，立其同母兄弟辅仁亲王为储君。在上皇的如意算盘里，经过一个很短时间的过渡，就会有接连两位天皇都和藤原氏没有关系。
安排好这一切，后三条上皇就安心地咽了气，年仅四十岁。贞仁亲王就是白河天皇，白河天皇登基后不久，藤原赖通、教通兄弟就相继去世，由赖通的长子藤原师实出任关白。不过后三条上皇的梦想也落了空，藤原贤子竟然生下了儿子，是为善仁亲王，而相对的，东宫实仁亲王却因病辞世。于是在应德三年〔1084年〕，白河天皇退位，他一脚踢开异母兄弟辅仁亲王，把年仅八岁的亲儿子善仁亲王扶上了宝座，是为堀河天皇。
不过若因此说后三条上皇架空藤原氏的努力完全没产生效果，也是不对的，在他的时代，天皇终究收回了一部分权力，藤原摄关政治有所萎缩，这一点对后世影响甚大。堀河天皇只是个小孩子，按照惯例，当由藤原师实担任摄政，总揽朝纲，可是白河上皇当时才不过三十四岁，正当壮年，虽然退位却坚持不肯放权。他设置“院厅”，起用身份较低而有能力的人担任“别当”、“年预”等官职，执行政务——这就是所谓“院政”的开端，藤原家族的辉煌，至此已如明日黄花。
不过院政之与摄关政治，只是换汤不换药而已，它可以解决藤原氏擅权的问题，却根本无法解决当时日益严重的种种社会矛盾。此后“院”代替藤原氏成为日本最大的庄园主，对百姓的剥削却一如既往，毫无缓和迹象。
院政之与摄关政治的不同，仅仅表现在对武士集团的拉拢上，这也直接造成了其后武家政权的建立。武士阶层在九世纪中期产生时，存在着高、低两端，低端为地方庄园的庄官及庄官集结起来的战斗集团，高端武士就是源、平等军事贵族，他们本身拥有庄园，并且多次受朝廷诏令平定边远地区的叛乱，或者远征虾夷，实力逐渐膨胀。最终这高、低两端结合为一，形成了自己独特的组织结构〔家族形式的层级武士团〕，与公卿之腐朽奢靡不同的节俭、武勇的风尚。当时社会上可以说形成了四个大的权力集团，即在中央有正冉冉上升的院、逐渐江河日下的藤原氏，在地方上有以源氏或平氏为其真正领袖或精神领袖的武士集团。
平氏由高望王担任上总介开始，在关东扩张势力，经过“平将门之乱”以及1028年爆发的“平忠常之乱”，其在关东的势力逐渐被源氏所代替，而平贞盛因为平定将门之乱有功受到嘉奖，其子维衡把根据地转移到伊贺、伊势等地，称为“伊势平氏”，逐渐在近畿站稳了脚跟。而源氏原本是服侍摄关家的“京侍”，后来清和源氏的源赖信平定忠常之乱，趁机攫取了平氏的关东的势力，继而还妄图利用“前九年之役”和“后三年之役”，把影响力更扩展到东北地方。就这样，源、平两氏的势力来了个大掉个儿。
这两个最高贵的武士家族，其发展方向是截然不同的。回归京都的平氏开始与院政相结合，成为院用来对抗摄关家的强有力武器。白河院就从伊势平氏中选拔武士守卫自己的御所，因为这些武士主要驻扎在御所北侧，故称“北面武士”。而源氏则在地方上尤其是关东地区扩展势力，大量关东地区的名主把土地从寄进给藤原氏转而寄进给源氏，这种风潮极盛一时，乃至于朝廷曾一度明令禁止。
就这样，院政促进了武士集团的膨胀和相互对抗，新的时代正在孕育，大乱也即将到来……
●奥羽的战乱
