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周作人认为刺客是日本人，有人说是“抗日锄奸团”，也有人说是爱国青年学生，又有人说是周作人的侄儿周丰三因无法阻止伯父当汉奸而决定干脆刺杀他，与几个志同道合的同学所为。但无论哪种说法，迄今都没有得到证实。
周海婴记载，周作人对日本的态度越来越暧昧时，正上中学的周建人与羽太芳子的次子周丰三多次劝说他悬崖勒马，周作人并不理会。周丰三郁郁寡欢，最后竟以死相谏，但周作人仍不为所动。
1941年，周作人出任伪国民政府委员、伪华北政务委员会常务委员兼教育总署督办等职务，文化界一片哗然。艾青说：“周作人，在我们最需要他的时候，背叛了我们！”
依附日本人后，周作人大兴土木，翻盖了八道湾的住宅，卧室也完全改建成日式的榻榻米。家人过生日、过满月都要庆贺，终日车水马龙，宴席不断。张琦翔说，八道湾苦雨斋原本是学子、教授推门即入，不拘形迹。当周成了伪督办，翻盖房子后，给朋友们发通知说，每周一、三、五下午四时至六时会客。而逢着会客日，周家有好多官僚，于是朋友们便不大到苦雨斋了。
周作人刚开始大概还抱有“学校可伪，学生不伪，政府虽伪，教育不可使伪”的想法，于浩成在《关于周作人的二三事》中说：“1941年12月8日太平洋战争爆发后，日本当局于上午七八时即按原定计划派军队进驻燕京大学，将代校长陆志韦、张东荪、赵紫宸、邓之诚等教授聚在一起，准备解去关押……听我父亲（董鲁安，原燕京大学教授，后为晋察冀边区参议会副议长）说，陆志韦先生在匆忙中低声告一位懂日语、以前经常代表燕大校方与日本当局联系、办理交涉的萧先生说：‘找周岂明！’可见周作人还是起到某种缓冲甚至‘保护’作用的。”
某日，伪新民会通知北平各校学生到天安门参加庆贺皇军占领宜昌大会，教育总署请示督办周作人，周认为学生应远离政治，参加与否，无关宏旨，教育总署便按其意思通知各校。次日，各校照例放假，无一学生到会。伪新民会顾问安腾大怒，要亲自去逮捕周作人，经人力劝才作罢。自此，各校有会必到，到必抢先，而周作人则再不敢管此类事情了。
之后，周作人便进出于各类教育会议及各类讲习班、训练班，每会必到，训词、训示也是：“现在所施行的教育方针，是以亲仁善邻为主旨”，“总之，藉着教育行政的力量，以圆满达到善邻友好、共同防共、经济提携的三种目的”等。
1941年4月，周作人与钱稻荪等人赴日本出席东亚文化协议会文学部会，据当时报纸报道：“14日，周作人一行抵东京”，“上午十时晋宫问候，询问陛下康强后，更赴大宫御所秩父官邸问候。正午出席文相官邸中桥田文相主办之午餐会。下午一时半，赴高松莒御殿问候。二时半，参拜明治神宫，其次更参拜护国英灵之靖国神社，东亚永久和平之志向相同，之一行均誓言真心，径往宿舍云。”此行，周作人还慰问了在侵华战争中受伤的日本军人。
范纪曼回忆，20世纪40年代初，周作人到中央大学讲演，当时中大在地下党员范纪曼的领导下发生了反对伪校长樊仲云的学潮。范在讲演前找到周作人说明情况，但并没有透露自己的共产党员身份，周听罢说道：“我的演讲，你们樊校长一定会失望的。我从‘五四’到‘三一八’，也是站在学生方面的。”果然，周的讲演《中国的思想问题》赢得学生们的阵阵掌声，而坐在主席台上的樊仲云等人则显得非常狼狈。
