命令下达后，唐生智又以口头形式命令第87师、第88师、第74军和教导总队如不能全部突围，可用轮渡过江，向滁州集结。唐生智这一口头命令本意是为了能更多保存战斗力最强的****军嫡系精锐部队，也是为了给蒋介石一个交代。但是这样一来却使本来就已混乱的撤退更为混乱，上述各部自然不会向正面突围而选择从相对比较安全的下关渡江，而其友邻则不明就里，也跟着撤退。还有一些部队根本不按照规定时间开始撤退，有的会议刚一结束便开始撤退，有的甚至还未接到命令就已经自行开始撤退。在此之中，一些高级将领只是向所属部队打电话通知撤退，便不顾部队自己先行渡江，其中不乏德式师的指挥官，如原87师师长现71军军长王敬久、87师现任师长沈发藻会议结束后就没有回指挥部直接奔下关，教导总队队长桂永清回到指挥部将撤退事宜告之参谋长邱清泉后就脱离部队先行赶往下关，而教导总队第2旅旅长胡启儒不等会议结束就以先去下关与36师联系为由只用电话通知第3团团长代行旅长职责，自己先去了下关。
在撤退命令下达前，已有不少溃兵拥至挹江门，而驻守该地的36师因没接到撤退命令，仍执行原先戒严的命令，甚至出现面对溃兵如潮开枪制止的情况。更是加剧了撤退的混乱程度。撤退命令一下，失去指挥的部队纷纷沿尚还安全的中山路向下关撤退，挹江门左右两个城门洞已被堵死，只有中间一门可以通行，大队人马蜂拥争过，不少人被践踏而亡，其中甚至有在光华门指挥部队勇拒日军的教导总队第1旅第2团团长谢承瑞！下关码头的局面更是混乱不堪，各部队争相抢夺船只，不少船只因超载而下沉，更有一些人见无船可渡，便利用门板等漂浮器材自制简易泅渡工具渡江，结果多葬身江心。
卫戍司令长官唐生智率司令部人员于12日晚从下关乘坐小火轮渡过长江，36师利用驻守挹江门控制小火轮的便利，在司令部过江后也乘坐小火轮渡江，因此损失不大。
87师、88师和教导总队则没有36师那么幸运，大部没能渡过长江（留在城里的多成为南京大屠杀的冤魂），只有少数官兵历经辗转渡江归队。
装备德制轻型坦克的战车第3连除3辆在战斗中损毁，其余全部在撤退中丢弃损失。
最后终结
教导总队从南京撤退之后，在武汉收容零散官兵，补充新兵，以储存在后方仓库的武器进行重新武装。1938年1月，军政部将在淞沪会战中损失惨重的湘军系统的第46师进行重新整编，将该师部分官兵并入第11师与第61师，以师部及所剩下的官兵与教导总队的残部合编成新的第46师。至此，****军校教导总队番号不复存在。
合编之后的新第46师师长为原教导总队总队长桂永清，副师长李良荣（原航校特务团团长）和周振强（原教导总队副总队长）。第46师下辖第136旅、137旅和138旅，其中教导总队残部编成第138旅，由马威龙（原教导总队第3旅旅长）任旅长。2月桂永清升任第，师长遗缺由李良荣接任。
1938年5月下旬第46师在27军建制内参加豫东作战，日军第14师团集中全力猛攻27军在杨固集、双塔集一带的防线，27军此时既无士气也无战力，阵地很快被日军突破，桂永清竟不思反击反而率部退向开封，只是命令配属作战的88师接替106师防守兰封，88师师长龙慕韩竟步桂永清后尘于5月23日擅自放弃兰封，使日军不费吹灰之力进占战略重地兰封。德式模范师竟如此表现，实在令人痛心疾首！蒋介石闻讯后严令48小时内必须收复兰封。国军71军、74军、64军和27军全力反击，血战两天后于27日收复兰封，激战中46师再无昔日的赫赫虎威，三个旅长一死两伤（教导总队改编而成的138旅旅长马威龙阵亡），团长伤亡各二名，营长阵亡九名，全师伤亡达5000余人，却毫无战绩可言，收复兰封及周围要地的功劳均归于71军和74军。