宗教首领哲布尊丹巴等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹的率领下，喀尔喀蒙古归附了清朝。康熙派人抚慰了来归的喀尔喀部，发给他们生活用品，将他们暂时安置在科尔沁草原。康熙二十九年，噶尔丹以追击喀尔喀蒙古为名，再次发动武装进攻。他带领的2万名叛军自呼伦池南下，杀进了内蒙古地区。叛军的前锋一直打到距离北京仅900里的乌珠穆沁，京师震动，许多店铺停止了营业。
对噶尔丹的叛乱，康熙曾经给予多次规劝，要求他罢兵息战，归还喀尔喀蒙古的故地。同时也加强了塞外的兵力，做了武装平叛的准备。面对不断恶化的局势，康熙决定亲征噶尔丹，捣毁叛军的巢穴。当时朝中多数大臣主张同噶尔丹妥协。他们认为噶尔丹地处僻壤，他的叛乱无碍大局，应当治以不治，任其自然，同时大军远征茫茫沙漠，胜负很难预料，因此反对康熙亲征。康熙则认为噶尔丹一日不除，边陲就一日不宁，只有平定叛乱，才是万年之计。他排除了各种干扰，为保天下大一统的局面，毅然率军亲征。
康熙二十九年六月，康熙亲临塞北，指挥大军迎战噶尔丹。八月，清军在乌兰布通与叛军交战。噶尔丹依山面水布下“驼城”，用来抵挡清军的攻势。“驼城”是将骆驼捆绑卧地，在驼背上堆放箱垛，再加盖湿布布置而成的。叛军满以为“驼城”坚不可摧，易守难攻。可是在清军猛烈的炮火攻击下，骆驼非死即伤，反而成了叛军逃跑的障碍。驼阵被攻破了，清军大队人马掩杀过来，直杀得叛军横尸遍野，大败而逃。噶尔丹带着残兵败将，好不容易才突出重围。以后康熙又经过二次亲征，终于平定了为时10年的噶尔丹叛乱，粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，巩固了西北边疆。
四、整饬吏治广揽人才
康熙深知，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因。为了清王朝的长治久安，他十分重视整饬吏治。他采纳了“民生安危视吏治，吏治贪廉视督抚”的建议，特别注意处置腐败的高级官吏。
山西巡抚穆尔赛一贯贪酷不法，康熙对他的劣迹也时有所闻。一天，康熙向大学士勒满洪等人查询穆尔赛为官是否清正，他们竟徇私包庇，欺骗圣听，妄图掩盖穆尔赛的丑行。康熙对外官与京官相互勾结、贪赃枉法的现象早已深恶痛绝。所以在查明穆尔赛的罪行后，不仅将他革职收审，判处绞刑，还给勒满洪等人连降两级的处分。
湖广总督蔡毓荣在平定三藩时任绥远将军。接受攻打吴氏巢穴昆明的命令之后，他按兵不动；等他人攻破城池，他反而大肆抢掠本应充公的吴氏财物，然后对贵戚重臣广行重贿，将他人战功贪为己有，由此竟然升官进爵。蔡毓荣的罪行败露后，也受到了严惩。
在惩治贪官的同时，康熙多方扶持清官廉吏，大加褒扬，以起到移风易俗、扶正抑邪的作用。但在当时贪风盛行的官场上，为政清廉者实属凤毛麟角，因此康熙一朝大树廉吏的榜样。被康熙誉为“天下廉吏第一”的于成龙就是一个受百姓爱戴的清官。早在顺治朝任广西罗城知县时，于成龙便插棘为门，累土为几，他清贫的生活和卓著的政绩一时传为佳话。康熙十四年秋天，黄州发生了严重的自然灾害，于成龙发放的赈济粮救活了几万灾民的性命。后来他离开黄州赴福建按察使任所时，几万黄州百姓送行到九江，哭声与江涛声连成一片。于成龙的廉能勤政，深得康熙赞许。康熙二十年，他特地在懋勤殿召见于成龙，称他为“当今清官第一”，还赏赐白金、良马、御诗等，勉励他始终如一，保持气节。于成龙自此为政更加勤勉，常常通宵达旦。他善于微服私访，升任两江总督后，属下官吏不敢为非作歹，不久江南风气大为改观。但是，深受康熙信任、政绩卓著的于成龙后来受挟私报复者陷害，被迫离任。康熙又特下诏令留任。他去世后，遗物只有一袭棉袍和一些盐豉。康熙始知于成龙的确一生廉洁，所谓后来变更素行的说法纯系欺罔之语。为官清正反遭非议，康熙感慨不已。为了使廉风发扬光大，他特地为于成龙题了“高行清粹”4个大字。
