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陈寅恪回到北京，住在清华园。季羡林知道老师回来后，立即去拜见。当时从北京城到清华颇费周折，宛如一次短途履行。沿途几十里路全是农田，秋天青纱帐起，还真有绿林人士拦路抢劫。但是季羡林不以为意。季羡林知道陈寅恪最喜欢当年住北京的天主教外国神甫亲手酿造的栅栏红葡萄酒，就到现在的市委党校所在地、当年神甫们的静修院的地下室中去买过几次栅栏红葡萄酒，又长途跋涉送到清华园，送到陈先生手中，心里颇觉安慰。
1941年珍珠港事件爆发时，本打算前往英国治疗眼疾并讲学的陈寅恪尚滞留香港，形势危急，生死不明。重庆国府于12月18日派出的最后一架飞机抵达香港机场，抢救困于香港的政府大员和学界名流。然而，孔祥熙的夫人宋霭龄、二小姐孔令俊率领几十名保镖竟然阻止他人登机，却把自己的仆人、洋狗、马桶、香料和床板等通通运上飞机！陈济棠、何香凝、许崇智、茅盾、郭沫若、陈寅恪等人均被拦截不能登机。时人得知此事时后舆论一片哗然，傅斯年“暴跳如雷，直呼杀‘飞狗院长’孔祥熙以谢天下”。幸得历经中研院院长朱家骅营救，“九死一生”的陈寅恪一家人最终安抵桂林，逃过此劫。
1941年陈寅恪一家困居香港时，岭南大学教授冼玉清托人给他们四十元“军票”小小资助，陈婉拒了。后来陈寅恪到广州后，陈家大到与学校的对话，小至女儿婚事，冼玉清都十分关心。这给晚年的陈寅恪精神上增添了暖色。1956年春节，唐筼曾手书陈寅恪撰的春联赠冼玉清：春风桃李红争放，仙馆琅袒恍隆�
陈寅恪的助手黄萱是印尼华侨首富黄奕住之女、周寿恺教授的夫人。1952年，一个偶然机会，黄萱应中山大学之聘任陈寅恪的助手兼助教。陈寅恪晚年的著述融入了黄萱大量的心血。《论再生缘》、《元白诗笺证稿》和《柳如是别传》等都是由黄萱记录、整理的。陈寅恪与其合作十分愉快，对其工作十分满意，曾借著作出版之际专事附记鸣谢。她在陈寅恪身边工作了十四年。因爱人工作调动，黄萱一度欲辞职。陈寅恪说：“你的工作干得不错，你去了，我要再找一个适当的助教也不容易，那我就不能再工作了。”黄萱被感动了，就又留了下来。直至1966年被迫离开。
陈寅恪以身后著作相托的学生蒋天枢，到广州看望老师时，每天与老师晤谈，笔录。有一天，蒋天枢去，陈寅恪忘记让坐，蒋氏就一直站在一旁说话，不敢坐，而陈寅恪目盲，竟不知。
解放后不久，周恩来总理专门派人看望他，转达党和国家对他的关怀。他的腿跌伤以后，周总理曾亲自过问医院的治疗方案。陶铸一直给他大陆知识分子难以奢望的待遇。陶铸任中南局书记期间，对陈寅恪的治学和工作极为关心。“因他目盲腿残”，特专派三名护士照顾他的生活。由于陈寅恪残存的视力只能微弱地辨别白色，故在他院子里特意修一条白色甬道，使这位老人在工余散步时不致跌倒。陈转任中大教授后，他的工资待遇在中大以及全国的教授之中都是最高的。陈毅，周扬，胡乔木等对他都十分尊重，到广州时都专门前去拜访，并同他探讨文史学术问题！
