要塞”，“将我刚才从亚历山大得到的消息立即转告雷尼尔，命他立即集结队伍”。拿破仑命令贝尔蒂埃立即将同一消息填报克莱贝尔将军（现在在达米亚塔）和其他人，同时拿破仑带领军队向亚历山大进发。他命令迪盖将军将关押在开罗的数千战俘秘密处决，尽量不要引起公众的注意。同时，拿破仑命令马尔蒙将军在阿布基尔和罗塞塔一线构筑防线，在比凯特集结，以威逼敌军两翼。
7月16日凌晨4点，拿破仑率部出发，连对他高度不满的布列纳也不得不佩服他的临危不惧、刚毅果敢和快速反应。3天后，他赶到阿拉马尼亚。他命令马尔蒙据守亚历山大，克莱贝尔保卫罗塞塔，拿破仑自己则在中路据守比凯特，缪拉的骑兵则在阿布基尔和防线之间做后援。拿破仑告诉克莱贝尔，他并不认为敌人的兵力会比自己强多少。
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第十一章通往大马士革之路（4）
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7月20日和22日，消息传来，第二批敌军登陆。敌人来势凶猛。法军方面，拉纳的师团已经靠近阿拉马尼亚，迪盖抽调了大量的开罗守军，约12；000人已经上路。开罗医院里只要能够站起来的人都重新拿起了武器。贝尔蒂埃要“给土耳其人一个教训，最后确保法国在埃及的地位”。
“要保持高度的警惕，”拿破仑提醒马尔蒙，“军官，特别是高级军官，晚上睡觉不能脱下军装。夜间加强巡查，务必确保人人知道自己的岗位所在。”他命令带狗守夜以防偷袭。只有到了生死存亡的关头，拿破仑才会调集全埃及的兵力来对付土耳其的登陆。拿破仑令德塞进一步调集兵力对付易卜拉欣贝伊军，他告诉德塞，他将在阿布基尔“攻击敌人并将他们全部赶进大海”。拿破仑是在只有很少的炮兵以及他将面对的敌人的总兵力究竟有多少尚不清楚的情况下制订出这些军事计划的。
7月22日，拿破仑命令拉纳将军的师团和拉尼斯的师团在比凯特做好迎敌的准备，梅努将军和克莱贝尔将军攻占马地亚湖地区。7月24日晚上9点，拿破仑抵达比凯特附近的战地指挥部时，命令缪拉由4个步兵营配合作战的骑兵在4小时内进攻土耳其登陆部队，拉纳和拉尼斯从左右两翼策应，命令马尔蒙进攻西面阿布基尔和亚历山大之间的地区，命令克莱贝尔从罗塞塔向阿布基尔推进。
7月25日凌晨2点，法军仅有的几门大炮突然发起了猛烈的轰击，向势均力敌的穆斯塔法·帕撒军发起了全线进攻。缪拉首先冲破了敌人的由壕沟筑成的第一道防线，随即又向敌人的第二道防线攻击，该防线有30多艘炮舰做后盾。
“骑兵是我们决胜的因素，”事后拿破仑向督政府报告道，“骑兵突破了土耳其人的右翼，展开了一场可怕的屠杀……敌人纷纷跳海，向一英里开外的英国炮舰游去，但几乎全部溺水而死。这是我平生所见的最恐怖的一幕。”
拿破仑只花了11个小时就打败了土耳其军，取得了决定性的胜利。在该战役中2；000土耳其人被杀死，4；000多人溺水死亡或被俘。侥幸逃脱的土耳其军队躲在半岛顶上的阿布基尔要塞顽抗，一周后向梅努的军队投降。土耳其军队在转瞬之间几乎全军覆没。而法军牺牲了仅不到1；000人。这是拿破仑自到达埃及后的第一场真正的胜仗。
两天后，拿破仑将他的主要指挥官派回原来的位置，将德塞派回驻守上埃及，拉尼斯回到梅努夫，克莱贝尔回到达米亚塔。通过对土耳其战俘的审讯，拿破仑得知土耳其的一支生力军正在从大马士革赶往开罗途中。因此，拿破仑将雷尼尔派回到萨尔黑亚加强防御。1799年7月27日，拿破仑高度赞扬缪拉将军“在阿布基尔战役中取得的辉煌胜利”，这是拿破仑少有的一次对下属的高度赞扬。由于土耳其军队的不堪一击，英国和俄国海军支持下的土耳其军联合作战宣告失败。在这次战役中拿破仑失去了第四名高级副官吉博特，缪拉等将军受伤。拿破仑将亚历山大要塞以他牺牲的科西嘉朋友卡弗雷里的名字命名。
“在这次战役之前，阿布基尔的名字受到每一个法国人的憎恨；7月25日的战事赋予了它无上的光荣。”8月1日，拿破仑对准备开拔到开罗的军队演讲道，“就此一战，我们就迫使英国人不得不与我们的共和国达成体面的和平，尽管他们以前在海上取得了胜利。”