任伪督办期间，周作人曾多方照顾李大钊的长女李星华，帮助李星华、李光华姐弟办“良民证”，协助他们从北平转移至延安，掩护李大钊次女李炎华及其夫侯辅庭。他还曾营救中共地下党员高炎。
周作人亦与国民党方面接触，曾多次找国民党北平地下市委委员沈兼士“闲谈”。抗战胜利后周作人受审时，国民党地下工作者张怀、董洗凡等人为其做证，称周曾有掩护或联名保释被捕人员的举动。
周作人一方面附和日本人的大东亚文化理论；另一方面又希望能保持知识分子的独立，他的这种矛盾，触怒了日本人。1943年8月，日本人片冈铁兵斥责周作人为“中国反动老作家”。
任伪职期间，周作人曾对友人说：“我现在好比是站在戏台上场门边看戏的看客。”
晚年，周作人在给鲍耀明的信中说到自己任伪职的原因：“关于督办事，既非胁迫，亦非自动（后来确有费气力自己运动的人）。当然是由日方发动，经过考虑就答应了，因为自己相信比较可靠，对于教育可以比别个人出来，少一点反动的行为也。……此处又任华北综合调查研究所副理事长，当时有人也有劝我不要干的，但由于上述的理由，遂决心接受。”
20世纪60年代，周作人对张铁铮谈及他当年任伪职之事时，张说：“这是日本人‘胁迫’的。”周说：“我当时同意了，以后担任过伪职的人，受到查处是当然的。”谈及去长春见溥仪之事，周说：“我去长春是汪精卫点的名，不过我见溥仪的兴趣远不如见罗振玉兴趣大，我见到了罗振玉。”
1986年，南京师范大学《文教资料简报》发表的沈鹏年访问记录说，周作人本不愿出任伪职，出任是共产党的意思。沈任职后，执行了中共向其暗示的“积极中消极，消极中积极”的方针。
而1987年，曾作过中共地下工作者的许宝骙发表《周作人出任华北教育督办伪职的经过》一文，回忆说，1940年11月初，伪华北政务委员会教育总署督办汤尔和病死，当时的继任人选有二：谬斌和周作人。许宝骙、王定南、张东荪三人研究后认为，谬斌为国民党党棍，如其继任，必推行奴化教育，对青年有害。为了抵制谬，他们决定劝说周出任督办一职，反正周已经任伪北大文学院院长，“一条腿已经下了水”。许去劝说周，告知缪斌其人其事，称：“先生若以文学院长进而出仕，只要排掉了缪斌，就是一种功德。”但据时任中共北平特委书记的王定南回忆，他们当时只是研究认为周作人继任比缪斌的危害性小，他并没有委托任何人去游说周出任伪职。
周作人的儿媳张菼芳回忆，抗战胜利后前，中共曾邀请周作人到解放区去，周没有答应。于浩成则回忆，周作人托人问其父董鲁安传达过想到解放区的意思，董将此事汇报给议长成仿吾，成一口回绝了。
许多研究者认为上述沈、许的说法不可信，因为周作人如果真是按照共产党的意思出任伪职，他晚年又何必写信给周恩来为自己辩解。
对于周作人出任伪职，林辰这样说：“周作人在担任伪职期间，志得意满，兴高采烈，他穿着军装检阅伪新民会青少年团；他到南京、苏州宴饮游乐，在游南京玄武湖时，还写下了‘疲车羸马招摇过，为吃干丝到后湖’这样的诗句，表现了他招摇过市、得意忘形的神情。1943年4月，周老太太去世后，他写了一篇《先母事略》，内有‘作人蒙国民政府选任为委员，当赴首都谒见主席’等语，如果他当汉奸是迫不得已，如果还有一点羞耻心，则在关于老太太的事略里，是没有必要谈到他出任国府委员和赴南京谒见大汉奸汪精卫的，而他却津津乐道，引为光宠。他常用一颗闲章，文曰‘知惭愧’，事实说明，他是一个不知羞愧的人！”
