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秦始皇也深知问题的确严重，乃将淳于越恢复封建制度的提案，交付廷议讨论。
对这件事最受不了的便是主持廷议的左丞相李斯，当年他反对封建制度，强力主张郡县体制和中央集权。如果接受淳于越建议，便等于承认自己错误，不但颜面有损，自己的地位、权势都有可能大幅度削弱。
因此，李斯立刻展开严厉反击，他向秦始皇表示，制度没有所谓的好坏，最主要在是否合乎时代环境的需要。秦国目前的体制，在当代是最为理想的，因此更需要贯彻到底以竟全功。
“今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学法令辟禁。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首（百姓）。”
他直接攻击其政敌，当今法令不行，问题重重，主要便是大家都以私心来批评执政当局。因此要提高效率推动政务，便要设法压制这种不负责任的批评，使公权力可以完全贯彻。他指出：
“古时候天下散乱，缺乏固定标准，各地方有各地方的制度，因此研究学问的人，也喜欢以古讽今，以华美的论调来扰乱实际的治理……。如今皇上已并有天下，世间黑白分明定于一尊，如果私人为学再像以前一样的混歧，则政府命令一下，各学派争相议论，以批评皇上来提高虚名，以不同意见来显现自己高人一等，率领着学生批评政府，这样子皇上的权威必遭到破坏，朝廷也会形成各种不同的党争……。”
为了避免学者以古非今，造成公权力损害，最有效的方法便是实行严厉的思想统制了。
因此，李斯提出了他的构想：
“除了史官保存的，秦纪以外的历史全应烧毁，不是任博士官者，藏有诗书及诸子百家的，全加以烧毁。有随便谈颂诗书内容的，处死。以古非今者全家抄斩。官吏知道却不检举者视为同罪。此焚书令下30日内不烧书者，处以黥刑并发为奴隶。不必烧毁的只限于医药、卜筮、种树等书。若有想学习法令者，必须以吏为师。……”
商鞅以来的秦国政策，是以中央集权来集结各种力量，使秦国国力迅速增强，进而能统一天下。但统一后的秦皇室却因幅员过大，环境太复杂，丧失了执行政策的掌握力，进而造成统制上的无效和混乱。
但是当事者的秦始皇和李斯，虽感到问题的压力，却看不到问题的核心。以焚书政策来作思想的统一，已充分显示秦国当权者无力反应当时的环境，根本看不到自己的问题，秦帝国崩溃的危机已到了不可挽救的地步。
报复儒生，衍生坑儒大悲剧
淳于越的建议，原想让秦始皇放弃过于严厉的法治而以封建制度来解决各地区问题，特别是组织结构一向复杂的齐地。但想不到却换来了更严重的思想统制——焚书。
由于新法令非常严厉，再也没有儒生敢以身试法，提出反对意见。因此只好把不满的情绪转入地下活动，却反而使这股批评力量传播得更快。秦始皇和儒生的关系，也因这件事迅速恶化。
始皇35年，为突显秦始皇在皇室中的地位，决定在阿房宫加建“始皇登天台”。由于此事与宗教有关，始皇乃再度要求候公和卢生为其工作。
卢生等在求取仙药上绩效不佳，为害怕始皇追究，乃趁机先提出他们的建议：
“臣等为皇上求取灵芝仙药而屡次不获，是因皇廷内部有不良因素之所致……。为人主者应隐蔽自己的行为以避恶神，能避开恶神，仙人才肯到来。人主所居所行，臣下都很清楚，便会有碍神明降临意愿……因此，希望皇上日常所居及言行切勿随便为人所知，然后不死的仙药才能顺利获得。”
