张鲁政权覆灭后，不仅巴蜀地区的五斗米道未被消灭，而且随着张鲁及其部曲的北迁，又把五斗米道传播到中国北方。
史载，张鲁投降后，曹操将他和家属带回北方，令居邺城，并封张鲁为镇南将军、阆中侯，邑五万，其五子也封侯，并让自己的子女与张鲁的子女互为婚配，结为姻亲。当时被迫北迁的不止张鲁一家，《三国志·；张既传》载，张鲁降后，‘太祖（曹操）拔汉中民数万户以实长安及三辅。‘而且北迁汉中民不止一次，继上次之后，杜袭留督汉中军事时，又‘开导‘汉中百姓‘出徙洛、邺者八万余口。‘张鲁及大批汉中教民被迫北迁到三辅（长安、洛阳、邺城）之后，他们利用曹魏政权宽待张鲁家族之机，在它实行限制、利用的宗教政策夹缝中，或明或暗地向社会下层和上层传播五斗米道。经历曹魏和西晋，至东晋时，五斗米道取得了很大的发展。主要表现是在许多豪门士族中有了信徒，出现了许多著名的天师道世家，如琅邪王氏、孙氏，陈郡谢氏、殷氏，高平郗氏，会稽孔氏，义兴周氏，丹阳许氏、葛氏、陶氏，东海鲍氏等。
《晋书·；王羲之传》载称：‘王氏世事张氏五斗米道，凝之弥笃。‘同书《殷仲堪传》称仲堪‘少奉天师道，又精心事神‘。
同书《何充传》亦称：‘郗愔及弟昙奉天师道，而（何）充及弟准崇信释氏。‘以上传记中，史家已称五斗米道为天师道，表明大概在东晋中期人们对该教派已作了这样的改称。有学者认为，‘五斗米道‘本是俗称，其教徒自称正一道或天师道，如东汉嘉平二年（173）所立《米巫祭酒张普题字碑》即有‘祭酒约施天师道‘之语。如此，在东晋中期世人改称其教为天师道，只是从其教内的称呼而已。
在以上众多的士族信徒中，钱塘人杜子恭是其重要首领。
他有很多弟子，其著名者皆出身江南世家大族。《南史·；沈约传》载：‘钱塘人杜子恭，通灵有道术，东土豪家及都下贵望，并事之为弟子，执在三之敬。‘沈约的高祖沈警即‘累世事道，亦敬事子恭。子恭死，门徒孙泰，泰弟子恩传其业，警复事之。‘杜子恭在世时，门徒众多，影响很大；死后，其天师道信仰为其子孙所继承。史载，其子运，运子道鞠，道鞠子京产，京产子栖，‘世传五斗米道不替‘。而且他死后很久，仍受人景仰。《南齐书·；孔稚珪传》称：孔稚珪之父孔灵产，在宋明帝泰始中罢晋安太守，随即隐居钱塘，每‘东出过钱塘北郭，辄于舟中遥拜杜子恭墓。自此至都，东向坐，不敢背侧。‘
史载杜子恭死时，将教事付弟于孙泰，后孙泰与其侄孙恩、孙恩妹夫卢循等，以五斗米道为旗帜，发动了一次规模巨大的武装起义。《晋书·；孙恩传》载：‘孙恩，字灵秀，琅邪人，孙秀之族也。世奉五斗米道。恩叔父泰，字敬远，师事钱塘杜子恭。……子恭死，泰传其术。然浮狡有小才，诳诱百姓，愚者敬之如神。‘孝武帝时，‘稍迁辅国将军，新安太守，……黄门郎孔道、鄱阳太守桓放之、骠骑咨议周勰等皆敬事之，会稽世子元显亦数诣泰求其秘术。泰见天下兵起，以为晋祚将终，乃扇动百姓，私集徒众，三吴士庶多从之。于是朝士皆惧泰为乱，以其与元显交厚，咸莫敢言。会稽内史谢輶发其谋，道子诛之。‘孙泰死后，弟子孙恩继之，于隆安三年（399）袭会稽，江东八郡，‘一时俱起，杀长吏以应之，旬日之中，众数十万。‘‘于是恩据会稽，自号征东将军，号其党曰‘长生人‘。……朝廷震惧，内外戒严。‘后孙恩攻临海失败，赴海自沉。其妹夫卢循领其众继续战斗，又经若干年，至安帝义熙七年（411）广州战斗中失败，卢循投水死，起义最后结束。尽管后世史家对这次起义的评价各不相同，但都一致承认它是受五斗米道影响下的起义，因而它是五斗米道发展史上的一件大事。