因此战后88师长龙慕韩被处决，成为抗战中第一个被处决的嫡系将领，桂永清和李良荣均被免职，第27军番号撤销，第46师仅剩3000多人，曾经显赫一时威风八面的教导总队基本已难觅其踪。46师的残部随着胡宗南的第17军团西撤，随后顺理成章地被胡宗南整编。1938年11月胡宗南系统的黄祖勋出任师长，下辖第136旅和第138旅。1944年1月该师划归第57军，1945年2月华南地区国军整编，第57军被裁撤，第46师也随之遭到裁撤的命运，所部官兵补入第54军第8师。
36师是参加南京保卫战的德式师中唯一建制完整的部队，但也因伤亡过重而调江西萍乡进行三个多月的休整补充。1938年5月豫东作战开始后即奉命参战，在开封地区作战中毙敌千余。1938年8月武汉会战中，36师终于不负厚望，创下了整个抗战期间最为辉煌的战功。
9月1日，36师在富金山及800高地展开，与第3兵团其他各部一起构成战线阻击由合肥迂回武汉的日军第2军。
9月3日，日军第13师团在飞机、坦克和炮兵掩护下突破了71军在新集子与石门口的警戒阵地后直扑由36师坚守的71军主阵地富金山。71军军长宋希濂就是36师的老师长，他深知富金山一线是整个战线的关键所在，一旦失守日军将长驱直入，乘36师的身后国军后续部队还在集结之中，还来不及组织有效防御之机直入武汉城下！因此可以说36师在富金山每坚持一天甚至一小时都是宝贵的！从当天上午10时，日军投入第26旅团主力，在24架飞机和全师团炮火支援下，向富金山猛攻不迭，均被凭险固守的36师击退。
日军攻击富金山的兵力从最初的一个联队逐次增加到整整一个旅团又四个大队，在飞机重炮的陆空一体火力掩护下，连日猛攻，36师利用富金山有利地形拼死坚守，与日军反复拼杀，予敌重大杀伤，未失寸土！
9月7日，日军第10师团攻占固始，并以一个联队的兵力南下攻击富金山以西的武庙集，严重威胁富金山阵地侧后。宋希濂立即将军预备队88师523团紧急调到日军南下必经之路的坳口塘设伏，予来犯之敌重创，迫其退回固始。而在富金山正面，日军后续部队第16师团已进至六安以西，第13师团解除了后顾之忧全力猛攻，从9日至10日，不分昼夜猛攻不止，36师浴血苦战，将日军的进攻尽数粉碎。日军第13师团从11日凌晨起，倾全力猛攻。战至9时许，从富金山与石门口的战线结合部突入，36师在师长陈瑞河的指挥下，抱必死之心进行逆袭，官兵奋勇拼杀，前赴后继，与日军白刃搏杀，战况殊为惨烈。36师迭经多日血战，虽得到88师一个团的增援，但在此死伤甚重的时候不过是杯水车薪，难以击退人数火力均占优势日军的如潮拥进，至下午16时，36师除富金山主峰制高点外，其余阵地全告失守。就在这样的紧急时刻，陈瑞河师长还是组织全师残部实施了最后一次强力反击，虽予日军极大杀伤，但36师所余兵员已不足千人，难以再战，因此宋希濂以61师从富金山右翼发起反击，抢占800高地至庙高寺一线，以掩护36师后撤，富金山至此方告易手。——36师坚守富金山九天九夜，以坚韧顽强的防御迟滞日军第2军的攻击，毙伤日军第13师团逾万人（其中第26旅团长沼田德重少将重伤，其所属四个联队长亡二伤二），为国军赢得了调整部署的宝贵时间，彻底粉碎了日军越过大别山迂回武汉的战役企图。因此9月14日蒋介石通电全国全军嘉奖：“……是则宋军陈师之壮绩，已获得超出之代价，尤其精神上足使敌确认我愈战愈强，抗战精神，历久弥增，令其气短。