。然而在他10岁的时候，他的母亲喜塔喇氏突然与世长辞。这个重大的变故从根本上改变了努尔哈赤的生活，他告别了昔日骄子的优越地位，开始在继母制造的阴影中度日。他的继母纳喇氏是一个为人刻薄狠毒的女人，自从她主持家事后，努尔哈赤兄弟便失去了往日家庭的温暖，受尽了她的挑剔和冷遇。受了妻子的挑唆和影响，努尔哈赤的父亲对努尔哈赤兄弟也变得冷若冰霜。由于生活所迫，少年时代的努尔哈赤就开始用自己的双手谋生，他常常翻山越岭，出入于莽莽林海，挖人参，采松子，拣榛子，拾蘑菇，然后把这些山货带到集市上换钱，用以维持自己的生活。
努尔哈赤常去的是生意兴隆的抚顺马市，除了进行贸易之外，他更感兴趣的是通过贸易同汉人广泛接触和交往，学习各方面的知识。天长日久，他学会了说汉语，识汉字。在抚顺马市这所学校里，聪明好学、胸怀大志的努尔哈赤广采博收，学习了知识，增长了才干，开拓了视野。
强烈的求知欲望驱使努尔哈赤通过结识的汉人读了不少汉文书籍。《三国演义》和《水浒传》是他最感兴趣的两部书。书中的刘备、诸葛亮、宋江等英雄人物的智谋和作为，激荡着少年努尔哈赤渴望建功立业的心灵。每每读到精彩之处，他就会情不自禁地拍手赞叹，对英雄业绩的向往溢于言表。
15岁那年，无情的生活之鞭迫使努尔哈赤带着10岁的弟弟舒尔哈齐离家出走，投奔到外祖父王杲门下。
王杲是个汉化较深的女真人，他凭借着自己的智慧和才干在动乱的年代中发迹，成为建州女真中的著名首领。明中期后，他自以为力量雄厚，便无视朝廷边将的政令，常常扰边作乱。万历三年（公元1574年），明辽东总兵李成梁率军攻破王杲屯寨，王杲及亲属全部被杀。此时正在王杲家中的努尔哈赤兄弟也双双作了俘虏，聪明、机敏的努尔哈赤当即跪在李成梁马前，痛哭流涕，用汉语请赐一死。李成梁见他聪明伶俐、乖敏可怜，不仅赦免了他，而且把他留在帐下做了书僮，专门伺侍自己。努尔哈赤从七八岁就开始练习骑射，到这时十六七岁，已是弓马娴熟、武艺高强。在李成梁帐下，每逢征战，他总是勇猛冲杀，屡立战功。李成梁对他非常赏识，让他作了自己的随从和侍卫。两人形影不离，关系密切，情同父子。
在李成梁麾下，努尔哈赤接触汉人的机会更多了，他对汉文化有了进一步的了解，经常参战的实践，又使他的军事才能得以提高和发挥，他对自己的谋略也越来越自信。李成梁还带他去北京朝觐，繁华的街市、辉煌的宫殿，使他的眼界大开。这一切都孕育了他创立功业的勃勃雄心。
然而，努尔哈赤对李成梁的恭顺和效忠，仅仅限于表面。他对外祖父的被杀始终怀恨在心，耿耿于怀，只是当时慑于李成梁的威名，不敢轻举妄动。私下里他早已另有打算，只待有朝一日时机成熟再采取行动。
在李成梁帐下生活了3年左右，努尔哈赤以父亲捎信让他回家成亲为由，借机离开李成梁，回到了阔别已久的故乡。遵照父命，19岁的努尔哈赤与佟佳氏结了婚。按女真习俗，男儿成年就要另立门户。心肠歹毒的继母纳喇氏也正是以此为借口，唆使塔克世把新婚的儿子赶出了家门，只分给他非常可怜的一点家产。对于这些，努尔哈赤并未过于伤心和计较。他相信以自己的聪明才智和辛勤劳动，完全可以创造出崭新的幸福的生活。
独立生活后，他经常到长白山一带采集、狩猎，往来于抚顺马市和女真地区，换取生产和生活用品。有时他又辗转各地，为人佣工。有时则听从明廷的征调，从征参战。经过几年的闯荡，努尔哈赤有了更丰富的阅历。他对各民族的语言风俗、中原地区的形势以及宫廷、官场、官军等各方面的情况都有了进一步的了解，这为他日后的发展奠定了良好的基础。
