随时调拨；改进工资、劳动力的管理制度，中央只控制总额和年底数字；简化计划程序和表格。
这些变化，让人感觉到似乎又在恢复大跃进时期的经济氛围。－－要掀起一个基本建设热潮，并且由中央最高领导人毛泽东亲自来抓；大胆创新，废除甲方乙方等严格的经济管理规章制度；下放权力，取消对物资、工资、劳动力等的集中控制。所谓加强国家计委，并不是要加强其权力，而是要加强对其的控制，使其真正成为中央领导下的总参谋部。
10月下旬，李富春和薄一波，风尘仆仆地奔赴西南地区，考察和制定三五计划的总体规划。回到北京，11月26日，李富春向中央常委汇报。毛洚东又严厉批评李富春和国家计委说：计经委搞了15年，没有办事章程，计委的职责是什么？经委的职责是什么？办什么事，不办什么事？上下左右的关系怎样？还说：我看计委有50人就够了，计委怎样改组，要研究一下。要改，抓大事情，不改，就真要解散了李富春组织国家计委领导干部讨论学习毛泽东指示后，12月1日向刘少奇、周恩来和邓小平汇报了他准备改进计划工作方法、编制长期计划的一些想法。刘、周、邓没有直接批评计委，只说：国民经济是不可分割的整体，包括国防在内，要有统一的领导机构。不统不行，要统就得有责任、有权力。不管统帅部怎样建立，总得有办事机构，就是经济内阁，要全管。经济工作长期处于分散状态，先是中财委，后是五个口，都没有全管起来。五年计划、十年规划、大中小三线的建设，要抓大的战略问题。计委要进行斗争，经过不断斗争，计划才能搞好。组织领导，一切集中到常委、政治局，中央书记处是执行机构。
李富春拟定了《关于编制长期计划的程序问题》，提交中央讨论。12月12日，毛泽东做出批示：
此件已阅，写的可以，是好的。但有骨头，无血肉，感到枯燥乏味，则是缺点。
望你们在今后几个月内，搞出一个有骨有血有皮有毛的东西出来。要有逻辑有论证。否则仍然是形而上学的东西。十几年来，形而上学盛行，唯物辩证法很少人理，现在是改变的时候了。从批示可以看出，毛泽东对国家计委的工作意见甚大，另立机构已经不可避免。
就在这个月初，陈伯达在向毛泽东汇报工作时，再次反映说，国家计委前一段搞机关革命化声势不小，但效果不大，三五计划的编制工作，他们完不成任务，计委机构应该改组。这更坚定了毛泽东的决心。12月31日，毛泽东在陈伯达谈工业革命化的来信上再次批示：形而上学在我们党内盛行，辩证法抛到九霄云外，连一些大老爷也在所不免。现在应该是想一想这个问题的时候了。12月26…27日，李富春、薄一波、李先念等人邀请各中央局负责人一起讨论了计划工作如何革命化和编制长期计划问题，主要是：（1）计划工作革命，除各级计委要轮换一些人外，最主要的是要总结经验，改进思想作风，发挥人的积极性，挖掘工农业生产的潜力。（2）必须改革规章制度和管理体制。李富春对过去计委工作的主要错误和思想作风进行了检查。
12月27日，毛泽东又在中央工作会议大会上陈伯达发言时严厉插话说：从秦始皇开始，帝王就也袭了！北京就有两个独立王国，我不说，你们去研究。（勒亍来他在小范围点明：一个是邓小平主持的中央书记处，一个是李富春主持的国家计委。直到1972年8月3日，被流放在江西的邓小平给毛泽东写的信中，还不得不检查自己文化大革命前错误说，总书记的工作，我作得很不好，没有及时地经常地向主席请示汇报，犯了搞独立王国的错误。在六零、六一年困难时期，我没有抵制三自一包、四大自由等资本主义的歪风，没有遵照主席指示抓好三线的基本建设，使不该下马的也下了马，推延了具有十分重大的战略意义的三线建设。
1965年1月6日，李富春按照毛泽东的思路，再次写出关于计划工作革命化和编制长期计划的报告。报告明确写道：1。第三个五年计划和十五年远景规划的重点，是准备战争，依靠第一、二线，努力建设第三线，建设国防工业，建设各省后方。农业，第一是靠大寨精神，抓见效快的，第二是抓三线的农业。2。计划工作的革命要走群众路线，鼓励大家创造经验。但是，已经对计委工作极不信任的毛泽东，1月21日在批发这份报告时，仍然带有明显的情绪：印发政治局请彭真定名单，除反党分子外，都可发、书记处各同志，各中央局、省市区党委各同志以及余秋里小计委由秋里自选5、6人，不发老计委那些人洛同志。按照这个批示，老计委的人已经和反党分子同在不发之列。李富春已经无法再工作，内心十分痛苦和矛盾。1964年12月31日，他主持召开了国家计委局级以上干部会议，传达了毛泽东对国家计委的批评和中央的决定，检讨了自己的缺点和错误，希望计委的同志继续把工作做好。1965年5月，他因患神经功能失调症，离开工作岗位，后到北戴河休息、疗养。但是，毛泽东也没有把编制三五计划、主持三线建设的大权交给陈伯达，这使得自诩为领导工业很有一套的陈伯达颇为失望。
1964年底，毛泽东决定成立一个专门制定计划的新班子。第一个被他点的将，是为大庆石油会战立下汗马功劳的独臂将军－－石油工业部部长余秋里。毛泽东称赞说：他一只胳膊比你们两只手都抓得紧。他还说：余秋里做计委副主任不行吗？他只是一员猛将、闯将么？石油部也有计划工作嘛！是要他带个新作风去。