……”并号召全军学习36师的精神，“各奋英勇”，杀敌报国。宋希濂与陈瑞河双双获得华胄荣誉勋章。而德式师硕果仅存的36师此役从万余人锐减到800人，几乎损失殆尽，为德式师写下了最后的辉煌与荣光！36师里那些熬过了淞沪血战与南京保卫战的百战雄兵基本在富金山拼光了，装备精良训练有素，堪称中国历史上最接近现代化的德式师最后谢幕是如此的悲壮与辉煌，真正无愧于国家的栽培与重任！
此后的36师、87师和88师的番号依旧出现在国军序列里，但是昔日那支装备着全副先进德式武器，德国军事顾问一手培养，接受了先进军事思想理念的精锐之师，抗战全面开始仅仅一年之后就消耗殆尽了，其中在淞沪会战中未能一举肃清市区日军，痛惜之一；在南京保卫战中因为决策失误而毫无价值地损失在溃退中，痛惜之二！如果这支精锐部队能保存下来，在以后的战争，尤其是野战之中与日军堂皇对战，必能予敌重创大振军心！
尽管德式师的装备、训练、战术等综合战力在当时的中国军队里堪称翘楚，可是与世界各国相比还是有着较大的差距，充其量相当于德国的轻装步兵师。不过至少在落后的中国大地上还曾有过这样一支让人惊叹感慨的部队，已经能让我们在心底涌起一阵激昂，只是他们本可以创造出更为辉煌与光荣的战绩！
我们更不能忘却德式师在抗战初期闻义赴难，朝命夕至，作战之中有进无退，有死无生，其报国之忠，陷阵之勇，牺牲之烈，丝毫无愧于中国最精锐之师的赫赫声威！
附一：税警总团
在国军德式部队中还有一支比较鲜为人知而又特殊的部队，那就是不属于军队系统而属于财政部的税警总团。1932年组建，共有6个团的编制，总兵力约2。5万人，也是德式装备（和德式师一样，步枪主要是德制1924年式标准型毛瑟系列枪，轻机枪多是从进口的捷克ZB26，重机枪则多为马克沁二四式水冷式重机枪，****自然是名闻遐迩的7。63毫米毛瑟M1932，甚至还配备有“卡登&；#183；罗伊德”超轻型坦克，所需资金均由财政部支出）。淞沪会战中，税警总团参加了蕴藻滨、苏州河以南防御等战斗，几乎伤亡殆尽而遭裁撤，余部被编为第40师，隶属于第三战区。
原税警总团第4团团长孙立人从香港治伤回国后，以税警总团在淞沪会战中的5000伤愈伤员为基础组建财政部缉私总队，孙立人任队长，齐学启任参谋长。1939年缉私总队恢复税警总团番号，并在贵州都匀和四川五通桥等地重新进行整训，这一税警总团的名声要远比老税警总团响亮得多，人们印象中的税警总团就是指这支部队。总团长孙立人，副总团长齐学贤，参谋长何钧衡，下辖五个团又五个独立营以及直属特务团、学兵团等单位。
1941年，税警总团第2、第3、第4团和直属队改编为陆军新编第38师（第1、第5团则被军统兼并，担负各地要害机关和部门的守卫部队），孙立人任师长，齐学启任副师长兼政治部主任，隶属于第66军建制。新38师成立后参加军政部校阅，其综合战斗力名列第一，立刻从丙种师提升为加强师，编入缅甸远征军。在印缅作战中最负盛誉的仁安羌解救被围英军就是新38师。后远征军失利后新38师撤入印度，接受美械装备与训练，并与新22师合编为新编第1军，也就是国军著名的五大王牌主力之一。抗战胜利后，又脱离新1军建制成为新编第7军的骨干，最后在1948年10月长春投诚。
附二：36师、87师和88师的最后结局
36师富金山一役后，先经襄阳、随县在大别山区进行整补，后随71军北上退往陕南，其后又移驻河南灵宝，休整