一年之后，轩辕与蚩尤同时给对方下了战书，约定三天之后在“逐鹿之野”一决胜负。
三天时间一晃过，轩辕和蚩尤在“逐鹿之野”相遇了，蚩尤狂妄地笑道：“轩辕小子，想不到你竟然有此勇气，竟敢给我下战书，今天我们就来一决生死，看人皇之位归属于何方。”
轩辕坐在战车上，傲然屹立地道：“蚩尤！你生性残暴，诛杀无度，为争人皇之位不惜加兵于天下，使天下万民受刀兵之灾。”
“天下万民苦之久矣，我今天就代天行道，必诛你于剑下，如不成功，定教我死无葬身之地，永不入轮回！”
轩辕发下此宏愿，天地马上有了感应，人皇可是天下龙脉所定的，要是人皇不幸丧于人手，天下龙脉也必定受损，为了不人皇遭到不则，天地间的龙气都都聚集在轩辕周围把他的实力提高了一层，竟然达到了太清玄仙的境界。
轩辕不由精神大振，对付蚩尤也更有把握了，龙气震荡，部下们也一样士气大振，了隐隐有盖过蚩尤部队的气势。
蚩尤脸色一变，虎魄魔刀一指，部下们马上“嗷嗷”地狂呼起来，向轩辕的部队扑过去。
轩辕凛然不惧，手中“轩辕剑”一挥，弓箭像雨一般飞向蚩尤的部队，饶是蚩尤的部队被巫术改选过身体也一样被射成刺猬。
因为轩辕部落的人已经掌握了青铜的使用方法，他们的箭头都是用青铜造的，蚩尤的部下被射死不知多少。
蚩尤脸色一变，对身边的八十一个兄弟道：“兄弟们，现在是你们建功的时候了，给我把轩辕小儿拿下来。”
八十一个巫人道：“诺！”
他们都变成兽头人身的怪物，这些巫人都是铜头铁额，手枪不入的，轩辕部落的人根本不无法用箭射入他们的身体。
他们杀入轩辕阵中，轩辕所部一下子就乱了阵脚，鸡飞狗跳，死在他们手中的人不计其数，血流成河。
那八十一个人越杀越兴奋，他们平常就以杀人为乐，现在那么多“猎物”在眼前，他们兴奋得不得了。
轩辕大怒，提着轩辕剑在阵中追赶他们，每剑落下，必有一个巫人伤在他的剑下，其他的将领也没有闲着，他们也各自找了对手厮杀起来。
其中以应天最为厉害，他虽然两手空空，但他的一对手比先天灵宝还要厉害，每一爪必可伤到一个巫人。
这些巫人不过天巫（大罗金仙）修为，而应天却是太清玄仙后期，就要斩去一尸的人，对付他们根本不是一个层次的，他杀起人来竟然不比比轩辕慢。
八十一个巫人被他们一阵冲杀，回到蚩尤营里的竟然不足十人，蚩尤大怒：“轩辕小儿，竟敢杀我兄弟，气杀我也，我要杀了你为他们报仇。”
随着他的咆哮，他从怀里拿出十二面三寸小旗来，迎风一展，化为百丈大旗，上面画有十二祖巫的神像，威风凛凛。
此旗一出，阴风阵阵，煞气盈天，一股弥天杀死从旗上传来战场上的人都不由自主地齐齐打了一个冷噤，整个战场都被这股杀气笼罩住了，把两军对垒的杀气都盖了下去。
轩辕不沉脸色大变，长长地嘘了一口气道：“好厉害的大阵，这恐怕就是上古时期巫族的镇族大阵――‘都天神煞阵’了。”
“哼，你有大阵我就没有了么，来人，摆‘周天星辰大阵’，我今天倒要看看是‘都天神煞大阵’厉害，还是‘周天星辰大阵’厉害。”
轩辕部下的三百六十五名精英马上摆出一个阵来，上应周天星辰，把天上的星星的力量都牵引过来，大阵慢慢转动，好像周天星辰在运行一样，玄奥无比。
蚩尤“咦”了一声道：“我道你怎么有勇气给我下战书，原来是倚仗着这个大阵，哼，天上的家伙们也闲不住了吗，那么我就斗一斗这‘周天星辰大阵’好了。雪一雪我们巫族当年的耻辱，不知你能发挥出这个大阵多少成的威力呢，希望不要让我失望啊。”