咱们先来说说前面提到过的，几乎使源氏势力从关东更扩张到东北地方的“前九年之役”和“后三年之役”。且说东北偏远地区的陆奥国和出羽国中，都拘押着大量囚徒，部分是在各场远征中俘获的虾夷人，部分是朝廷流放过去的罪犯，安倍家族因为世代管理陆奥国的囚徒，势力逐渐扩张，同族遍布陆奥六郡，几乎形成了一个独立的王国。永承六年〔1051年〕，朝廷任命源赖信之子源赖义为陆奥守，令其整顿东北局势，源赖义一到陆奥，安倍氏当主〔一族总领〕安倍赖时摄于其父子两代的威名，立刻表示愿意服从指挥。
然而到了天喜四年〔1056年〕八月，源赖义在即将任满离职前，突然上奏说安倍赖时谋反，从而请得了讨伐的院宣〔院所发出的诏命〕——这很可能是赖义想要真正控制东北地区的藉口。总之，战争就此爆发，新任陆奥守藤原良纲吓得不敢赴任，朝廷只好再次把这一职位交给了源赖义。
到了当年十二月，安倍赖时遭到被源赖义策反的同族安倍富忠的袭击，中箭殒命，他的两个儿子安倍贞任和安倍宗任代掌其兵，继续与官军相抗衡，并一度给源赖义以沉重打击。于是源赖义被迫向出羽国司求援，于康平五年〔1062年〕终于盼来了出羽仙北的俘囚长清原武则的援军。在清原氏大军的压迫下，安倍贞任节节败退，终于在当年九月战死，居城鸟海栅也被攻陷。“前九年之役”就此终结，不过实际上，这场仗打了整整一十二个年头。
战后，源赖义进位正四位下伊予守，长子源义家被任命从五位下出羽守，次子源义纲被任命为左卫门尉，而清原武则被破格任命为从五位下镇守府将军，基本接管了安倍氏的领土。可以说，源赖义因为准备不足，想要在陆奥国扩展势力却最终失败了，白白便宜了出羽的清原家，想必他心中是很不甘的吧。不过机会还多得是，到了秋保三年〔1083年〕，其子源义家被任命为陆奥守，再次来到东北地区——
此时正逢清原氏同族内乱，清原武则的孙子、一门总领清原真衡为一方，清衡的异母兄弟家衡和异父兄弟清衡为另一方，经常发生武力冲突。源义家趁机介入清原家事，并在清原真衡去世后，主持陆奥六郡的分割，把富饶的南三郡封给清衡，寒冷的北三郡封给家衡，刻意引发两人间的矛盾。
此后的事态完全按照源义家的计划发展，清原清衡和清原家衡刀兵相见，而源义家则站到了清衡一侧。最终他经过艰难苦战，甚至不惜突入出羽国，终于在宽治元年〔1087年〕消灭了清原家衡的势力——这就是所谓的“后三年之役”。虽然战后朝廷认为清原氏并无反叛的行为，这是源义家的私战，不肯予以赏赐，不久后更解除其职务，藤原清衡完全占据了陆奥六郡，并且恢复旧氏藤原，此后开创了半独立的奥州藤原家族，然而源义家被迫拿出自己的家财来赏赐有功之臣，却从此更收拢了关东武士之心。
顺便提一下，源义家的弟弟新罗三郎义光本在京城担任左兵卫尉之职，听说哥哥在奥州一度陷入苦战，就抛官弃职前往相助。义光就是此后威名赫赫的甲斐武田氏的始祖。
拉回来再说京城的情况，白河院后来出家念佛，也称为白河法皇，但他一直不肯放下权柄，历经堀河、鸟羽、崇德三朝，院政时间长达四十一年。到了大治四年〔1129年〕，白河院去世，鸟羽上皇立刻也跳出来行使院权。然而院政时代，藤原氏摄政、关白的势力并没有彻底被架空，他们保着天皇，虽然略矮一头，也基本上和院行使着双头政治。这种双头政治导致局势更为混乱。
一方面，无论是院还是摄关家，其腐化奢靡的生活不但丝毫不见收敛，反而日显张狂，归于其名下的庄园也日益增多。畿内百姓遭受沉重的贡赋压迫，请愿无日停息，“盗贼”也因此纷起不休。另方面，为了制衡摄关家的势力，院更为倚靠“北面武士”，最终酿成了1156年的“保元之乱”。
●保元、平治之乱
