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会议开了一整天，到了晚间，开始商讨如何处置德川幕府的问题，岩仓具视侃侃而谈，提出勒令幕府“辞官纳地”，即要求德川氏辞去世袭的征夷大将军职务和朝廷所授予的官职，同时交出所有幕府直辖地，等候新政府裁处。
此言一出，山内容堂第一个跳出来表示反对，说这分明是一场政变，是“暴举”，随即前越前藩主松平庆永也指责这是“刑名为先，道义为后”，要求立招德川庆喜与会——德川庆喜本人和佐幕的急先锋会津藩主松平容保、桑名藩主松平定敬害怕遇害而不敢出席小御所会议——否则就是不公平。西乡隆盛并没有正式参与会议，而负责在外守卫宫门，他在听说上述争吵后，冷冷地说：“此时口舌无用，当用刀剑！”有了这位实权人物撑腰，岩仓具视的态度更为强硬了，后藤象二郎急忙提醒家主山内容堂：“大势已定，强争无益。”山内容堂被迫退缩，于是公武合体派全面罢战，倒幕派占据了主动，最终确定了“辞官纳地”的决议。
小御所会议的决定传到二条城、大坂和江户，德川庆喜茫然失措，而其手下幕臣无不怒发如狂。幕府时代改易大名，造成很多藩士变成生活窘迫的浪人，没想到这种境况今日会返还幕府本身，如果真的把“天领”（幕府直辖地）都交了出去，旗本们还有什么活路呀！于是幕臣们集体鼓噪，到处作乱，江户城中的萨摩藩邸首先受到冲击。
这是庆应三年（1867年）十二月底的事情。第二年为庆应四年（1868年），九月改元明治，农历是戊辰年，倒幕战争终于全面爆发了，史称“戊辰战争”。
●江户无血开城
小御所会议召开后，德川庆喜拒不接受命令，不肯“辞官纳地”，他反过来还指斥倒幕派为“奸”，从二条城退至大坂，聚集兵马，打算“清君侧”。在幕府武力威胁和山内容堂等人的内部破坏下，朝廷态度趋软，决定将“辞官”之官改为“前内大臣”，“纳地”之地改为“政务费用”。眼看小御所会议所取得的成果即将全面流产，西乡隆盛就指示尊攘志士在江户城内引发暴动，逼迫幕府抢先开战。
庆应四年（1868年）元旦，幕府发布“讨萨表”，命令诸藩联合出兵，把萨摩藩的势力从京都驱逐出去。一月三日，幕府军一万五千人经鸟羽街道北上进攻京都。此时守卫京都的倒幕方只有长州一千五百人和萨摩三千五百人，兵力对比为三比一。
在鸟羽口四塚关门，包括会津藩兵、新选组在内的幕府军遭到萨摩藩士椎原小弥太所部的阻拦，战斗在一月三日下午五时正式打响。几乎同时，守备伏见御宫的长州军也和幕府部队交上了火，是为“伏见·鸟羽之战”。
虽然武器精良，组织严密，终究众寡悬殊，萨、长两军打得极为艰苦，西乡隆盛已经做好了让明治天皇乔装成女官逃出京都，退往长州的准备——天皇男扮女装逃亡，似乎也是日本历史上的惯例。
正在危急之时，大久保利通向新政府方面的总大将仁和宫嘉彰亲王献上一捆“御旗”——这是他和岩仓具视早就准备好的，上绣有日、月或者皇家纹章十六瓣菊的十二面旗帜。据说当年后鸟羽上皇发动“承久之乱”，谋划打倒镰仓幕府的时候，就曾向部队颁发过“御旗”，其后后醍醐天皇也玩过这一招，历史真是惊人的相似，现在萨、长联军也打出了这些旗帜。
新政府下令，宣布德川氏为“朝敌”，幕府军为“贼军”，相对的，打着御旗的新政府主力萨、长联军自然就是“官军”了。“御旗”在前线高高举起，受过多年朱子学尊王思想洗脑的幕府军见之大惊失色，士气瞬间崩溃，于是乎狼狈后撤。