经过7、8年密切相处，卢生等人的确相当能掌握秦始皇的心理。对一向缺乏安全感又好疑的皇帝，最害怕的便是别人窥视他私底下的言行。卢生这些话，秦始皇不见得相信，但正好让他有足够理由来刻意掩饰其私下的言行。
没多久，有天秦始皇在新建成的梁山宫山上，看到宰相李斯的车骑阵容庞大，心中十分不满，便作了几句埋怨。侍从人员便将此事告诉李斯，李斯立刻减少跟随车骑。想不到秦始皇知道这件事后，勃然大怒，表示有人泄露其私下言行，便将当时在场的太监及侍从人员全部处死。虽然这件事所牵连的大多是嬖人而已，但所有的重臣和近臣都因而大感不安，再也不敢过分的亲近秦始皇了。
最感到害怕的，却是始作涌者的卢生，他和始皇间秘密的事情最多，万一哪天有所泄露，就准死无疑了。因此他和诸儒生相为谋道：
“始皇天性刚愎自用，并吞诸侯取得天下后，更是意得欲从，自以为功业冠古今。他重用狱吏及执法人员，虽有博士70人，备位而已。丞相等大臣也仅接受命令，一切以皇命为主。
“始皇喜欢以刑杀为威，天下人因为害怕犯罪，更想保持禄位，根本不敢真正尽忠。他从未听过批评，所以日益骄傲，下面的人只好以欺瞒掩饰来取得皇上欢心……天下事大小均取决于上，皇上每天处理公事以石（120公斤）计算，日夜不得休息，贪图权势如此，是不可能帮助他求得仙药的……。”
这虽仅是卢生逃避责任的借口，但从这里也可以看出，秦始皇到了晚年，由于受卢生等方士的影响，变得非常孤独；加上工作量庞大，日夜不得休息，更使他成了紧张而神经质的人。在这样的精神状态下，会作出怎么样的事情，其实已很难预料的了。
卢生这段话，自然很快在儒生及方士间传开，很多人更表示，连最亲密的战友卢生都跑了，始皇帝的确已到众叛亲离的地步了。
当这话传入秦始皇耳朵时，他暴怒了，立刻下达命令：
“前些日子我下令搜集诸子百家书籍，不中用的全烧毁，又召集如此多的文学方术之士到此，主要想让天下能兴盛而太平啊！如今韩终率领求仙者不知去向，徐市更耗费国家巨万钱财而毫无消息……。卢生等人我是何等地礼遇他们，现在却这样的诽谤我，到处说我的坏话……。立刻去追查咸阳城内的儒生，哪个和卢生有来往、口出狂言、扰乱民生的，马上查办。”
从这段命令中，我们可以感受到，秦始皇悔恨、痛心又无奈的心境，身为当代最高权力者，竟陷入如此困境，内心的苦痛实非笔墨所能形容。
因此，始皇派遣御史审问在咸阳的诸儒生，儒生在害怕下，相互密告，总共牵引出460余位和卢生有关系之党徒。始皇下令全部活埋坑杀，罪刑较轻者发谪徙边，这便是历史上最有名的惨剧——坑儒事件。
焚书是出于李斯的建议，目的在进行思想统制；坑儒则是由秦始皇自己发动的，原因是向欺骗他的方士报复。
由于秦始皇这时已处在相当不正常的情绪下，因此没有人敢表示任何意见。只有始皇的长子扶苏，基于人道立场，向始皇规劝道：
“天下初定，远方百姓的向心力尚且不够，诸生都是口诵孔子的门徒，吾皇降以重罪，恐怕会使齐、楚间的百姓更为不安呢！希望皇上明察。”
尚在暴怒中的秦始皇自然无法接受扶苏不断的进谏，为了避免在眼前看了生气，他下令扶苏到边疆去监督蒙恬的北征军团。
扶苏的个性很像年轻时代的秦王政，心胸则更开朗些，因此颇得本土派领袖之喜爱，秦始皇对他也相当信任。由于此事件，又失去惟一可以相信的儿子，使秦始皇更陷入严重的孤独和挫折中，两年不到，便猝死于东巡的半途中了。
始皇遽逝，赵高李斯联手夺权
