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这案初发时，朝鲜人嫔妃任氏、郑氏便自缢而死。黄氏、李氏被鞫处斩。黄氏死前援引了很多人。李氏说：“反正都是死，干吗要牵连别人！要死我自己死！”终于不诬一人。这时朝鲜诸女大都被诛杀，只有崔氏在南京而幸免。朱棣曾命南京的宫女北上，崔氏因病未成行。惨杀开始时，韩氏被幽闭在空室，好几天不给饮食。守门宦官可怜她，有时在门口放些吃的，因而没有饿死。但她的从婢却全部被杀了。韩氏的乳母金黑也被囚于狱中，事后才得赦免。
就在朱棣滥杀的时候（永乐十九年），四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、华盖、谨身三大殿被雷击中起火。大火冲天，力救不及。经十余年耗尽民财才修建成的壮丽宫殿，就这样化为灰烬，很多人丧身火海。宫人们却庆幸火灾的发生，以为天降的大火可能会使皇帝的虐杀稍稍收敛。在当时的人们看来，天变是对人事的惩戒。人事有错误，天才震怒降灾。
第二天，朱棣下了一道诏书，对上天的惩戒表示自责：
朕躬膺天命，祗绍鸿图，爰仿古制，肇建两京，乃永乐十九年四月初八日奉天等三殿灾，朕心惶惧，莫知所措。意者於敬天事神之礼有所怠欤？或法祖有戾而政务有乖欤？或小人在位贤人隐遁而善恶不分欤？或刑狱冤滥及无辜而曲直不辨欤？或谗慝交作谄谀并进而忠言不入欤？或横征暴敛剥削掊■而殃及田里欤？或赏罚不当 财妄费而国用无度欤？或租税太重徭役不均而民生不遂欤？或军旅未息征调无方而■饷空乏欤？或工作过度徵需繁数而民力凋弊欤？或奸人附势群吏弄法抑有司■茸罢软贪残恣纵而致是欤？下厉于民，上违于天，朕之冥昧，未究所由，尔文武群臣受朕委任，休戚是同，朕所行果有不当，宜条陈无隐，庶图悛改，以回天意。
朱棣认错反省的态度似乎极为诚恳。到了十三日，朱棣再次下诏，宣布将“见有不便于民及诸不急之务者，悉皆停止，用苏困弊，仰答天心”。然而，后宫的杀戮并未被列入他的反省范围之内，朱棣“恣行诛戮，无异平日” ，并没有停止对宫人的诛戮。先后因二吕之案被杀的竟有三千多人。
朱棣如此狂杀滥诛，还有一个原因。朱棣晚年庞爱贵妃王氏。据说王氏有贤德，侍奉皇帝皇后恭谨如一，在宫闱之内肃雍有礼，和蔼仁厚，掌理庶务有条不紊，甚为朱棣所重。朱棣晚年有病，常常发脾气，王贵妃常常从中调护，以免宫人们受到谴责。自皇太子、亲王公主以下都很信赖王氏。朱棣甚至有立王氏为皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的丧心风病。自此以后，朱棣处事更多错谬，用刑也更加残酷了 。
朱棣在临死前的几个月还要求朝鲜进献美女，这时朱棣已经是六十五岁的老人了。
然而，这些可怜的淑女，不论是何处选来，也不论受宠与否，最后在宫中也难免一死。原来，明朝初年仍然保持着为皇帝殉葬的制度，朱棣死时，被殉葬的宫人有三十余人。即使最受宠爱的韩氏和在吕氏惨案中幸免于难的崔氏亦在其列。殉死那天，要赏她们一顿酒宴，随后，把她们领入大堂，这时大堂上已经安置好了许多小木床。只听得哭声震天，宫人们一个个被强迫站在木床上，把头伸进吊好的绳套中。站在一旁的宦官将床一撤，宫人们便升天了。韩氏死时，呼喊着自己的乳母说：“娘，我去了！娘，我去了！”喊声未绝，床已撤去。虽然殉葬者的家属被称为朝天女户，受到优恤，殉葬者也会得到好听的谥号，并被葬入皇陵，但这又怎能补偿她们被断送的青春和被虐杀的生命！
