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朱棣获悉朝旨，跪谢张信救命之恩，且当机立断，先发制人。首先设计谋杀了前来掩扑朱棣的张昺、谢贵等，之后于建文元年秋七月，毅然起兵抗命造反。
为出师有名，争取舆论，朱棣援引父亲朱元璋《祖训》中所训示的“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧”为理由，直指齐泰、黄子澄为奸逆，须加诛讨。自称举兵为“靖难”。这就是历史上著名的“靖难之役。”
“靖难”始初，惠帝对频频传来的恶讯还并不在意，只是采取了一些常规的防范措施。首先是祭告太庙，削去朱棣属籍，废为庶人，然后是命长兴侯耿炳文为征虏大将军，率师讨伐。
耿炳文领命出师，兵众号称30万，实际上只调集13万人马。足智多谋的燕王朱棣对耿炳文的用兵之术了如指掌。在中秋之夜，他乘南军不备，将南军先锋部队全部歼灭。接着又在滹沱河的北岸，大败耿炳文的主力部队。
败绩传入京师，惠帝异常懊恼，便召问齐泰、黄子澄对策。黄子澄回道：“胜败兵家常事，不足深虑。臣以为曹国公李景隆，材堪大用，不如改任他来代替耿炳文。”
惠帝即拜李景隆为大将军，并调集诸路50万兵马，进兵河间，以报南军败绩之仇。
朱棣闻听京师易将，竟命李景隆披挂帅印，喜不自禁地说：“从前汉高祖用兵如神，还只能将兵10万。景隆竖子，寡谋而骄，给他50万众，这正是自取败亡。”
当时，辽东方面的明朝军队受命进攻已被朱棣控制的永平，永平被围，军报告急。朱棣同诸将计议说：“我在这里，李景隆不敢来攻。我若率军去援救永平，他准会乘虚而入来攻打北平。到那时我再回师北平，内外夹击，李景隆就大败无疑了。”但诸将都感到北平守兵太少，不敢冒此危险怕丢了根本之地。朱棣说：“城中之众，以战则不足，以守则有余。我此去不只为救永平，还要引诱李景隆来就擒，一举而两得。”
九月，朱棣依计率燕军赴援永平。临行时再三告诫留守北平的长子朱高炽说：“李景隆杀来，只宜坚守，不能出战。”他临走时，又故意撤去了芦沟桥上的守兵，以引诱李景隆深入。李景隆不知是计，听说朱棣已率师援救永平，果然于十月匆匆忙忙驱兵直杀北平而来。大军过芦沟桥时，没见一个兵士守卫，便喜不自胜地说：“不守此桥，我看他是无能为力了。”真以为北平唾手可得，遂命大军直遥北平城下。
朱高炽严遵父命，督师固守，连城中的妇女也被动员出来参战。李景隆所统率的南军，却号令不严，指挥不当。兵马虽众，但胆小怕死，不敢向前。惟有都督瞿能，勇敢善战，亲自与两个儿子率领千余精骑，直攻张掖门。眼见就要大功告成，登上城门。但李景隆满怀忌恨，惟恐瞿能父子得了头功，在需要增援时，不仅不发援兵，反而勒令缓攻。燕军藉此喘息机会，连夜泼水于城墙，天寒地冻，第二天城墙上挂遍冰凌，无法登攀，南军就这样失去了攻城的机会。
朱棣在击败永平的辽东军队，又设计攻破另一重镇大宁，收编了大批军队之后，回师北平，与坚守在城内的长子高炽里应外合，发起了对南军的全面反击，李景隆哪里抵挡得住燕军潮水般的攻击，由于害怕，竟独自连夜逃往德州。南军将士见主帅已逃亡，也无心再战，丢下粮草兵械，纷纷溃降。
李景隆兵败北平的消息传到京师后，被黄子澄暗暗匿住。他怕承担误荐之责，竟向惠帝谎奏景隆北平交战获胜，因天寒难以用兵，暂退德州，待明春再战。