始皇36年，即坑儒事件的第二年，齐地东部便传出天上掉下陨石，刻有“始皇死而天下分”之谶语。这可能是始皇的健康已严重恶化，被地方的反对派势力探知后，制造出来的谣言。同年秋天，在华山山麓附近的平舒大道上，也出现一块刻有“今年，祖龙将死”文字的玉壁。秦始皇的健康情形，已成了大家公开讨论的问题，全国各地反对力量的间谍，已将此作为制造不安谣言的题材了。
始皇37年，为平抚东方和东南方日益不稳的危机，并向全民显示皇上身体健康，秦始皇决定作即位来最长途的巡幸。其实始皇的健康已相当恶化，长年的辛劳和紧张，使他身心均面临崩溃，虽然重臣一再劝阻，始皇仍坚持启程，为帝国的安定作最后的努力。
这次巡幸主要在有效解决各地方问题，因此实际负责政务规划和推动的左丞相李斯也跟随出巡，由右丞相冯去疾留守咸阳，以维护帝国大本营的安全。此外，为解除旅途寂寥，幼子胡亥也跟随在侧。这次出巡带有大批官僚人员，加上医疗人员、侍从宦官、祭祀及观测天象的方士，护卫军团更不在少数，巡幸的阵容空前庞大。
队伍在寒冷的11月动身，由咸阳直奔湖北云梦、安徽的海渚，到达江苏的丹阳（南京市），井深入浙江的钱塘和会稽。阴湿、寒冷的气候加上水土不服，更是折损始皇的健康。但因为江东地区反对力量甚大，始皇不得不在这里多花点心血。但这份努力成效似乎不大，始皇去世的第二年，楚人项梁、项羽立刻在此起兵叛乱，并因而带动了全国各地的起义行动。
巡幸的队伍由浙江再北上江苏，进入山东省的齐地时，已到了隔年春末夏初的季节。这时候秦始皇的身体已相当衰弱了。《史记》记载：
“始皇恶言死，群臣莫敢言死事。”
眼见始皇身体恢复已无希望，巡幸的队伍便准备尽速返回咸阳，然而却在这个时候，始皇病情急速恶化，在进入河北省沙丘地区时，便在相当紧急下去世了。
据说始皇在觉悟自己将死时，曾留下遗言，下令被派往北方监军的扶苏，立刻将军务委托蒙恬，返回咸阳主持丧事。换言之，秦始皇已指令扶苏为继承人。
晚年的秦始皇对李斯等外籍政团已相当不信任，除了政策推动上的失败外，李斯过分排除异己，权力欲过重，和近两年发生的焚书、坑儒事件，都带给始皇身心极大压力。他似乎领悟到，只有长子扶苏继承大统，才可能矫正这些错误。
扶苏的个性颇像年轻时代的秦始皇，倔强、果敢、开朗又富宽容心，因此很得本土派军团领袖支持。统一天下后的秦始皇重用外籍政团，逐渐疏远替他夺权的本土派领袖，加上统一政策推动上的重重困难，使得始皇父子间意见常有矛盾；尤其是为了焚书及坑儒事件，更形成两人台面上的争执。因此始皇一气之下，将扶苏派往北方边疆，便是对他“不听话”的一点惩罚。
但扶苏到底仍是最可靠的继位人选，即使在病情严重时，孤独的秦始皇，脑子中惟一信得过的仍是扶苏。由于扶苏是现行政策的主要反对者，因此始皇并未将这件事和李斯商量，临终前，只得将遗言书状、军队调动令及玉玺，交给随侍在侧的宦官赵高。指示扶苏直接回咸阳主持丧事，无疑是秦始皇也同意现行政策必须作重大改革。
赵高虽是宦官，但他的先祖属赵国王室之亲戚，因此和秦王室也有亲属关系。不过赵高家族一支早已衰颓，家中甚贫，因此其兄弟多人皆为宦官，身份不高。但赵高自幼企图心甚强，思考力敏捷，学问渊博又深通狱法，秦王政时代便以能力卓越而被破格提拔为中车府令，并出任始皇幼子胡亥之老师，教胡亥学习法令制度。
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