怒，贝纳多特和他的副官垂头丧气地坐在枪林弹雨的战场上，无言以对。最后，贝纳多特不得不离开了战场。这样的震怒在拿破仑的任执政和当皇帝的历史中可以说是绝无仅有的——此事很快在硝烟弥漫的战场上传开了。
7月6日拂晓4时，拿破仑命令法军再次向奥军左翼发起猛攻，法军炮火山呼海啸，可是这里不是耶拿和奥斯特里茨，经过一天几个小时的激烈战斗，结果败下阵来。“在整个激战中，皇帝陛下始终保持着极其冷静的态度。”麦克唐纳元帅后来这样回忆道。拿破仑亲临战场视察，发现奥军两翼力量较强且地势有利，但奥军正面过广，中央明显薄弱。于是他立即改变作战计划，不以主力攻击奥军主力，而集中全部兵力攻打奥军中央部位瓦格拉姆，实施中央突破。为使进攻瓦格拉姆的部队没有后顾之忧，拿破仑命令最值得依赖的爱将达武继续攻打奥军左翼阵线，以牵制奥军。若有进展则从右侧向瓦格拉姆发展进攻，配合主力行动，对奥军形成钳型攻击态势。
如果问拿破仑在所有法军将领中最信赖的是哪两个的话，回答无疑始终是拉纳和达武。一往无前的达武又一次带领他的部队在枪林弹雨中冲锋陷阵，在他身边的居丹将军身受四处枪伤，达武的坐骑也被击毙。一名副官急忙给他牵来一匹备用的战马，达武纵身跃马再战。经过和罗森伯格的激战，达武很快夺回了主动，并成功击溃了罗森伯格整个右翼防线。
拿破仑用望远镜扫视了整个战场的状况，下达了对勇敢的奥军发起最后进攻的命令。
1809年7月6日上午，法军开始进攻瓦格拉姆。数百门大炮一齐轰击奥军中央阵地。各军团在炮火掩护下奋勇前进。此时，英勇善战的达武军已突入奥军左翼阵地，并开始向瓦格拉姆方向进攻。左翼奥军顽强抵抗，终因伤亡过重，放弃阵地溃逃。奥军左翼溃败使奥军中央处于不利状态，法军中央部队和右翼部队乘势猛攻。欧仁命令麦克唐纳军团的26营人排成每边长达一公里的方阵，在左翼的帝国卫队骑兵团和右翼的铁甲骑兵团的配合下，冒着高温，踏着鼓点率先向敌中央阵地席卷而去。他的8；000人在几分钟里就伤亡了5；500人；尽管损失重大，剩下的2；500人最终还是突破了奥军的中心，后面的部队随之如潮水而来。奥军被迫全线撤退。下午2点，老将马塞纳的部队控制了已成一片废墟的埃斯林。欧仁的意大利军在乌迪诺和马尔蒙元帅强有力的支持下困死了瓦格拉姆的奥军。战果辉煌的达武军仍在右翼追击罗森伯格军。下午4时，从一开始在人数上就占劣势而一直顽强抵抗的查理大公得知他望眼欲穿的弟弟约翰大公的部队还在10多公里之外，大失所望。傍晚时分，查理大公接受战败的事实，下令奥军有次序地撤出战场。战场的西面，多瑙河的对岸，维也纳人站在哈布斯堡王朝首都古老的城墙上，手持望远镜观看着河对岸悲惨的场面，至少他们都能闻到硝烟和瓦格拉姆村庄麦田焚烧的焦臭。法国炮台的大炮因担心伤及越过田野追击奥军的自己人，已经停止了轰鸣。查理大公的部队又一次退进波希米亚山区。至此，他的以弧形防线围歼法军的计划已基本失败，他虽已将法军诱进了网里，但无力拉网，网底反被法军打穿。拿破仑这时才意识到自己已经获得了瓦格拉姆战役——军事史上非凡的战役——的全面胜利。
疲惫不堪的法军已经无力继续追击逃跑的奥军，就连拿破仑自己在连续不断地指挥作战之后，精神和肉体上也相当的疲惫了。他的军队已经无法再战，站着的士兵会突然倒地而卧，伤员会突然死去。如果奥地利人有一个更加自信的指挥官，形势可能会向完全不同的方向发展，虽然查理大公的基本作战方案无懈可击，但他缺乏个性和自信。