陈寅恪当过学部委员。对于学部委员的选举，张稼夫说：“在这个工作中，矛盾最尖锐的是研究隋唐五代史的历史学家陈寅恪，他是这个学科的权威人士，不选进学部委员会不行，他下边一班人也会有意见。若选他进学部委员会，他却又一再申明他不信仰马克思主义。我们只好请示毛主席，毛主席批示：‘要选上’。这样，陈寅恪就进了哲学社会科学的学部委员会。”1949年，毛泽东访苏，令毛感到意外的是，斯大林居然突然问起陈寅恪的行踪，原来是他的著作《中国革命问题》中引用了陈寅恪著作中的很多材料。毛泽东答应回国后再查找，后来查知是在广州的中山大学，便嘱咐广东当局要好好优待。英国女王访华，专门提及陈寅恪，还专门去拜访陈。周恩来对陈寅恪也一直照顾有加，解放后不久，专门派人看望他，转达对他的关怀。
1962年胡乔木过访，由陶铸陪同，“以学生见老师的心态走到陈寅恪的跟前”（20世纪30年代胡乔木在清华大学历史系就读）。“陈寅恪频频发问，胡乔木尽量委婉地解释”。诸如谈到国家近年经济形势时，陈寅恪发问：“为何出现那么多的失误？”胡乔木笑答：“就好比在一个客厅里将沙发、台椅不断地搬来搬去，目的是想找一个好的位置，所以就免不了产生搬来搬去的失误，就好比是经历一场地震一样。”当陈寅恪问及他的著作为何迟迟不能出版时，“胡乔木以八个字回答陈寅恪的八个字发问：陈曰‘盖棺有期，出版无日’；胡答‘出版有期，盖棺尚远’”。因胡乔木、陶铸的过访，陈寅恪作《壬寅元夕后七日，二客过谈，因有所感，遂再次东坡前韵》，中有两句值得玩味：“南国有情花处处，东风无恙月年年。”
陶铸对陈寅恪呵护备至：关照中山大学将当年“中右”的陈寅恪“脱帽加冕”；为方便陈寅恪的散步，安排人在他家门前修了一条白色水泥路；陈病重时为其配三个半护士；为了陈寅恪能欣赏戏曲，他指示中山大学为其弄一台好收音机，当时学校不认真办，陶铸很生气，说“学校不送我送”。他送了台落地电唱两用机给陈寅恪。陶铸被打倒后，“造反派”曾统计出1966年6月到12月间，远在北京的陶铸先后三十八次用电话对广东省委作“遥控指示”，其中数次指示：“对陈寅恪的待遇要保持原状不变。”
文革开始后，虽然时任国务院副总理的陶铸特指示广东省委善待寅恪，然而红卫兵置之不理，反而逼寅恪交待与陶铸的关系，想借此整跨陶铸。当时陈已经“体弱、多病、目盲、膑足”，红卫兵就占据了陈宅对面的办公楼，整天用高音喇叭往陈宅呼喝口号，而且还冻结了寅恪夫妇的工资。更可恨的是，他们还用武力赶走了陈的助手黄萱及和陶铸派给陈的三名护士，在屋内遍贴大字报，抢掠物品撕毁文稿，如寅恪自传《寒柳堂纪梦》，一时家徒四壁。陈不屈服，他们想到抬他去礼堂批斗，陈夫人阻拦被打成重伤。刘节时任中山大学历史系主任时，每年春节都要去老师陈寅恪家里叩头行礼。在“文革”初起时，学生要斗争陈寅恪，刘节拦住，大呼：“我是他的学生，他身上有的毒，我身上都有，斗我就行了！千万别斗他！”刘节于是自愿代寅恪受批斗。红卫兵问刘有什么感想，刘答道：“能替恩师受批斗，是我一生的光荣。”不久陶铸被批斗，红卫兵问他为什么庇护寅恪，陶正色回答：“你们如果有陈寅恪的水平，我也那样对待你们。”
文革开始后，众人皆批陈寅恪，但季羡林不愿违心出手，落井下石，虽经再三动员，晓以大义，他仍效金人三缄其口。季羡林晚年回忆：“我不愿意厚着面皮，充当事后的诸葛亮，我当时的认识也是十分模糊的。但是，我毕竟没有行动。现在时过境迁，在四十年之后，想到我没有出卖我的良心，差堪自慰，能够对得起老师在天之灵了。”
【游学】
