搴旗，身当矢石，万死一生，于今数年，茂功垂集，在戮力渡江，翦除奸恶，惟虑尔众，罔畏厥终，偾厥成功耳。
夫天下者，我皇考之天下，民者，皇考之赤子，顺承天体，惟在安辑，渡江入京，秋毫无犯，违予言者，以军法从事。
呜呼，惟命无常，克敬惟常，尔惟懋敬，乃永无咎。
朱棣对大家说：“行百里者其半九十，若等勉之！吾既至此，奸臣当已魂飞魄死，然困兽犹斗，不可不虑！”
这一天，燕军大举麾师渡江。这又是一场空前的临江决战。当年孙刘联军曾在赤壁大败曹操南下之军，创造了以少胜多、以弱胜强的著名战例。如今的形势则完全不同，燕兵以叛逆之师自北方而来，远离后方又不习水战，朝廷方面不仅是以正击邪，而且兵多势众，表面上，官军从高资港上下、沿江二百里都设有防军，但不幸的是，将心叛离，防线早从内部开始瓦解。而燕军则乘胜鼓勇，孤注一掷，志在必得。
朱棣率师渡江，舳舻相街，旌旗蔽空，戈矛曜日，金鼓之声震天动地。这一天天晴气朗，微风飘扬，长江不波。千万艘战船横穿江面，如履平地。燕军一路南下节节获胜，早在南京传为神兵，虽然忠于朝廷的文武仍主张坚决抗战，但是士兵却对燕兵有一种无名的恐惧。燕军船只黑鸦鸦一片从江面上压过来，官军整军以待，等他们逐渐靠近。眼看燕军已到了眼前，朱棣指挥前锋鼓噪登岸，数百名精锐紧跟着也冲了上来。盛庸带兵起而应战，但无法抵挡燕军的勇猛，迅速崩溃。官军士兵纷纷抛掉武器向山上散去，盛庸乘单骑逃走。来不及逃走的纷纷解甲投降。为了南京的防守，朝廷调来大批海船，列于江面上，此时也都投降了燕军。
拒绝割地讲和
燕军几乎是在没有遇到什么抵抗的情况下顺利地渡过了长江。高资港西距京师一百余里。受到胜利鼓舞的诸将纷纷要求直接向南京进发，但朱棣提出要进攻镇江。镇江在高资港之东，两地紧邻。朱棣说：“镇江为咽喉之地，若城守不下，往来非便。譬之人患疥癣，虽不致伤生，终亦为梗。先取镇江，断其右臂则彼势危矣。”
朱棣命投降官军的海船上都悬挂起黄旗，在江中往来。镇江城上的守军遥望江中船只旗帜都改变了颜色，知道他们都已投降了，在惊愕之余，都感到大势已去。镇江守将指挥童俊早有异志，此时见时机已到，便率众投降了燕军。
在京师周围，镇江处于要害之地。当燕军临江京师紧张备战之时，刑科给事中常熟人黄钺因父丧，丁忧在家。方孝孺前往吊唁时，他们曾屏去闲人讨论国事。黄■说：“苏、常、镇江，京师左辅也。唯镇江最要害，守非其人，是撤垣而纳盗也。指挥童俊，狡不可任，奏事上前，视远而言浮，将有异志。” 他一直关注着镇江的防守，当然会注意到镇江的守将。一个人的内心，常常会通过眼睛表现出来。童俊既已心怀二意，那么当他在皇帝面前奏事时就会“视远言浮”。童俊的投降证实了他的判断。
六月初八，燕军进驻龙潭。在这里已可以遥望钟山了。朱棣一望钟山，不禁怆然泣下。诸将对朱棣流泪不解，问道：“今祸难垂定，何以悲为？”朱棣说：“往日渡江即入京见吾亲。比为奸恶所祸，不渡此江数年。今至此，吾亲安在？瞻望钟山，仰怀孝陵，是以悲耳。”朱棣是越说越伤心，弄得诸将也跟着掉了不少眼泪。
