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六月二十二日，激烈的攻防战开始，一直打到二十九日，晋州城破，日军进行了野蛮的大屠杀，不管是官军、义军还是普通百姓，城内数万军民全都倒卧在血泊中……
●大奸小丑沈惟敬
文禄二年（1593年）春夏之交，日本方面，前线兵将普遍厌战，尤以小西行长为最。行长军在平壤之战中丧尽了主力，这些主力大都是他自己的子弟兵，不是丰臣政权从上而下拨给的，在行长想来，如果再战下去，自己的实力只有丧得更多，而再来两场败仗，即便最后打赢了，论功行赏也未必有自己的份儿，既然如此，不如议和。而在明朝方面，李如松在碧蹄馆吃了败仗不算，此后一直后退，放弃开城回到平壤，这一举动引起中朝双方的舆论大哗。普通朝臣和百姓不知兵事，并不清楚明军究竟遭到了多大损失，光看李如松退兵的举动，就以为仗已经打不下去了，于是议和之声此起彼伏。明朝兵部尚书石星就站在议和派的最前沿。
于是在石星的授意下，经略宋应昌于三月十五日派沈惟敬到京城去和小西行长等人商谈和平退兵事宜。最后双方达成四点协议：一，明军撤出朝鲜；二，日军从京城后退；三，日方释放俘虏的朝鲜二王子和官吏；四，明朝派使节去名护屋会见丰臣秀吉，开始正式和谈。
在小西行长的大力游说下，日方绝大多数将领，包括曾经坚决主战的小早川隆景和加藤清正也被迫认清了现实。四月八日，以参将谢用梓、游击徐一贯和沈为敬等人组成的讲和使团进入京城，催促日军撤离，加藤清正、立花宗茂等将领态度突然大变，又跳起来怒骂，小西行长好不容易才把他们压制下去了。
丰臣秀吉的亲信将领主要分为三个集团，即跟他从尾张出来的子弟、受封长滨后招收的近江人，以及征伐中国地区时招收的东中国豪族们，这三个集团互相争功，早有矛盾。其中加藤清正是尾张系的代表人物，他本是秀吉正妻北政所的亲戚，从小如同养子一般被抚育长大。小西行长则是堺的豪商小西隆佐之子，后来出仕备前大名宇喜多直家，转从丰臣秀吉，是东中国系的代表人物，和近江系的石田三成等人也一贯交好。在朝鲜战场，清正和行长两人各自统兵前进的时候，就摩擦不断，矛盾很深，此刻行长既然一立主和，清正当然要跳出来坚决主战，以表明与对方的不同。然而事实上，清正早就通过沈惟敬和宋应昌有所联络，主动表示愿意退出京城。
四月十八日，在丰臣秀吉的命令下，日军全部撤出京城，次日李如松率中朝联军进城。五月十五日，李如松渡过汉江进至庆尚道东南部的庆州，在这里对朝鲜军做了一番防御部署后就又退回京城。此时，除全罗、庆尚两道的南部地区外，中朝联军已经收复了全部失地。当年七月，李如松如约撤出朝鲜，明朝只留下四川参将刘綎和游击吴惟忠率七千六百人分驻要隘，防备日军背信进攻。
五月八日，明朝使团在增田长盛、石田三成、大谷吉隆三奉行和小西行长的陪同下，从釜山出海，十五日到达九州名护屋。虽然中方的正式讲和使乃是谢用梓和徐一贯，但因为语言不通，直接商谈相关事宜的还是沈惟敬和小西行长。丰臣秀吉狂妄地提出了“大明、日本和平条件”七条，命令行长传达给明使——
一，迎明朝公主为日本皇后；二，继续发展勘合贸易；三，明日两国武官永誓盟好（因为日本是武人掌权的）；四，京城及四道归还朝鲜，另外四道割让给日本；五，朝鲜送一王子到日本作人质；六、日军交还俘获的朝鲜二王子及其他朝鲜官吏；七，朝鲜大臣发誓永不背叛日本。
