受到阻碍，神州史书上没有再记录此国的情况。
神州进入魏晋南北朝的动乱时期后，受其影响，朝鲜半岛也发生较大的变化。地处中国东北部的高句丽不断向朝鲜半岛北部扩张其领土，西晋末年，趁神州政权衰弱的机会吞并神州大汉政权设置的乐浪郡。此时在朝鲜半岛南部，还有三个小国家的联合体，即马韩、辰韩、弁韩。后来马韩、辰韩演变成百济、新罗，弁韩仍是小国联合，其地区被称为伽耶。
此时倭国中的邪马台古国已经突然消失，因为没有史书记载，到底此国发生了什么事情也无人可以知道，甚至连它为何被别的政权所取代，也无人可以说清楚。等神州大陆再次和倭国有所来往之时，倭国已经有一个新兴政权取代了邪马台国，世称大和国，这是倭国历史上一个非常重要的政权，但此时神州史书仍然称其为倭国。这个时候，和倭国一海相望的朝鲜半岛也爆发了战争，高句丽和新罗两国都有心统一朝鲜半岛，而受到高句丽新罗入侵压力的百济、伽耶两国和倭国保持着密切的关系，大和国也借这个机会积极插手朝鲜半岛事务，暗地里控制了伽耶不少地区，史书记载，神州十六国时代，百济曾与大和军队一道进攻过新罗。
神州东晋末期和十六国时期，大和国一方面通过插手朝鲜半岛各国的战事，获取各种先进的技术，另外一方面还派出使臣到神州朝贡，大和国在这一时期先后13次遣使到东晋、宋、梁各朝，要求给予册封。根据《宋书·；蛮夷传·；倭国》的记载，此一时期大和国的最高统治者大王先后由赞、珍、济、兴、武五人担任。南朝宋顺帝时期，还委任过倭国国王为“诏除武使持节都督倭、新罗、任那、加罗、秦韩、慕韩六国诸军事、安东大将军、倭王”。
这一时期，因为神州内乱和朝鲜内部的战争，数以万计的大陆居民移民倭国，这些人带去了大量先进的生产技术和文化，推动了倭国内部的发展，使得其经济文化有了长远的进步，逐步形成以倭皇为中心的政治集团，国家的形式趋于完善。
在神州南北朝时期的梁朝时期，因为高句丽和新罗不断的进攻，受倭国保护的百济势力受到极大的影响，国土不断减小。为了保持百济的存在，大和国将自己控制的伽耶一部分让给百济，意图保存其政权。这种做法并没有缓解百济的危机，反到让大和国内部发生了叛乱，虽然最终叛乱被平息，可是大和国插手朝鲜半岛的计划被打乱，最终伽耶地区被新罗攻陷，使得大和国的朝鲜据点丧失，并引起了大和国内部权利的重新分配，倭国外戚苏我氏控制了大和国的朝廷。
此时神州已经是隋朝时期，统一后的神州数次对朝鲜用兵，不仅使得朝鲜半岛震动，连倭国也感受到了威胁。倭国掌握大权的苏我马子除掉了对手物部氏之后就杀死当时倭国在位的崇峻倭皇，并拥立倭国历史上的第一位女性天皇……推古天皇，并让其外孙厩户皇子作为摄政，此人即圣德太子。在圣德太子的支持下，倭国推行了一系列加强王权的改革措施，并恢复了同神州的交往，派出不少人员前往神州学习考察，这就是倭国历史上的圣德太子改革。
而神州此时也进入唐朝时期，在雄才大略的唐太宗李世民的治理下，神州不论文治武功都有了长足的发展，呈现出新的繁荣景象。不仅朝鲜半岛三国感受到威胁，连一直插手朝鲜半岛的大和国也感受到了危险。当大和国得知唐朝为了开拓疆土，决定联合新罗攻击高句丽后，更是感受到其后面的压力。特别是这一时期，圣德太子派往神州的人员陆续回国，在他们的影响下，大和国内部开始有了新的思潮翻动，并开始有计划的派出人员前往神州，这些人就是被神州历史记录的‘遣唐使’。