瓦格拉姆一战，奥军死伤32；000余人，被俘7；500余人，其中747名是军官（4名将军），失去了20门火炮和一面军旗，综其损失仍不亚于奥斯特里茨战役。而法军伤亡32；500人，被俘7；000人。事实上，法军伤亡的人数可能还要高得多。死伤中有1；866名军官（包括30多名将军），外加失去12面军旗和21门火炮。可见法军付出的代价极其高昂。
拿破仑以前从来没有在战斗中损失过这么多的火炮和军旗，拿破仑从来没有损失过这么多的高级军官，他以前也没有剥夺过自己元帅的权杖——而且是在大敌当前的战场上！在他的军事生涯中，这是第一次在战场上遇到了强劲的对手——如果查理大公能够保持埃斯林和阿斯佩恩的势头，瓦格拉姆战役的结局将和前面战役的结局一样。在瓦格拉姆战役中，查理大公集中兵力打击法军左翼，致使法军付出沉重的代价——他使得法军中少了一位名叫贝纳多特的元帅，可是他却使法军中增加了一位名叫麦克唐纳的元帅。的确，除了贝纳多特之外，法军将领在瓦格拉姆战役中的表现都异常突出。可是，从另一方面看，却有成千上万的法国、意大利和德意志的新兵，在战火中被打得退下阵来，在刺刀的威逼下不得不走向死亡。瓦格拉姆战役在很多方面都是一场不同寻常的战役，法军虽然在战术上取得险胜，代价却过于沉重。拿破仑的许多无法替代的高级将领在战役中捐躯，包括德埃斯帕内、伊莱尔、拉萨尔以及自意大利战役以来就一直跟随拿破仑左右的拉纳元帅。
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第三十章瓦格拉姆（3）
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7月8日，马塞纳、马尔蒙、乌迪诺和达武按照命令搜寻退却的奥军，追兵和奥军后卫发生激战；伤亡人数继续增加。7月10日，马塞纳发现了组织依然良好的奥军主力，发生激战，查理大公招架不住，奥军四散溃逃。7月11日，查理大公派出使者要求停战。次日早上，马塞纳和查理大公在停战文件上签了字。
弗朗西斯皇帝再次蒙受成为法国手下败将的耻辱，不得不放下武器再次求和；为此，他一气之下解除了他的弟弟查理大公的职务，虽然这个职务没有任何其他人可以替代。
战争结束了。处理了安顿伤兵等战后事务之后，拿破仑和他的副官、侍从一起回到了肖恩布鲁恩宫，对整个战役进行分析，并起草与奥地利的和平条约。
和弗里兰德、艾劳、耶拿、奥尔斯塔德和奥斯特里茨等所有战役一样，瓦格拉姆战役有它另外的一面，也就是军医和伤员所看到的一面。
克莱贝尔在埃及战役之后就总结过：“将军（指当时的拿破仑）每天要消耗6；000人的生命！”“皇帝拿破仑对人命毫不珍惜。”一个多世纪后的两个历史学家都不约而同地这样评论拿破仑。拿破仑在这场有名的战役之后想到尸横遍野的战场，也对约瑟芬承认道：“这是战争中最不好的一面。看到如此众多的牺牲者，真是令人悲伤和感动。”可是，在艾劳战役中发生可怕的大屠杀之后，他不着力谋求和平，却继续发动另一场战争。拿破仑在对一场接一场的屠杀渴求中有一种极其病态的施虐和受虐狂的欲望。一场大屠杀后照例是泪流满面地来到枪炮声逐渐消匿的战场上，面对遍地哀鸿，痛悔不已。眼望血流成河的战场，他的确心如刀绞，但是这种场面又的确是他的生活中不可或缺的，哪怕这种场面意味着可能危及他自己存在的危险的临近也无妨。“我手下有30万人可以为我去死！”在一场大战后他曾经这样对沙皇亚历山大吹嘘道。
“一旦我们伟大的皇帝开始前进，必将势不可挡；一切敢于阻挡他的敌人都将被车轮压得粉身碎骨。”