如此苛刻的条件，让小西行长也很难向明使开口。在明朝使节想来，蕞尔小国的日本，所以发兵打一下朝鲜，不过为了引起明朝的注意，想要发展双边贸易，多得点钱财，天朝上国，有谁不倾慕的吗？因此明使谈判的前提就是“封贡”，即日本承认明朝名义上的宗主国地位，明朝给予赏赐和允许通商，让他们大发一笔横财，仅此而已。小西行长本人也是希望封贡的，封不关他事，贡则可以给他这个九州大名带来很大利益，何乐而不为呢？
反正明朝讲和使听不懂日本话，急于停战的小西行长和急于立功的沈惟敬就串通起来，开始欺上瞒下，大耍阴谋手段。行长对秀吉说，明使已经同意了他提出的条件，但必须回去北京交皇帝最后批准，明朝人最爱面子，皇帝可能会提出要日本称臣，咱们挂个空名却得实利，没什么不好。沈惟敬则对谢用梓和徐一贯说，日本人已经答应了向明朝称臣，请求封贡。
丰臣秀吉不愧老奸巨猾，他怕事情还有反复，就命令在朝日本军队部分撤兵，留下九州大名们在朝鲜沿海筑城固守，以等待谈判协议的正式签署。不仅如此，他还下达了进攻晋州的命令，这才发生了六月二十九日的晋州大屠杀。小西行长陪同明朝讲和使回到朝鲜以后，以自己必须留下来勒束部下为名，派家臣内藤如安为使者，随同明使前往北京。内藤如安，中国史书上记载为小西飞，他本是丹波内藤家的家督，也就是继承内藤苗字的松永长赖的儿子。
●册封闹剧
在朝鲜战场上，中日双方停战一年多，到了万历二十二年，也即日本文禄三年（1554年）十二月，内藤如安等人经过反复交涉，终于进了北京城，胆大包天的沈惟敬竟然伪造了日本称臣的表章呈递上去。石星另外派人和内藤如安谈判，提出三项条款：一，日军立刻撤出朝鲜全境，甚至撤出对马岛；二、只册封而不准求贡；三，日本、朝鲜从此修好，互不侵犯。如果换了别人，沈惟敬的西洋镜立刻就要拆穿，但内藤如安秉持着家主小西行长教授的原则，一概点头，全盘答应下来。
十二月二十九日，万历皇帝下旨，派李宗城为正使，杨方亨为副使，前往日本，册封丰臣秀吉为“日本国王”。内藤如安请求封丰臣秀次为都督关白（此时秀吉已将关白之位让给养子秀次），封小西行长、宇喜多秀家、增田长盛、石田三成、大谷吉隆等人为都督，这种惠而不费的事情，明朝都一一答应了。内藤如安唯独没提加藤清正、锅岛直茂等人的名字，日军内部的派系之争由此可见一斑。
第二年是万历二十三年，日本文禄四年（1595年），正月三十日，明朝册封使团从北京出发，四月二十七日到达朝鲜京城，随后南下釜山。小西行长看内藤如安一切搞定，大为兴奋，于是请求丰臣秀吉下达回国命令，想要把撤兵变成既成事实。秀吉一开始欣然同意，但随后又有所犹豫，下令诸将暂缓撤兵，小西行长的如意算盘落了空。
这时候又发生了一个小插曲，次年（1596年）四月，明朝册封正史李宗城因为贪淫女色，遭到日本人的驱逐，凄凄惶惶从釜山跑出来，逃回京城，随即就被明廷下诏捕拿入狱，于是小西行长只好陪同副使杨方亨回归日本。此时秀吉早就离开了九州的名护屋，并且大坂城也不呆了，他在京都附近开始营建更为豪华的伏见城。六月，沈惟敬在伏见城见到了秀吉，秀吉本想在伏见城会见明使，但因为畿内地区地震频繁，所以最终还是敲定了大坂城。
