张士诚本可以在1360�1364年的“水木┪烂鳌闭秸型掠蚜铝掀鹄炊灾煸扒昂蠹谢鳌�
但他抱着让明教徒们两败俱伤的意图而袖手旁观，现在他必须为此付出代价。比以前强大一倍以上的朱元璋已经对他具有了绝对优势。朱元璋派遣徐达、常遇春进攻张士诚在扬子江北的控制区，另一方面派殷野王率天鹰旗进攻浙西，最后两军南北夹击，合围苏州。虽然张士诚已经注定失败，但是朱元璋在这场战争中仍然遭到了猛烈的抵抗。抵抗主要来自江南士绅对明教红色恐怖的厌恶。在天鹰教肆虐的时代，他们曾经饱受蹂躏。虽然朱元璋已经竭力向儒家传统靠拢，但在江南上层阶级眼中，他仍然是不折不扣的异教徒。而张士诚已经受到帝国的招安，反而成为正统的象征。对苏州的围攻维持了十个月之久，殷野王也战死在苏州。
最后，常遇春的军队打开了苏州城门。随后苏州遭到了残酷的屠杀。战后，朱元璋命令将城中富户迁徙到北面的荒凉地带，并对整个地区课以重税。在这次战役中，朱元璋显示了他暴戾的性格。在以后的三十多年中，整个中国将反复感受到这一点。
在扫清了南方的几个强敌后，剩下的几个野心家已经无力和朱元璋对抗。朱元璋现在将目光投向更为重要的北方。应该注意到，在中国历史上从来没有过一次南方征服北方的先例。
诚然，朱元璋所号称的“吴国”，其前身曾在公元前5世纪初短暂地取得过中原的霸权地位，但其覆灭也同样迅速。对于汗八里的统治者来说，刘福通北伐的失败，不啻于再一次证明了北方的决定性优势。因此，朱元璋在长江流域和陈友谅及张士诚的战争，更多地被他们视为南方叛乱者内讧和覆灭的前兆，而非一个新帝国的兴起。但是如果不是帝国政府本身在北方的分裂和内乱，他们本可以更好地利用这个机会对南方的叛乱者们加以打击。
在察罕死后，他的儿子扩廓帖木儿继承了他的爵位，官职和军队——以及汗八里政府空穴来风的猜疑。如果说朱元璋是张无忌的政治继承者，那么扩廓也接收了汝阳王府的武术家集团——这一集团的前身是三十年前札牙笃汗的御用军团。金刚门的僧侣，西藏的武术喇嘛，以及其余向蒙古政府效忠的武术家们，现在成为扩廓的王牌。在成为他的第一个成就就是派包克图擒拿了刺杀他父亲的田丰等人，挖出了他们的心肝祭奠察罕。这给朱元璋带来了旷日持久的噩梦。为了预防扩廓可能的暗杀，他有段时间每天都和周颠睡在一张床上。
扩廓向乌哈噶图汗保证在五年之内平定全国的局势，赢得了这位末代皇帝的信任。依赖这支特种部队他很快击溃了山西的勃罗帖木儿，后者虽然也是资深的军阀，但很快发现这位新崛起的年轻人不可小视。在进攻冀宁的战役中，他被扩廓击败而难以南下。勃罗没有再在河南和扩廓对峙，而在1365年七月出其不意地直接翻越太行山，从居庸关进犯汗八里，史称“乙巳之变”。扩廓闻讯后立即率军追击，并命令部将白锁住率军三万主持汗八里防务，另外分兵四万进攻大同。但勃罗帖木儿并未被挡住，终于攻入北京，随后挟持了帝国政府，任命他本人为右丞相。当扩廓率军赶到北京城下时，皇帝已经在勃罗的左右下下诏命令他们和解。扩廓并未从命，而是打出了他的王牌，让金刚门的秘密武术家们刺杀了勃罗。随后带着他的喇嘛们进入了北京。
