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根据《口头汇报提纲》的要求，从1960年4月13日到5月初，国家计委负责人同二十几个部的党组书记、六大协作区委员会副主任共同研究了第二个五年后三年的补充计划，最后拟定了三年补充计划草案。这是一个内部安排的方案，另外，还拟了一个按实际安排指标一般打八折或九折的、准备提交党代表大会讨论后公布的方案。在这同时，根据书记处指示，又初步设想了1965年的几个主要指标和各大区的布局情况。
三年补充计划的总方针是：
（1）以冲天的干劲和必要的物质技术基础相结合；力争我国经济面貌三年小变，五年中变，十年大变。1962年产钢3600－3800万吨，产粮6600－7000亿斤；执行结果争取达到4000万吨钢，赶上并超过英国，以至西德。为1965年争取达到钢6000－6500万吨、8000－9000亿斤（每人1050－1180斤）而奋斗；为1969年生产1亿吨钢和每人1500斤粮食、完成四个现代化而奋斗。
（2）适应形势的发展，争取时间，合理布局。1965隼前后，基本建成全国的经济体系。在此基础上，1963年初步建成东北、华东、华北、中南各大协作区的经济体系，1965年前后初步建成西南、西北两个大协作区的经济体系。全国支援，加速建成西南、西北的战略大后方。
坚持中小为主的方针，坚持多布点、适应分散配置的要求，以利于基本上建成一个打不烂的经济体系。
（3）安排的着重点：大力发展农业，全面支援农业。大力发展原料、材料和燃料、动力工业。以铁路为中心，迅速加强运输业。突破尖端国防。
（4）留有余地，留有机动。抓新因素，抓新创造，力争超过。在生产、分配、基建规模上，都留必要的余地，给各地方、各部门留了相当的机动，尽可能安排了国家储备。总之，要取得更多的回旋余地。对技术革新和技术革命运动、多种经营、综合利用、小土群和小洋群的大发展、管理体制的进一步改变等，计划安排中有了一些体现，但还不够；通过今后实践，通过各大协作区、各省市因地制宜的具体安排，它们必将发挥更大的作用，有利于持续跃进，并为第三个五年计划开辟发展的远景。
后三年补充计划，是以3600－3800万吨钢和6600－7000亿斤粮食为纲来安排的：为了继续保持跃进，以大跃进的发展速度，1962隼工农业总产值为5450亿元，比1959年增长11。76％，三年平均的增长速度为29。6％。向赶超英国的目标努力。以1962年中国主要工业品的生产水平同预计英国1962年可能达到的水平的比较情况关于钢的产量，国家计委认识到有困难：问题在于矿石和钢材两头：矿石开采量的25％－30％和钢材生产量的25％－30％，都要依靠1961－1962年、而主要是1961年的新增能力来完成；选矿方面依靠后两年新增能力的比重还要更大一些。这些新增生产能力并没有把握。只是在计划中都注意了安排，如果抓紧矿山的建设和轧钢机的制造，又能推行有些轧钢机以中代大、以小代中的技术革俞成果，则两头是可以赶上的。【贺氏藏书·刘大海精校】
此外，钢材品种虽有改善，但还不能适应需要，例如：钢板，一般应达到钢材产量的25％－30％，但1962年只能达到20％；钢管，一般应达到8％－10％，但1962年只能达到5％；优质钢材，一般应达到10％…15％，但1962年只能达到10％。这就需要加速今后三年中25个特殊钢厂和有些大中型钢铁厂的建设。因此，国家计委的在补充计划中提出：完成3600－3800万吨钢的任务，虽然留了余地，但也还不是轻而易举的。其他主要工业能源和原材料：石油、铜、铝、合成橡胶、化学纤维、化学肥料等，依靠新增能力的比重也都在60％，甚至80％以上。有色金属和化工则主要靠小洋群。机械设备，特别是汽车和重型的、精密的和配套的产品与计划差距更大。
财政收入和基本建设投资都很紧张，留的机动和储备等都不算多，但是考虑到基本建设的盘子再少了也不能适应以3600万吨钢为纲的各方面的安排，不能适应工、农、交、国防、科学、文教各方面的安排。其中最突出的矛盾，还是基本建设。为了解决资金不足与需求之间的矛盾，计委提出的办法是，从认识上和做法上坚持执行以下几条方针：
（1）大中小结合，以中小为主，大搞小洋群和小土群。（2）重点加快原料材料工业、燃料动力工业和交通运输业的发展。（3）把技术革新和技术革命的有效成果反映到计划中来。如超声波、管道化、煤气化等。（4）多种经营、综合利用。（5）勤俭建国、艰苦奋斗。6）由各省市、各大协作区、各部门统筹安排各地区、各部门用自筹资金和机动钢材进行的基本建设。
在地区布局方面，在加速必需的大型骨干企业建设的条件下，通过中小为主，大搞小洋群的道路，达到多布点，打基础，补缺门，准备条件，以便在1965年基本建立起全国的经济体系的同时，先后建立起各大区的经济体系。首要任务是完成川黔、湘黔、滇黔、成昆、兰新，并基本完成兰青、青藏等铁路干线的建设。要加快酒泉和西昌这两个钢铁基地的建设；积极发展以煤、铁、运输为中心的小洋群企业；大力发展有色金属工业。西北地区还要积极发展农业和畜牧业，在南疆和河西走廊一带加速发展新的棉花基地。
在每个大区的内部，应在分散配置的基础上，建立起自己一定的后方基地，并积极援助基础薄弱的省份的建设。
