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他说：“中央军委根据当前我军发展形势，根据地建设，认为有必要来一次整军。我认为这是非常正确的。随着这几年我军扩军工作的发展，我们的力量有了很大发展，但是，也有很多问题，国民党散兵兵痞、流氓、土匪、奸细、敌探都会混进来，影响我军的素质，部队中官打兵的军阀主义现象，许多党的组织因紧张的战斗，缺少对广大党员进行经常性的教育，党员发展工作在复杂环境中进行，教育不够，难免会发生问题，因此，要加强军队建设，开展整军运动是十分必要的。”王稼祥说：“我们必须认真地对待这次整军，加强党对军队的领导，清除异己分子，敌特分子，和严重违纪分子，严格按党员标准发展新党员，建立对部队经常审查制度，对新党员进行集中训练一次。要用马列主义阶级教育、无产阶级思想意识教育部队，用党的政策教育部队，提高部队战士理解党的政策水平和遵守执行的自觉性。”傅钟说：“为了保证这次整军的质量，我看有必要成立相应组织机构，并派巡视团，各主力兵团再派检查员，层层检查；这样，就能保证质量。”谭政说：“我完全同意这种做法。”经过讨论，总政治部立即起草了文件，下发下去。1939年2 月，八路军总部发出了整军训令，华北各部队连续进行了三期整军。1939年6 月22日，中央军委和以谭政为主要负责人的军委总政治部又指示全军，“在巩固部队方面应继续整军”，并指示“新四军及华中部队应采取八路军之经验，加强教育工作（除抗日教育外应加强阶级教育），加强党的工作，务求关于目前形势及我党任务的解说工作，深入战士群众。”为了使整军工作在战争环境中有领导、有计划、有秩序地进行，在谭政及军委总政治部统一要求、号召下，各部队各级政治工作机关，根据各自的实际情况，都制定出整军政治工作保证计划，与军事、后勤机关密切配合，努力创造条件，利用战斗的间隙，分期分批抓紧开展了对部队的整训工作。有的地区（如冀南），还成立了整军的统一领导机构——整军委员会，加强了对整军工作的领导。
以谭政为主要领导的军委总政先后派出了考察团、巡视团，分赴晋西北、晋察冀、冀中、冀南、冀鲁豫等地区，加强了对部队工作的检查和指导。在谭政等总政领导的指导与关怀下，整军工作获得了明显的效果。通过整军，深入开展了党的路线教育、政治工作作风传统教育以及文化教育等，逐步确立了干部、战士、党员的政治、文化教育制度，审查和整顿了干部队伍，实行了对干部的定期审查和鉴定制度，加强了对新干部的培养和训练，增进了新老干部之间的团结，加强了各级领导。同时，洗刷了混人部队的敌探、奸细、土匪、兵痞、流氓，保证了部队的纯洁性，基本上克服了一些部队存在的严重逃亡现象。许多部队还运用民主的方法，整顿了官兵之间的关系，克服了打骂现象等军阀主义倾向和自由散漫等游击习气。
整军中，在谭政等军委总政的领导下，各部队都把加强党的建设摆在了首位。由于部队数量的猛烈扩大，大量发展党员的结果，形成了部队中抗战前的老党员比例下降、新党员占绝对多数的状况（据军委总政1940年统计，八路军、新四军中的新党员占党员总数的百分之八十以上）。加之其他原因，如新党员发展工作环境复杂、速度快、党内教育不够、党内民主生活不健全等原因，造成了部队中党的组织不纯，党员队伍素质下降等现象。为了解决上述问题，加强部队中党的建设，以谭政为主要领导的军委总政治部先后于1939年6 月和7 月13日，发出《关于加强部队党内教育的训令》和《关于加强党的工作的训令》等，指示各级政治机关在领导整军工作中，“应以巩固党，强化党的工作，加强党内教育，作为目前党的工作的基本方向”，并决定在三个月内，将党龄一年及一年半以内的新党员，举行了一个有计划大规模的训练。
在谭政等军委总政的推动下，八路军野战政治部召开了晋东南各部队第一次组织工作会议，并且在发出的《政治整军训令》中，更加明确地指出了“政治整军的主要内容是加强党的绝对领导”，“各兵团首长必须以加强党在部队中领导为目的而工作”。这样，各部队对党员队伍进行了审查工作，洗刷了混入党内的异己分子、投机分子及敌探奸细，处罚了违犯党纪的党员。同时，在发展党员工作上，坚持了积极的慎重的个别发展的方针，严格按党员标准和手续接收新党员，建立了党员的经常审查制度，加强了党员的系统教育和党员实际生活的锻炼。开办了干部党员、新党员等各种训练班，进行马列主义的阶级教育、共产党员的标准、思想意识教育等，加强对党的决议、政策的专门讨论，提高了党员掌握党的政策、实现党的政策的水平。此外，各级政策机关还特别注意加强了连队党支部的建设，普遍开展了对支部书记、支部委员和党的小组长的培养训练，建立健全了支部委员会的组织与工作。在整军中，谭政还十分重视加强新部队的政治建设。1939年2 月25日，在谭政主持下，军委总政治部指示各级政治委员和政治机关，在整军工作中，应特别注意对我党领导力量薄弱、把握最少的新部队的整理。