一月六日晚间，知道大势已去的德川庆喜、松平容保等人秘密潜出大坂城，乘坐军舰“开阳丸”逃往江户。主帅临阵脱逃，幕府军更无复振的希望，将士们纷纷议论：“大树（指幕府将军）已去，咱们还怎么打仗？”于是四散逃离。
就这样，仅仅经过了四天的激战，“伏见·鸟羽之战”以新政府军大获全胜而告终，随即西国、近畿各藩全都声明拥护新政府。在一月七日的小御所会议上，商议追讨幕府之事，山内容堂还想顽抗，高叫说：“庆喜不是贼臣，这是萨、长引发的私斗！”结果遭到岩仓具视的怒斥，最终被迫俯首认输。
新政府决定剥夺德川庆喜、松平容保、松平定敬等二十六人的官职，将旧幕府“天领”直接划归朝廷直辖——你既然不肯“辞官纳地”，那我就直接剥夺好了。同时新政府还下令以炽仁亲王为东征大总督，发兵分东山、东海、北陆三道讨伐江户幕府。
且说德川庆喜是一月十一日回到江户城的，他立刻召集群臣商议对策。经过去年的幕府改革，此时那些世袭老中、重臣已经没有什么发言权了，掌握幕府军队权力的分别是勘定奉行小栗忠顺、步兵奉行大鸟圭介、海军副总裁槺疚溲铮约熬⒎钚惺ずＶ邸Ｇ叭酥髡剑挥惺ずＶ壑骱停钪盏麓ㄇ煜膊赡闪撕Ｖ鄣慕ㄒ椋远肟С牵巴弦暗目碛浪隆敖魃鳌薄�
二月十五日，新政府五万大军离开京都，三月五日进入骏府城，把此处作为进攻江户的大本营。幕府先后派了多批包括僧侣在内的社会人士前往骏府，请求议和退兵，都被东征大总督炽仁亲王严辞拒绝了。留在江户主持大局的胜海舟无耐之下，只得搬出了“精锐队”头领山冈铁舟。
胜海舟、山冈铁舟与另外一位高桥泥舟，并称为“幕末三舟”。且说这位山冈铁舟奉命前去和东征军参谋西乡隆盛交涉，态度不卑不亢，时人都称“朝敌德川庆喜有家臣山冈铁舟盛风凛凛。”在山冈铁舟的努力下，西乡隆盛答应维持德川家系，并且留下德川庆喜一条小命，送他去水户藩待罪，而幕府方则答应打开江户城门，把包括军舰在内的所有武器都移交给新政府军。
三月十四日，胜海舟亲往江户城下萨摩藩邸会见西乡隆盛，最后敲定了“江户无血开城”——本来次日就是新政府军对江户展开全面进攻的日子。思想开放，曾经暗中支持过尊攘派，同时也是幕府海军的缔造者的胜麟太郎海舟，因为此举挽救了无数人的性命而得以垂名青史。
●上野和北越
新政府军占领江户城，并不是战争的最后终结。且说大军一进城，立刻派尾张藩兵巡查城防，派肥后藩兵收缴武器和收容旧幕府军，但结果肥后藩兵一共才找到七百二十二梃各式火铳和收容了两百名旧幕府士兵。武器和人都到哪里去了呢？
原来德川庆喜跑去上野宽永寺“谨慎”的时候，幕臣十七人组成了“尊王恭顺有志会”，立誓要维护幕府的统治。二月底，这个组织扩大到两百余人，随即由涩泽成一郎和天野八郎将其改组为军队，固守宽永寺警护将军，起名为“彰义队”。江户无血开城，德川庆喜前往水户以后，“彰义队”仍然不肯散去，聚众两千余人，日夜骚扰江户城的安全。西乡隆盛数次派兵前往镇压，却始终无法将其剿灭。
闰四月，朝廷任命大村益次郎为军防事务局判事，单骑东下，前来解决上野“彰义队”的问题。于是西乡隆盛将军事指挥权交给大村益次郎，商定调动主力从西、南两面进攻宽永寺，于五月十五日晨展开猛烈进攻。