【受审】
张琦翔回忆，抗战胜利后，逮捕华北汉奸，用的是请客的方式。戴笠让汪时璟出面在汪家宴请汉奸，吃过饭，当场宣布拘留他们。周作人、钱稻荪与汪素无往来，故没有赴宴。二人是于当夜，军警以查户口为名，从家中带走的。当军警用枪械指着周要逮捕他时，周说：“我是读书人，用不着这样子。”
周作人被捕后，先被关押在北平炮局胡同的陆军监狱。周晚年回忆道：“在北京的炮局是归中统的特务管理的，诸事要严格一点，各人编一个号码，晚上要分房按号点呼，年过六十的云予优待，聚居东西大监，特许用火炉取暖，但煤须自己购备，吃饭六人一桌，本来有菜两钵，亦特予倍给。”狱中规定家人每月可会见一次，送钱一次；据说，送钱最多的高达20万元，周作人最少，每次仅5000元。
徐淦记载：“风闻在蒋（介石）的寿辰上，有三位国民党的要员趁庆贺之机，联名上书，求蒋给予周作人特赦，但蒋说：‘别人可赦，周作人不可赦，因为他亲共。’据传那三位要员当中为首的是张群，话是从张群的机要秘书口中传出的。”
1946年春，北平一些文化教育界知名人士，联名上书国民政府，为周作人说情。他们请郑天挺在请求书上签字，遭到郑的拒绝，郑说：“在周任敌伪北大文学院长时，也确实为学校图书馆弄来不少善本珍籍。但我觉得，一个教授应当有起码的民族气节。周曾任伪教育总署督办，这是不能原谅的。”
在炮局胡同关押半年后，周作人等十四人被押解往南京受审。《申报》发表标题为“巨奸王荫泰等十四人，昨由平解京审理，古城观者如堵，呼骂声不绝”的文章，说：“群奸今晨五时被检查血压时，方知解京受审，乃慌忙写下‘遗书’，招致家人，语多劝家人勿忧，而有恋恋不舍之意。……周作人光头衣着最为陈旧……上车前记者逐一问感想……周作人说：‘我始终等待被捕，无感想。’周瘦得多了，态度仍很‘冷淡’……上机前逐一衡量体重……书生周作人最轻，52公斤。每人许携物15公斤，大多为衣被书籍及针线，周携其自著之《谈龙集》……”
周作人在“自白书”中为自己辩护道：“初拟卖文为主，嗣因环境恶劣，于1938年1月1日在家遇刺，幸未致命，从此大受威胁……以汤尔和再三怂恿，始出任伪北京大学教授兼该伪校文学院院长，以为学校可伪学生不伪，政府虽伪，教育不可使伪，参加伪组织之动机完全在于维持教育，抵抗奴化……”
1946年7月19日，南京高等法院对周作人案进行了第一次公开审理，《申报》报道了此次审理过程：“周逆作人十九日晨十时，在首都高院受审，历时二旬钟，以证据尚待调查，庭谕定八月九日再审。周逆昔日小有文名，今日旁听席上，特多男女青年。审讯前段，被告答复从逆前之经历，颇以二十年北大文科教授之任自傲。述其附逆动机；狡称：旨在‘维持教育，抵抗奴化’。庭长当斥以身为人师，岂可失节。周逆答辩谓：‘头二等的教育家都走了，像我这样三四等的人，不出来勉为其难，不致让五六等的坏人，愈弄愈糟。’并称，二十六年秋，留平不去，系因年迈，奉北大校长蒋梦麟之嘱为‘留平四教授’之一，照料北大者，唯对其二十八年之任华北政务委员会常委兼教育总署督办，以及东亚文化协议会会长，华北综合研究所副理事长，伪新民会委员，伪华北新报社理事等职，则期期艾艾，对答之间颇感尴尬，