拿破仑对伤兵的护理问题也不甚重视，即使军医官拉雷年复一年地再三要求，他仍然拒绝成立固定的军医团。“根本就谈不上什么医疗救护！”连不怕死的达武元帅在第一次多瑙河战役后也这样抱怨。苏尔特军团的另一位军医德埃拉尔德这样回忆道：“在奥斯特里茨战役的前夜，拉雷先生居然连绷带都没有，他要求我给他一些绷带；我只有一些纱布和擦拭大炮的棉布，但只够四五百伤员使用，此外就只有两箱截肢用的医疗器械了。”这是在一场有9；000多法军伤亡的战役之前的情况，这些伤员遭到了拿破仑的抛弃。当军医拉雷的朋友、另一名军医皮尔·弗朗索瓦·佩尔什向拿破仑呈报健全战地医疗救护的计划和要求时，拿破仑既不支持也不赞赏。“我恳请陛下允许我斗胆告知，您对佩尔什提出的计划的回绝使整个军医队遭到了沉重的打击。”军医让·巴蒂斯特·图里奥在弗里兰德大战前9天对拿破仑抱怨道。军医界一片悲叹。许多军医因而不愿在军中继续服务，有60名军医在战前被自己所看到的极差的医疗情况吓坏，不约而同地纷纷逃回法国。
1809年4月13日，拿破仑终于下令成立军医团，总共包括1；250名军医和护理人员（全是男性）。虽然拿破仑可以在一个月内将布伦的军队调集到莱茵河畔（徒步行军），可直到瓦格拉姆战役前夕，即宣布成立军医团3个月后，军医团仍然是一纸空文。拿破仑的命令总是得到雷厉风行的贯彻，这个命令却是个例外。
1809年3月，拿破仑命令在西班牙组织急救队从马德里出发，6月27日才到达维也纳，对于5月的阿斯佩恩和埃斯林之战中的大量法军伤亡者毫无作用。在该战役中，拉雷几乎是独自一人为所有的伤员做手术，有1600名伤员因救治不及时而死亡（在西班牙甚至连一名军医都没有了）。正是在这次战役之后，拿破仑的军队将罗堡岛改名为“悲惨岛”。
1809年7月17日，瓦格拉姆战役后的第11天，军医官图里奥给拿破仑写信指出，野战医院缺乏基本的医疗条件，当他从西班牙回到罗堡岛时，感到“从医疗的角度，这里除了军医的献身精神以外一无所有”。而军医中只有少数人在医药学校或医院受过正规训练，大部分人即使在民用医院也是不合格的。
在埃斯林，军医尽一切努力在露天为伤员做外科手术。为了保护伤员免受日晒雨淋，他们在河边用芦苇秆搭起披屋，屋顶上盖着从死人身上剥下的大衣。“伤兵忍受着饥渴的煎熬”，由于缺乏食物，骑兵的战马被屠宰，并用死去士兵的盔甲打造成锅盆进行烹煮，因为野战医院里连食具也十分缺乏。至于水，只能喝多瑙河水。“军医眼看大量做过手术的伤员死于破伤风，因为他们的绷带是用肮脏的擦拭大炮的棉布做的。”大量的伤员都没有病床，只能躺在泥泞潮湿的地上。
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第三十章瓦格拉姆（4）
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“对于这样一支庞大的、组织复杂的军队，”图里奥继续说道，“不仅缺乏医疗条件，而且连最基本的生存条件都不具备。我斗胆地告知陛下如果佩尔什的成立军医团的建议能够得到实施，将会挽救多少人的性命啊！”“（在瓦格拉姆战役中）我们尽了自己的最大努力……但是，随着炮火的持续轰炸，伤员的人数急剧增加，（野战医院）很快就人满为患了……结果，医院的次序大乱。我曾看到一位切断手臂的中校躺在一堆粪肥和乱草里——而普通士兵的遭遇更是惨不忍睹！”
没能送进医院的伤兵只能无望地躺在他们倒下的麦田里。7月的炎炎烈日使很多这样的伤员死于饥渴，几天之后，田野里仍