上奏说：“苏我入鹿谋杀皇子们，想要倾覆帝位，以苏我氏代替皇统，罪不可赦！”皇极女帝看他从容的样子，自知是有备而来，此事断难善罢甘休，于是长叹一声，转身退入内宫。中大兄皇子一声吆喝，众人乱剑齐下，把苏我入鹿斩成了肉酱。
中大兄皇子随即率部入驻法兴寺，筑城备战，还把苏我入鹿的尸体还给其父苏我虾夷，等于下了战书。不满苏我氏专权的皇族和贵族们纷纷前来投效，苏我氏宏伟的大厦瞬间崩塌，虾夷知道大势已去，便于家宅内纵火自焚而死——可惜的是，他当年奉圣德太子之命编纂的史书《天皇记》和《国记》，也就此化为了灰烬。
经此政变，皇极天皇决意退位，让给中大兄皇子。中大兄皇子喜出望外，正打算接受，却受到中臣镰足的劝阻。镰足的意思很明确：你发动政变，是为国除奸，不是为了个人的野心，如果就此继位，后世将说你是逼宫篡位之君。当然他表面上没这样说，他编的说辞是：“古人大兄皇子是您的兄长，轻皇子是您的舅舅，如果越过他们继承皇位，有悖长幼之序，孝悌之礼。”天晓得，日本的继承制度从来不讲长幼，所谓孝悌等儒家礼法也是才刚输入的泊来品。
中大兄皇子接受了中臣镰足的谏言，推戴轻皇子，轻皇子还想让给古人大兄皇子，古人大兄皇子一想：当初支持我的是苏我入鹿，现在入鹿已死，我若继承皇位，那不是凶险万分吗？于是坚辞不受，甚至削发出家以明志。于是轻皇子登上御座，即为孝德天皇。
●大化改新
中臣镰足或说名为中臣镰子，然而根据《日本书纪》的记载，当佛教传入之时，苏我稻目说必须信奉，物部尾舆和中臣镰子则坚决反对。如果镰子即镰足，那么他此刻少说也有一百零五岁了，焉有是理！
事实上传统认为中臣镰足生于614年，卒于669年，他没有出国留过学，但和遣唐使及留唐的学生们关系都很好，虚心向他们学习大陆先进的文化和制度。因为苏我父子的擅权，中臣镰足于644年辞官归隐，待时而动——时机何在呢？他很快就瞄上了中大兄皇子。
中臣镰足足智多谋，他首先想从内部分化瓦解苏我家族，于是怂恿中大兄皇子纳仓山田石川麻吕的长女为妃，把仓山田石川麻吕也拉上了自己的战车——此公本是苏我马子的孙子，入鹿的堂兄弟。不过这种政治联姻本身，不应该看得过重，因为当时倭国社会盛行的是“访妻婚”。
所谓访妻婚，是指男女双方在结婚后并不组建新的家庭，而是各居母家，婚姻生活也多采取男性走访女家的形式来实现。这种婚姻关系是相当薄弱的，并且不规定男性只能走访一名女性〔这是真正的一夫多妻制，没有妻妾的区分〕，因此婚姻关系完全比不上血缘关系来得重要。与其说仓山田石川麻吕因为政治联姻而倒向中大兄皇子，不如说他是不满苏我入鹿掌控整个苏我家族，遂想要取而代之吧。
中臣镰足在争取到仓山田石川麻吕以后，通过缜密谋划和反复游说，还拉拢了很多不满苏我入鹿擅权的有力氏族。苏我入鹿对此也有所察觉和警惕，加强了自己府邸的守备，中臣镰足等人没有办法，这才等苏我入鹿离家到太极殿参与外交活动的时机，发动了突然政变。
苏我虾夷父子一朝覆灭，中臣镰足等人弹冠相庆，等不及似的立刻就开始了全面的改革。孝德天皇即位后，立中大兄皇子为东宫，任中臣镰足为内大臣，仓山田石川麻吕为右大臣，阿倍内麻吕为左大臣，留学生僧旻和高向玄理为国博士〔高级顾问〕。就在这些革新派的推动下，诛杀苏我父子和孝德天皇即位的同月〔六月〕即学习中国建立年号，定元“大化”，并于十二月迁都难波。大化二年〔646年〕元旦，下达了“改新之诏”——这就是著名的“大化改新”。
