！闭绿卓吹狡羰潞蠓浅Ｆ撸�6月10日在《民报》上刊登《特别广告》，澄清事实，并称刘氏夫妇是清廷密探。至此，章、刘反目。
刘师培说：“中国革命党所持之旨，不外民族主义，故舍排满而外，别无革命。师培自斯以后，凡遇撰述及讲演之事，均设词反对民族主义，援引故实，以折其非。盖事实均由学理而生，若人人知民族主义不合于学理，则排满之事实，自消弭于无形。此即古人正本清源之说也。”
刘师培投靠端方后仍然与革命党人保持联系，但却是为充当清廷的卧底。他变节后的第一件事便是诱捕陶成章。1908年冬，徐锡麟案发后，清廷通缉陶成章，刘师培凭着与陶“关系素深”，“日与两江督标军官米占元往各船坞查成章行踪，久之不得，无以复端方之命，而以张恭报告于端方，张恭遂被拿问”。
张恭被捕后，王金发持枪闯入刘师培的寓所，刘下跪求饶，愿意以身家性命担保张恭安全，才得免一死。汪公权就没有那么好运气，于1909年被王金发击毙。此后，陈其美曾令蒋介石等人暗中除掉刘师培，但因孙中山怕暗杀行动会暴露起义计划，阻止他们的行动，刘师培才又逃过一劫。
汪公权被杀后，刘师培公开成为端方幕僚，为端方考订金石，并任教于两江师范学堂。刘师培彻底与革命党人决裂。
1911年，刘师培随同出任川汉、粤汉铁路督办大臣的端方入川。在保路运动中，端方因镇压运动被杀，刘师培也在资州被革命军拘捕。辛亥革命胜利后，刘由孙中山保释出狱。出狱后，刘经谢无量介绍，到四川国学院任教。刘师培后出任成都国学院副院长，并在四川国学学校兼课，讲授《左传》、《说文解字》等课程，又与谢无量、廖季平、吴虞等人发起成立四川国学会，著《废旧历论》等。
1913年夏，刘师培离开成都，他在《与成都国学院同人书》中称自己本想在川兢兢业业，重振国学，无奈力不从心，加上疾病缠身，准备返回家乡。然而，他并没有回到家乡仪征，而是到了山西，担任南桂馨家的家庭教师。后经南介绍，成为阎锡山的幕僚。
阎锡山看重刘师培的学问，将其推荐给袁世凯。在袁世凯称帝的过程何中，刘师培不遗余力为袁服务，曾任公府咨议、参政院参政等职，后又加入“筹安会”。1916年，他为袁世凯所写的鼓吹帝制的《君政复古论》还没来得及全文刊登，袁世凯便一命呜呼。刘师培本被列入通缉名单，幸得李经羲担保，他才免受牢狱之灾。
【反目】
清朝末年，刘师培在上海结识章太炎，二人皆为古文经学家，对对方的学问很是推崇，又有共同的排满倒清信念，故二人意气相投，视为知交。因章太炎字枚叔，刘师培字申叔，二人被人合称为“二叔”。
1907年春，在章太炎的邀请下，刘师培带着母亲、妻子何震和汪公权东渡日本。到日本后，章太炎与刘师培夫妇同租一处房屋合住，“三人同住一起，亲密得像一家人。但是，不过两个月，就吵得不可开交，章太炎不得不搬到《民报社》居住。”
刘、章关系决裂，据说因章太炎一次发现何震与其表弟汪公权关系暧昧，他替刘师培抱不平，暗中告知刘。结果刘师培反怪章多事。刘母也不相信此事，大骂章太炎居心不良，挑拨儿子儿媳夫妻关系。
据汪东说，何震因某些事情对章太炎怀恨在心，时常对刘师培吹枕边风，刘师培听信老婆的话，与章太炎反目。
无论如何，刘师培对章太炎决裂，此时他对革命党人也很看不惯，在妻子何震和汪公权的撺掇下，有了投靠清廷之心。刘师培窃得章太炎私章，伪造《炳麟启事》。何震还亲自动手，给吴稚晖写信，“揭发”章太炎为“反革命”。
