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傅斯年患高血压，夫人总不让他吃肉。但傅好吃，经常忍不住背着夫人开荤，在上下班途中，他常到小吃店吃碗北方面食，并不忘嘱咐秘书那廉君道：“我是解馋，回家千万不可告诉我的太太。”
夫人怕傅斯年贪吃，只给些小钱，仅够买几颗糖几片面包。所以他在台大时，学生常发现他饭后会再进餐厅，或上福利社买面包，边走边吃。
某次，那廉君和另一位秘书李绪吃饭时，傅斯年走过来，抓起那廉君的面包和李秘书饭盒的卤肉，边吃边笑说：“面包夹肉，正是很好的三明治。”那廉君禁不住感叹：“傅校长这一年零十个月来，每天除去吃饭睡觉的时间外，统统是用在台大上头。一代伟大的学者，每天为公事这么操劳，却连一顿可口的饭菜也不能享用！”
一次，傅斯年观看运动会回来，对那廉君说：“糟了，刚才我在体育场鱿鱼摊子吃了一碗鱿鱼羹，把烟斗丢在那里了。”那廉君要替他去取，他不肯，说还是自己去。后来有人告诉那廉君，傅去取烟斗时，又喝了一碗鱿鱼羹。
苏乡雨回忆，傅斯年是北方人，爱吃面食，特别是包子、锅贴、馅饼之类。一次，胡適到台湾，台大的北大人在苏家聚餐欢迎胡，苏的夫人为他们准备了北方风味的饭食，结果傅斯年吃了太多的馅饼，躺在藤椅上动不了，回家后又吐又泻，折腾了一个晚上。
那廉君回忆，傅斯年去世之前两三天，很想到萤桥去吃一顿烤肉，曾向夫人提及，由于口袋羞涩，未能如愿。俞大綵对此，始终引为憾事。
【孝道】
傅斯年事母至孝。他九岁丧父，此时其弟傅斯严才七八个月。因家境贫寒，只能靠亲友的捐赠度日。傅母抚养两个儿子甚为艰辛，一到雨天，屋里漏雨，傅母便怀抱幼子，执伞避雨。傅母平日节衣缩食，供两个儿子读书，对二人亦督导甚严。故日后傅虽霸气十足，不将任何人放在眼里，但对其母却极为恭顺，遇母亲发脾气，便长跪不起。
俞大綵回忆：“孟真侍母至孝，对子侄辈，也无不爱护备至。太夫人体胖，因患高血压症，不宜吃肥肉。记得有几次，因我不敢进肥肉触怒阿姑，太夫人发怒时，孟真辄长跪不起。他窃语我云：‘以后你给母亲吃少许肥肉好了。你要知道，对患血压高症的人，控制情绪，比忌饮食更重要，母亲年纪大了，别无嗜好，只爱吃肉，让她吃少许，不比惹她生气好？我不是责备你，但念及母亲，茹苦含辛，抚育我兄弟二人，我只是想让老人家高兴，尽孝道而已。’”
抗战爆发后，傅斯年委托一位下属送两个侄儿和母亲到安徽和县暂住。南京沦陷后，傅到长沙不久，这位同事护送其两个侄儿也来到长沙，傅见到侄儿们很是高兴，当听闻母亲没能逃出来时，傅大怒，当场打了侄儿们几个耳光。随后，他千方百计将已过古稀之年的母亲从安徽接到重庆。每言及母亲逃难之事，傅斯年总怀歉疚之情，他曾对同事说：“老母幸能平安至后方，否则将何以面对祖先？”
“史语所”由长沙迁至昆明后，傅斯年把母亲接到重庆，安置在歌乐山下一个较为安全的地方，与其弟傅斯严一起生活，费用全部由傅斯年负担。
1941年10月，傅母因病，医治无效去世。傅斯年极为悲痛，非要让医院告知母亲的病情，医院得不出确切的结论，只好提出解剖。傅斯年犹豫再三，最后同意解剖，才知道母亲死于胆结石。
傅母去世时，傅斯年还在病中，且国难当头，所以丧事从简，未发讣告，未公开吊唁，由内兄俞大维帮助料理安葬事宜。傅斯年将母亲安葬在歌乐山附近的一个小山顶上，墓穴建得十分坚固，在岩石中钻一洞穴，下葬时用吊车将棺木放入，再盖上用水泥制成的七八寸厚预制板三块。傅斯年致信胡適说：“家母葬于歌乐山风景绝佳处，作成一水泥之圹，甚坚。”