可见，张鲁政权覆亡后，五斗米道（即天师道）不仅未被消灭，反而从巴蜀一隅发展到北方、南方，成为全国性的大教派；教徒成分，除有众多下层群众外，又有不少豪门士人。应该说，两晋是五斗米道的深入发展时期。但也逐渐暴露出一些亟待解决的问题，最主要者有二：（一）与封建统治者的关系。五斗米道原起自民间，主要成分是下层群众，早期经书中即有一些批评社会不公、要求改变不合理现状、建立太平世界的言论，如以‘三天正法‘战胜‘六天故气‘（邪气）等。因此在社会矛盾尖锐时，五斗米道常成为发动起义的旗帜。在太平道组织黄巾起义时，汉中的五斗米道徒张修起而响应；西晋李特、李雄通过起义建立成汉割据政权；东晋孙恩、卢循起义更是加速东晋灭亡的大事件。至于以所谓老君化名李弘发动的起义，更是‘岁岁有之‘。所有这些起义不能不使五斗米道和封建统治者的关系处于紧张状态。（二）
组织涣散，科律废弛。建安二十年，张鲁降曹，随曹操回到北方，次年卒于邺城。此后，五斗米道失去统一领导，各级道官、祭酒各自为政，随意‘置职‘和‘授箓‘，组织十分紊乱；原有的制度和戒律也被废弃，道官乱收道民财帛，道民不去师治赴会等现象，十分普遍。
因此，南北朝初年，世家大族出身的寇谦之和陆修静，分别在北方和南方对天师道进行整顿和改造，以求问题的解决。
寇谦之在北魏初年，宣称太上老君授他天师之位，赐以《云中音诵新科之诫》，命他宣此《新科》，‘清整道教‘。清整的重点就是调整天师道与封建制度的关系，制止天师道徒利用天师道‘犯上作乱‘，使之与封建制度相适应。他对过去已经出现的各次起义，包括多次的李弘起义，严加斥责。称他们是‘父不慈、子不孝、臣不忠‘的‘愚人‘和‘恶人‘，犯了亵渎太上老君、叛逆君父的大罪，‘当疫毒临之，恶人死尽‘。
表示坚决制止同类事件的继续发生，为此要‘以礼度为首‘，即用儒家礼法改造天师道，用臣忠子孝的原则充实它的戒律，使之完全符合封建制度的需要。其次，要‘除去三张伪法，租米钱税，及男女合气之术。‘还要整顿组织，加强科律等。经过寇谦之整顿、改造后的天师道，史称北天师道。南朝宋道士陆修静在南方也对天师道实行了整顿和改造，据《陆先生道门科略》记载，其重点是组织整顿。提出整顿二十四治，健全‘三会日‘和‘宅箓‘制度，以及严格实行道官按功升迁制度等。经过陆修静整顿改造后的天师道，史称南天师道。
天师道在南北朝经过寇、陆二人的整顿和改造后，发生了重大变化。主要是摒除原来它所包容的某些反映下层群众要求、有违封建礼制的成分，增添了儒家伦理纲常的内容，使它由一个民间宗教变成符合封建统治阶级需要的士族宗教。
与此同时，其组织得到相应的整顿，教规、教仪得到一定充实。自此以后，天师道进入一个新的历史时期。
经寇谦之改革后的北天师道，得到北魏统治者的大力支持，在北魏境内大为兴盛。《魏书·；释老志》载：太武帝‘崇奉天师，显扬新法，宣布天下，道业大行‘，并‘起天师道场于京城之东南，重坛五层，遵其新经之制。给道士百二十人衣食，斋肃祈请，六时礼拜，月设厨会数千人‘。太延六年（440），太武帝听从寇谦之建议，改元太平真君。三年（442），太武帝‘亲至道坛，受符箓‘。此后北魏历代皇帝即位时，都至道坛受符箓，成为定制。太和十五年（491）秋，孝文帝元宏因京城‘里宅栉比，人神猥凑‘，下令将原在城内的道坛迁至南郊。六世纪中期，北魏分裂为西魏、东魏，分别迁都洛阳和邺城，各将天师道场迁至新都，崇奉天师道如故。不久，高氏取代东魏建北齐，字文氏取代西魏建北周。天师道在北齐曾一度遭取缔，但在北周却继续受到支持。
