，金兵伤亡惨重，城下尸积如山，不得已放弃宁远，又转攻锦州。锦州将士奋力抵抗，后金军见仍不能克胜，只得于六月五日撤退，只毁了大、小凌河两座城。这是明军对后金军的第二次血战胜利，史称“宁锦大捷”。
从宁远大捷到宁锦大捷，其间一年半的时间，袁崇焕将他的军事思想和军事方略运用到营建辽东防线上。他总结上次宁远大捷的经验，根据敌我军队的特点，提出了“凭坚城以用大炮”的战术原则，认为敌兵善于野战，我军则拙于野战，只能凭借坚固的城池打击敌兵；又提出“守为正著，战为奇著，款为旁著”的策略，认为防守是第一位的，野战、款和等等都可以用，但不能为主；从长远看，他提出了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守关外以御关内”的方略，从而接连获得两次大捷，给入侵的后金以沉重打击。一时海内惊叹。
但明廷内部尖锐激烈的派系争斗并未让袁崇焕尝到胜利的喜悦。袁崇焕虽然不是东林党，也不与东林党过从太密，但其座师韩爌、保荐他的御史侯恂、前辽东经略熊廷弼等等都与他关系极好，而此数人与东林党关系不一般。因此，袁崇焕也被目为东林一派。阉党交章弹劾，说袁崇焕不救援锦州是“暮气”，袁崇焕便请求辞官。
袁崇焕案 二（3）
事实上，袁崇焕在锦州被困时，因考虑宁远位置重要，关系整个辽东局势和国家安危，上疏请求派其他兵力驰援锦州，天启帝表示同意。袁崇焕又请让他本人带兵35000人救援，却遭到兵部的阻止：“援锦之役，责成三帅，宁抚只宜在镇，居中调度，战守兼筹，不必身在行间。”袁崇焕只得调派满桂、祖大寿等人前去驰援。
耿直倔犟的袁崇焕不愿争辩，请求辞官，七月，天启帝准许他辞官归家，而用王之臣代任督师兼辽东巡抚，驻于宁远。
朝廷官员因宁锦大捷增秩赐荫者有几百人，魏忠贤的从孙魏鹏翼还在襁褓中，也被封为安平伯。而袁崇焕只增加一级俸禄。尚书霍维华为袁崇焕抱不平，上疏要求把荫职让给袁崇焕，魏忠贤也未准许。梁启超读到此，在他的《袁督师传》中慨叹道：“古未有奸臣在内，而名将得立功于外者！”
袁崇焕案 三（1）
天启七年（1627年）八月二十二日，23岁的天启帝朱由校病死，因无子由其17岁的弟弟朱由检嗣位，年号崇祯。崇祯帝即位伊始，就展现出了不同于天启帝的强硬姿态。他在东林余党的支持协助下，将阉党一举击溃，魏忠贤被赐死，其党羽被称为“逆党”，或杀头或革职。被阉党排挤罢免的大臣又得起用，冤死的大臣得到平反。人心大快，朝政为之一变。崇祯帝也被臣民看作是“中兴之君”。是年十一月，崇祯帝重新起用袁崇焕，任为都察院右都御史，管兵部添注左侍郎事。
崇祯元年（1628年）四月，再升袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，指挥蓟、辽的部队，兼负责登州、莱州、天津军务。按明制，军官需由文臣担任，主要是担心武官掌握兵权威胁皇位。带兵的文臣衔级最高为督师，一般必须以大学士兼任，宰相或首辅出外带兵才称督师。袁崇焕不是大学士，却有了大学士方能得到的军事最高官衔，此时距他做知县时仅六年时间，提拔速度之快令人瞠目。只是他的兵部尚书衔，是督师所加的加兵部尚书衔，并非真正的兵部尚书。