【姻缘】
傅斯年有过两次婚姻，第一次是父母之命、媒妁之言的旧式婚姻。傅斯年父亲早逝，16岁在天津读中学时，由祖父和母亲做主，与同乡山东聊城县乡绅丁理臣之女丁蘸萃拜堂成亲。
丁蘸萃略通文墨，长相秀美，但由于长期生活在乡下，处世态度和生活方式与傅斯年反差极大。傅斯年婚后一直在外求学，二人长期分居，没有共同的志趣，感情更是无从谈起。随着年龄增长和西学的影响，傅斯年对自己的婚姻越来越不满意，他极为苦恼：“我们现在已经掉在网里，没法办了。想个不得已的办法，只有力减家庭的负累，尽力发挥个性。不管父母、兄弟、妻子的责难，总是得一意孤行，服从良心上的支配，其余都不可顾虑，并且可以牺牲的。”
傅斯年曾抱怨对旧式婚姻的不满：“胡適之先生曾有一句很妙的形容语，说‘我不是我，我是我爹的儿子’。我前年也对朋友说过一句发笑的话：‘中国做父母的给儿子娶亲，并不是为子娶妇，是为自己娶儿媳妇儿。’这虽然近于滑稽，却是中国家庭实在情形。咳！这样的奴隶生活，还有什么埋没不了的。”
留学归国后，傅斯年决心与丁蘸萃离婚。1934年，二人在济南协议离婚。
同年8月5日，在同学俞大维的撮合下，傅斯年与俞大维幼妹、陈寅恪的表妹、比自己年轻10岁俞大綵在北平共结百年之好。
傅斯年与俞大綵谈恋爱时，胡適曾在日记中记载：“孟真在恋爱中已近两月，终日发疯，有一天来信引陶诗‘君当恕醉人’，误写作‘罪人’。我作打油诗调之：‘是醉不是罪，先生莫看错。这样醉糊涂，不曾看见过。’”
俞大綵出身名门，幼年即受新式教育，思想开通，兴趣广泛，会骑马、溜冰、打网球、跳舞，是典型的新女性。她曾在上海沪江大学学习，长于文学，尤擅英文，写得一笔好字，作得一手绝妙的小品文章。
傅斯年曾多次对好友罗家伦谈及俞大綵，说起妻子的才情，神采飞扬。罗无限欣慰：“这几年可以为他高兴的，就是他能和俞家八小姐大綵女士结婚，使他得到许多精神的安慰和鼓励。”但他嘴上却开玩笑地对傅斯年说：“大綵赏识你，如九方皋伯相马。”
俞大綵这样描述自己的婚姻：“如果比学问，我真不敢在他（傅斯年）面前抬起头，所以我愿意牺牲自己一切的嗜好和享受，追随他，陪伴他，帮助他。结婚之后他没有阻止我任何社交活动，但我完全自动放弃了，十几年来我们的经济状况一直非常困苦，但我们仍然过得很美满很快乐。”
由于傅母年轻时即守寡，因为总以为儿子被媳妇抢走了，经常发脾气。俞大綵有时受了婆婆的气，便到表弟曾昭抡在南京建的一栋小洋楼躲避。
傅斯年讨厌狗，到昆明后，友人送给其子仁轨一条狗，一日傅斯年午睡方酣，狗走过去轻轻舔了他的手，傅被惊醒，怒捡起拖鞋而打狗，谁知狗没打着，却将自己的眼镜碰掉在地上，摔碎了。俞大綵戏言他虐待动物，傅恼羞成怒，三天不与其交一言。第四日傅起床后，长揖到地，面有愧色地笑着对俞大綵说：“我无条件地投降了，做了三天哑巴，闷煞我也。”俞取笑他道：“用配眼镜片的钱，买几个肉包子（傅斯年爱吃肉包子）吃，岂不更好？”
俞大綵与傅斯年共同生活的十六年中，聚少离多，除了新婚时生活还算平静，日后便满是愁苦辛酸。抗战初期，傅斯年只能让俞大綵和刚出生不久的儿子投奔庐山牯岭的岳父，后俞大綵跟随傅至昆明。1939年，傅斯年在昆明为儿子仁轨画了一张旅程图，下记载：“小宝第二个生日，是在牯岭外公外婆家过的。爸爸在南京看空袭！生下三年，走了一万多里路了。”足见当时俞大綵与儿子的颠沛流离之状况。
