除了这架飞机之外，贝腾豪森工厂同时还制造了2架试验机。后来为了测试一些改进项目，工厂又追加生产了2架。其中5号试验机Fi156V5成为Fi156A…0先期生产型的1号机（机体涂D…1JFN标记）。为了适应寒带地区的使用，4号试验机Fi156V4安装了滑橇，在冰雪地面进行测试。除了军用型之外，菲泽勒公司还为德国的航空迷们设计了民用的运动型号——Fi156B。民用型的前缘缝翼从固定式改为活动式，最大速度和续航能力都有所提高。
自先期生产型之后，贝腾豪森工厂开始生产第一批正式的生产型飞机Fi156C…1。该型号虽然只有两个座位，但是在座舱后部有预备的第三个乘员的座位。通常在这个座位上放置的是用于航空侦察的照相设备。由于设计出色，其拥有超强的短距起降能力。在正常起飞重量下，该机起飞滑跑距离小于40米！如果能迎风起飞则还可以缩短！而在无风状态下，该机着陆滑跑距离仅40米。第二批生产型Fi156C…2将第三个乘员的座位固定下来，这样就不能搭载航空侦察用的照相设备了。
在德国空军下达订单之后，贝腾豪森工厂的月生产量定在15到20架，计划到1939年末生产340架。然而在1939年夏，为入侵波兰进行的军事准备活动改变了原定的生产计划，作为德国空军三种重点生产的侦察/观测/联络机之一（另两种是Bf108和Fw189），Fi156的生产将在1939年底之后继续，以****战争的需要。
除了德国空军之外，瑞典空军也购买了Fi156。1938年夏天，首先购买了2架用于测试，随后在1939年又追加采购了6架。
◎ 战争应用和变型机
1939年9月1日，德国突然入侵波兰，第二次世界大战爆发。这是Fi156参加的第一次战斗。由于德国空军压倒性的优势，所以战场的制空权完全在德国军队的掌握之中。但是，波兰人的地面防空火力对这种低速低空活动的飞机构成了一定的威胁。从开战第一天起，Fi156C…1就经常出现燃料箱被击中的情况。第三天，有2架Fi156C…1被防空火力击落。
波兰战役结束之后，德军对Fi156的表现还是相当满意，不过因为乘坐该机执行观测任务的通常是指挥官一类的干部，因此需要一定的防御装备。首先是在战争中经常被击中的燃料箱实现了防弹化，接着是发动机下部安装了防弹钢板。由于增加了不少额外的重量，因此原有的短距起飞的能力有所下降。为了解决这个问题，就必须增加发动机功率。很快，菲泽勒公司推出了Fi156C…3型。它改装输出功率270马力的AS10P…1型发动机，还在机体后部增装1挺MG15 7。92毫米旋回航空机枪，可用于自卫。以上大部分的改进都是为了增加对地防御，这是因为以往战斗中德国空军一直掌控绝对制空权（这种情况直到1940年4月入侵北欧国家行动成功为止）。此外，在执行远程或长时间任务时，C…3型还可在机腹挂一个容量100升的副油箱。
1940年5月10日，德国对西欧发起进攻。在这次战斗中，面对法国空军和英国皇家空军，德国空军的优势就不再如此明显了。在激烈的对抗中，Fi156损失的数量大大增加，不仅是被地面炮火击落，还有不少是遭到对方战斗机的攻击而损失的。当然，也有因为机械故障或者受伤等原因迫降在对方一侧而被飞行员破坏的记录。
在这个阶段，一种新的，用于输送伤患的变型机登场了，它就是Fi156D…0。这种飞机是在Fi…156C…3的基础上改进而成。设计者将Fi…156C…3的机舱左侧上方打开一个大的开口，从这里可以塞进担架。在机舱后部，总共可以安置2台担架，或者1台担架和1名看护员。1940年夏天，这种飞机正式开始生产，并进入部队服役。