根据职工工资和农民收入的增长情况计算，1962年社会购买力将达到1000亿元，比1959年的638亿元增加362亿元，三年平均每年增长16。2％，其中购买生产资料的部分约为230亿元，三年平均每年增长41。2％；购买消费资料的部分约为770亿元，三年平均每年增长11。4％。要求结合技术革新、技术革命运动的发展，积极发展科学研究事业，加速科学技术人才的培养，要特别注意加速工农骨干的成长，逐步建立起一支强大的、又红又专的技术队伍。1962年我国科学技术干部将由1959年的280万人（包括中医中药人员），发展到500万人左右，其中，工程技术人员由1959年120万人增加到250万人左右，农业技术人员由1959年的189万人增加到50万人左右，从事自然科学的研究技术人员由1959年的55万人增加到20万人左右。在统一规划、分级管理的原则下，实行国家办学同事业、企业单位和公社办学同时并举的方针。
三年内职工的工资总额将增加43％左右，用于职工的集体福利支出总额将增加70％左右；除新增职工外，原有职工因为必要的升级和适当的奖励，平均工资每年增长5％左右，农村人民公社社员的平均收入每年将增加10％左右。
为了保证三年补充计划的实现，为了充分发挥地方的积极性，为了促进各大协作区经济体系的建立，要求进一步改善经济管理和物资分配体制：
（1）发展趋势必然是进一步做到由条条为主转到块块为主，实行在中央统一规划下、条块结合而以块块为主的管理体制。（2）在计划体制上，实行条条和块块分别包干的办法，把投资、材料和任务分别下达给条条和块块；中央必要的直属企业，由条条包干，地方企业由块块包干。除了国家计划安排的重大项目以外，其余项目作为建议项目，在保证完成国家计划任务的条件下，具体安排可以由块块机动调整，然后报中央综合平衡，制订国家计划。（3）块块为主，基本上是以省、市、自治医为基础；但当前的任务是首先完成以各大协作区为单位的经济体系，要以协作区为主。因此，要加强大协作区，要考虑建立相应的指导机构和业务机构。（4）在中央各部主管的企业中，除了一些必要的重大骨干企业以外，其余可进一步下放给地方管理。中央各部的机构将适当缩小，逐步改变成为三种类型：第一种是：企业主要是由条条管理，全面负责本行业的规划，如铁道、二机等部。第二种是：管一些必要的全国性的重大骨干企业，同时进行本行业的全面规划，加强对地方的督促检查、技术指导和总结经验，如冶金、机械、煤炭、化工等部。第三种是：基本上不管理企业，或者完全不管理企业，主要是进行全面规划，督促检查，技术指导，总结经验，如轻工、纺织等部。
为了争取三五年内各大区基本建立起经济体系，特别是为了加强战略后方的建设，经济比较发达的地区要积极支援经济还不很发达的地区，例如东北、华东支援西南、西北等；老的骨干企业要积极支援新建的骨干企业，例如鞍钢支援酒钢，富拉尔基重机厂支援德阳重机厂等。要从技术力量、管理干部、非标准设备等方面成套地全力地支援。
老厂不要一个劲地在原地无限制的扩大，必须到外地建立子厂。各行各业如何支援，由中央各部协同地方诃出具体规划，并且会同有关方面具体组织地区与地区之间、企业与企业之间的大协作。
在反右倾的背景下，国家计委制订的三年补充计划完全违背了从实际出发的原则和综合平衡的方针，进一步发展了1958年以来盲目拔高指标的错误。其中的大量指标在制定时就已察觉到难以实现，却没有人正面提出意见反对计划。但是，毕竟有了1958年下半年和1959年上半年压缩空气的经验，面对1960年春夏以后，国民经济中的问题逐渐暴露得更加明显，在4月份召开的中共中央政治局会议上，国家计委主任李富春正式提出数字要老实的问题。
（二）要报个老实数字，计划只搞一本账，不要搞第二本账
从1960年夏季开始，在全国范围内出现了前所未有的粮食供应紧张的局面。鞍钢工人的供应仅为每月二两肉，每天四两菜，已经难以长期维持。1960年已过近半，而生产任务完成得很不好，国民经济上的问题更多地暴露出来。
1960年6月14日至18日，中共中央在上海召开政治局扩大会议，讨论二五计划后三年（1960－1962年）的补充计划。这次会议对1958年以来的三年的工作进行了初步总结。毛泽东在开幕时指出：建设时间还太短，认识不足，要经常总结，使我们的认识更加全面一点。不要隐讳我们犯的错误，只有抓紧总结，才能及时指导。对后三年的补充计划，他说，宁可定低一点，在年度中去超过。绝不可以定得过高，以至于超不过。为了开好这次政治局扩大会议，会前中央召集有关负责人开座谈会，刘少奇、邓小平、李富春、李先念、薄一波、谭震林分别就工业交通、农业、粮食，生活安排、对外贸易、计划和经济建设等问题讲话。此前草拟的三年补充计划，是按照（到1962年）钢产量3600至3800万吨、粮产量6600至7000亿斤来安排的。会议提出，这个指标是内部数字，对外公布的是钢产量3100至3300万吨、粮产量6600亿斤。即使如此，这实际上仍是一个在反右倾的氛围中作出的脱离实际的计划。
在会议上，国家计委主任李富春指出：这个任务是一个雄心壮志，而且是一个很艰巨的任务。他坦言对外公布的1959年粮食产量是预支了一年，公布的是5401亿斤，实际上只有4800亿斤，到1962年粮食产量要达到6600