俞大綵曾回忆其与傅斯年在重庆郊区山中养病的情形：“那是一段穷困悲愁的日子，孟真重病在身，幼儿食不果腹。晴时，天空常有成群的敌机，投下无数的炸弹。廊外偶尔细雨纷飞，又怕看远树含烟，愁云惨淡，我不敢独自凭栏。”
傅斯年的友人上山探望傅，俞大綵只能四处借得一百元，准备酒菜招待。傅斯年于一个月后得知此事，长叹一声，苦笑着说：“这真所谓贫贱夫妻百事哀了，等我病愈，要拼命写文章，多赚些稿费，决不让你再印障蛉私枨恕Ｎ液貌牙ⅲ �
“史语所”迁往李庄，俞大綵便随傅斯年至李庄。在李庄时，由于没有小学，俞大綵就在家中教导傅仁轨和李方桂的女儿。据李庄的老人回忆，当年俞大綵很少出门，只是在家中相夫教子。
1947年，傅斯年赴美国治病，回国时，夫妻二人决定把13岁的儿子傅仁轨留在美国读中学，托付友人和门生照顾。傅仁轨极为聪明，每年都拿奖学金，其作文曾获得学校作文的第一名，并发表在刊物上。他常写信给傅斯年，谈论天下大事。傅斯年常对俞大綵说：“我们有这样圆满的家庭，这样聪明可爱的儿子，我太满足了，唯一使我不安的，就是我没有给仁轨留过一个钱。”
多年后，《发现李庄》的作者岱峻曾向人打听傅仁轨的下落。知情者说，傅仁轨在美国再也没有回来过，与台湾和大陆都没有任何联系。傅斯年去世后，他在美国缺少管教，并未好好念书，学嬉皮士，穷愁潦倒，荒芜一生。其母俞大綵为此后悔终生。
后来傅仁轨读了岱峻的《发现李庄》后，给岱峻写了一封信。信的全文不足百字：“尊敬的岱峻先生：我幸运地读到了《发现李庄》，这是一本十分有趣的书，它仿佛把我带回了过去的时光。愿好运赐给你。”信是英语写的，只有签名用的是中文。签名“傅仁轨”三个大字，歪歪扭扭，实在不敢恭维。岱峻始信了人们的传言，傅斯年先生之子已不会使用中文。
【去留】
在国民党全线溃败之际，台大原校长庄长恭离职，国民政府决定由傅斯年接任台大校长。经朱家骅和傅斯年多次晤谈，傅勉强表示从命，“跳这一个火坑”。
傅斯年曾在“去留之间两徘徊”。据“史语所”研究人员陈槃回忆：“自三十八年冬（实应为三十七年），首都告急，群情惶急，不知何以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：‘研究所生命，恐遂如此告终矣！余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁入适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽最大努力，妥为介绍安置。’同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。师于是不觉大感动，毅然曰：‘诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。’本所迁移之议，于是遂决。”
1949年元旦之夜，胡適与傅斯年在南京共迎新年。面对时局，这年元旦之夜无一丝欢乐的气氛。是夜，师徒二人置酒对饮，相视凄然，潸然泪下。二人一边喝酒，一边不断吟诵陶渊明的《拟古》第九：“种桑长江边，三年望当采。枝条始欲茂，忽值山河改