另外还有一种可用于反潜攻击的变型机Fi156U在1940年夏天进行了试验，不过似乎没有投入服役。这种型号安装了与Ju87相同的莱比C/12D俯冲轰炸瞄准器，在两翼下方和机腹位置可各携带1枚50公斤****，能以60度的俯冲角实施攻击。
1941年，德国介入北非争夺战，Fi156也随部队进入北非。由于沙漠地区的特殊环境，因此进入北非的Fi156都进行了改装，安装了带防沙网的过滤器、大型化的滑油冷却器以及相对应地加加了滑油储备箱。这种新的型号被称为Fi156C…3/Trop，实际于1940年底改装完成，并开始生产（这说明德国人至少在意大利人在北非失利之初就做好了介入北非战事的准备）。同时，其他的进行相同改装的变型机还包括撤去航空机枪的Fi156C…5/Trop，用于伤患运输的Fi156D…1/Trop。
1941年6月22日，德国开始进攻苏联。由于苏联战线长，作战地域广阔，有大片的沼泽和森林，道路又经常泥泞不堪，所以Fi156有了极大的用武之地。除了担负以前的侦察、联络和弹着点观测的任务之外，还积极投入到救援己方飞行员的行动中。虽然后者不是该飞机的首要任务，但是许多空军飞行员因此得以生还或回到部队。当然在救援时，Fi…156还是需要面对许多危险，首先就是在一个不熟悉的地方降落可能会遇到苏联地面部队或者根本降落的地方就是一处苏军的地雷场。此外，还可能遭到苏军为数不多的战斗机拦截或者防空火力的杀伤。就是这样，因为经验和技术，无论是驾驶这些飞机的飞行员还是Fi156本身都损失不大。
◎ 后期的生产
1942年，德军为了动员法国占领区的物质力量为其军事机器服务，在法国不少地区进行军工生产。其中为了补充前线Fi156飞机的损失，巴黎附近的莫雷…萨尼埃尔公司（就是设计生产MS系列战斗机的公司）下属的布托工厂开始生产Fi156。1942年，该工厂生产的第一架F
i156进入德国空军服役。在法国生产的Fi156被命名为MS500蝗虫。到1942年中，该工厂已经生产了121架Fi156。就在德国人准备实施增产计划的时候，在这个工厂里劳动的法国工人被隐蔽的地下抵抗组织所鼓动，破坏了工厂里的生产工具和部分材料，导致生产也暂时停滞下来。
而位于德国本土的贝腾豪森工厂在1943年接到了协助福克&；#183；沃尔夫生产Fw190型战斗机的命令（也有资料是说协助生产Bf109）。这是因为在盟军强大的空中力量面前，德国本土和占领区的防空任务越来越显得重要。到当年10月，德国本土工厂最后制造的2架Fi156离开了贝腾豪森工厂的生产线。随后，生产Fi156的生产线就被全部拆散，装上火车，分别运到法国和捷克斯洛伐克。生产线在法国莫雷…萨尼埃尔公司所属工厂和捷克斯洛伐克的姆拉兹工厂重新组装，进行生产。其中法国生产的Fi156仍称为MS500蝗虫，捷克产的则称为K65鹳。这显示德国将一些不太重要的军工设备转移到占领区，利用占领区的生产潜力，而集中本土的生产力生产更重要的军工产品。这些国外的工厂在盟军逼近时，都停止了生产。
◎ 解救墨索里尼
1943年7月25日，意大利法西斯头子贝尼特&；#183；墨索里尼被罢黜，随后被秘密押解到罗马东北120公里处的大萨索山看押。为了解救他，稳定南线战局，德国派出一支突击队，由著名的党卫军军官斯科尔兹内指挥。9月12日，他指挥10架（原定12架，2架因故未能起飞）DFS…230滑翔机在大萨索山顶降落，成功地将墨索里尼从意大利守卫的手中解救出来。随即斯科尔兹内用电台与阿奎拉机场联系，但是没有成功，于是无法确定营救用的飞机是否确实等在那里。他按备份计划呼叫一架轻型汉莎飞机在下面山谷的缆车站台附近降落，但是这架飞机在着陆时起落架受损，不能起飞。就在这时，斯科尔兹内只好呼唤附近空中盘旋侦察的一架Fi156，并让人清理降落场。每一个人，包括墨索里尼在内，都动手清除这块狭小场地上撞毁的滑翔机残骸和一些小鹅卵石。