燕军日日逼近京师，宫中的气氛更加紧张。靖江卫王府长史萧用道、衡王王府纪善 上书中论战守大计，对当政大臣颇有批评。建文帝将上书交给群臣讨论，想不到一位当政大臣 竟盛气诟骂二人。右副部御史练子宁对这位当政大臣的专横极为不满，起而说道：“国事至此，尚不能容言者耶？”这位骂人的当政大臣自知国事弄到这步田地，自己有推卸不了的责任，也感到了惭愧，停止了诟骂。但面对燕军的南下，举朝上下仍然计无所出。有的建议建文帝逃往浙江，有的建议逃往湖湘，莫衷一是。前线的恶噩一个接着一个，沿江海船都已投降了燕军，燕师渡江，镇江守将投降，一向不懂得着急的建文帝此时忧心如焚。他徘徊于殿庭之间，看着身边一群噤声不语的文武官员。他们平日里高声阔步，谈古论今，如今竟拿不出个安邦救国之策！建文帝忽然停住脚步，令内官传方孝孺进宫。
方孝孺此时正在家中养病，但宫内宫外的事，他一刻也未从心中放下。听到皇帝召见，他赶忙强起赴朝。照例文官要从东华门进宫入朝，他老远地在东华门外就下了马。他缓步走进东华门，进入文华殿。天气已经很热了，他本来身体就欠佳，此时又将朝服冠带裹得严严的，身上早就是大汗淋漓了。他想在文华殿略作喘息，落落身上的汗，等待皇帝接见，但刚一落座喘息未定，内臣便宣皇帝召见。他缓步走上奉天殿的台阶，一下就感到了宫中紧张的气氛。皇帝并没像以往一样端坐在御座上，而是在殿中走来走去。皇帝开始似乎并未注意他的到来，他看到本来就文弱的建文帝，此时更增加了几分疲惫和憔悴。在国家危机存亡之秋，正是需要为天子分忧的时候。方孝孺此时的心也如同火焚，他恨不得拼一腔热血拒敌于疆场，但他感到屯聚于城外的贼兵就如同这身被汗水湿透了的朝服一样，裹在身上解不掉，甩不开。建文帝觉察到他的到来，突然停下脚步，转过身来，也顾不得君臣礼仪，近头就问：“今事已急，请问先生计将何出？”方孝孺早在路上就想好了要说的话，略加思索，便答道：“今城中尚有劲兵二十万，城高池深，粮食充足，尽撤城外民舍，驱民入城，足以为守，城外积木悉运入城。”方孝孺提出的办法，正是坚壁清野的办法。他希望燕军在城外得不到物资支持，不能久驻，同时固守坚城以待援军。
建文帝听从了方孝孺的建议，于是下令调遣军民商贾及诸色人臣，赶赴城外，日以继夜，拆除屋宇，搬运物资，不给燕军留下任何可用的东西。拆下的砖瓦木料越积越多，家园毁坏后搬出的物资到处都是。当时天气炎热，拆物运物的人们又得不到休息，苦不堪言，时间长了不免嗟怨之声。形势日益紧张，督役的人限令尽快将物资运完，实在运不了的，便放火烧了，大火连日不息。与此同时，另一批军人民夫在日夜加固京师的城墙，夯土喊号之声不绝于耳。人多手杂，指挥不善，修筑又不得法，刚筑好的一段墙又被震塌了，只好再筑。
方孝孺仍希望能借和谈推迟燕兵的进攻。他又向建文帝建议说：“前遣郡主未能办事，今以诸王分守城门，再遣曹国公李景隆、茹尚书（茹瑺）、王都督（王佐）往督龙潭，仍以割地讲和为辞，用觇其虚实，且以待援兵至。那时，选精锐数万，内外夹击，决死一战，可以成功。万一不利，则车驾幸蜀，收集士马，以为后举。”于是建文帝下令谷王朱穗、安王朱楹分守都门，派李景隆等往见朱棣。