轩辕道：“就算我只能发出一成威力也对付得了你。”
蚩尤经不起激怒，气得“哇哇”大叫道：“不知死活，本来还想让你多活一会儿的，既然你如此狂妄，那我现在就送你入轮回吧。”
只见蚩尤黑旗一展，阴风呼啸，十二杆旗杆中间竟然慢慢地形成了一个黑影，黑影很快就成形了，正是蚩尤的头面，但却：人身牛蹄，四目六手，正是蚩尤的巫体。
这个巫体是蚩尤的的元神融合祖巫精气化成的，他口中发出一种野兽般的吼叫声，向轩辕扑过去，轩辕的部下组成的“周天星辰大阵”把他挡住了。
两组人厮打在一起，真杀得天昏地暗，日月无光，山河破碎，然而蚩尤的巫体却总是出不了星辰大阵的包围圈。
蚩尤一咬牙，直冲入两阵中，把身体与巫们合在一起，威力顿时大增差点把周天星辰大阵给打破了。
他的人身与巫体结合在一起，一身实力已经达到的祖巫的层次了，周天星辰大阵竟然有挡不住他的迹象，一路向轩辕杀过来。
广成子脸色一变，对阐教众仙道：“各位师兄弟，该轮到我们出手了，一定不能让他伤到人皇，不然我们阐教以后就没有面子见人了。”
云中子等人齐齐点头，取出法宝来，配合“周天星辰大阵”攻击蚩尤，把劣势扳了回来。
蚩尤这边剩下的三个大巫怒喝道：“好不要脸，竟然那么多人攻击我们的大王，大家冲啊，杀光他们，都上去助大王一臂之力。”
蚩尤的手下齐动，广成子、云中子、南极仙翁急忙分出身来，一个敌住他们一个，其他人继续战蚩尤，应天和阐教的其他十一个人名攻一支黑旗，那些小虾小鱼就交给轩辕部落的人对付了。
这场大战一直持续了三天三夜，最后阐教众仙终于破了蚩尤的“都天神煞大阵”，应天在魃的帮助下终于把蚩尤给俘虏了。
这让阐教的人大为生气，他们拼生拼死，最后最大的功劳却让一个名不经传的小子得了，但是应天是伏羲之子，他们也不敢迁怒于他。
逐鹿之战以轩辕这一方的胜利结束了，蚩尤成了轩辕的阶下囚，被应天用“缚仙索”拿了去见轩辕。
轩辕大喜，差点想把魃许配给他，应天忙不迭地摇头道：“这是我的本份之事怎么当得起陛下的赏赐呢，还请陛下收回成命。”
开玩笑，魃可是妹妹的女儿，要是许配给他，这关系不知要怎么算了，到时候父亲可又要大发脾气了。
轩辕无奈，只好作罢，召来大家开了一个大会，商量应该怎么样处置蚩尤，大家一致表态道：“杀了他吧，要不他以后肯定还会作乱的，到时谁吃得消。”
大家都被蚩尤的战斗力吓怕了，谁也不想再来一次，此次大战人人都带伤，要是再来一次可不得了，他们都怕了。
没有了“都天神煞旗”的蚩尤重新变回了一个天巫，只有太乙金仙的实力，而且被众仙镇住了元神，一身力量都使不出来。
他现在已经不能保持着巫体的样子，变回了人形，看到轩辕来了，裂开血盆大嘴狞笑道：“轩辕小儿，你不过靠着别人的帮助才赢得了我，要不是他们，你想赢我只是痴心妄想而已。”
轩辕道：“蚩尤，你还不明白你为什么会输吗，因为你太过残暴了，所以人心背离，你看看，自你被我抓住以后，你的部下们马上就投降了九成，剩下的一些已经成不了什么气候了。”
蚩尤冷笑道：“那是他们听信了你的鬼话，让你蛊惑了，要是我们再战一场，我一定不会输给你的。”
轩辕道：“你没有机会了，我不会再与你战斗了，这天下已经因为我们之间的战斗而满目疮痍了，是应该还天下一个平静的时候了，你觉悟吧。”