二、报仇起兵统一女真
努尔哈赤25岁时，女真部族之间和部族内部，为了争雄称霸，常常互相攻伐，互相残杀。建州女真有两个坚固城寨：一个是古勒城，城主是阿台；另一个是沙济城，城主是阿亥。阿台是努尔哈赤外祖父王杲的儿子，阿台的妻子是努尔哈赤伯父礼敦的女儿。王杲被杀后，阿台发誓要为父报仇，他凭借古勒城易守难攻的地理优势，依山筑城，设置壕堑，并屡犯明边，纵兵饱掠，这可激怒了明朝总兵李成梁，他决意发兵攻取古勒城，欲将阿台一部置于死地而后快。
建州女真还有个图伦城，城主叫尼堪外兰。他的兵马不多，却野心勃勃，总想吞并周围部族，称雄建州女真。为此他便极力讨好明朝边吏，并挑拨阿台、阿亥与明的关系。他向李成梁表示，自己愿意为明朝征服古勒和沙济两城作向导。李成梁决定立即出兵，攻伐古勒、沙济两城，并许诺尼堪外兰，城下之日，便是他荣升建州部首领之时。
李成梁的大队人马兵分两路，一路直逼沙济城，一路由他亲自率领，兵临古勒城下。沙济城主阿亥对官军的突然出击毫无防备，城寨不战而下，阿亥被杀。而古勒城由于阿台加意修筑，城池坚固，难以攻取。李成梁亲临督战两昼夜，仍未攻下。努尔哈赤的祖父觉昌安听说古勒城被围，便同儿子塔克世一同前去劝解，官军放父子俩进城后阿台拒降，父子俩便都被围在城里。
再说古勒城久攻不下，使李成梁极为恼火，他责怪尼堪外兰出了歪主意，要拿他治罪。为了保全自己，狡猾的尼堪外兰又想出一条诡计。他欺骗守城官兵说，谁能杀死城主归降，就让谁作古勒城城主。阿台的部下听信了尼堪外兰的谎言，便杀死阿台，献城投降。李成梁进城后大肆杀戮2000多人，努尔哈赤的父祖也于混乱中被杀。
噩耗传来，努尔哈赤悲痛欲绝。他愤然来到辽东都司，义正辞严地质问明廷边吏，为何杀他一向忠顺于朝廷的祖父和父亲。明朝边吏自觉理亏，一再解释这是误杀，并马上找出觉昌安和塔克世的遗体，交给努尔哈赤安葬。后来，又赐予努尔哈赤敕书30道、战马10匹，让他袭任祖父之职，当了建州左卫都指挥使。努尔哈赤表面上接受了明朝抚慰，但内心发誓要报杀祖杀父之仇。
为了报仇，努尔哈赤决定先举兵攻打尼堪外兰。他势单力薄，处境又非常困难，但努尔哈赤坚信自己的举动是正义的，决不退缩。他整点出父祖的13副遗甲，率领不足百人的部众，向尼堪外兰居住的图伦城进发。尼堪外兰表面上神气十足，实际上胆小如鼠，听说努尔哈赤率兵打来了，他丢下部众，只身带着老婆孩子狼狈出逃到浑河部的嘉班去了。图伦城不攻自下，努尔哈赤凯旋。
不久，努尔哈赤又乘胜追击逃到嘉班的尼堪外兰。尼堪外兰闻讯后朝抚顺城南的河口守台狂奔，遭到守台官军的阻拦后，他慌不择路，又转向鹅尔浑城。万历十四年（公元1586年），努尔哈赤再次发兵进攻。尼堪外兰再次闻讯出逃，希图在抚顺关得到边吏的保护。边吏将他拒于边台之外，暗中通告努尔哈赤的人，努尔哈赤的人赶到将尼堪外兰砍死在边台之下。努尔哈赤除掉了自己不共戴天的仇敌，了却了一桩心愿。