经陆修静改造后的南天师道，亦有相当发展。主要表现是两晋时期天师世家的子孙仍继续奉道。如杜子恭的玄孙杜京产及子栖，仍‘世传五斗米道不替‘。《南齐书·；高逸传》载：
‘京产少恬静，闭意荣宦，颇涉文义，专修黄老。‘《南史·；隐逸上》称其子杜栖亦续奉天师道，至于萧梁之世。另一天师道世家会稽孔氏，至孔灵产时继续奉道，他在宋明帝泰始中罢晋安太守后，有隐遁之怀，‘宋明帝于禹穴之侧立怀仙馆，诏使居焉。‘此外，南郡枝江人刘凝之，于宋文帝元嘉（424～453）年间，‘居衡山之阳，采药服食，受天师化民之道‘，而‘王公赠遗，一无所受‘。
隋统一全国后，南北天师道合而为一。但直至唐代，史书缺乏记载，情况不明。唐代中后期，张陵子孙在江西龙虎山续传天师道，逐渐形成传播中心，世称龙虎宗。从此结束其早期发展历史，而进入新的发展阶段。
净明道
净明道是宋元间在南昌西山兴起的一个道教派别，由灵宝派分衍而成，全称‘净明忠孝道‘。该派尊奉许逊为祖师，称其法箓出于许逊之传。据称许逊于西晋太康（280～289）年间曾任旌阳县令，故人称许旌阳。后弃官返归乡里，以南昌西山为中心传道。其主要弟子有吴猛、时荷、甘战、周广、陈勋、曾亨、盱烈、施岑、彭抗、黄仁览、钟离嘉。世称许逊及其十一弟子为十二真君。
许逊死后，其后代在西山许宅立游帷祠，后改为观，继续传道。隋炀帝时，‘焚修中辍，观亦寻废‘。至唐永淳（682～683）年间，道士胡惠超重建。北宋历代皇帝皆尊崇西山道教。大中祥符三年（1010），将西山游帷观升格为玉隆宫，政和二年（1112）诰封许逊为‘神功妙济真君‘，吴猛等十一人为‘真人‘，加赠玉隆宫为玉隆万寿宫。宋王朝敕令：禁名山樵採，免除玉隆宫租赋徭役。黄庭坚等二十六位文官相继担任玉隆万寿宫提点、提举、管局、主管等职。
南宋初，由于民族矛盾尖锐，兵连祸结，生灵涂炭。玉隆万寿宫道士何真公根据客观形势，宣称绍兴元年（1131）八月十五日，许真君‘自天而下‘，降临玉隆宫‘降授《飞仙度人经》《净明忠孝大法》，……建翼真坛，传度弟子五百余人，消禳厄会，民赖以安‘。何真公假托许逊降授经典，建立了五百人的庞大教团，实为这一道派的形成之始。但何真公一系的净明道传承未久，似即湮没无闻。
至宋末元初，西山道士刘玉又重新进行创教活。据《西山隐士玉真刘先生传》载：元世祖至元二十年（1283），刘玉二十五岁，自称遇西山道士胡惠超，胡告知‘净明大教将兴，当出八百弟子，汝为之师‘，刘玉遂在孝行里立腾胜道院，以善道劝化，自至元二十年（1283）至大德元年（1297）的十四年间，自称先后得许逊降授《玉真灵宝坛记》《中黄大道》《八极真诠》；郭璞降授《玉真立坛疏》；胡惠超降授道法和三五飞步正一斩邪之旨，另行开创净明道。
刘玉开创的净明道以许逊为第一代祖师（旌阳公一传），刘玉为第二代传人（旌阳公二传）。元至大三年（1310），刘玉去世，传法于黄元吉，为旌阳公三传。黄元吉于西山造玉真、隐真、洞真三坛以授弟子，并在至治三年（1323）挟其学游于京师，‘公卿士大夫