在得知刘师培伪造启事之事后，章太炎非常气愤，他发表《特别广告》，称启事为刘师培捏造，并揭发刘师培夫妇是清廷密探。刘师培夫妇也准备还击，据说他们准备聘请律师，和章太炎打官司，后被人劝阻。为了泄愤，他们便到到章太炎寓所，将他痛打一顿。
接下来，有人在章太炎的茶壶里面投毒，这便是轰动一时的“毒茶案”。后经调查发现，投毒者为汪公权。事情败露后，东京留日学生界舆论哗然，强烈谴责刘师培夫妇。在此期间，日本政府应清政府的要求，查禁《民报》、《天义报》等报刊。刘师培夫妇在东京的处境很是困难，遂返回国内。
刘师培回国后，致函黄兴称，章太炎曾让他写信给两江总督端方，只要端给两万元，便可舍弃革命宣传，赴印度出家。随信附有章太炎要他与端方联系筹款的五封信的影印件。刘师培此事并非空穴来风，当时章太炎对同盟会内部事务不满，曾想出家，去印度学习梵文。因经费问题，曾先后求助于张之洞和端方，但最后此事作罢。1912年，章太炎在给浙江统一党电报中澄清此事，称当时筹款游印，与革命活动无关。刘师培的信让在巴黎的吴稚辉有了可乘之机，吴立即抓住这个机会，称章太炎早已受清廷收买，扩大孙中山与章太炎的矛盾，致使同盟会由于内讧元气大伤。
章太炎曾想挽救与刘师培友谊，但并未得到刘的谅解。1908年6月1日，章太炎曾致函孙诒让，恳请孙调解他与刘的矛盾。他在信中说：刘师培“与麟同术，情好无间，独苦年少气盛，喜受浸润之谮。自今岁三月后，谗人交构，莫能自主，时吐谣诼，弃好崇仇；一二交游，为之讲解，终勿能济（以学术素不逮刘生故）。先生于彼，则父执也。幸被一函，劝其弗争意气，勉治经术，以启后生，与麟戮力支持残局，度刘生必能如命”。
刘师培出卖陶成章、张恭后，章太炎仍对刘师培抱有希望，他致书刘师培，称其变节是受人诱惑，希望他重新回归革命阵营，但刘师培并未理会。
有学者认为，章刘反目的可能还有学术上的原因。章太炎是清末民初著名的古文经学大师，早已饮誉学林，自视甚高，目无余子；刘师培祖辈三代传经，家学深厚，刘本人也在古文经学上卓然成家，且年少气盛，不肯相下。二人长期频繁交往，可能产生龃龉。
辛亥革命后，章太炎不念旧恶，与蔡元培在上海登报寻找刘师培的下落，可是刘依旧没有理会。
【袍泽】
1903年，刘师培在上海结识陈独秀，二人先后参与了《国民日报》和《警钟日报》的创办。刘师培因考场失意辱骂科举，遭到通缉而逃到上海。陈独秀因在安庆藏书楼发表了爱国演说，被端方通缉潜逃沪上。因有“同是天涯沦落人”相同际遇，又有强烈的反满情绪，二人过从甚密，时时相聚谈说志向。
1903年冬，陈独秀回到芜湖，创办《安徽俗话报》。临行之时，陈独秀送章士钊和刘师培诗云：“勤王革命皆形迹，有逆吾心罔不鸣。直尺不遗身后恨，枉寻徒屈自由身。驰驱甘入棘荆地，顾盼莫非羊豕群。男子立身惟一剑，不知事败与功成。”署名“陈由己”。刘师培深有感喟，在诗下题曰：“由己，由己，由一己所欲。”
回到安徽后，陈、刘书信往来频繁。陈独秀按时将《俗话报》寄给刘师培。陈独秀的朋友何梅士病逝后，陈独秀作《哭何梅士》诗，刘师培将发表在《警钟日报》上。后刘又向陈约稿，陈独秀作《夜梦亡友何梅士觉而赋此》。刘师培收藏了陈独秀此文的底稿，并在稿下戏道：“由己乎？不由己已，不由己已耳，不由己已耳矣！”