轩辕命人把被“缚仙索”困得像个粽子一样的蚩尤抬校场上，命人砍下他的头。
然而刽子手们无论用什么刀都不能砍伤蚩尤的皮肤，青铜做的大刀砍在他身上比砍在石头上还要吃力，真砍得火星乱冒，刀都砍卷口，蚩尤还是毫发无伤。
轩辕又命人对蚩尤处以“五马分尸”之形，然而五马御前龙马也奈何不了蚩尤，反而被他拉了回来。
蚩尤哈哈大笑道：“轩辕小儿，你想弄死本王，没那么容易，有什么手段都使出来吧，本大爷一并接了。”
轩辕不由大为头痛，人抓住了却无法用刑，这怎么办，蚩尤的身体经过祖巫精气的淬炼，虽然力量被封，但硬度还是及得上祖巫之体的，众仙的法宝也奈何不了他。
正在众人头痛的时候，应天道：“陛下真是‘骑马找马’，在场之中最厉害宝贝就是您手中的轩辕剑啊，此剑当年名曰‘屠巫剑’正是巫族的克星，用它必可斩蚩尤。”
轩辕不由心中大喜，以轩辕圣剑斩下了蚩尤的首级和四肢，封印在天地四极，蚩尤既没，天下太平，上天降无量功德，破蚩尤有功的人都得了一份。
众仙回洞府之中修炼去了，人皇轩辕功德还没有完满，继续留在人间教化万民，轩辕为天下作出了巨大的贡献，被后世的人称为“人文始祖”。
（以下只是资料，不计入字数）
在精神文明上：发明历数、天文、阴阳五行、十二生肖、甲子纪年、文字、图画、著书、音律、乐器、医药、祭祀、婚丧、棺椁、坟墓、祭鼎、祭坛、祠庙、占卜等。
在政治文明上：建立古国体制：划野分疆，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，全国共分九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德（官名）共120个官位管理国家。对各级官员提出“六禁重”，“重”是过分的意思，即“声禁重、色禁重、衣禁重、香禁重、味禁重、室禁重”，要求官员节简朴素，反对奢靡。提出以德治国，“修德振兵”，以“德”施天下，一道修德，惟仁是行，修德立义，尤其是设立“九德之臣”，教养百姓九行，即孝、慈、文、信、言、恭、忠、勇、义，进行思想道德建设。在使用人才上，访贤、选贤、任能，因才使用。实行以法治国，设“礼文法度”、“治法而不变”，命力墨担任法官、后土担任狱官，对犯罪重者判处流失，罪大罪极者判处斩首等。
在物质文明上：史书记载，黄帝在农业生产方面有许多创造发明，其中主要有实行田亩制。黄帝之前，田无边际，耕作无数，黄帝以步丈亩，以防争端，将全国土地重新划分，划成“井”字，中间一块为“公亩”，归政府所有，四周八块为“私田”，由八家合种，收获缴政府，还穿土凿井。对农田实行耕作制，及时播种百谷，发明杵臼，开辟园、圃，种植果木蔬菜，种桑养蚕，饲养兽禽，进行放牧等。缝织方面，发明机杼，进行纺织，制作衣裳、鞋帽、帐幄、毡、衮衣、裘、华盖、盔甲、旗、胄。制陶方面，制造碗、碟、釜、甑、盘、盂、灶等。冶炼方面，炼铜，制造铜鼎、刀、钱币、钲、铫、铜镜、钟、铳。建筑方面，建造宫室、銮殿、庭、明堂、观、阁、城堡、楼、门、阶、蚕室、祠庙、玉房宫等。交通方面，制造舟楫、车、指南车、记里鼓车。兵械方面，制造刀、枪、弓矢、弩、六纛、旗帜、五方旗、号角、鼙、兵符、云梯、楼橹、炮、剑、射御等。日常生活方