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七月，袁崇焕从广西家中赶到京师，崇祯帝在宫城平台召见袁崇焕及亲信大臣。崇祯帝慰劳一番后，问袁崇焕：满洲起兵已经十余年，我国失土丧师，生灵涂炭，朕把你从万里之外召来，你有何方略平辽？袁崇焕见新皇帝礼贤下士，态度谦和地咨询于他，一时很是激动，脱口而出：“方略已具疏中。臣受陛下特眷，愿假以便宜，计五年全辽可复。”崇祯帝大喜，当着群臣的面许诺，只要能“复辽，朕不吝封侯赏。卿努力解天下倒悬，卿子孙亦受其福。”群臣也随声附和，称袁崇焕赤胆报国，是“真奇男子”。
崇祯此时稍感疲倦，要休息片刻。给事中许誉卿趁机私下里问袁崇焕用什么计策可以五年复辽？袁崇焕一怔，答道：“圣心焦劳，聊以相慰也。”意思说，考虑到皇帝为辽事日夜焦虑，我是宽慰皇上的。许誉卿一听，立即责怪道：“皇上英明，安可漫对？异日按期责效，奈何？”袁崇焕一听，才发觉自己失言，有些不自然。等皇帝出来继续谈话时，袁崇焕就改变口气说：“陛下把辽事委托于我，我怎敢说难？但五年内，必须事事应手，户部转解军饷，工部供应武器，吏部安排人事，兵部调兵遣将，都应随处配合，才能收到成效。”崇祯帝当即命令在场的户部尚书王家桢、工部尚书张维枢、吏部尚书王永光、兵部尚书王在晋在粮饷、兵器、用人、兵将方面全力配合袁督师，不得懈怠迟误。
袁崇焕又提出自己的担心：“以臣之力，制全辽有余，调众口不足，一出国门，便成万里，忌能妒功，夫岂无人。即不以权力掣肘，亦能以意见乱臣谋。”这话当着群臣的面说给皇帝听，规劝皇帝不要听信谗言，更强调“将在外君命有所不受”，是想让皇帝当面表态，很有些刺耳。崇祯不觉站起来表态说：“卿勿疑虑，朕自主持。”
群臣见皇帝力挺袁崇焕，齐声请皇帝赐袁崇焕尚方宝剑以便宜行事。当时持有尚方宝剑的有王之臣、满桂和毛文龙三大将帅。皇帝当即应允，宣旨收回王之臣和满桂的尚方宝剑，用来赐给袁崇焕，准许他相度机宜、自行处事。在崇祯看来，只要能收复辽土，所有条件均可答应，辽东一平，大明中兴也就指日可待。
袁崇焕几乎承担了崇祯帝的全部期望，自己也感到担子沉重。临赴关前，他又向皇帝上疏陈述自己治辽的方略和顾虑。方略仍是他以前所提的“以辽人守辽土，以辽土养辽人”和“守为正著，战为奇著，款为旁著”，同时他又指出平辽不能急功近利，要稳扎稳打，务求实效，“法在渐不在骤，在实不在虚”，这是他总结和后金之间的战役而得出的持久作战的方略。接着，他一针见血地指出对朝廷在边疆用人方面的顾虑：一是要“任而勿贰，信而勿疑”，皇帝和大臣不能根据片言只语指摘边将，二是兵不厌诈，前线情况虚虚实实，瞬息万变，“图敌之急，敌亦从而间之，是以为边臣甚难”，敌人可能用反间计，散播谣言，挑拨离间，也请皇帝和大臣注意。崇祯接到奏章，优旨褒答，赐袁崇焕蟒袍、玉带和银币，表示对他的充分信任。袁崇焕上疏推辞了蟒袍、玉带。
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袁崇焕案 三（2）
同月，四川、湖广到宁远戍守的士兵因缺了四个月的饷而哗变，其余十三营也起来响应，把巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳等捆缚起来作为人质，逼迫明廷发饷。
明代征兵采取招募制，明初的卫所制度和兵源征募法已经名存实亡。到明末时只有生活无计的人才去当兵，不仅素质无法保证，而且多数人是冲着军饷而来，靠军饷养活自己和家人。发军饷是户部即中央财政的职责，但明末中央财政匮乏，虽然年年加征用于平辽的“辽饷”，但许多被冒挪截用，集中到了皇帝和贪官污吏的私家仓库中。此时欠饷已逾四个月，士兵哗变也是可以预料到的。兵备副使郭广到后，亲自保护毕自肃，并收集了抚赏和自己朋友的两万两白银发给士兵，士兵们仍然不满足，郭广又向商人和百姓借贷，凑足了5万两白银，哗变的士兵才散去。毕自肃上疏承担了罪责，走到中卫所，自缢而死。
