明万历年间朝廷赐银重修塔殿，赐额“护国肉身宝塔”。清康熙二十二年（1683）重修殿宇。咸丰七年（1857）大部分殿宇遭兵燹。光绪十二年（1886）肉身塔大规模重修，移殿门正南向，门额悬挂“东南第一山”横匾。1914年殿宇重修。1917年黎元洪书赠“地藏大愿”匾额。1955年和1981年又两次重修。
该寺殿宇宏伟，是塔殿式建筑，上盖铁瓦，四角有宫殿式翘檐。殿内汉白玉辅地，塔基上建有七层八方木塔，里面置放三级石塔，内藏金地藏肉身。每层木塔有佛龛供地藏菩萨佛像。木塔外为汉白玉神台，上面站着双手捧圭的十殿阎罗立像，朝奉“幽冥教主”地藏菩萨。全寺建筑面积705平方米。
肉身殿是典型的宫殿建筑，殿宇高15米，山门西南，红墙森严，巍峨雄壮。入殿须登八十一级台阶。站在台阶之下，举目仰望，可见南门厅上有两块匾额。上额书“肉身宝殿”，下额书“东南第一山”。塔东侧有明刻松枝花石碑《地藏圣迹碑记》，为明万历年间刘光复所撰写。与塔基相平处横一巨石，似人工洞顶，南面横刻“磐石常安”四字；北面刻着“神光异彩”四字。
殿前四周回廊上方雕栋画梁，其仙鹤、麋鹿、牡丹等珍禽异卉雕饰，鲜艳夺目。立有石柱20根。南北檐下石柱上均刻有对联，北边是：“誓度群生离苦趣，愿放慈光转法轮”楹联。南边两联，一曰：“福被人物无穷尽，慧同日月常瞻依”；另一联曰：“心同佛定香火直，目极天高海月升”。两联的首字，连读是“心目福慧”，表示僧尼心目中依靠地藏、修到“福慧”。殿宇面阔三间，进深16米，地平铺汉白玉石。中央为1。8米高的汉白宝塔基，上矗七层八方木质宝塔一座，高17米。塔的每层八面皆有佛龛，每龛均供奉金地藏金色坐像，供五十六
尊大小不一，塑造于清光绪十二年（1886）。塔基四角有回柱顶梁。塔内是金地藏肉身所在的三级石塔。南北前后均供奉金地藏像。肉身殿内有塔，构造罕见。塔前悬着镂空八角琉璃灯，不分昼夜，终年灯火长明。
塔北门廊下，有黑底、金字的小篆横匾，写的是地藏誓言：“众生度尽，方证菩提；地狱不空，誓不成佛”，为北洋军阀政府总统黎元洪所书。晨曦中，台下云层如海，称为“云铺海”胜景。多雨季节，低云布雨，云层含有细微水珠，在日光照耀下，银光闪闪，又为“银铺海”奇观。
佛经记载，农历七月三十日（月小二十九日）为地藏菩萨圣诞日，传说也为金地藏成道日，九华山僧侣都要在肉身殿举行重大活动，称“地藏法会”，诵《地藏菩萨本愿经》，守地藏肉身塔。法会一般历时七天（夏历七月三十至八月初六），圆满之日设斋供众，广结良缘。法会期间，民间有“百子会（团）”等朝山进香，凡人数满百人即可组一会，称“百子会”。百子会设香首和副香首。朝山途中香首口诵“南无幽冥教主本尊赦罪地藏王菩萨”，余众接诵“阿弥陀佛”。每逢地藏菩萨诞期，僧众及香客于肉身塔诵经拜菩萨通霄达旦，常见僧尼和信士一步一步跪拜塔不止，求其超度亡灵，赦免罪孽，消灾延寿。与此相应，各地还有类似会（团）朝山进香，如“万胜老会“、“香山胜会“、“同人老会“等。
1978年以来，九华山佛教协会每年都举行“地藏法会”或“祈祷世界和平法会”，悬挂“南无大愿地藏王菩萨法会”飘幡。来山参加地藏法会的港澳同胞、海外侨胞、四众弟子及十方善男信女，逐年增多。今日肉身殿，成了朝山进香的香客和游览九华山的游人所必到之地。
第三十五章 佛道同处“祗园寺”