大化改新主要的内容是废除部民制，模仿中国唐朝的制度，创立班田收授法和租庸调制。也就是说，全倭国的田地、山泽名义上全都归于天皇，称为“公田”，百姓也都名义上归于国有，称为“公民”，朝廷每隔六年授给公民口分田〔班田〕，公民有按时缴纳地租和服劳役的义务，受田人死后，口分田要重新归还给国家。这就把倭国硬性从奴隶制社会全面扭转向封建社会。大化第六年改元白雉，白雉三年首次营造户籍，开始班田。
对应经济制度，朝廷也改革行政制度，在中央集权思想的指导下，学习唐朝的三省六部制，“置八省百官”，制定“冠位七色十三阶”〔随即增为十九阶〕，在地方上则设国、郡、里三级行政区划，分别由朝廷委派国司、郡司和里长管辖。官僚制度就此略显雏形。
日本历史的发展是跳跃式的，曾经因为接受了来自大陆和朝鲜半岛的新文化、新技术，日本社会快速由原始社会迈入奴隶制社会，但难免保留了很多原始社会甚至是母系社会的残余〔访妻婚就是表现之一〕。经此大化改新，又突然跳入封建社会，于是封建为壳、奴隶为瓤，还夹着原始的种秄，形成一种独特的四不象的社会形态。
当然，旧社会的残余终究会逐渐被历史所遗弃，先是原始制度，然后是奴隶制度，日本终将迈入彻底的封建社会，但那不是一蹴而就的事情，仅仅“大化改新”一场变革，是解决不了问题了。而且就在改新过程中，新旧势力的斗争依然无日止歇。
首先是大化改元的三个月后，古人大兄皇子以出家为名逃往吉野，勾结苏我入鹿的亲族和旧臣策划叛乱，因为消息泄露而被杀。然后到了649年，苏我马子的另一个孙子苏我日向诬告仓山田石川麻吕意图谋逆，中大兄皇子没经过缜密调查，就迫使老丈人、诛杀入鹿的功臣仓山田石川麻吕自尽。据说仓山田石川麻吕虽然反对苏我虾夷父子，可是本人并不赞成改革，在冠制改变后仍然坚持戴古冠上朝，中大兄皇子早就对其不满，所以才藉此机会将其铲除的吧。
当时中大兄皇子权势熏天，根本不把孝德天皇放在眼里，对于各种改革措施也是独断专行，两人间的矛盾日益激化。白雉四年〔653年〕，中大兄皇子奏请将都城迁回飞鸟地区，遭到拒绝后竟然挟裹群臣离开难波，自行回归飞鸟。孝德天皇受此打击，于次年忧愤病死。
孝德天皇去世后，中大兄皇子没有登基称帝——大概他摄政王当得满有趣味的吧——也没有立孝德天皇的儿子为帝，反而再度扛出自己的老娘来，让皇极女帝在飞鸟的板盖宫二度即位，改称齐明女帝。
658年，孝德天皇之子有间皇子劝齐明女帝和中大兄皇子前往纪伊的牟娄温泉疗养，想趁机在飞鸟发动叛乱，但随即因为党羽内讧而遭逮捕，被绞死于藤白坂。
新旧势力连番恶斗，中大兄皇子虽然稳占上风，也感觉左支右绌，加上老娘齐明女帝又不修德，大兴土木，加重百姓的负担，搞得天怒人怨。中大兄皇子遂想通过对外用兵来转移国内矛盾，于661年携母同赴九州的筑紫地区，策划介入朝鲜半岛的战争——对东亚地区产生过重大影响的“白村江水战”，就此爆发了。
●白村江水战
朝鲜半岛三国，北部是高句丽，南部西为百济，东为新罗。原本高句丽的疆域最为广大，国力最强，隋炀帝、唐太宗数次发兵往征，都未能使其臣服。到了唐高宗继位以后，遂采取远交近攻之策，联合新罗，共同对高句丽施压。为了摆脱这种不利态势，高句丽也和百济联起手来，不敢对唐朝动武，却从北、东两个方向齐攻新罗。