久寿二年〔1155年〕，体弱多病的近卫天皇病殁，年仅十七岁。鸟羽院指定由崇德上皇的同母兄弟雅仁亲王继位，就是被称为“日本第一大天狗”的后白河天皇。且说崇德上皇是被鸟羽上皇逼迫退位的，无日无刻不想着卷土重来。到了次年也即保元元年〔1156年〕，鸟羽院驾崩了，崇德上皇趁机与左大臣藤原赖长〔藤原师实的曾孙〕密谋，打算复辟。
随着皇族的一分为二，摄关家也分为两派，当时的关白、藤原赖长的兄长忠通是站在后白河天皇一边的。因此崇德上皇想要复辟，必须诉诸武力不可，遂他于七月十日夜晚召来了藤原赖长、平忠正、源为义及其子源为朝，商量该怎样发动一场军事政变。
……凑巧的是，已洞悉上皇阴谋的后白河天皇，偏偏也在同一日召来藤原忠通、平清盛〔平忠正的外甥〕、源义朝〔源为义之子〕商议。清盛和义朝等人都是少壮派武士，摩拳擦掌地主张要先下手为强，至于他们竟敢向长辈同时也是一族总领举起刀剑，是被所谓的“忠诚心”所利用，是被利益所引诱，还是野心膨胀使然，可就谁都搞不清楚了。
年轻人行事果断，说动手就动手，于是次日凌晨，清盛、义朝率兵包围了尚在白河殿喋喋不休争论的上皇一党，将之一把火烧了个干净。乱兵犹自不过瘾，又点燃了赖长、为义、忠正等人的宅邸——也该着中纳言藤原家成倒霉，只因为宅子离得近些，于是也在混乱中化为灰烬。
……不过短短半天，崇德上皇派就大败亏输，藤原赖长被流矢射死〔一说自杀〕，平忠正、源为义等人先后被杀或被俘。崇德上皇逃到仁和寺躲避，被天皇派搜将出来，远远地流放到四国的赞岐去了。这次事件史称“保元之乱”，它标志着新兴武士阶层不但在地方上耀武扬威，甚至已经把势力延伸到了朝廷内部，公开插手皇室纠纷，公家政权的时代即将结束，武家政权的时代就要到来。
且说院政既然已经成为了传统，在政治斗争中获胜的后白河天皇也就不肯贪恋天皇之位，没两年就让位给东宫守仁亲王，就是二条天皇，自己当更有权力的上皇去了。然而因为此君赏罚不公，填不保武士们的胃口，才退位就酿出了“平治之乱”。
“保元之乱”后平清盛青云直上，源义朝却得不到上皇重用，从而心生怨恨。平治元年〔1159年〕十二月，趁着平清盛离京前往熊野的机会，源义朝举兵叛乱，将后白河院囚禁起来，并且杀害了后白河院的宠臣、亲清盛的藤原信西。平清盛在途中闻变，匆忙回京，在自己位于京都六波罗的官邸集结重兵，计划夺回天皇和上皇。大战一触即发。
源义朝实在是个粗疏的家伙，如果说后白河院化妆逃亡到仁和寺是个偶然事件的话，那么其后十六岁的二条天皇也女扮男装逃脱他的掌握，来到平清盛六波罗官邸，就肯定是义朝防范不周所致。总之，上皇和天皇都先后逃脱，源义朝失去了聚拢人心的旗帜，平清盛倒赢得了大义名份，清盛抓住时机，亲率三千兵力攻打皇宫，源义朝战败被杀——此即“平治之乱”。
乱后，平清盛被晋升为从三位参议。日本人喜欢将自己的官位对应唐朝的官位，很多官职都有唐名，参议的唐名是宰相或相国，从此清盛就被人尊称为相国。两次平乱全都有份，平清盛功劳显赫，威风八面，后白河院一开始更为宠爱清盛，继续利用他来巩固自己的院政，后来感觉不对，想要收手，却已经来不及了。
平清盛先把养女滋子进献给后白河院为妻，生下宪仁亲王，被立为东宫。藉此帮助，他于仁安元年十一月〔1166年〕就任内大臣，次年更荣升为太政大臣，逐渐掌握了政权。当时平氏十六人位列公卿，殿上人