陈寅恪游学欧美第一流学府，却不拿半个学位。对于留学生中那些仅仅是为了得学位、谋职位，以留洋给自己镀金的人，陈寅恪是极为不屑的。他说：从前读书人学八股，是为了功名富贵；如今留学生又一窝蜂地学工程技术，虽所学不同，然其“希慕富贵，不肯用力学问则一。鄙夷之情，溢于言表”。他的侄儿陈封雄曾问他：“您在国外留学十几年，为什么没有得个博士学位？”陈寅恪回答道：“考博士并不难，但两三年内被一个专题束缚住，就没有时间学其他知识了。只要能学到知识，有无学位并不重要。”后来，陈封雄半信半疑地向自己的姑夫俞大维（陈寅恪表弟、同学兼妹夫）提起此事，俞说：“他（寅恪）的想法是对的，所以是大学问家。我在哈佛得了博士学位，但我的学问不如他。”
关于陈寅恪的学位问题，他的受业弟子陈哲三是这样解释的：“因先生读书不在取得文凭或学位，知某大学有可以学习者，则往学焉，学成则又他往。故未得一张文凭。”另有一种说法是，陈寅恪曾得到一个学士学位。还有一种说法，是他的侄儿陈封怀在《回忆录》中提出来的，称陈寅恪曾得过三个学士学位：“在那时，我们叔侄二人经常谈论欧洲，特别是对英、德、法语言文字学术，有了深入的理解。他在这三个国家得了三个学士学位。”
【治学】
陈寅恪初到哈佛，就主张大购、多购、全购书籍。1919年8月18日《吴宓日记》载：“哈佛中国学生，读书最多者，当推陈君寅恪及其表弟俞君大维，两君读书多，而购书亦多。到此不及半载，而新购之书籍，已充橱盈笥，得数百卷。陈君及梅（南按：即梅光迪）君，皆屡劝宓购书。”
陈封雄回忆说，陈寅恪在游学欧洲期间两次回国，但“大部分时间都在家杂览经史古籍，对史学感到浓厚兴趣。他不但背诵了《十三经》，而且每字必求甚解，这也就奠定了他一生精考细推的治学方法。”
陈寅恪常说“读书必先识字”。陈寅恪幼年即对于《说文》与高邮王氏父子训诂之学都曾下过一番苦功。陈寅恪对“十三经”不但大部分流利背诵，而且对每字必求正解。因此《皇清经解》及《续皇清经解》就成为其经常诵读之书。据陈氏弟子蒋天枢说，陈寅恪在国外时，曾携有两部《经解》石印小字本，其中一部《续经解》直到陈氏去世后尚存于遗物中。另据俞大维透露，陈寅恪对于史书读得格外用力，特别注重各史中的志书，如《史记》中的《天官书》、《货殖列传》，《汉书·艺文志》，《晋书·天文志》等，即使德文原版的天文学也是他经常诵读的史书之一。
陈寅恪认为“读书先识字”，要研究历史学特别是东方学，必须要懂得东方的文字，包括历史上存在过，如今已死去的文字，只有如此才能揭示历史的源流和本真。因而他在德国留学期间对各种古代文字与考证下了极大的工夫。
陈寅恪后来谈到他学会多种外语的经验，只强调一个“诚”字。到清华执教时，虽然已经名满天下，可他并不满足。就在他任清华导师后，仍然坚持跟人学西夏文和蒙古文，每个星期进城学两天，向钢和泰学梵文。
陈寅恪在1920年代倡导，为人治学当有“独立之精神，自由之思想”。
民国时期，中国学术史上有一件著名的大事，就是8000麻袋15万斤清宫内阁大库档案的发现。1912年，国民政府在孔庙成立了“国立历史博物馆筹备处”，原清廷学部所藏档案与试卷全部归入历史博物馆筹备处，暂存于敬一亭中，总数约8000麻袋（据王国维说是9000麻袋）。
1921年，该博物馆筹备处一位旗人处长伙同几人，将8000麻袋、总重量为“十五万斤”的明清档案，当做废纸卖给了北京同懋增纸店，换得银元4000。幸得罗振