8月11日，拿破仑班师返回开罗。虽然他打了胜仗，但是情绪仍然很糟。从英国军舰那里得到的报纸上，拿破仑得知在他远征埃及期间，欧洲又组成了一个强大的反法同盟——儒尔当将军在莱茵河地区一败涂地；舍雷尔的意大利军在里沃利和其他地方都吃了败仗；英国海军成功地封锁了法国和西班牙；科浮岛已经丢失；马耳他遭到英国海军封锁，即将失守。远征军虽取得辉煌胜利，却远在异国，远水救不了近火，他也成了“自己征服的囚徒”。
与此同时，土耳其正在从陆路和海路调集兵力，埃及大部分地区仍未征服。拿破仑和他的高级将领之间的关系恶化。克莱贝尔仅出于对共和国的爱和责任感才勉强为拿破仑服务，但是德塞看来没有服从拿破仑早先下达的放弃南部向巴尔拜斯进军的命令。在听到这个消息后，拿破仑怒斥道：“得知你的行为后我一点都不高兴，将军公民……不论你的地位如何，军人必须服从命令。”拿破仑还第一次抱怨他最喜欢的扎约翁谢克将军无能。
最令拿破仑不安的是，尽管有蒙日在埃及科学院，但那里却仍然在酝酿着新的危险，公开的反叛情绪日益严重。因此，在得胜回到开罗后的第二天，拿破仑秘密地通知冈托姆将他最近在叙利亚和阿布基尔取得的战利品装船。拿破仑告诉冈托姆，他很快就会回到亚历山大港的。
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第十一章通往大马士革之路（5）
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虽然拿破仑离开埃及的计划是绝对机密的，不允许走漏半点儿风声，但在亚历山大港准备船只的蛛丝马迹还是引起了一些流言蜚语。除了布列纳、冈托姆和贝尔蒂埃之外，拿破仑连对蒙日也没有透露此事——因为蒙日不善于遁词，怕他被人追问吐露真情，所以直到离开的那天才通知他。8月17日，迪盖对拿破仑抱怨道，“他们说您要离开埃及回法国，说您要带走蒙日、贝托莱、拉纳和缪拉”；尽管这只是谣传，但是“大大动摇了军心，希望您立即对此予以驳斥”。
为了掩人耳目。拿破仑派人放风说，他要去上埃及考察尼罗河三角洲。“我明天一早就要到三角洲去视察民间究竟有些什么不公正的情况，并对这个国家的人民有一个更加深入的了解。”他在17日召开的军事会议上这样说。对迪盖，拿破仑含糊其辞地说他要去地中海“研究敌人在地中海海岸的形势”。蒙日在埃及科学院受到同事追问时十分尴尬，假装糊涂，吞吞吐吐。他现在已经肯定传说是真的了。面对满腹狐疑而且很不想留在埃及的诗人格拉德梅森的再三追问，蒙日回答：“我的确一无所知。我想我们是要到下埃及去。”
8月17日晚10点，拿破仑的马车停在了埃及科学院门前，蒙日、贝托莱和德农匆匆带着行李上了车，向他们被出卖的同事说再见——尽管有些尴尬，但无疑有些脱离苦海的感觉。蒙日离开了他亲手创建的科学院，并从此不再回来。在厄尔费宫拿破仑的驻地，拿破仑向他的情妇波利娜·富雷丝随意地吻别，拿破仑告诉她他只出去几天就会回来的。事实上，他并不打算再见到她了，他从此也再没有见到她。
午夜时分，拿破仑带着他精心挑选的随从，包括布列纳、迪洛克①、拉瓦莱特、儒贝尔和法国未来的元帅：拉纳、缪拉、贝西埃尔②和贝尔蒂埃一行前往亚历山大。格拉德梅森要求同行，在蒙日的说情下，拿破仑勉强同意。
拿破仑一行四五百人抵达亚历山大港后，会见了梅努将军，命令他继续留在埃及。拿破仑又安排了一场明知自己不能赴约的约会，他邀请克莱贝尔将军到罗塞塔来，同他会商极为重要的事情；他留给克莱贝尔一封信，任命他接替自己，为埃及远征军总司令，负责指挥这支面临土耳其军再次进攻的军队。
在信中拿破仑说由于法国的形势危急，他不得不抱着深深的遗憾离开埃及，他有责任回去挽救祖国的命运。他还留下命令，让朱诺和德塞于秋季回国。拿破仑向克莱贝尔保证一旦回到法国，他会给埃及军补充必要的武器弹药和军需以及“能弥补最近几次战役损失的足够的生力军”。但是，如果埃及的形势继续恶化，拿破仑指示克莱贝尔：
你有权在允许你们撤离埃及的原则基础上与奥斯曼帝国签订和平条约……因为我乐于以后世的好评作为我一生中艰难困苦的报偿，我是抱着深深的遗憾离开埃及的。国家的利益、国家的荣誉、天职的责任感和国内发生的非常事态使我决定冲破敌人的舰队的重围，回到欧洲。我的心永远和你们在一起……我委托给你的军队是由我的孩子们组成的……他们给了我他们的爱。
拿破仑相信这封信到克莱贝尔手上时