朱棣即位不久，曾自我标榜说：“人心诚不可有好乐，一有好乐泥而不返，则欲必胜理。若心能静虚，事来则应，事去则如明镜止水，自然纯是天理。朕每朝退默坐，未尝不思管束此心为切要，又思为人君，但于宫室车马服食玩好无所增加，则天下自然无事。” 朱棣虽然称不上是个荒淫无度的皇帝，但也绝不是真的清心寡欲，朱棣刚一即位，便下令“求民间识字妇女入内职” 。永乐元年，又命礼部访求在京官员军民之家女子年十五至二十容止端正、性情闲淑者备王妃之选 。他曾命女官蔡氏到杭州选识字妇女入宫，闹得民间骚动。当时有人作诗说：“已云玉闰归马足，更妆金屋贮娥眉。”“临别亲邻莫惆怅，从来生女作门楣。” 朱棣平时吃饭要有宫女伴唱 ，晚年因为身体有病，朝参也要有宫女陪伴搀扶 ，这在整个明朝都是很特殊的。
朱棣一共有四个儿子，长子朱高炽便是后来的仁宗皇帝。朱高炽虽为长子，又仁贤，却不为朱棣喜欢。他很胖，因而很笨，走路要人搀扶，还不免失足，当然难以带兵出去打仗了。朱棣最喜欢老二朱高煦。朱高煦被封为汉王，他从小不肯读书 ，为人凶悍，靖难之役中屡立战功，几次救朱棣转危为安。朱棣想立他为太子，却遭到大臣们的反对。大学士解缙的死，黄淮的下狱，就与他们跟朱高炽的关系有牵连。幸亏朱高炽有位聪明伶俐的儿子朱瞻基，很为朱棣所爱，朱高炽的太子地位才得以保住。朱棣死后一年多，朱高煦便起兵造反，想夺取皇位，这时是朱瞻基在位，亲自率兵东征，兵临城下，高煦不战而屈，最后仍未免一死。朱棣的三子朱高燧，封为赵王。四子朱高爔，未封而殇。
朱棣的母亲是谁？自明朝以来便众说纷纭。按宗法制说，谁与朱元璋最亲，谁便有资格做皇帝。于是朱棣反复宣称自己“乃父皇太祖高皇帝亲子，母后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，■居众王之上。”这一招确实在他夺取皇位中起了大作用。但人们还是渐渐发现各种官私记载与朱棣所说大不相同，这些记载之间又互不相同。有的说朱棣与周王朱■是高皇后所生，而太子及秦王、晋王等都是庶出。有的说朱棣是达妃所生，太子与秦王、晋王则是高皇后所生。有的则说朱棣的生母是■妃。还有说朱棣是元顺帝妃洪吉喇氏所生的，或说是元顺帝妃瓮氏所生的，或是说元顺帝的高丽妃所生的。
成祖既然说他是皇帝亲子，皇后亲生，他于即位后便无法改口了，生母的姓名、身份被隐瞒起来，应有的礼仪封典也只能给高皇后了。朱棣的生母究竟是谁？明南京《太常寺记》认为是■妃，而懿文太子、秦王、晋王，皆李妃所生。这不仅从看守孝陵的阉人口中得到旁证，而且明朝就有人为此专门进入寝殿探寻究竟。殿里的情况果如《太常寺记》所记：在享殿中，太祖朱元璋与皇后马氏座位座北朝南，左淑妃李氏等座东向西，惟■妃座西向东。明人尚左，这说明■妃除高皇后外地位高于其它妃嫔。原来这是个不可张扬的秘密。朱棣为了自己皇位坐得稳一点，不敢公开承认自己的生母，只好把■妃偷偷供奉在这里。明人有诗写道：“成祖重所生，嫔德莫敢齐。一见异千闻，《实录》安可稽？”《实录》关于朱棣是孝慈高皇后（马氏）所生的说法是靠不住的。关于■妃，有的野史说她是高丽人。燕王出生后，马皇后养为己子，便将■妃赐死了，据说是用铁裙之刑致死的，是否确实，已不得而知了。