惠帝信以为真，喜不自胜，即封李景隆为太子太师。李景隆因祸得福，转危为安，对黄子澄自然是感激不尽。建文二年（公元1400年）四月，李景隆在惠帝的多次催促下，不得不誓师德州，率兵60万与朱棣于白沟河（今河北省雄县北）展开决战。这场恶战，两军只杀得山摇地动，日暗天昏，结果李景隆又遭惨败。南军被杀死、蹂躏和溺死者达十几万，横尸百里，惨不忍睹。战乱之中，李景隆又潜逃德州，他连御赐的玺书、斧铖也给丢弃了。南军抛弃的器械辎重好似山积。
朱棣乘胜追击，兵围德州。李景隆又弃德州，逃命于济南。朱棣还是尾追不舍。李景隆只得仓猝迎战。十几万南军布阵未定，就被燕军冲垮。
建文四年五月，燕兵过关斩将，向南节节推进。在击败扼守淮河南岸的盛庸军队之后，乘胜渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州（今江苏南通）、泰州等江北重地后，屯兵镇江，休养数日，待机进击京城。
惠帝见大势已去，只得派人前去北营前求和，可是这时的朱棣根本不予理睬，挥兵直逼金陵城下。这时李景隆和朱棣的弟弟谷王朱橞正在京城内率兵把守金川门，他们见朱棣已兵临城下，便开门迎降，燕兵即刻冲入金陵。
燕兵入城，惠帝去向何处？其说有二，各有道理，但又难以定论，遂成为明史一大疑案。
一说，当燕王朱棣“靖难军”打入京师，惠帝闻报，命人点起大火，含泪偕同皇后等投火自尽。
二说，认为惠帝并没有“阖宫自焚”，而是化装由地道逃出京城，以后乘舟远去，隐姓埋名，剃度为僧，在江浙一带上岸之后，浪迹天涯数10年，云游于滇、黔、巴、蜀之间。史载朱棣即位后，自1405年始，派太监郑和率领庞大的船队七下西洋，不只为加强中外经济文化交流，还带有寻找惠帝踪迹，以防后患的秘密使命。
另有史载，逃出宫廷隐匿名民间的惠帝在正统朝恢复本来面目，得到明英宗认可，入居宫中，寿年而终。死后葬于北京西山。
朱允炆没有庙号，清乾隆元年，追谥为“恭闵惠皇帝”。
第三百三十九章 成祖朱棣
一、少年英杰靖难夺位
元至正二十年（公元1360年），正在鄱阳湖前线同陈友谅进行着殊死激战的朱元璋得到报告，他又喜添贵子。这个儿子就是朱元璋的第四子，也是后来大明王朝的第三个皇帝——朱棣。
朱元璋一生得子26个，其中相貌奇伟，聪明伶俐的朱棣在众兄弟中自小就备受父亲的钟爱。朱元璋常常自豪地对朝臣们夸赞棣儿，说他酷似自己。在小小朱棣刚满10岁的时候，父亲就封他为燕王。洪武十一年（公元1378年），宫廷要为朱棣诸兄弟确定宫城制式，朱元璋特别关照说，除燕王宫殿按元朝皇宫制式外，其他各王府均不得引以为式。由此可见少年的朱棣已经成了父亲朱元璋心中的明珠。
从洪武十一年开始，朱元璋陆续将各亲王派到他们自己的封国去。洪武十三年，20岁的朱棣也进驻了北平封国。当时徐达奉命镇守北平，朱棣有了这样的军事家做老师，因此军事理论与武艺都迅速提高。
徐达不仅是朱棣的师长，也是他的岳父。这月下老人正是皇上朱元璋。徐达的长女娴雅贞静，尤好读书。朱元璋听说后，便将徐达叫到跟前说，咱们是布衣之交了，过去君臣相契的率为婚姻，现在你的令女就同我的四子相配吧。徐达当然求之不得，也就欣然应下了这门亲事。洪武九年，徐氏册为燕王妃。