“乙巳之变”让乌哈噶图汗对扩廓失去了信任。皇太子爱猷识里答腊——亦即未来的必里克图汗（昭宗）——秘密联络扩廓拥立自己，尽管被扩廓所拒绝。但是乌哈噶图汗仍然怀疑扩廓在图谋不轨，他要求扩廓立即离开北京，南下去进攻明教徒。扩廓服从了，回到了河南的属地。在那里他看到明教已经强大到不可能通过一两次战役就剿灭的地步，因此私下同朱元璋议和，并赈济河南的灾民以防止他们投入明教的怀抱。他提出了一个以议和争取时间，然后东西并进，摧毁叛乱者的战略，而这必然要求全国所有的军队都归属他的指挥。为此他擒杀了貊高、关保等跋扈的地方军阀，同时要求李思齐，张良弼等将领对他服从。这在乌哈噶图汗眼中无不成为了扩廓谋叛的证据。他在1368年下诏褫夺了扩廓的一切官职爵位，并命令所有忠于帝国的军队一起进攻扩廓帖木儿。其罪名是“以扩廓帖木儿付托不效，专恃欺隐，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，以赈米则资盗，以谋款则斩帅，种种罪恶，非磔示无以惩之”。具有讽刺性的是，正当这道诏书通传全国时，使得扩廓成为蒙古人所唾骂的卖国贼时。朱元璋已经在当年一月称帝，并且开始了大张旗鼓的北伐。扩廓在南北夹击下无力做出任何有效的抵挡，只能坐视朱元璋的军队自南而北，一路势如破竹地占领山东，河南和河北，最后攻入汗八里。乌哈噶图汗在汗八里沦陷前，又紧急恢复了扩廓的官爵和权力，然而一切已经太迟了。
张士诚的覆灭和元帝国持久的内乱为朱元璋宣布恢复古老的中华帝国扫除了最后的几个障碍。朱元璋在1368年中国历新年登基，宣布自己是中国皇帝。他并没有按照历史上的惯例，将他的帝国命名为“吴”，而不无突兀地使用了“大明”的国号。直到这个帝国在近三个世纪后覆灭，人们都以大明称呼这一阶段的中华帝国。就此而言，明教在中国历史上留下了不可磨灭的痕迹。这是自摩尼教创始以来最大的辉煌，但也是最后的余晖。在整个六十年代，朱元璋在一群知识分子的协助下，一直不遗余力地将他控制下的明教组织改组为正统的儒家政府，并将其中的异端色彩降低到最低程度。为此，他甚至放弃了对教主之位的要求。
这一点当然不会不引起说不得，周颠等教中元老的警觉，在驱除野蛮人，统一中国的崇高名义下，他们不得不一再做出妥协，但在国号问题上，他们停止了让步，并威胁要举行兵谏。朱元璋手下的将士们，尽管已经日益成为新的统治利益集团而淡漠了弥赛亚主义的信念，但仍然希望新的国号能够反映他们当年的梦想。他们说服了朱元璋，“大明”的含义和他的姓氏正相匹配：据说火神祝融的一个名字就叫做“朱明”。最后，儒生集团也同意了这个国号，因为他们在儒家经典中为之找到了依据。在最古老的儒家文献《诗歌书》中，有一篇就叫做《大明》：“下面是光明的，而上面是显赫的……上帝注视着下界，而诫命已经下达……伟大的武王啊，消灭了强大的商朝，在一个明亮的早晨。”
但除了国号之外，朱元璋不愿意再保留任何明教的痕迹。在他着名的即位诏书和北伐檄文中没有体现明教的教义。而在后来的官方历史书写中，朱元璋及其政权及明教组织的关系也被小心翼翼地描述为暂时的屈从和相互利用。更加戏剧性的是，朱元璋在即位后第三年下诏禁止一切“旁门左道”：白莲宗，弥勒宗和天鹰教等明教支派都被当作荒诞的异端邪说遭到禁止。尽管朱元璋竭力和明教拉开距离，但是正如史密斯教授所说：“朱元璋，不管其承认与否，骨子里都是一个明教徒。即使在他放弃明教信仰后很久，他的许多残酷的政治举措仍然要从早年的宗教生活中找到原因。他对人民行为控制的严厉，对官员贪腐的恐怖惩处，对臣僚绝对忠诚的要求，对奢华生活方式的摈弃，无不渗透着明教教义的影响。