刘师培加入蔡元培等人组织“国民教育暗杀团”（即光复会的前身），并与章士钊同向蔡元培举荐“江淮志士”陈独秀。章士钊推荐陈的理由是：“此君志大心雄，有一种不峻之坡弗上的斗志，而且人格甚美，忠于人，忠于事，不乏侠士之风。”刘师培则说：“陈君还是吾报的作者。他重友情，讲信用，在芜湖创办并发行一种白话报，发起的若干人都因困苦及危险而散去了，他一个人还在干，已经支持了好几个月。”
陈独秀与皖江中学体育教员柏文蔚在芜湖成立暗杀组织。《警钟日报》被查封后，陈独秀邀请刘师培到皖江中学任教。不久，刘师培化名“金少甫”赴芜湖。刘师培来到后，往往以光复会的钦差大臣自居，而陈独秀不承认芜湖的组织与上海的组织是下级与上级的关系，刘与陈产生龃龉。
1907年，刘师培、陈独秀先后东渡日本。在日本时，刘师培与章太炎为“攘夺干部职权”，曾想拉拢陈独秀及苏曼殊。但陈独秀认为“光汉”是狭隘民族主义，拒不参与其中。
后刘师培投靠端方，端方入川受戮，刘师培被捕入狱。1912年初，得知刘师培的下落后，陈独秀上书孙中山，义保刘光汉。在给孙的上书中，陈独秀历数刘之功德，以“神经过敏”为之开脱。
1917年，陈独秀应蔡元培之邀担任北京大学文科学长。此时的刘师培身体虚弱，生计维艰，他告知蔡、陈，欲进北大任教。陈独秀、蔡元培不计前嫌，聘请刘师培为北大教授。
1918年，新文化运动蓬勃发展，刘师培执着于旧学，他纠集北大的一班守旧师生，创办《国故》杂志，对陈独秀的《新青年》对垒。
1919年6月11日，陈独秀被捕。次日，病魔缠身的刘师培在夫人何震的陪同下，强撑身体，与北京大学的新旧学者们一起联名上书，请求保释陈独秀。9月16日，陈独秀出狱。卧床不起的刘师培欲前往迎接，终因力所不逮作罢。
陈独秀出狱一个多月后，刘师培病情加重，陈多次前往看望。11月10日，年仅三十六岁的刘师培病逝，陈独秀主持了刘的丧礼，并引用康有为诗悼念亡友：“曲径危桥都历遍，出来依旧一吟身。”
【宽宥】
中华民国成立后，章太炎念及旧情，仍旧称赞刘师培“学问渊深，通知今古”，是“国学精湛之士”，欲“保持绝学”，则须爱惜其人。
刘师培入狱后，章太炎顾念刘师培学问精湛，人才难得，作《宣言》曰：“昔人曾云，明成祖‘城下之日，弗杀方孝儒，杀之，读书种子绝矣’。……今者文化凌迟，宿学凋丧，一二通博之材如刘光汉辈，虽负小疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”
中华民国成立，章太炎与蔡元培联名在《大共和日报》刊登《求刘申叔通信》，寻找刘师培：“刘申叔学问渊深，通知今古，前为宵人所误，陷入樊笼，今者民国维新，所望国学深湛之士，提倡素风，保持绝学，而申叔消息杳然，死生难测。如身在他方，尚望先通一信于国粹学报馆，以慰同人眷念。”得知刘师培下落后，章、蔡又电请南京临时政府设法营救刘师培，孙中山也发电文敦请开释其人，不得苛待之。有了孙中山的保释，刘师培才得以出狱。
刘师培投靠端方，叛变革命，出卖同志，为党人所恨。蔡元培惜其才，极力为之辩护：“刘申叔，弟与交契颇久，其人确是老实，确是书呆！”章太炎也为其开脱：“今者文化陵迟，宿学凋丧，一二博通之才如刘师培辈虽负小疵，不应深论。杀一人无益于中国，而文学自此扫地，使禹域沦为夷裔者，谁之责耶？”
陈独秀在给孙中山的上书中说：“大总统钧鉴：仪征刘光汉累世传经。髫年岐嶷