宽永寺防备严密，两千余“彰义队”固守西、南方向各门。新政府军总共三千人，大村益次郎安排战斗力最强的萨摩、肥后、因幡三藩兵马攻击南方的黑门，对战敌军主力，长州军则进攻西方的清水、谷中二门以为牵制，此外，肥前、尾张、备前等藩兵马在宽永寺西南方向构筑炮兵阵地，掩护前线部队的进攻。
三千攻，两千守，本来这仗是很难打的，然而因为肥后等藩的远程炮火支援，使得武器装备较差的“彰义队”很快就落在了下风。战斗从早晨七时打响，到了午后，长州军终于突破谷中门进入宽永寺，正在与萨摩军鏖战的“彰义队”腹背受敌，在下午五时左右扔下两百多具尸体，四散奔逃。
“彰义队”的首脑天野八郎逃进江户城中躲藏了起来，数日后被新政府军捜出关入监狱，不久后死于狱中。
前面提到过，“彰义队”的开创者本是涩泽成一郎，他因为受到天野八郎的排挤而被迫退出，另外组建了“振武军”。“彰义队”在五月十五日覆灭，余党很多都加入了“振武军”，数量激增到一千余。五月二十三日，大村益次郎率领三千新政府军猛攻“振武军”，将其击溃，涩泽成一郎逃亡东北地区。就这样，江户周边地区终于基本稳定了下来。
然而，就在大村益次郎横扫关东的时候，新政府军在北陆地区却陷入了苦战。且说当年的四月二十七日，新政府军北陆方面军占领了越后中西部的小千谷，传令附近诸侯迅速表明态度，是支持新政府，还是支持“朝敌”德川氏。
消息传到七万石的幕府谱代长冈牧野藩，家老河井继之助召集群臣商议对策，部分家臣倾向于新政府，部分倾向于旧幕府，互相攻讦不休。最终河井继之助敲定了“武装中立”的方针，并且亲自前往小千谷去和新政府军谈判。
河井继之助希望新政府军考虑长冈藩内舆论无法统一的矛盾处境，暂且绕过长冈藩东进，然而这个要求却被新政府军军监岩村精一郎一口回绝了。继之助劝说道：“德川氏已经表示恭顺，江户城也打开了城门，时至今日，战争已经毫无必要了。如果开战，只能导致生灵涂炭和国家疲弱，西方列强趁虚而入。贵军暂且绕路而行，以待本藩内部继续讨论对策，又有何不可？”
继之助所言很有道理，然而从新政府军的角度来看问题，是不能在长冈藩向背不明的情况下轻率东进的，那样等于在自己背后埋下了一颗定时炸弹。最终谈判破裂，恼羞成怒的河井继之助回到长冈，立刻秣兵厉马，准备和新政府军恶战一场。
当然，以区区长冈七万石，虽然经过河井继之助多年经营，兵强马壮，也终究是无法与新政府大军相抗衡的，于是继之助就加入了以北陆和东北地区旧幕府亲藩、谱代为主体所组成的“奥、羽、越列藩同盟”，求取援兵，共同拒敌。
同盟军北陆地区的主将就是河井继之助，而新政府军的实际指挥者是北陆道镇抚总督府参谋、长州重臣山县狂介。双方于五月十日首先在信浓川边交上了火，第一回合，因为尾张藩兵的临阵退缩，新政府军吃了个大败仗，随即山县狂介率领长州军于十一日展开全面反攻，占领朝日山制高点，扭转了败局。
十三日凌晨，同盟军对朝日山发动猛烈攻击，新政府军不敌败退。十九日，山县狂介率军绕道奇袭并且攻占了长冈城，给同盟军造成了心理上的沉重打击。
六月份，奥、羽、越各地同盟诸侯的援军纷纷开到前线，而解决了上野“彰义队”问题的新政府东海方面部队也陆续向北增援，双方实力同时壮大，新的激战一触即发。七月二十七日，河井继之助利用对附近地理非常熟悉的优势，派兵奇袭长冈，夺回了藩城。然而正当他想要乘胜追击，彻底击溃新政府军的时候，却发现战斗力闻名天下的萨摩军大举来援，并且