他一生都在为了缔造一个纯洁的光明世界而奋斗。这使得他所统治的时代比起之前和之后的许多时代都更为怪异地远离中国传统的社会形态。”（《明教史研究》，剑桥，1998，第45页）在68年的北伐攻势后，乌哈噶图汗和他的朝廷仓促地退守漠北，但是仍然宣称自己是全中国的皇帝。这不能不引起朱元璋的愤怒，他急不可耐地命令史官修撰了《元史》，并送给乌哈噶图汗“恭顺的皇帝”这样一个侮辱性的称号。与此同时，统一中国的战争仍在继续着。元帝国的残部并未像朱元璋所设想的那样恭顺归降，在扩廓的几次反击下，它幸存了下来，并历经种种变迁一直保存到十七世纪，才臣服在满洲征服者的脚下。但除此之外，中国的其他部分都顺利地并入明帝国的版图，只有在攻打四川的明夏政权时，遭到了一些阻力。
在明玉珍死后，他的儿子明升继任为有名无实的明教教主，并拒绝了朱元璋招降的建议。
1371年五月，朱元璋派遣傅友德从陕西直捣成都，与此同时，廖永忠从扬子江率舰队进攻重庆。他们遭到最后一批虔诚明教徒的顽强抵抗，伤亡惨重。但最后，明升和他的教众们向重庆江面的廖永忠舰队投降。廖永忠的过分得意让他做出了皇帝所未曾料想的举动，他狂妄地宣布明教就此终结，并吐露了十三年前朱元璋杀害张无忌的秘密。这个惊人的消息，尽管已经失去了时效性，仍然迅速传播开来。虽然在十三年后，已经没有人敢于公开反对新皇帝的权威。但将士们仍然对皇帝曾经犯下的罪行感到不安。朱元璋当然矢口否认这一切，他处死了吐露机密的廖永忠，并安抚其他的将军们，但他们之中的大多数人都在此后十多年中以各种罪名被杀害。四散人也遭到了清洗而纷纷离开南京，不知所踪。据说说不得曾经在皇宫墙外留下一首意味深长的讽刺诗：“大千世界浩茫茫，收拾都将一袋藏。毕竟有收还有散，放宽些子也何妨。”
张三丰本人已经在1369年去世，在他死前，终于看到了蒙古人被驱逐出中国本土。但他的继承者现在被另一个问题所困扰。1373年，俞莲舟和一批武当的武术家们闯入南京的皇宫，再一次和朱元璋会面。武当方面要求朱元璋就张无忌之死做出解释，否则就要杀死他。
朱元璋没有解释，而是写下了一个奇怪的短语：“天下”（Under Sky）。武术家们沉默了片刻，随即离开了皇宫。第二年，俞莲舟宣布退休，将掌门的职位传给了俞岱岩的学生谷虚子，这标志着武当成为了一个完全意义上的出世门派。新上台的武当领导人和张无忌之间关系已经极为疏远，不可能再为他报仇。在剩下的三个世纪中，武当和南京与北京的帝国政府之间，保持了长久的和平状态。
如果武当曾经对朱元璋进行报复的话，唯一的报复则发生在十五世纪初的靖难战争时期，朱元璋的孙子建文皇帝——他对于祖父发家的事迹并不熟悉——在战争濒临失败时向武当求助。武当拒绝了他。此后，作为胜利者的朱棣出于对武当的感激或愧疚，在武当山修建了规模宏大的道观。武当与明皇室自此后变得相当友好，以至于在清朝取代明朝后，武当成为地下抵抗组织的重要力量之一。
但对于感到被欺骗的明教徒来说，没有什么约束能够阻止他们向篡位者复仇。在朱元璋宣布禁止明教后，大大小小的“明王”再度兴起，要推翻虚伪的明朝，重新建立真正的光明世界。然而旷日持久的反元战争已经耗尽了民众对起义的兴趣，他们渴望安定的环境。这些小规模的暴动很快被扑灭。在明教与重新稳定下来的江湖主导势力之间的鸿沟越来越大。在几代人的时间里，十四世纪中期的携手合作就被遗忘，明教的残余再度被