八月初，袁崇焕赶到山海关，听到士兵哗变的消息后，即赶到宁远和郭广密商，宽宥了鼓动兵变的首领，准许他们立功赎罪，只惩罚了几名哗变的从犯，同时斩了明知兵变而不及时上报的中军，将兵变平息下来。
但朝廷的军饷依然没有发下。袁崇焕上疏朝廷请饷。崇祯一听要发内帑之银作军饷，很是不悦，又不好明确拒绝，召集群臣商讨。吏部侍郎周延儒奏说：“古人虽罗雀掘鼠，而军心不变。现在各地军卒动辄鼓噪，其中必有缘故。”
周延儒（1593～1644），字玉绳，号挹斋，宜兴（今江苏常州）人。他自幼聪慧，很有才华，20多岁时连中会元、状元。崇祯三年（1630年）为首辅，年仅36岁。为官机智敏慧，善于察颜观色，曾深得崇祯帝器重与信任。崇祯六年（1633年）他被政敌温体仁排挤罢相，后又重新入相，最后以兵败被逼自缢。
罗雀掘鼠是唐代张巡的典故。安史之乱时，大将张巡被安禄山围困在睢阳，苦守月旬，军中绝粮，兵士只得张网捕雀、掘｜穴捉鼠来充饥，仍坚守不屈。周延儒此时提出这一典故，暗示袁崇焕有以兵变要挟的企图。崇祯帝颔首会意，但也不好发作。
此时，锦州和蓟州的兵士再次哗变，袁崇焕又上奏催促发饷，直接提出“军欲鼓噪，请发内帑”。崇祯见袁崇焕接连上疏，颇为不满，当着群臣的面怒道：“将兵者果能待部属如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”他认为，将帅如果能对待兵士如父子、家人一样，不说没有军饷，士兵即便饿死也不会吵闹。
但不管怎样，军饷还得解决，中央财政空虚，皇帝不肯发内帑之银，最后还是周延儒献策：“饷莫若粟，山海粟不缺也，缺银耳。何故哗？安知非骄弁拘煽，以胁崇焕邪？”意思是，以粟充银两发兵饷，崇祯也发了些内帑之银，以示对袁崇焕的倚重。兵变得以平息。
袁崇焕罢官家居时，皇太极逐渐稳定局势。他见最棘手的对手已去，趁机降服蒙古诸部，并弃称汗，堂而皇之称皇帝。袁崇焕回任后，因为兵变，军队有待重整，无力开战，打算重新借和谈以为缓兵之计。他致书皇太极说明此意。袁崇焕提出和谈条件，要皇太极先除去帝号，恢复称汗。
皇太极对袁崇焕的复出很警惕，当时的形势对满洲并不利，如果错过这一议和时机，袁崇焕挥师北上，自己很可能难以阻挡。皇太极也打算利用和谈强化自身，巩固辽沈，富国强兵，时机一到，就可“破竹长驱”。因此，他对袁崇焕的提议积极回应，显示出极大的诚意，表示甘愿称汗，自居为明朝藩邦。在此后不到一年的时间里，他先后发出八封议和书信，其中给袁崇焕的六封，给明朝诸大臣的两封。他提出的议和条件一是划定两国国界，二是明朝给后金铸造金国汗印，三是讲定修和之礼数目。袁崇焕回书说，和议之事“非一言可尽”，必须上奏朝廷方可。
但崇祯帝当时正年轻气盛，着眼中兴，对满清坚持不承认政策，不认同其地位，不与之交易，认为满洲是藩属，与之议和有损国威，一定要灭之恢复疆土。明朝与女真的此次议和也告失败，丧失了最后一次调整自己的良机。此后直至明朝覆亡，再也没有这种机会了。
袁崇焕案 三（3）
在与皇太极和谈的同时，袁崇焕着手整饬辽东的防务，加紧训练军队，并上疏请不再设辽东巡抚，同时把宁远、锦州合为一镇，由祖大寿驻守锦州，何可刚驻守宁远，赵率教守关门，袁崇焕自己则镇守宁远总