不久，因为倭国内部不满苏我氏的专权，改革派就趁这个机会推翻了苏我氏，倭国历史上有名的孝德倭皇即位，定年号为大化。在其执政期间，倭国又进行了一系列的改革，进一步的加强了倭国的中央集权，使得倭国的国家政治体制完善起来，并在汉字的基础上逐步发展起倭国文字。这次改革就是‘大化革新’。
神州唐高宗永徽六年，朝鲜半岛的高句丽和百济联合进攻新罗，新罗向唐朝求援。唐朝出兵后在显庆五年灭了百济，使得和其关系密切的大和国感到不满，为恢复自己在朝鲜半岛的影响力，倭国在主政的中大兄皇子的主持下出兵朝鲜半岛，但在龙朔三年的百村江战役中惨败，不得不将势力撤回国内，并逼使中大兄皇子承认倭国贵族对土地和居民的拥有。从此，一直到唐亡，倭国对神州一直恭敬异常，不敢正眼相看。
五代十国时期，倭国和神州的官方交往开始中断，除了一些商业往来之外，没有再大规模的派出使臣前来神州，双方的交往平淡下来。
大宋立国之后十分注意海外贸易，但此时倭国正是藤原氏当政时期，藤原氏无意同大宋建立正式外交关系，所以这一时期，倭国也没有派出官方人员前往大宋，但双方的经贸往来却没有断绝。神宗在位时期，曾经给了倭国一封国书，希望能和他们建交，但当时倭国已经开始妄自尊大，忘乎所以，并没有回应这次善意的交往。宋室南迁之前，数位皇帝也试图和倭国取得外交联系，但倭国都没有回应，两国始终没有建立起正式的外交关系。
宋室南迁之后，孝宗在位之时，倭国政权为平清盛所掌握，此人热衷于对宋贸易的巨利，开始以倭国名义给宋朝廷回国书，建立起官方联系。源氏兴起之后，继续和大宋通商，并时有国书传到大宋。十多年后，倭国的镰仓幕府就被源赖朝之妻族北条家所掌握，所有政权都归执政北条家所掌握，倭皇成了一种摆设。
而北条义时继任执政之后，虽然也派出过官方人员前往大宋，但其目的却是为了试探神州的虚实，为其再次伸手朝鲜半岛做准备。不过事机不密，而且和其合作的金国也在最后关头弃车保帅，让倭国损失惨重之余却毫无所得，更让淮王找到借口，派兵前来兴师问罪。
成大继率领的远征大军到达倭国的时间，正是倭国的后鸟羽上皇因为事机败露，被迫提前发难的时候，此时倭皇一方召集了大约数万武士和僧兵在京都起事，引起了镰仓幕府的执政北条义时的恐慌和愤怒，在源赖朝的妻子北条政子的鼓动下，镰仓幕府上下决定对后鸟羽宣战。
北条义时以其子泰时为总大将，弟时房为副将，大军三路，分别进攻尾张，美泷，三越，直逼京都。一路上不断有新的兵马加入，到达京都时，已有接近三十余万之众，超过后鸟羽一方数倍。
后鸟羽接受吉田利家的建议，让朝廷部队收缩防线，死守宇治，势多，淀等要隘，并派出数百人前往九州的大隅海峡迎接成大继率领的大宋援军，意图挽回败势。
占领了种子岛的成大继此时正有意进攻九州，以获取物资补给。在接到对方的求援之后，成大继和远征军的众位将领商量之后，认为应该出兵帮助倭皇，于是决定以丁善成为主将，独孤胜为副将，带领五万人和三分之二的战船前往神户港，准备在北条义时大军的后方登陆，以缓解京都的压力。
此时丁善成正带着部队穿行在濑户内海，站在顶楼甲板上看着庞大的战船队伍，丁善成心中并无多少自豪，更多的是一种忧虑，孤军于异地作战，稍有不慎就会全军覆没，自己虽然竭尽所能，但心中还是有所担忧。