李景隆、茹瑺、王佐来到龙潭燕王帐下。按明朝礼制规定，亲王地位下天子一等，公侯以下都要向亲王匍匐行礼。李景隆虽位至曹国公，仍不能不跪倒，兵部尚书茹瑺、都督王佐更不在话下了。燕王的封号早已在建文元年被削除了，但此时他们又不能不对朱棣以燕王相称。燕王雄武自有一股威风煞气，一般人见了，都恨不能敬而远之，曹国公见了竟低头不敢仰视，伏在地上惶恐地流下汗来。这倒不是因为他在地位上低燕王一等，而因为他是朱棣手下的败将，而此次来是有求于朱棣。倒是朱棣先开了口，说道：“勤劳公等至此，雅意良厚。”话中不无讥讽，李景隆一时语塞，竟说不出话来，他再三叩头之后才说了要求割地请和的话。这下又惹出朱棣一大套话来。朱棣说：“公等今为说客耶？始吾未有过举，辄加大罪，削为庶人，以兵图逼，云‘大义灭亲’。吾今救死不暇，何用地为！且今割地何名？皇考混一天下，为天子、诸王裂土分封，各有定分，割地说，此又奸臣之计也。吾今之来，但欲得奸臣耳。公等归奏上，但奸臣至，吾即解甲免胄，谢罪阙下，退谒孝陵，归奉北藩，永祗臣节，天地神明在上，吾之此心，明如皎月，不敢渝也。”朱棣又借此机会宣传了一番。
李景隆空手而回，建文帝再问计：“不欲割地，计将安出？”李景隆说：“彼必欲得罪人，然后可以退师。”建文帝又命李景隆再出城，让他对朱棣说：“有罪者俱已窜逐于外。无在京师者，俟执来献。”但李景隆迟疑不肯出城，他请求建文帝命在京诸王与他一道去见朱棣。
李景隆与谷王朱穗、安王朱楹一道再次来到朱棣驻地。朱棣见了诸王态度自是不同，一则他们是亲兄弟，二则是在京诸王也遭到建文帝的不同处分，他们是同病相怜，正好借此互通声气。朱棣与朱穗等互道劳苦问候，朱棣说：“吾为奸臣所逼，危如累卵，今幸见骨肉！奸臣不轨，欲次第见倾，若落彀中，则覆诸弟如剿■耳。”朱棣说着，又流下了眼泪。诸王提到割地请和的事，朱棣说：“诸弟试谓斯言当乎否乎？诚乎伪乎？果出于君乎？抑奸臣之谋乎？”谷王朱穗等现在虽被建文帝派遣，但在建文即位之初，他们都曾是防范的对象，因此他们对朱棣的话很能听得入耳。他们纷纷说道：“大兄所洞见是矣。诸弟何言？诸弟之来，岂得已哉！”朱棣再次表白说：“吾此来但得奸臣而已，不知其他。”于是李景隆、谷王在一次宴请之后，再次空手而回。
六月十二，建文帝派人秘密前往各地催促援兵。到各地去的人都带有用蜡丸密封的建文帝的谕令。但这时燕军已逼近京师，严密防查从京师出来的人，他们大都被燕军抓获，极难离开京师。而此时王叔英募兵于广德，姚善起兵于苏州，练子宁募兵于杭州，黄观募兵于上游。为了取消朱棣的口实，被他指为奸臣的齐泰、黄子澄再次离开了京师，齐泰到广德从王叔英，黄子澄往苏州从姚善。但由于募兵行动得太晚，形势已对朝廷不利，王叔英在广德募兵竟无人响应，黄子澄想航海到外洋征兵也没有结果。 即使募到兵也来不及赶赴京师了。建文帝盼援兵不见，一筹莫展，与方孝孺执手而流涕，只好命徐辉祖等分道出御。
这时谷王朱橞、曹国公李景隆等把守金川门，以城中兵力而言，尚可抵挡一阵。但守城诸将并不齐心，甚至左都督徐增寿也被发现与朱棣勾结，心怀二志。一日在殿廷上，徐增寿徘徊不安，群臣从他心神不定的神态看出他要图谋不轨，打算做燕军的内应。御史魏冕、大理丞邹瑾忍无可忍，决心防患于未然，一步冲出朝班，抓住徐增寿便打，十七八人也一同拥上动手，并请求皇上立即将徐增寿处死 。可建文帝仁柔心肠，竟宽宥了他。
六月十三日，燕兵进至金川门下。金川门为京师北门，面对大江，最为冲要，把守此门的正是谷王朱橞和曹国公李景隆。因为朱棣了解南城中尚有实力，一时还摸不清底细，不敢冒然攻城。他还是先采取了攻心战术，他先命人请皇嫂来军中，皇嫂即其兄懿文太子妃常氏，常氏来到后，朱棣向她又述说了一遍建文帝的罪状和兴兵的原因 ，仍想把自己带兵前来说成是合法的。同时，