利用这批船只来进行改造，以解决钢材不足的难题。
卢作孚一面组织民生公司向四川各地疏散难民，一面加紧一改造轮船的工作。
改造任务自然而然地落到了民生机器厂的肩上。民生机器厂在战前是个不大的修理船舶厂，但对改造旧船却积累了一定的经验，尤其是在1933年打捞“万流”轮后，改造成功，取得了宝贵经验，开始对不适于川江航行的船只进行拆毁、改造。
这次工作进展速度极快。短短几个月，一批改造的烧煤船就投入了运输的队列。紧接着，民生公司又开始了新船的建造。
第一批新船的建造计划是，建造15只中型的烧煤船，两只吃水浅的柴油船。
为实施这一计划，民生机器厂在卢作孚的亲自指挥下开始了扩建。
为适应战争的特点，卢作孚指示民生机器厂“向地下发展，向四处疏散”，以便在战时能正常工作。
宜昌沦陷后，切断了四川通往湘境的交通运输线。中国的抗战生命线——滇缅公路成为唯一与国外沟通的运输线。
川流不息的汽车队在滇缅公路上蠕动，将抗战物资源源不断地送往各抗日前线。但是，四川却没有通往云南的公路。
卢作孚决心修筑两条公路，以解决战时的紧张运输。
第一条公路是从三斗坪，经鄂西山区，入湘境，使之与长江上游的航运相连接，形成一条水、陆联运线。
第二条公路是在川南，从泸州，穿贵州西北部，直抵云南囗益，同样是一条水陆联运线。
这两条公路在极短的时间内抢修完成，被称为抗战时期的两条大动脉、在这两条大动脉上，国外的援助源源不断地送到大后方，又源源不断地送到各前线。
到1939年夏末，中国的抗日战争进入了最艰难的时刻。德国占领波兰，迫使英法对德宣战，德军已陷丹麦、挪威，占荷兰、比利时，横扫法国。日本与德意法西斯遥相呼应，向东南亚各国虎视眈眈。英国迫于日本的压力，关闭了滇缅公路，卡断了中国唯一可接受外援的生命线。中国的抗日战争开始陷入孤立无援的境地，不得不依靠大后方的物力来维持抗战。
交通运输问题更加突出，必须尽快地建立四川的公路网。
任务，再一次落到了卢作孚的肩上。
倾盆大雨中，一辆汽车“嘎”的一声停在一处简易的工棚前。从车上跳下4个人来，踩着泥泞，进了工棚。
“你们是什么人？”
一个人披着雨衣大声问道。
“交通部卢次长来视察川中公路。”司机大声答道。
“什么？”
司机不耐烦地重复道：“卢次长来视察。”
问话的人是工段长，他半信半疑地上下打量着，竟一时不知哪位是卢次长。
卢作孚掸了掸身上的雨水，问道：“这里有技术人员吗？”
工段长这才缓过神来，判明问自己的就是卢次长，忙答道：“有，有一名工程师。”
“可以请他来一下吗？”
“可以，可以。”
工段长返身钻进雨里，不一会领来一位40多岁的戴眼镜的中年人。
“你就是这儿的工程师吧，请坐。”卢作孚待工程师坐定后说，“这条公路直接关系到战争的需要，非常重要。必须拟订一个计划，在最短期内建成通车，无论有多大的困难，都必须完成。”
工程师点了点头：“请放心，卢次长。”
“需要多长时间？”
“大约得——”工程师还未说完，卢作孚一挥手：“3个月怎样？”
工程师想了想：“差不多。”
“只能3个月，一天也不能推迟。”卢作孚斩钉截铁地说完，一抬手：“走！”
工程师和工段长忙上前拦阻。
“不行，天黑了。前面的路不好走，又下着雨，太危险了。还是请卢次长明早走吧！”
“不要紧。”卢作孚笑了笑，“只要有路基就能通车。”
工段长一看挽留不住，只好说：“那就派两个民工来帮你们领路。要是遇到困难，也好招呼民工帮助。”
“这样也好。”
卢作孚冒雨驶上了荣县的路途。此时，天已漆黑一团。
正当卢作孚忙于建设四川公路之际，又一项艰巨的任务正等着他去受领。
在战时，许多任务没有回旋的余地。卢作孚突然接到了国民政府的任命，任命卢作孚为全国粮食管理局局长。
消息来得异常的突然。国民政府没有征求卢作孚的意见，就把任命在报上公布了。
卢作孚凭直觉就判断出：大后方出现粮食危机。国民政府决定设立全国粮食管理局，足以说明粮食危机已威胁到抗战。
再度临危受命，卢作孚毫不犹豫地赴任了。他用了“仅仅两三个星期，就形成了从上到下的整个粮食管理体系。与此同时，他还以最快速的行动，对粮食供应作了全面的调查了解。他发现造成粮食供应不上的原因，既不是由于灾荒引起的粮食减产，也不是农村缺少粮食，而是层层官吏只知道贪污受贿，没有办法将分散在交通不便的广大农村地区的粮食运出来，集中到城市。很清楚一问题的症结，乃是一个运输问题”
原因找出来了，卢作孚又极富创造性地提出一个运输粮食的“几何计划”。
所谓“几何计划”是：“把各个没有公路的偏僻地区的粮食，首先用人力运送到邻近的公路或水路边上的一些特定的点或特定的地区里，集中起来，然后又从这些公路或水路边上的点或地区，用汽车、板车或船只，将集中起来的粮食，转运到重庆周围以及各个交通要道上的县城的政府粮仓中。这样，就将复杂万分的粮食运输问题，缩小到易于管理的最小范围，变得简单明了了。”
