后，自己盘问葛毕氏，葛毕氏说出了与杨乃武通奸谋毒的实情，与其原递证词迥异，前后矛盾，也照样画押具结。王心培、沈体仁等人不知底细，一看法堂威严，都想尽早脱离干系，都随沈喻氏乱供一气。
陈鲁得到刘锡彤递交的“钱宝生”的供词，又加上杨乃武和葛毕氏主犯的供认，认为此案葛毕氏与杨乃武通奸谋毒本夫，淫恶蔑伦，铁证如山，应按律问罪。同治十二年十一月初六日，杭州知府陈鲁作出判决，以因奸同谋杀死亲夫罪判处葛毕氏凌迟处死，以起意杀死他人亲夫罪判杨乃武斩立决，并准备上报按察司核准。
作为官僚，陈鲁也关心自己的考成，对人命案也不敢太过草率，被上司挑出毛病。他见证人所供葛品连死时症状“口鼻流血”与尸检记录的“七窍流血”不符，就责令刘锡彤奏明情况。刘锡彤并不重新勘验以明真相，而是将证人供词中的“口鼻流血”一律改为“七窍流血”，以消除案中破绽。卷宗呈交陈鲁后，陈鲁又审核一遍，才将案件上交。
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杨乃武与小白菜案 二（4）
至此，杨毕案的二审结案。
杨乃武与小白菜案 三（1）
二审期间，杨乃武家人想尽一切办法营救杨乃武。妻子小杨詹氏日夜痛哭，双目尽肿，而恰恰又是刚刚分娩，行动不便，只能干着急。唯有杨乃武的姐姐杨淑英即叶杨氏四处托人打听县、府审讯情况，跑到仓前镇询问钱坦母亲和爱仁堂伙计，都说没有卖过砒霜。叶杨氏知道弟弟确系蒙冤，即准备上省告状，拼死挽救弟弟性命。可按照清制，女子不能越级呈递状词，家人商定后，就让过继给杨乃武岳母的詹善政作报告，到省里向臬司、藩司、抚台衙门投状告冤。
清朝审级制度分成四级，即县级、府级、按察司、巡抚或总督。死刑案件应由低到高，逐级审理，最终由巡抚或总督上报朝廷备案。知府陈鲁的二审必须确定案情及罪刑才能上报，由按察司进行三审。按察司的最高长官称按察使，也称臬司、臬台，是职掌全省的专职审判机构，有审核各府上报案件的权力。此时，浙江按察司按察使是蒯贺荪，出身举人，不像陈鲁那样蔑视读书人，知道一旦中举，将可能考中进士，入仕做官，前途无量。接到杭州知府呈交的案卷后，蒯贺荪觉得因奸谋毒与举人的身份不相称，很有些疑问。他审阅了杭州府的结案报告，调阅了全部卷宗，并组织了两次审问。杨乃武、葛毕氏均已心灰意冷，照前供述。蒯贺荪见案犯所供无异，叫来初审的刘锡彤和二审的陈鲁询问审判经过，并追问审讯是否有可疑之处。刘锡彤和陈鲁二人信誓旦旦地说，此案铁证如山，绝无冤屈。蒯贺荪见此，就召案犯、证人画押通过，将案件上报浙江巡抚。三审就此草草结束，按察使蒯贺荪根本没有起到审核把关的作用。
按清制，死刑案件由按察使审核后，尚需报该省巡抚或总督审问。当时闽浙一个总督，衙门设在福州，杭州城内没有总督，只有巡抚，所以本案就由浙江巡抚负责四审。
浙江巡抚杨昌浚在当地很有政声，深受百姓拥戴。收到案件后，为把案子办得扎实，他认真阅读卷宗，亲自审讯案犯、证人，但杨、毕二人早已屈打成招，料想难以翻案，便依样画供。杨昌浚见此，并不草率结案，而决定别辟蹊径，委派候补知县郑锡滜微服到余杭私访，探听民间议论，看是否与案犯所供相符，必定能水落石出。