祗园寺是九华山“四大丛林”之一，位于九华街入口处。初建于16世纪中期、明代嘉靖年间，清代多次重修和增建。民国八年，重新翻修，后来一再扩建，现在规模是九华山全山寺院之冠。
祗园寺是九华山寺庙中唯一的宫殿式建筑，雕梁画栋，金碧辉煌，包括山门、天王殿、大雄宝殿、三进殿和上百间堂屋。山门的前墙安有三重琉璃飞檐，蔚为壮观，门里有哼哈二将和红脸三目、手执钢鞭的王灵官。大雄宝殿内端坐有三尊喷金大佛，高6米余，是九华山所有寺庙中最大的佛像，两旁列着十八罗汉，气氛庄严肃穆。此外尚有方丈寮、退居寮、挂褡寮、衣钵寮和拨火寮等许多房舍，回旋曲折，宛如迷宫。
祗园本来是印度佛教圣地，相传释迦牟尼在祗园宣扬佛教二十馀年。九华山祗园寺就是取这个故事而得名。
祗园寺寺名出自佛经故事：给孤独长，者信佛，以黄金铺地为价买下波斯匿王家祗陀太子园林，准备请释迎说法，祗陀也信了佛而自动献出园林，于是这座园林冠有二人名氏，全称，“祗陀树孤独园”，简称“祗园精舍”，成为释迹圣地之一。祗园寺通道刻满金钱，以象征释迎圣迹。
寺院由灵宫殿、弥勒殿、大雄宝殿、客堂、齐殿、库院、退居寮、方丈寮和光明讲堂等九座单体建筑组成，建筑面积5175平方米，除弥勒殿和大雄宝殿属宫殿式建筑外，余皆民居式建筑。
全寺殿宇层层叠叠，迥旋曲折，结构精巧，气势磅礴。
其中最有特色者是灵官殿，它是中国佛道融合一个文化象徵，从寺院构造上就已表现出来。祗园寺第一进殿堂不是天王殿，而是灵官殿。龛内站立灵官，周身金黄铠甲，赤面红须，圆睁怒目，大张嘴巴，额头上还有一又小眼睛，据说是“三眼能观天下事”。右手高举钢鞭，左手攥拳，作械门姿势，形象十分威猛。神龛左右为哼哈二将，均是怒目圆睁的赳赳武夫，如临大敌。王灵官本是道教护法神，为何又成佛教护法？相传宋朝末年，一位新科状元不信地藏菩萨灵验，当他在肉身殿看到地藏肉身时，手拿铁锥锥菩萨的腿，心想：是真的就淌血，不出血就是假的。一锥下来，血水直淌，状元慌得转身就跑。护法神韦驮巡山回来，一看菩萨腿上流血，忙问怎么回事。当他得知新科状元铁锥验真假的事后，怒气重重要下山捉拿来。菩萨不允，但韦驮执意要去。菩萨心想状元已过五溪桥，便说：“如果状元过了五溪桥就算了。”韦驮化作一阵清风追赶状元。状元早过五溪桥了，韦驮难解心头之气，还是追了上去，手举杵落，打死了状元。至今当地还有座状元坟。韦驮回到殿内，地藏菩萨见韦驮不遵“法旨”，杀生伤命，于是“辞退”韦驮，改“聘”王灵官来护法。灵官塑像出现在佛士殿堂，大约是金元以后的事。金元时，全真的创立者王重阳主张儒释道三教合一。他说：“儒门释户道相近，三教从来一祖风。”又说：“释道从来是一家，两般形貌理无差。”道教的神给佛教看门，原因即在于此。
祗园寺有一条浮雕莲花甬道，由一百多块长方形石条铺砌而成。每块石条均有等距相同的浮雕图案三个：左右金钱古幣滚圆，纵看似两串金钱；中间一路方形图案，像一条斗方画图。三步一朵盛开的荷花。其他画面，有菡萏出水，有蜻蜓戏莲叶，有青蛙伏于莲茎下，生动有趣。佛寺建筑以莲花雕饰甚多，盖因僧人对“七宝莲池”琉璃世界的憧憬。古钱铺路，为一般寺院少见。这种特例出典于佛经的一段故事。相传当年释迦在摩揭陀国说法时，舍衙城给孤独长者皈依佛门，长者准备请释迦到家乡说法，于是選园林建造精舍。当时唯有波斯匿王家的祗陀太子园林最佳，但要以黄金铺地为优，给孤独不惜重金买下。后来祗陀皈依佛，自动将园林献出，请释迦到此说法。于是这座园林的名字便冠有他二人名氏，合称“祗陀树给孤独园”。祗园寺甬道刻满金钱，是为了象徵释迦圣迹。
