料之事。他在文中向弟弟表达了“鹡鸰在原”（鹡鸰亦作脊令，一种生活在水边的小鸟，当它困处高原时，就悲鸣向同伴求救，《诗经》中有云：“脊令在原，兄弟难急”）的意思。
鲁迅收藏的现代作家的译著中，以周作人的译著种类最多。二人失和后，鲁迅仍搜集弟弟的作品。
《语丝》被查封后，鲁迅担心周作人的安危，给川岛写信说：“他之在北，自不如来南之安全，但我对于此事，殊不敢赞一辞，因我觉八道湾之天威莫测，正不下于张作霖，倘一搭嘴，也许罪戾反而极重，好在他自有他之好友，当能相助耳。”
一次，周作人的一部译稿交给商务印书馆出版，鲁迅去时，编辑正在校勘，鲁迅说：“启孟的译稿编辑还用得着校吗？”在商务印书馆工作的周作人说：“那总还是要看一遍的吧！”鲁迅这才默不作声了。
1933年，鲁迅再次向弟弟发出求和的讯号，他在其诗《题三义塔》中写道：“度尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇。”
1936年10月，平津地区的104位教授联名发表《平津文化界对时局的意见书》，周作人没有参与此事。鲁迅逝世后，周建人给周作人写信说：“（鲁迅）又说到关于救国宣言这一类的事情，谓连钱玄同、顾颉刚一般人都具名，而看不到你的名字，他的意见，以为遇到此等重大问题时，亦不可过于退后云云。”
与鲁迅断交后，周作人依旧平静地上课、作文。但他在1923年7月25日所写的《自己的园地·旧序》中，重复了7月18日写给鲁迅字条中的话：“过去的蔷薇色的梦都是虚幻。”
1924年6月，周作人写《破脚骨》一文，据川岛说，此文是针对鲁迅，在文中，周暗示鲁迅是个“无赖子”。
舒芜在《周作人对鲁迅的影射攻击》一文中说：“周作人在公开发表的文字中，对鲁迅的人身攻击却是时时处处，一触即发，常常是非常恶毒的。”
周作人对鲁迅和许广平的结合亦有微词，他说鲁迅好色、纳妾，晚年，他的日记中仍有“兄弟皆多妻”之语。
虽然失和，但兄弟二人却没有断了联系，他们都在《语丝》写文章；有共同的朋友，这些朋友经常在同一天先后拜访二人，周建人、川岛不止一次充当了二人沟通的桥梁。二人还一致对外，在女师大风潮、“三一八惨案”中，周作人在鲁迅起草的《关于女师大风潮的宣言》上签了字；在鲁迅与陈源的比战中，周作人毫不犹豫站在了长兄一边。
荆有麟回忆，二人失和后，还常在北大教员休息室见面，一接触便起争执。可一旦有人攻击周作人，鲁迅便用各种笔名代弟弟应战。成仿吾和鲁迅论战时，周作人也在其文章中为鲁迅帮腔。“三一八惨案”发生后，鲁迅被列入北洋政府的缉捕名单，周作人知道后，马上托人通知鲁迅。
周作人的《五十自寿诗》发表后，友人们纷纷唱和，引发一场风波。鲁迅却能理解二弟，他在给杨霁云的信中说：“周作人之诗，其实是还藏些对于现状的不平的，但太隐晦，已为一般读者所不憭……”许多年后，周作人谈及鲁迅对他的上述评价时说：“当时胡风辈闹得满城风雨，独他一个人在答曹聚仁杨霁云的书简中，能够主持公论，胸中没有丝毫芥蒂，这不是寻常人所能做到的了。”