永乐二十二年（1424年）明成祖带兵出塞进行他的最后一次北征，但师抵漠北，不见敌人踪影，原来阿鲁台早已带着部属远逃了。一天，他对身边的杨荣、金幼孜说：“昨夜三更我做了个梦，有个像画中神人模样的告诉我：‘上帝好生。’难道上天有意保护他们这些蒙古人吗？”行军途中，朱棣见往年用兵时死于塞外的白骨委弃路旁，不禁心怀恻然，命人收拾道中遗骸，亲写祭文，加以悼念。大军继进，仍不见敌，这时军中已经乏粮了。杨荣请求将皇帝供用之余都给予军士，又让军士互相接济借贷，等回到关内官府加倍偿还。但北征军仍久久不见敌踪。朱棣这时不能不感到后顾之忧，也感到疲乏了。他说：“北地早寒，一旦有风雪之变，归途尚远，不可不虑。”于是决定就此回师。
七月十七日庚寅，大军行至榆木川，朱棣竟然积劳病倒，骤然去世，时年六十五岁。一代雄主就这样退出了历史舞台。
这时六师在外，京师无主，朱棣左右商定绝对不泄露朱棣逝世的消息。内臣马云与大学士杨荣、金幼孜商议，将军中的锡器收集起来熔成一榇（棺），将朱棣收殓了，然后将锡匠杀死。这样人不知鬼不觉，将榇放在龙■上，每天早晚照常上膳。大军继续朝京师进发，同时派人密报太子。
太子朱高炽不久即位，这便是仁宗。朱棣被安葬在天寿山长陵，与徐氏合葬，尊谥称“启天弘道高明广运圣武神功纯仁孝文皇帝”，庙号太宗。嘉靖年间，嘉靖皇帝闹大礼，要尊本生父母，于是修改朱棣谥号为“启天宏道高明肇运圣武神功纯仁至孝文皇帝”，庙号则称成祖了。
明成祖朱棣是一个很了不起的皇帝，不用说在明史上，就是在整个中国历史上，也应该占有重要的一席。然而朱棣果真是个圣主贤君吗？这是个颇费思索的问题。如果要从官书的记载中找一些材料证明他的贤明，那是很容易的，比如他关心民生，勤于政事，永乐元年他曾说：
朕即位未久，曾恐民有失所，每宫中秉烛夜坐，披阅州郡民籍，静思熟记，何郡近罹饥荒，当加优恤，何处地迫边鄙，当置守备，旦则出与群臣计议行之。近河南数处蝗旱，朕用不宁，故遣使省视，不绝于道。如得斯民小康，朕之愿也。
比如他安不志危，勤读不怠。永乐九年二月癸卯，朱棣在右顺门披览奏章，御案上镇纸金狮欹侧将坠，给事中耿通赶紧移置案中。朱棣就此做了一番说教：
一器之微，置于危处则危，置于安处则安。天下，大器也，独可置于危乎？尤须安之。天下虽安，不可忘危，故小事必谨。小不谨而积之，将至大患，小过必改，小不改而积之。将至大坏。皆致危之道也。
他还曾说过：
朕德谅薄，托於万姓之上，惧弗克负荷，夙夜祗事，不敢暇豫……夫戒谨者，治之所兴，宴安者，乱之所自。
不论出于什么目的，朱棣确实是个勤奋的皇帝。永乐初，他每天“四鼓以兴，衣冠静坐”，“思四方之事，缓急之宜”。上午有早朝，下午有晚朝。外朝处事完毕，还要处理宫中之事。“闲暇则取经史览阅，未曾敢自暇逸”，“诚虑天下之大，庶务之殷，岂可须臾怠惰！一怠情即百废弛矣。 ”有人建议他务简默，他回答说：“人君固贵简默，然天下之大，民之休戚，事之利害，必广询博闻然后得之。”“不如是不足以尽群情。 ”因此他事必亲闻。他曾指责通政司“四方奏疏非重务者，悉不以闻”。他说：“朕主天下，欲周