一场粮食危机，卢作孚只在短短的几个月内就消除了。
后人在评价卢作孚的这一贡献时说：“其在战时的意义，至少与宜昌撤退的‘奇迹’相等，并且是以同样有效和激动人心的机敏来完成的。”
当一车又一车、一船又一船的粮食，从四面八方汇集，又一批批地运送到抗日前线时，卢作孚站在高滩岩上问道：
“你们说，世界上最香的是什么？”
望着长龙般的运粮车队，人们异口同声地答道：
“稻香！”
大家会心地笑着。卢作孚也笑了。但大家发现卢局长的面色苍白，用手捂着胸，几乎就要倒下去了。
紧张的工作，频繁的敌机空袭，严重地摧残了卢作孚的身体。他的脉搏间歇症复发并加剧了，时常出现身心衰竭。他不顾医生的警告，一直带病奔波，最后严重的脉搏间歇跳动，使他昏倒了，被送进了医院。经检查发现，他不仅心脏病很严重，而且双肺的肺膜破裂。他冒着生命危险，只在病床上呆了一段很短的时间，又投入了工作，这次，他只能躺在病床上来指挥了。
1941年冬，卢作孚的病情再度恶化，民生公司在歌乐山上借了一所金城银行的房子，开始强迫他接受治疗。
他没想到，这一病竟长达6个月！
6个月，卢作孚的身体在休息，但他的心一直挂在民生公司的船上。民生公司的船一只又一只被敌机炸沉的消息，使卢作孚那颗心越来越沉重
令卢作孚不安的是，官僚资本对民生公司悄悄地生起了吞食之心。卢作孚眼前又浮现出1938年时的一幕：国民政府以统一调配，便利抗战运输为名，准备下令民生公司将全部船只交由军政部掌管调派，企图以行政强制手段吞并。卢作孚得到这一消息后，先声夺人，抢先向国民政府提交了一个运输计划，主动提出承担包运所有的撤退物资，运价按平时商运价的十分之一计算，并在5个月内把积压在宜昌的8万吨兵工军需器材物资全部运离宜昌。与此同时，他又通过张嘉璈向军政部长何应钦陈说利害，才使当局改变主意。
当1939年民生公司的资产增至700万元时，孔祥熙、宋子文都想用大量投资的办法侵吞民生公司。孔祥熙暗地指使中央信托局出面，要出资占有股份的50～60％；宋子文也暗示，他所控制的中国银行也要投入60％的股份。卢作孚既要依靠他们的支持求得发展，又不愿让某一势力控制，于是他通过政学系首脑张群游说孔祥熙，示意不宜直接插手地方企业；又活动陈果夫、陈立夫门下的干员钱新之出面扬言，民生公司是交通运输业，投资不能没有交通银行的份。从而形成了政学系、孔、宋、陈在对民生公司投资上的僵持局面。最后以撤销增股，代以发行公司债券了结。由17家银行认购700万元的公司债券，从而形成了一债多主。互相牵制的局面，避免了孔宋财团的吞并。
但是，孔祥熙并没善罢甘休，想以暗中收买股票的办法控制民生公司的股权。但卢作孚对公司的股票转让有着严格的控制。孔祥熙的意图终于落空。
抗战爆发后，国民政府偏安四川，川江成为国统区交通运输的主干。而执川江航运牛耳的民生公司的地位也益显重要。由于卢作孚深谋远虑，民生公司同当时中央和四川地方各派势力又有着千丝万缕的联系，因而官僚资本集团虽然对民生公司垂涎三尺，也不便一举吞并。而民生公司既要求得政府当局的支持和资助，又要防范被鲸吞。而对如此复杂的局面，卢作孚周旋在中央财团与地方势力之间，变不利为有利条件，不仅维护了企业的独立存在，而且取得了长足的发展。
民生公司在战前即已垄断川江，但战前经营的航线仅限于四川境内及渝叙、渝沪两条直达航线。沪战爆发后，随着战局的变化及后方的需要，又开辟了30多条长短航线。这些航线是：
为疏运上海、汉口、宜昌西迁人员、物资，开辟了长江中、下游及汉湘、宜湘、宜渝分段运输航线12条；为适应战时后方交通需要，开辟四川境内的短途航线19条；为衔接川湘、川黔、川滇水空联运开辟航线6条。
此外，卢作孚审时度势地派轮对金沙江、乌江、赤水进行了考察和试航，为轮船运输开拓了新航线。在其经营航线的港口，设置了办事机构和夏栈设施，组成了战时后方的经营网。
民生公司在扩展后方航线的同时，为了解决进口货源骤减，船用器材奇缺的困难，凭借自己的技术力量，研制船用高压水管锅炉，自制船舶配件，以替代进口产品；以木代钢制造木壳机动船；就地取材，试验代用燃料以及其他船舶技术改造等方面，都取得了显著成效，维持了一支有效的运输船队，并不断发展壮大。
多年后，当人们重新审视民生公司的战时发展时，不仅解开了民生公司在战时如何发展的谜团，也对卢作孚的经营方法作出了准确公止的评价——
民主公司在后方营运中，承担了大量的公差运，所收运费极低，航运收入剧减，1939年第一次出现帐面亏损，这种情况一直持续到1945年而未能扭转。
那么，民生公司又是如何在这种情况下能飞跃发展呢？
表面上看，民生公司一方面出现帐面亏损，而买质上民生公司又在其他企业进行大规模投资。据统计，先后在48个企业投资，投资额达140万元（战前货币