1936年10月19日清晨，鲁迅逝世。第二日，周作人恰好有一堂《六朝散文》课，他没有请假，而是挟着一本《颜氏家训》缓缓走进教室。在长达一个小时的时间里，周作人始终在讲颜之推的《兄弟》篇，只字未提其他事情。第一堂课下课前几分钟，周挥一挥袖子，掸了掸粉笔灰说：“对不起，下一堂课我不讲了，我要到鲁迅的老太太那里去。”这个时候，大家发现周的脸色非常难看。柳存仁回忆：“他并没有哭，也没有流泪，可是眼圈有点红热，脸上青白的一层面色，好像化上了一块硬铅似的。这一点钟的时间，真是一分钟一秒钟的慢慢的挨过，没有一个上课的人不是望着他的脸，安静地听讲的。这个时候容易叫你想起魏晋之间的阮籍丧母的故事。”
新中国成立后，周作人写了《鲁迅的故家》、《鲁迅小说里的人物》等作品，在谈及鲁迅时，也会称“家兄”。陈迩冬回忆，他在周作人屋中见到过鲁迅拓的汉碑，一次，周送他出门时，指着外院的丁香树说：“这是家兄种的。”
1958年，周作人在给曹聚仁的信中，谈及上海鲁迅墓前的塑像说：“死后随人摆布，说是纪念其实有些实是戏弄，我从照片看见上海坟头所设塑像，那实在可以真是最大的侮弄，高坐在椅上的人岂非是头戴纸冠之形象乎？假使陈西滢辈画这样一张相，作为讽刺，也很适当了。”
徐淦回忆，他在与周作人日常闲谈中常提到鲁迅，“知堂很坦率，从他的口吻中，我听出他对杰出的兄长之爱和敬，始终如一，像两人儿时、少时、青壮年、中年时的莫逆有增无减”。羽太信子一次给徐送茶时，也提到鲁迅，周作人当时翻译信子的话说：“内人告诉足下，自从足下来后，院子里的左邻右舍，都对她说，她们觉得又像过去大先生住在这里的时候，看到通宵在灯下干夜活的情形了，她们对大先生都是很敬爱、挺怀念的。”
对于长兄，周作人《在知堂回想录》中说：“我很自幸能够不俗，对于鲁迅研究供给了两种资料，也可以说对得起他了。关于鲁迅以外的人我只有对许季茀一个人，有要订正的地方，如上边所说的，至于其他无论什么样人要怎么说，便全由他们说去好了。”言下之意，当年他有对不起鲁迅之处。
周建人说，鲁迅逝世前几天，身边还放着周作人的书，闲来时常翻阅。而1966年7月2日，周作人开始阅读鲁迅的杂文。这对兄弟在即将离世之际，都不约而同阅读对方的文章，实在让人感慨万千。
周作人不仅与长兄鲁迅失和，与三弟周建人的关系亦不睦。
据周海婴记载，羽太信子怀孕后，其妹妹芳子从日本到绍兴照顾信子。信子得到芳子无微不至的照顾后，渐渐离不开芳子了。为了把芳子长久留在身边，她便准备撮合芳子和小叔周建人。周建人时正因青梅竹马的表妹病逝而十分悲痛。信子便乘机灌醉了周建人，将芳子推进周建人的房间。鲁迅谈及三弟的婚姻时，说是“逼迫加诈骗成局”。
据俞芳记载，在绍兴时，周建人与芳子关系尚好。周家迁到北京后，芳子看到姐姐大肆挥霍，十分羡慕，对信子言听计从，效仿信子，贪图享乐，常埋怨丈夫无能，不会赚钱。一次，周作人夫妇、芳子带着孩子去游玩，周建人准备同往，没想到，他走到车子旁边时，芳子一脸不屑地说：“你也去吗？”周建人看着妻子冰冷的表情，十分难受。
周建人到上海后，希望妻儿也一同到上海居住。但信子不让妹妹离开，芳子也不愿离开，反而经常写信向周建人要钱。后来，周建人积劳成疾，患了肺结核，芳子仍拒绝到上海照顾丈夫。五年后，心灰意冷的周建人与王蕴如结合。
鲁迅去世的1936年冬天，鲁老太太八十寿辰，周建人、王蕴如到北京为母亲祝寿。结果，信子、芳子大闹寿宴，周建人与芳子的长子周丰二更是手持军刀从屋内冲出，要砍周建人，被亲友拦下。此后，周丰二打电话到日本领事馆，要求他们扣留周建人，将其“法办”。周、王二人无奈，只能提前回到上海。鲁老太太伤心地对俞芳说：“如果大先生还在，八道湾不敢如此嚣张……”