九月一日，以毛利辉元为向导，引领杨方亨等一行人来到大坂城接见所。日本诸将四十人列座观礼，杨方亨、沈惟敬等人捧着金印、诏书站立。等到丰臣秀吉穿戴着明朝送去的册封衣冠，满脸笑容地出现的时候，沈惟敬竟然跪拜在地，使随员们无不感到愤慨。册封秀吉为日本国王的典礼顺利完成了，秀吉还盛宴款待了来使，在他想来，我答应做你大明王朝属下的日本国王，用这个空头衔换来朝鲜一半疆土，就此面子里子都有了，也可对出征诸侯有个交代，真是事事称心如意。
然而西洋镜终究是要拆穿的，明使手捧诏书，以中文宣读，日本人根本就听不懂，而就算两国文字基本相通，那些深奥的句子，也不是丰臣秀吉这种武人所能够理解的。等到第二天，秀吉让僧人承兑以日语宣读诏书，并且加以解说，虽然小西行长事先关照承兑要改动一些句子，但承兑仓促间无法完成如此繁难之事，还是原样照读了。
秀吉听到诏书中全然不提割让朝鲜一半领土和派朝鲜王子赴日为质等问题，不禁勃然大怒，于是下令驱逐明使，再伐朝鲜。这一年是日本的庆长元年，侵朝战争开始了第二个阶段，称为“庆长之役”。
小西行长分辩说是明朝违约，不干自己的事情，终于逃过了制裁，却被丰臣秀吉再度扔回朝鲜战场。至于那位胡作非为的沈惟敬先生，他逃回朝鲜后还假造了一道丰臣秀吉的谢恩表章，派人送回北京。然而花样不可一玩再玩，西洋镜终于被拆穿了，万历皇帝大怒，先把主和的兵部尚书石星下了大牢（最后死于狱中），然后传令驻朝明军捕拿沈惟敬，就地正法。
其实这个时候，丰臣政权的内部斗争已经愈演愈烈，丰臣秀吉得不到一点实利是断然不肯从朝鲜撤兵的，因为他已经威信扫地了……
●茶人之死
丰臣秀吉的侵朝战争，给朝鲜人民带来了沉重的灾难，而日本人也没能从中得到丝毫益处。被驱赶上前线的武士们陷身在朝鲜这个大泥沼中，缺衣少粮，而又必须成天提防朝鲜义军的袭击；留在后方的百姓、町人则被迫缴纳高额贡赋，担当劳役以支撑不义的并且看不到前途的战争继续打下去。当前线战事明显不利于己以后，连秀吉本人也开始悲观丧气，为了散心，他的生活更为奢靡腐化，放着好好的大坂城不呆，还要修建更为宏伟的伏见城，就是一个例证。
就在“文禄之役”爆发的前一年，也即天正十九年（1591年）元月，丰臣政权的最大栋梁、秀吉的弟弟丰臣秀长病逝了。秀长是丰臣政权的核心人物，他是著名的内政家，并且拥有很强的统合能力，在年轻的谱代众和老奸巨猾的外样中间一直扮演着调停人的角色。秀长去世以后，石田三成等秀吉亲信与德川家康等有力大名间的矛盾益发突出，并且逐渐迈向不可调和的深渊。
丰臣秀吉在他最后的统治期间，先后杀死了两个人，这两个人的死亡，给他的政权造成了难以弥补的裂痕，同时也使他的威信遭到极大损害——一个是茶道宗师千宗易，还有一个是他的养嗣子丰臣秀次。
千宗易本是堺的豪商，师从武野绍鸥学习茶道，号抛筌斋、利休居士。天正十一年（1583年），也就是本能寺之变的次年，宗易被丰臣秀吉聘请为家中茶头，负责茶事。在当时，茶道并不仅仅是一门艺术，因为很多知名武将都醉心于茶道，所以茶人也经常会扮演外交使节的角色。千宗易成为丰臣家的茶头，也就等同于他进入了丰臣政权的统治核心，对秀吉协调与朝廷、大名乃至于豪商们的关系，做出了卓越的贡献。
然而号称“天下第一茶人”的千宗易，最终却被秀吉勒令自杀。这件事发生在天正十九年（1591年）的二月份，也就是丰臣秀长去世后的翌月。事实上，秀吉和宗易的和睦关系早就破裂了，当可以保护宗易的最后一道墙垣秀