当时女真各部林立，建州女真也不例外。在努尔哈赤以13副遗甲起兵的两年内，就相继大败了建州女真界凡、萨尔浒、董佳、巴尔达四城联军和漠河、章佳、巴尔达、萨尔浒、界凡五城联军，并攻破了安图瓜尔佳、克贝欢和托漠河城。在斩杀了尼堪外兰之后，又乘胜平定了哲陈部，攻取了完颜部。在努尔哈赤日益强大的攻势面前，苏完部和董鄂部自动前来归附。到万历十六年（公元1588年），除长白山诸部外，建州女真各部基本上被努尔哈赤统一了。5年之后，他又先后攻取了长白山讷殷、朱舍里和鸭绿江三部，整个建州女真统一在努尔哈赤的麾下。
为了扩展势力，兴立基业，在统一建州女真过程中，努尔哈赤于万历十五年在烟筒山下建赫图阿拉城称王。为显示为王的尊严，他制定出一套初具规模的礼仪。每当他出入栅城，乐队便恭立在城门两侧吹打奏乐。赫图阿拉城遂成为当时建州女真政治、经济和军事的中心，后来又成为努尔哈赤统一女真各部的基地。
随着建州女真各部统一的完成，海西女真便成为努尔哈赤攻取的又一个目标。
“海西女真”居住在开原以东和松花江中游一带，主要有叶赫、哈达、辉发和乌拉回部，又叫扈伦回部。叶赫和哈达两部势力较强。邻近经济发达的汉族城市开原、并有控制贡道的地理优势，使他们具有得天独厚的条件来争雄扩展。努尔哈赤在统一建州女真中节节胜利，被他们视为心腹大患。万历十九年，叶赫部首领派了两个使者气势汹汹地找到努尔哈赤说：“乌拉、哈达、叶赫、辉发、建州，言语相通，势同一国，哪有五王分建的道理？现在的国土，你们建州的多，我们的少，你们应该从额尔敏、扎库木两地中任选一地给我们。”对于这种蓄意挑畔，努尔哈赤用严辞相斥，叶赫的两个使者只好悻悻而归。
叶赫首领讹诈遭到失败后，便通过诉诸武力来达到自己制服建州、称雄女真的目的。万历二十一年六月，叶赫先纠合海西其他三部对建州进行试探性的进攻，结果以失败告终。但叶赫并未吸收教训，同年九月，叶赫贝勒布斋、纳林布禄再次纠合海西女真的哈达、乌达、辉发三部、长白山朱舍里、讷殷二部和蒙古的科尔沁、锡伯、卦尔察三部，共九部3万兵马，分三路向建州进攻。努尔哈赤闻讯，当即进行军事部署，埋伏精兵，设置障碍，待一切就绪，便十分安然地回家睡觉。
翌日拂晓，努尔哈赤为了鼓舞士气，先率诸将祭拜了天神，然后带着大队人马踏上征途。这时，努尔哈赤派出的侦骑来报，从一个投诚的叶赫人口中得知九部联军有3万多人。众将听后都面露惊惧之色。努尔哈赤环顾四周，泰然自若地对众人说：“九部联军号称3万，但不过是些乌合之众；我们尽管人少，却心齐志坚，又能立险扼要，以一当十。只要先击杀他们的头目，其部属必会不战自溃。”听了这番鼓动，将士们顿时信心倍增，努尔哈赤又令兵士们去掉手上和脖子上的护套，轻装上阵。他分析了九部联军的阵容后，率军趁九部联兵全力进攻他的一个城堡赫济格城之机，抢占了古勒山。古勒山易守难攻，努尔哈赤居高临下，地理形势对他十分有利。再说努尔哈赤早在赫济格城严密布防，九部联兵谇攻了两天也没能攻下，见努尔哈赤占领了古勒山，便转锋来攻。努尔哈赤身先士卒，率军居高临下冲锋，他一路砍杀，连斩叶赫部九名士卒。见此情景，布斋气急败坏地冲上来，不料战马被木墩撞倒，将他掀倒在地。努尔哈赤的士兵赶上前去，一刀结束了他的性命。众兵士见首领丧命，顿时乱了方寸，无心再战，仓皇而逃。努尔哈赤率兵乘胜追击，直至哈达境内。这一仗俘获了乌拉首领布占泰和大批兵士，还斩敌4000余人，缴获3000匹马、近千副盔甲。
万历二十七年（公元1599年）九月，叶赫与哈达发生冲突。哈达首领盖格布禄自知不是对手，便把自己的3个儿子送到赫图阿拉城作人质，请求努尔哈赤派兵相助。