抗战爆发前，冯雪峰认为，要让周作人接触进步势力，他隐约表示让周建人去接近周作人。也有人对周建人说，生物学家秉志由上海一家书局供养着，周作人只要愿意来上海，生活完全不成问题，商务印书馆或其他书局可以供养。周建人想起鲁迅生前说过的周作人不如南来安全的话，于是致信周作人，恳请其来上海，但周作人未作复。
寿宴之后，周建人不再给八道湾寄钱，唯独通过母亲给大女儿马理（周鞠子）每月20元。抗战时期，周作人通过日本使馆，要求商务印书馆直接将周建人的一半工资，汇给周作人。兄弟关系更加恶化。
新中国成立后，羽太芳子向法院起诉，状告周建人“重婚”。一些老友发现芳子的诉状出自周作人之手（周作人只承认他改了几个字），叹道：“知堂老人坐不住，又出山了。”法院经过调查，判决周建人与芳子实际离婚成立，周丰二与周建人脱离父子关系。
刘哲民记载，新中国成立后，郑振铎、茅盾、叶圣陶（周海婴记载为叶圣陶、胡愈之）三人试图为周作人、周建人兄弟调解。他们拉着周建人到八道湾做客，周作人很客气地招待了他们，但兄弟二人却互相不搭理对方。面对此僵局，三人不知该如何劝说，只好无功而返。
周建人回忆，全国解放后不久，他在教科书编审委员会碰到周作人，二人都不由自主地停下了脚步。二人都老了，周作人颇为凄凉地说：“你曾写信劝我到上海。”周建人回答：“是的。我曾经这样希望过。”周作人颇为凄凉地说：“我豢养了他们，他们却这样对待我。”听了这话，周建人觉得他还不明白，还以为自己是八道湾的主人，而不明白其实他早已是一名奴隶。这次意外相遇，成为这对兄弟的永诀。
【疏离】
周作人回忆，他幼时常患病，大概是因为母亲奶水不足，家人特地为他雇了个奶妈。这个奶妈也没什么奶水，为了不让周哭闹，常给他买些乱七八糟的零食吃，以至于他很瘦弱，可偏偏又见了什么都要吃。家人为了给他治病，只准他吃饭和咸鸭蛋。本家的衍太太曾对他说：“二阿官那时吃饭很可怜相的，每回一茶盅的饭，一小牙（四分之一）的腌鸭子，到我们的窗口来吃。”周作人也知道这可能是衍太太的挑拨离间，但这些不太好的记忆，可能导致了他与母亲的疏离。
俞芳在《谈谈周作人》中回忆：“太师母（鲁老太太）也常谈周作人的长处。她说，老二很爱整齐，他的抽屉，总是整理得整整齐齐的，他包的东西，棱角分明，捆扎细致。他的性格和顺，遇事很好商量，对人谦和……老大（鲁迅）进三味书屋读书时，是给他买了一张有两个抽屉的书桌的。……而老二（周作人）进三味书屋时，因为家用紧，没有给他买书桌，只从家里搬去一张没有抽屉的方桌供他使用，他起初有些不高兴，认为不像样子，怕别人见笑，但一经和他说明家境困窘等道理，他就没有什么意见了。”“老大去南京读书时，太师母曾借贷凑了八元钱给他，而当老二去南京时，太师母连八元钱也难筹措了。……他能理解家里的难处，拿了点路费，就高高兴兴地上路了。”
俞芳回忆：“太师母有时也谈周作人的不足之处，她说老二从幼小时起，一直受到大家的照顾，养成了他的依赖性，事事要依赖家里人，特别是依赖老大。他对家庭没有责任感，在他心里，家里的事，都应该由老大负责，与他无关。”
鲁老太太搬到阜成门西三条与鲁迅同住后，周作人常常逾期给母亲生活费，鲁老太太极为不满，有时坐车到八道湾去要账。鲁迅知道后，劝母亲不要去，免得淘气（受气），并说要钱我这里有。鲁老太太说：“并不是等钱用，而是气他