郑锡滜到余杭后，人生地不熟，打算依靠知县刘锡彤，暗访案犯和证人家属。刘锡彤见上面来人，自然要好好表现，设宴款待。觥筹交错中，郑锡滜告诉刘锡彤此行目的。刘锡彤立即嘱咐陈竹山给钱坦施加压力，警告钱坦按原供交待。如此，郑锡滜几天的微服私访，所得的只是一些专为他准备的假情报，却自认为暗访很有效果，回到杭州向巡抚杨昌浚禀报该案确实“无冤无滥”，并汇报了暗访过程。杨昌浚对暗访结果深信不疑，对郑锡滜的办事能力大加赞赏，并加以提拔，去掉了其“候补”，推荐他到外地做了知县。
同治十二年（1873年）十二月二十日，杨昌浚根据审问和暗访结果，完成了结案报告，认为该案证据确凿，维持原判，上报朝廷。四审审结。
杨昌浚审结后，准备把该案上报朝廷。按清制，所有的死刑案件最后一审通过后都必须由巡抚或总督上报朝廷，由朝廷批准后执行。
杨乃武与葛毕氏一案，从一开始就得到人们的关注。同治十一年创刊的《申报》从该案发生的第二个月起就开始跟踪报道，本省民众及在京的浙江官员知晓在本乡文人中竟发生此类事情，无不惊愕，开始关注此事。
杨乃武从家人口中得知浙江巡抚即将把该案递交给朝廷审核，心知如果错过此次机会，将永无翻身之机，就在狱中写了一篇亲笔申诉状，陈述了自己实因葛毕氏诬陷而被拘捕，审判官刑讯逼供而屈打成招的事实。在供诉状中，杨乃武列出案件审判存在的八条疑问，例如为何不让自己与钱宝生当面对质；倘自己与葛毕氏通奸，当不会令葛毕氏迁居等等。同时，为了让朝廷相信自己确实是被诬攀，可以更好地翻案，杨乃武捏造了不少攻击葛毕氏的文字，又增添了两个无中生有的情节：一是葛毕氏与余杭县衙役及里书何春芳有私情，曾被葛品连发觉并殴打；二是余杭县令刘锡彤的儿子刘子翰及其好友民壮阮德在葛品连死后，曾向杨乃武勒索讹诈，被杨乃武拒绝后，串通其父恃权蓄意谋害。杨乃武委托家人将此呈诉材料向各衙门申诉，但都没有引起浙江巡抚和臬司等地方官员的重视。
杨乃武与小白菜案 三（2）
杨乃武的家人始终没有放弃营救杨乃武的行动。姐姐杨淑英即叶杨氏一直在为弟弟奔波劳碌，不怕抛头露面；妻子詹彩凤即小杨詹氏虽然刚分娩不久，也带着襁褓中的孩子去杭州各衙门哭诉冤情。同治十三年（1874年）四月，叶杨氏带着杨乃武在狱中写的申诉材料，叫上杨乃武岳母家的长工王廷南、王阿木，从上海乘轮船，历经二十余天赶到北京。他们先去拜访了一位在京的同乡官僚，经他指点，知道应该向都察院递交申诉材料。都察院是清朝设置的中央监察机关，负责参预和监督司法审判工作，有权对全国上下大小官吏的一切违法犯罪活动纠察弹劾，对重大刑事案件也有权会同刑部、大理寺共同审理。
在递交申诉材料时，却意外发生了一个小插曲。因为清廷规定女子不能至都察院递交申诉材料，叶杨氏就和王廷南、王阿木商量，确定由王廷南进都察院递交材料。当时，已经将递交人情况报告给都察院，正准备递交，走到都察院门前，王廷南心里发怵，突然变卦，借口说自己目力不济，要王阿木代替自己递交。王阿木只得声称自己就是王廷南，递交了申诉材料。
都察院接受呈词后，以叶杨氏、王廷南、王阿木等人越级上告，违反律制，派人将其押送回乡，责令以后不准再告，同时，下文给浙江巡抚，要求复审此案，务必查出漏洞和可疑之处。浙江巡抚杨昌浚接到都察院命令，认为既为无可置疑的铁案，很是不屑，就将该案交给原审结案的杭州知府陈鲁审查。
陈鲁虽认定此案已经案情大白，铁证如山，但上级命令又不敢违抗，就又另外传讯了地保王林、房东王心培等证人。几个证人见犯人早已供认，也胡乱供认以免沾惹是非。陈鲁见与原审无异，仍旧按照原审判决再次上报浙江巡抚杨昌浚，杨昌浚随之上报都察院。都察院见案情无任何疑问，可以结案。五审也草草收场。