朱棣在徐达的严格教授下，练得一身好武艺，逐渐显露出其杰出的军事才能。后来明王朝胡惟庸、蓝玉案发生后，当年跟随朱元璋开创大明朝的开国元勋宿将几乎全给株连杀光了。这样北部防御蒙古侵扰的任务，朱元璋就只能交给二子秦王、三子晋王和四子燕王承担了。时称他们为“塞王”。但是，秦、晋二王都先后死于父亲之前，这样只有燕王朱棣的军事实权最大。朱棣还得到父亲的特许，军队中小事立断，大事方报知朝廷。由此可见朱元璋对他的器重与其权力之大。
当然，朱棣也没有辜负父亲的期望，他不仅武艺高强，而且智勇有大略。在同入侵的蒙古军队交战中，屡建战功。如洪武二十三年正月，元残余势力南侵，朱元璋命令朱棣和晋王带兵北征。晋王胆怯，而勇猛果敢的朱棣置生死于度外，独自率傅友德等大将，挥师深入。进军中正遇大雪，不少将领又主张即刻停止深入。朱棣拒绝说，正因为天降大雪，敌人才毫无戒备。他出其不意地逼近了敌营，迫使元残余势力未战而降。捷报传到京师，朱元璋大喜，说：“将来肃清蒙古沙漠者，还须靠燕王！”后来，朱棣多次受命北征元兵，多有战功，军权日重，威名大振。
朱棣权力愈盛，兵马愈强，所谋求的东西就愈多。尤其是太子朱标早死，朱元璋有意立朱棣为太子，而为众大臣所阻后，不仅使其恨恨不平，更滋长了他夺取皇位的欲望和野心。
就在朱棣对不能当太子继承皇位愤愤不平时，71岁的朱元璋撒手抛开了他紧握了31年的皇权，离开了忧心忡忡的皇太孙，长辞人世。
22岁的朱允炆于洪武三十一年（公元1398年），登上大明朝第二代皇帝的御座。同时，身居元都北平的叔叔燕王朱棣，也正日夕窥伺着侄儿的皇位。这样，朱姓皇族中一场争夺皇权的血战就一触即发了。
明惠帝朱允炆对于藩王叔叔们的权力过大，不是没有警觉，早在祖父朱元璋活着的时候，他就已经意识到这个问题的严重性。有一次朱元璋非常自信地对惠帝说：“我把防御蒙古的任务交给诸王，边防既有保障，你就可以做个太平皇帝了。”惠帝沉思后说：“边境不安定有诸王抵御，诸王不守本分，由谁来抵御呢？”朱元璋反问说：“你的意见如何？”惠帝坚定地回答：“用德来怀柔他们，用礼来制约他们。这两条不灵，就削去他们的地盘，更换他们的封地。到再不行的时候，就只好用武力讨伐。”朱元璋闻言有理，便高兴地说：“对，再没有其他更好的办法了。”
但惠帝是个有识无胆，仁柔寡断的年轻天子。即位后为了应付藩王强势的局面，他首先起用了齐泰和黄子澄两个亲信。一天晚上，惠帝把黄子澄叫到密室中说：“诸叔父各就封国，拥兵自固，若有事变，我该如何对付呢？”黄子澄引用汉平七国的例子，为惠帝出谋划策。惠帝又与黄子澄商量先拿谁开刀，齐泰主张先收拾燕王朱棣，但黄子澄则认为，周、齐、湘、代、岷王过去就有犯法行为，先削5王名正言顺。并且周王还是燕王的同母弟，削去周王的封国，就等于砍去燕王的手足。惠帝同意按此法办，即下令将周王朱木肃抓起来，削去王爵，降为平民。同时岷王朱梗、代王朱桂、齐王朱木尊的王爵也先后被削去。湘王朱柏则自焚而死。
朱棣虽远离京都，身居北平，但京中发生的事情，他却无不知晓。听到前5王的命运，左右权衡，觉得与其束手就擒，不如举兵造反。
建文元年（公元1399年）七月五日，朱棣以“清君侧”为借口，说朝廷出了齐泰、黄子澄等坏人，必须起兵诛杀他们。于是，燕王削去建文年号，自置官属，布告天下，下令讨伐。历史上著名的“靖难之役”爆发。
朱棣起兵后，以闪电战术连拔怀来、密云、蓟州、遵化数县州，抢先攻占了北平北面和东面的一些军事重镇，补充了兵源，排除了后顾之忧。接着集中兵力对付朝廷的问罪之师。
当时朝廷中的元勋宿将在“胡蓝”大案中，已经诛杀得差不多了。侥幸活着的寥若晨星。战事爆发，