6 月，中央军委及总政治部又发出了《关于整理与巩固新部队的训令》，指示各主力兵团，选派有能力有经验的干部组成考察团、巡视团，分派各地，协同当地党政机关进行帮助整理与巩固新部队及地方武装。在新部队中，建立、健全党的领导和政治机关，确立党的活动和政治工作的合法地位，提高政治委员及政治工作在新部队中的威信。此外，在整军中，以谭政为领导的军委总政治部还协同中共中央、中央军委，对残废军人的待遇问题做出了妥善的处理。1941年10月1 日，中共中央、中央军委、总政治部发出《关于妥善处理残废军人的指示》，指出：战争持久，残废人员的数量将随之增多，处理残废的工作将益加繁重，而这个工作又与提高我军战斗力是不能分离的。因此，对残废军人，不论新老、不论干部与战士，均须加以爱护。任意处置残废的现象，必须认为是犯罪的，应当进行坚决的斗争。从军、师、纵队、军区一级起，至旅、分区、支队一级止，均设立抚恤委员会。这样，在谭政为副主任的军委总政治部的推动下，我军的整军工作获得了全方位的成效。1939年6 月中旬一天晚上。谭政窑洞灯光下，谭政在回想着他同毛泽东的谈话。今天，毛泽东在总政治部，就抗日统一战线中有关策略问题与他进行了讨论。毛泽东说，发展进步势力，就是发展无产阶级、农民阶级、城市小资产阶级力量，就是放手扩大八路军新四军。发展进步势力，又要斗争，中间派怀疑，顽固派反对。争取中间势力，就是争取开明绅士、地方实力派，孤立顽固派，就是大地主大资产阶级，现在他已分化为降日派和抗日派，以后还要分化，对顽固势力，既团结又要斗争，以斗争求团结……谭政被这精辟论述深深折服，他在思考着每一个论断，领会其精神，谭政认为，这对我们搞好总政工作具有很大意义。国民党军队不是铁板一块，他们有矛盾，因此利用矛盾，做好统战工作，争取地方实力派，团结他们共同抗日，能争取二百万中间力量抗日，那将大大增强我们抗日力量。想到这时，他立刻写了“团结友军，坚持抗战，在斗争中团结，在团结下斗争”的结论。第二天，他和傅钟、肖向荣等进行讨论。谭政说：“现在国民党已经制定了溶共、防共、限共、反共的反动方针，他们制定了所谓《共党问题处置办法》、《防制异党活动办法》反动文件，总的说来，在抗日战争中，他们反共本性不会变，但是，我看他们不是铁板一块，国民党军队内部矛盾很大，我们完全可以利用矛盾，通过具体的活动，扩大抗日民族统一战线。”傅钟说：“我们要做好联络友军工作，争取一部分人过来。”“对！”谭政说，“对那些愿意抗日并同情抗日的要争取，对那些反动顽固不化的，要狠狠打，我们取得了打击顽固派的胜利，中间力量就会向我们靠拢。”于是，军委总政治部又发出了关于争取友军、孤立顽军的策略指示：在投降成为目前最大危险，反共就是准备投降的形势下，开展对友军的联络工作，争取友军继续合作抗战，是避免自己孤立而孤立投降反共分子的最重要步骤。同月，军委总政治部又发布关于宣传教育工作的训令。训令指出：我军目前宣传教育方针是，应动员一切宣传机关报纸、杂志、宣传队、剧团、服务团、文化团等，在本军、友军群众中宣传投降是最大危险，反共就是准备投降的阴谋，号召广大［军民］反对妥协投降及其反共，要求坚持抗战，打到鸭绿江边，巩固抗日民族统一战线与国共合作。
这样，在谭政为主要领导的具体布置下，各部队通过各种渠道，运用各种方式，利用各种机会，与周围的国民党军队进行多方联络，广泛交朋友。在联络、交友方面，我方出版的书报、杂志、抗日课本、歌本等，以各级首长名义赠送，遇友军喜丧大典，我军首长前去祝贺、吊唁。利用年关节日，赠送贺年片和年礼，派代表去拜年，利用双方共同纪念日去举行各种联欢赛。友军驻地近时，争取架通电话。对方来代表时，热情接待，给过往友军提供食宿方便，同时向其宣传抗日。每一干部战士都不放过与友军接触的机会，并给以良好的影响。对居住在我根据地内的友军家属，凡能遵守我抗日政府法令者，确保其生命财产安全，对生活确有困难者给以资助，并经常召开友军家属座谈会或进行个别访问，代他们书写信件给友军中的亲人，鼓励其英勇抗日。还通过各与友军有交情的各地开明绅士、学者、名流，至朋密友做好友军抗日工作，收到了很好的效果。
在开展联络友军工作同时，总政治部还要求各部队用国民党反共分子、顽固派所犯罪行事实，进行教育，宣传。在顽固派向我进攻时，我军坚决给以还击，择其反共死硬部分，给以狠狠地打击。同时，积极开展火线喊话：“中国人不打中国人”，“枪口对外，共同抗日”，实现优待俘虏政策，发还俘虏枪支。如果顽固派愿意停止进攻，我们也停止，恢复和平。1940年3 月，总政治部发出《关于时局指示》，指示各地党部、八路军新四军应用各种方法在当地刊物上发表文章或发表传单、布告、标语等，表示反汪拥蒋，一致抗日。
要求各部队在反顽斗争中，严格遵守党的统一战线的政策和策略，在反磨擦中不忘交友，团结地方实力派，一道坚持抗战，反对投降。
坚持团结，反对分裂。由于总政治部的