其间，杨乃武家人三番五次去仓前镇爱仁堂药铺找“钱宝生”，软硬兼施，央求“钱宝生”证明杨乃武没有在彼处买砒。钱坦怕受知县刘锡彤的打压，死活不答应杨氏家人，后来被缠得无法，就只有外出躲避。杨乃武家人还找到葛品连的母亲沈喻氏，央求她撤回申诉，救杨乃武一命，并答应以金银田地相报。沈喻氏为子报仇心切，也不答应。同年六七月间，杨乃武的妻子还到浙江巡抚、按察司衙门上告，均无结果。
一件小小的刑事案件，竟然惊动了中央最高监察机构，经《申报》广泛报道，杨毕一案已经引起全国各地的关注。尤其是浙江和北京两地，更是朝野上下，无人不晓，对该案进展情况高度关注，甚至惊动了当时红极一时的杭州红顶商人胡雪岩。
胡雪岩在浙江原巡抚王有龄、闽浙总督左宗棠的支持下，开办钱庄，设举洋务，后又在杭州开设胡庆余堂药店，资金达3000多万，田地一万亩，捐了个江西候补道的功名，成为煊赫一方的官商。他为人乐善好施，仗义疏财。杨乃武案发生时，胡雪岩正在杭州筹办胡庆余堂，他的一个幕友吴以同与杨乃武同为癸酉科乡试举人，深知杨乃武为人正派，此次获罪必有冤情，就把杨乃武姐姐叶杨氏上京告状并准备冒死二次进京上告的情况告诉了胡雪岩。胡雪岩大为触动，深表同情，委托吴以同把叶杨氏引荐过来，答应资助他们全家进京上告的路费和在京的所有生活用度。
得到了胡雪岩的资助，叶杨氏准备第二次进京告御状。此时，恰好有个浙江籍的京官、翰林院编修夏同善丁忧服阙回京，胡雪岩为其饯行，请吴以同作陪。席间，胡雪岩、吴以同向夏同善陈述了杨乃武冤案经过，并央其在京设法帮助。夏同善深为家乡有此冤案震惊，表示将极尽其所能帮助，并留下了其在北京的住址。
这年七月，杨乃武妻子詹彩凤随带其娘家的帮工姚士法进京上告。两人走了两个多月方才赶到北京，按照地址找到了夏同善。在夏同善的指点下，詹杨氏向步军统领衙门递交了杨乃武的申诉材料。这一申诉材料被《申报》以《浙江余杭杨氏二次叩阍原呈底稿》为题刊登出来，使杨乃武的申诉理由广为传播，几乎人人皆知。同时也给步军统领衙门带来很大压力，不能再应付差使，只得将材料上奏皇太后和皇上。不久，谕旨下来，将案件交浙江巡抚与臬司即按察使共同审理，复查此案，务须查出实情，以成信谳。
杨乃武与小白菜案 三（3）
浙江巡抚杨昌浚得到圣旨，不敢再如上次一样交杭州知府陈鲁审讯。他绞尽脑汁，试图另辟蹊径，想到由局外人审判此案可能会更为中立客观，不会先入为主，就委托刚刚到任的浙江湖州知府锡光以及绍兴知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德、黄岩知县陈宝善等几个下属共同审理。在交接案件时，杨昌浚还对他们谆谆教诲，强调应秉公执法，不枉不滥。几个下属在上司面前自然点头哈腰，唯唯称是。
几个下属也不糊涂，深知承审此案万万不能审得与上司结果不同，不然纯粹是与上司过不去，自讨苦吃。在审讯时，他们就没有敢动刑罚。杨乃武见此次审讯是朝廷圣旨下令，又没有动刑，知道所写申诉材料起了作用，就推翻了原来所有的有罪供认，重新说明自己与此案毫无瓜葛。葛毕氏也趁机全部翻供，否认自己毒死丈夫。湖州知府锡光一看情况不妙，这样下去会无法收拾，审了一次就找了个借口退出审问团。其后的几次审讯中，主要由绍兴知府龚嘉俊主审，两位知县作辅。审来审