这架Fi156是由德国飞行员格洛克上尉驾驶的，根据考证，这架Fi156是加大动力的C…3型。在稀薄的空气中，格洛克上尉以高超的驾驶技术，操纵飞机用几乎失速的速度侧滑进来，接着就在这块倾斜的着陆场上对着上坡，连滑带跳地停了下来。降落十分成功，机体也并没有受到损坏。
虽然飞机安全降落，但是要让墨索里尼乘这架飞机逃走却遇到了问题。格洛克上尉认为这架小飞机除了自己以外只能再装载一个人，根本不可能同时装下墨索里尼和斯科尔兹内两个“重量级”人物。但是，斯科尔兹内不想让别人分享已经到手的荣誉，他坚持一定要乘这架飞机一起飞走。经过协商，格洛克意识到这一胆大包天的怪人的后台一定是个强硬人物，于是勉强同意了这样的做法，三个人爬进了停在倾斜的着陆场边缘的飞机。（在这里，凭心而论，Fi156设计时就是可容纳二到三人。其中C…2可装载三人，而C…1也有预设的第三个坐位空间，所以从上面2种型号发展而来的C…3型携带三个人不是什么过于困难的事，关键是墨索里尼过于肥胖，斯科尔兹内也是体重90公斤的壮汉，一旦挤在一架Fi156上，超载就严重了。）
由于超载和场地太小，飞机不可能达到起飞所需的速度，必须想别的办法。格洛克让12名突击队士兵聚集在小小的机身周围，****抓紧机翼，叉开两腿，向后拉住这架飞机。格洛克踩着刹车，把发动机油门加到最大。当他放开刹车，发出了让12名士兵松手的信号后，飞机猛地向前一冲，然后就吼叫着向下坡滑去。飞机一侧起落架碰在一个大鹅卵石上，但是格洛克努力使飞机保持了平稳。未等完全加速，飞机就已滑离崖边，一头向山谷跌去。墨索里尼惊恐地捂上双眼。先俯冲是格洛克认为可行的唯一方法。飞机未充分加速而强行拉起，只能导致飞机失速坠毁，只有先让飞机向山底俯冲以获得飞行速度，才能有效地控制飞机。格洛克不愧是王牌飞行员，慢慢地，机头终于拉了起来，从来很少表扬人的斯科尔兹内也向格洛克伸出了大拇指。（在这里插一句，该机幸好是C…3型，如果换了C…1/2型，虽然短距起飞能力强，但动力不足还是可能因失速而出问题）
超载的Fi156飞机慢吞吞地继续飞行，当它到达普拉特克&；#183；马雷机场时，已快下午4点钟了。但是墨索里尼终于被安全地解救了出来，Fi156飞机成就了斯科尔兹内的“魔鬼的杰作”。
◎ 西线最后的损失
除了解救墨索里尼之外，Fi156还是西线最后一次空战的牺牲品。根据美方资料显示，来自美国陆军航空兵第5师的飞行员&；#183；弗朗西斯（Duanes Francies）和后座观察员威廉&；#183；马丁中尉（William Martin）在空中执勤时，发现一架Fi156位于自己飞机的下方盘旋寻找地面目标。于是，他们立即驾机俯冲了下去，接着用随身携带的柯尔特点45口径****射击（作者没能找到这架美机的型号，但从这里可以看出这架美机是架没有武装的侦察机或勤务飞机），将这架Fi156击落。两名德国飞行员成为美军的俘虏。这架倒运的Fi156除了成为德军在西线损失的最后一架飞机之外，还成为二战中仅有的一架被****击落的飞机。为此，美军的马丁中尉获得了飞行勋章，而他的搭档弗朗西斯却等了22年，直到科尼利厄斯&；#183；赖安的著作《最后的战斗》（The Last Battle）出版之后，他才获得空军补发给他的优异