经过这一番合纵连横，首先遭难的是百济。唐显庆五年〔660年〕三月，唐高宗任命苏定方为行军总管，统率水陆联军十三万进攻百济国，在新罗五万兵马的配合下，唐军一路势如破竹，很快就包围了百济都城，百济义慈王被俘送长安，百济灭亡。
战后，唐朝背弃与新罗的约定，尽收百济故地，设熊津、马韩等五个都督府以管辖之。新罗武烈王敢怒而不敢言，只得继续配合唐军北伐高句丽。然而彻底灭亡一个国家，并不是那么容易的事情，很快，百济遗臣鬼室福信就在周留城树旗举兵，谋划复国大计——只是王室全被一锅端了，老老少少尽数押往长安，他该以谁为号召才好呢？
百济素与倭国交好，王子扶余丰璋在倭国做人质——这恐怕是唯一没落在唐人手里的活的王室成员了，因此鬼室福信派使者到倭国，请求送还扶余丰璋。倭国东宫中大兄皇子正愁没仗可打，无从转嫁国内矛盾，得到此信大喜过望，于是召集各地兵马，准备渡海杀往朝鲜半岛。他还真是一不做，二不休，把老娘齐明女帝也裹挟在身边，一起坐船来到北九州的筑紫地方。
或许齐明女帝年岁大了，经不起这番海上奔波，他们于661年一月离开难波，三月到达筑紫，女帝随即就一病不起，熬到七月份终于咽了气。天皇驾崩，中大兄皇子没有立刻称帝，他身穿丧服，仍以摄政之名整编军队〔史称“素服称制”〕，于当年九月发兵五千，护送扶余丰璋东还。
次年，扶余丰璋在周留城登基，而倭国方面也不断增派兵马前往支援，到了663年的三月份，更组建了两万七千人的大船团，浩浩荡荡渡海杀向朝鲜半岛，百济遗民更是受此鼓舞，到处掀起反旗。正在北方和高句丽恶战的唐军知道不能再坐视不理了，于是派大将刘仁轨率军，并合新罗兵马，南下救援，很快就攻克多座城池。
强敌压境，百济小朝廷不但不能同心抗敌，反而内讧不断，眼看就要被唐军彻底吃掉了。然而正当此时，李唐方面也出了纰漏，三十五万大军围攻高句丽都城平壤，遭逢大雪，被迫尽数撤回国内，新罗军一看形势不妙，也打点行装准备班师了。高宗下诏给刘仁轨，要他暂时退往新罗境内。
刘仁轨上书高宗，说一旦退兵，百济势必死灰复燃，再联合高句丽，这就又回到了数年前的局面，唐军势必要被迫吐出所有占领地，耗费无数人力物力却劳而无功。高宗听他说得有理，就命其固守百济故地，并派孙仁师等将跨海支援。
于此同时，倭国两万七千大军已在朝鲜半岛登陆，用围魏救赵之策，不先救百济，反而攻克了新罗数城。刘仁轨不去理他，会合诸路兵马南下，直趋白村江口，准备合围扶余丰璋所在的周留城。
这是唐高宗龙朔三年〔663年〕八月间的事情，当时唐将刘仁愿、孙仁师所部与新罗文武王金法敏率陆军包围了周留城，刘仁轨、杜爽并归降的百济王子扶余隆率战船170艘列阵白村江口。倭国军队一看不妙，一旦周留城被攻克，扶余丰璋遭擒，自己就再没有滞留在朝鲜半岛的藉口了，于是匆忙赶来救援。八月二十七日，日军两万余人，战船近千艘，也开到了白村江口。
朝鲜半岛的史书《三国史记》中描述道：“此时倭国船兵，来助百济。倭船千艘，停在白沙。百济精骑，岸上守船。新罗骁骑，为汉前锋，先破岸阵。”当时按总体军力来说，唐与新罗占优，仅以水军来说，日军数量要大大超过刘仁轨所部。正因为如此，多年未逢强敌的日军极为骄横，气焰嚣张，以为只要争先勇斗，唐军将不战自退。于是船列不整，混乱一片地就杀了过来。
刘仁轨沉着应战，《旧唐书》里说他：“遇倭兵于白江之口，四战捷，