周恩来要余秋里组阁，几次要他提新人，余秋里提了建筑工业部部长李人俊，浙江省委书记林乎加、北京市委工业书记贾庭三等人，仍然主张从计委抽出几个人帮他工作，不希望完仝撇开国家计委另起炉灶。最后定下的班子叫计划参谋部，共20人左右，最初的主要成员有：余秋里：石油工业部部长，李人俊：建筑工业部部长，林乎加：
中共浙江省委书记，朱理治：华北区计委主任，刘有光：国防部五院政委，张有萱：国家科委副主任，杨煜：国务院农业办公室副主任，贾庭三：北京市委工业书记，安志文：国家计委副主任，王耕今：国家计委委员，马仪：国家计委机械工业局局长，白杨：国家计委国防工业局局长。
后来实际组成时主要有余秋里、李人俊、林乎加、贾庭三，加上陈伯达。这个机构通常称为小计委，超脱于国家计委之外。毛泽东要求小计委直接在周恩来领导下，不受其他副总理干预，摆脱繁琐的日常工作，专门研究战略问题。他还逐件审阅了小计委在编制计划工作过程中报送中央的简报，称赞了他们拟定的三五计划方针任务。
后李富春提出，为了工作的方便，请小计委的同志都担任国家计委副主任，余秋里担任第一副主任、党组书记，过渡一个阶段后接替他的国家计委主任工作。经毛泽东、周恩来批准，小计委正式主持国家计委的工作，进行三五计划的编制、修订工作。
原来的国家计委副主任程子华调西南局、安志文调西北局、顾卓新调东北局、韩哲一调华东届。
三五计划，从指导思想到起草机构上完成了向战备为中心全面转变的准备。
二、新三五计划草案及其指导思想
在毛泽东、周恩来直接领导下，由余秋里主持的小计委开始拟定新的三五计划。1965年3月12日，周恩来向中央书记处汇报了三五计划设想原则。
他指出：
必须从应付战争出发，争取时间，着重解决以下四个基本问题：
1。立足于打仗，抢时间，改变布局，加快三线建设，首先是国防建设（包括国防工业和同国防有关的基础工业、交通运输和小三线的建设）。
2。大力发展农业，大体解决吃穿用，重点是抓粮、棉、油、盐，争取在三年左右做到粮食进出口平衡。
3。加快建设以钢铁和机械为中心的基础工业，把屁股坐稳，做到既能支援国防和农业，又能为第四个五年更大的发展做好准备。
4。猛攻科学技术关，有目标、有重点地掌握60年代的新技术，保证第四个五年计划能够在新的技术基础上加快前进。这四条，是年初他在第三届全国人民代表大会上政府工作报告中提出的四个现代化的解释。在顺序上由代表长期目标的工业、农业、国防、科技变换为近期安排不同的国防、农业、工业、科技。三线建设实际已将国防、工业、科技从空间上集中在一起。
1965年6月16日，周恩来带着余秋里赶到杭州，向毛泽东汇报新起草白勺兰五计划设想，初步安排基本建设投资为1080亿元。听了汇报，毛泽东认为：基本建设投资太多，指标定得过高。五年投资要从1080亿元压到八九百亿元，三线建设也要从四五百亿压到300多个亿。建设项目不要搞那么多，少搞点项目就能打歼灭战。粮食4800亿斤能达到吗？1970年钢搞到1600万吨就行了。要留点余地在老百姓那里。
他说：必须立足于战争，从准备打仗出发，把加强国防放在第一位；加快三线建设，改变工业布局，发展农业，大体解决吃、穿、用，加强基础工业和交通运输，把屁股坐稳，发挥一、二线生产潜力，有目标有重点地积极发展新技术。有人担心地提出，这样一来是不是违反了农业为基础、工业为主导的方针和农轻重的次序。毛泽东果断地说：农轻重的次序要违反一下，吃穿用每年略有增加就好。搞农业要靠大寨精神，农业投资不要那么多，要减下来。搞化肥我不反对，但是要靠养猪、养羊、搞绿肥。他还强调：内地建设鉴于过去的经验欲速则不达，还不如小一点，慢一点能达到。工业布局不能分散了。对老百姓不能搞得太紧张。把老百姓搞翻了不行，这是个原则问题。总之，第一是老百姓，不要丧失民心；第二是打仗；第三是灾荒。计划要考虑这三个因素。
根据毛泽东6月16日指示，国家计委重新研究了三五计划的建设规模和主要生产指标，7月21日拟定了基建投资900亿元和800亿元两种方案，并且同各部交换意见。多数部门表示为了保证国防，不争投资和项目，力争少花钱多办事。也有的部门认为投资太少，安排不下去，要求增加。
7月22日至26日，余秋里和小计委负责人连续五个上午向周恩来汇报了调整修改后的三五计划设想《汇报提纲》和1966年年度计划。提出：根据主席的战略思想，必须争取时间，在大小三线把国防工业的基地、原料、材料、燃料、动力、机械工业的基地，以及交通运输系统建立起来，改变我国现有的工业布局，使三线成为坚实的战略大后方。
900亿元方案是毛泽东提出三线建设决策后的第一个较为完备的规划。在投资方案中，三线地区占344亿元，一二线地区占384亿元，另有172亿元暂时分不出地区。
三者之比为382：427191三线地区投资中，西南为222亿元，西北为102亿元，湘西、鄂西为15亿元。其中四川为136亿元，是重点中的重点。国家财政总支出中，乎均每年与1965年相比，国防战备费用增加386％，基建投资增加12％，物资储备增加82％，对外援助增加154％（主要是援