“尽力而为，耀我神州！”不自觉的，丁善成的心头又响起了淮王信中给他的鼓励。
猛的将拳头一捶栏杆，狠狠的说道：“不成功，则成仁，想他娘的那么多干什么！”话音未落，他就转身对着身边的传令兵一挥手。
很快，所有战船的风帆都升了起来，航行的速度蓦然加快了。
神户港，是倭国鱼住城的贸易海港，平时就没有多少士兵驻扎，自从幕府和倭皇开战后，鱼住城的城主决定带兵加入幕府一方，其离开之后，神户港基本上就处于一种不设防的状态。当远征军的前锋到达神户港之后，神户港的居民根本就没抵抗，很顺服的就宣布投降，还派出港口中的头面人物前来商议投降事宜。一切似乎都如同水到渠成一般，没有任何可疑之处。
丁善成接到这个消息后，马上让独孤胜带领一万人登上神户港，并指挥战舰开始靠向港口。
王嘉是远征军中的陆战队千人长，他本来是一个很普通的渔民，一次出海的时候，碰上不知从什么地方跑来的海盗，不敌之下他就指挥着渔船逃跑，但海盗们紧追不舍，正在危急的时刻，几艘战舰突然出现并击沉了海盗船救了他们。
经过询问了解到，这几艘战舰都是淮王这边的战船，他当时对战船上那种可以发出巨大声响的东西感到兴趣，因为就是这样响了十几声之后，在海浪的飞溅中，海盗船就被击沉了。不过当时战船上对他的询问没有回答，护送他们到安全地方之后，这些战船就离开了。
这次经历让他记忆深刻，不久之后，有一些人到沿海渔村招募水兵，他了解到这次是淮王的水师军团募兵，一时动了念头，就应了征。
加入水师军团之后，他并没有成为舰兵，反到成了还在训练中的陆战队的一员，因为表现突出，很快他就得到晋升，后来因为在和海盗的对战中表现突出，立下不少战功，获得游击将军的官职。在正式组建陆战队的时候，他就被任命为一名千人长。
此时王嘉坐在登陆舰上，看着越来越近的海港，心头总有一种挥之不去的阴影，好像以前自己预感到有暴风雨时的心情。
紧紧身上的装备，王嘉有些担心的看看自己身边的人，低声吩咐身边传令兵道：“吩咐下去，等会儿上岸后先不要分开，集合后再行动！”他的命令很快就被传达下去。
不久一个皮肤黝黑，身材矮壮的军官挤到他身边，大着嗓门说道：“嘉哥，前锋不是传回消息，说一切平安，让我们尽快分散去占领港口吗，为什么还要先集合？”此人叫吕苏威，是陆战队中最精锐的冲锋队中的一个队长，和王嘉是一个村的，从小就认识，关系也很好，所以在语气他就少了顾忌，直接将大家的疑惑说出来。
王嘉当然不可能将心中的感觉说出来，转口说道：“这个港口我们并不熟悉情况，小心一些没有大错的。万一那些港口中的人不安好心，我们也可以坚守一段时间，免得力量分散被各个击破。”
吕苏威疑惑的挠挠脑袋，裂开大嘴说道：“嘉哥说的咱不明白，不过红秀说，遇事要咱多听嘉哥的，你说什么就是什么了。”说到这里，这个粗豪的汉子摸摸胸前，神情露出一丝怀念。
王嘉的目光扫过，看到一个非常精致的小贝壳用红线穿着挂在对方的胸前，顿时嘴角露出微笑：“怎么了？还没有遇到敌人，你就开始想家了？不过你小子还真行，怎么让红秀送你这个的？”
吕苏威不好意思的笑笑：“这个，这个，咱出来的时候告诉红秀要去打仗，红秀就送了咱这个，说这个东西吉利，可以保护咱平安！”
王嘉的脸上浮出一丝微笑，看看港口后道：“你小子还真行，好了，快去准备吧，马上要到了