寺门门楼宽五间，高三间。门头三层廊檐，覆盖金黄色琉璃瓦，飞檐高挑，檐角龙头伸头吐舌，有行云之势。梁栋雕饰彩绘，精致异常，有玄奘取经、水漫金山、渭水垂钓等神话故事。门额墙壁上，镶嵌着白底青花图案组成的“祗园禅寺”寺名瓷匾。寺院全部建筑分布在四层台基上。第一层台基高五米，坐落着灵官殿、弥勒殿、客堂、齐堂和退居寮。其中称天王殿。中间靠龛内端坐“笑口常开，大肚包容”弥勒佛，“一钵千家饭，孤身万里游”，是他的两句偈语，两侧是四大天王塑像。
第二层台基高二米，筑大雄宝殿。大雄宝殿高35米，阔25米，进深19米。檐间有“大雄宝殿”四个大字，下层檐下也悬挂“大雄宝殿”金字，后者是于右任先生于民国二十二年（1933年）大殿落成时所书。十年浩劫中，“于右任”三字被刮去，现留的是“退居住持宽慈”六字题款。在金黄琉璃瓦顶上的正脊、水线上都饰有堆花彩瓷的天王、罗汉像、或动、或静、或坐、或行，形态各异。狮、獬等“厌胜”物列于其间，殿脊、水线两端均饰以青花细瓷的鱼龙正吻，飞檐四角悬有八双镂空花蓝，檐下有17处雕花斗拱，交相辉映，富丽堂皇。
大雄宝殿内，正面有高约12米的三世佛，分别是释迦、阿弥陀和药师佛，北后有状如火焰的佛光，脑后置明镜，闪闪发亮，座下是碧绿莲花座，下有须弥座（又叫金刚台），雕刻精细。台下有青花古瓷一对，锡质、镶金烛台高达八尺。供桌四柱为龙抓珠，正面中间有两根立柱，雕着力士扛顶，正面横刻“唐僧取经”故事的大面浮雕，外嵌玻璃罩护。边缘有凤凰来仪、金色九龙盘珠。上有香炉、五供。金黄铜磬，重约四百斤，铿锵有声。千斤重的大钟和皮鼓悬在大殿两角。正中悬挂着镂空八角的龙凤琉璃灯，又叫少灯、长明灯、灯光长明。地面铺陈三尺见方罗底青砖。佛像前为主持法会的和尚礼佛跪拜处，以铁我岩石雕制，长三尺半尺，宽二尺多，周围刻汉文花边，内刻两朵莲花、三茎莲叶、三节藕，下有水波起伏，刻制十分讲究。佛像的头饰并非僧帽，而是“髮髻“。额头有一块光滑红色装饰，谓之”肉髻“。这是把释迦在雪山苦修，以至毛髮扎结的样子，塑制成美观的“髮髻”。“肉髻”则是食欲最大的大鹏鸟啄之即饱，而且是啄食不尽的疙瘩。
大殿后墙两侧向左右延伸，依次排列着文殊、普贤和十八罗汉的金身坐像，文殊、普贤居释迦左右。文殊坐骑青狮，示狮子威猛；头结五髻为“五智〃；手持宝剑，为智慧利剑，谓之“智慧威猛”。普贤骑白象，手持如意、荷花，是“义理圆通”象徵。顺序列坐的十八罗汉，也称“十八尊者”。其中有十六名是释迦传教时经常跟随的弟子，另外两个，是记述这十六尊者最完整的典籍《法注记》的作者庆友（斯里蘭卡人）和唐朝翻译《法经记》的玄奘，他们列在十六尊者之后，十八罗汉有怒目作法、降龙伏虎的，有温良典雅、捧读经卷的，有凝眸沉思或托腮假寐的等等，各具神态，栩栩如生。
三世佛像背后，有一组群像，高30米，宽7米，塑的是起伏的山峦和波涌的大海，称为“海岛〃，上有各种人物动物塑像。赤脚立在鳌鱼头上的观音像居中，玉女侍立于左，金童合掌参拜于右。旁有小船，“龙宫〃上方有持金刚杵的韦驮，握在刀的“伽蓝”，托宝塔的李靖，最高处正中间有一个瘦骨嶙峋、亦膊、抱膝蹲坐的人