康熙对于成龙的去世十分痛心，他询问廷臣：“当今像于成龙这样清廉的还有几人？”廷臣当堂举荐了张鹏翮等7人。康熙南巡经过张鹏翮的任所兖州府，发现果然名不虚传，从此一再提拔重用。陈瑸是康熙晚年时出现的清官。他认为，贪取一钱与取千百万金没有什么差别。因此，他的衣食住行都十分俭朴，对不义之财分文不取。他独自骑马带着行李到山东首府济南赴任，官吏们谁也没有认出他就是新任巡抚。康熙称他为苦行老僧，并说：“陈瑸出身非世家大族，又没有门生故旧，天下人对他的情操交口称誉，不是确有实事，哪能名闻遐迩？”因此，康熙在他病故后追授礼部尚书，荫一子入监读书，以表示对清廉之臣优礼有加。
由于康熙对整饬吏治坚持不懈，不断清除贪官，褒扬清官，在一定程度上保证了国家机器的正常运转。但是当时的官吏日渐腐败，加上俸禄也确实偏低，已经积重难返，康熙费尽苦心进行的察吏，也只能是小修小补，并不能从根本上扭转当时的政风。
康熙统治初期，尽管各地的反清斗争已经被基本镇压下去，但是民族矛盾仍然相当尖锐。三藩之乱就带有明显的民族色彩。尤其还有相当多的汉族知识分子采取不合作态度，这一切都构成了对清王朝的潜在威胁。康熙认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于促使汉族知识分子转变反清立场。于是，康熙采取了种种措施争取和笼络汉族知识分子。
他首先从尊重汉族历史传统与儒家文化开始。例如在他南巡时，曾多次亲自拜谒明太祖的陵墓，并亲笔写了“治隆唐宋”的匾额，悬挂在陵殿前。他还提出要查访明室后代，授予官职，让其看守陵墓。后来没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲临孔庙祭祀，对孔子的后裔大施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络。
除了进行传统的科举考试外，康熙还于康熙十七年（公元1678年）特设“博学鸿词科”，千方百计吸引明代遗老及各种人才参政。康熙还要求各级官员都要将自己知道的学行兼优之士举荐给朝廷，以便他亲自考察录用。经各地官吏推举，有143人参加了康熙十八年的体仁阁考试。清政府给了应试者十分优厚的待遇，除了发给往返路费、衣食费、柴炭银外，康熙还亲自赐与了丰盛的筵席加以款待。表面上考试进行得郑重其事，康熙还亲自阅了卷，但实际上对应试者十分迁就，百般照顾。严绳孙只作了一首诗，潘耒、施闰章的诗不合韵律，都被录用。彭孙遹故意将词写得言词不通，也被录为一等。可见，为了广泛招揽人才，康熙不拘一格，确实花费了一番苦心。这次考试录用的50人都被授予了翰林院的官职，奉旨编修明史。高官厚禄和种种特权使这些人逐渐放弃或动摇了反清立场，落第的文人学士也无颜再以明代遗老自居了。博学鸿词科的设立确实起到了一箭双雕的作用。
但是应试的只是当时汉族学者的二三流人物，而顾炎武、黄宗羲、李颙等著名学者始终拒绝应试，康熙对他们也采取了宽容的态度。关中大儒李颙以身体有病为理由拒不应试，被强行从家乡抬到西安，李颙便绝食抗议，连续6天汤水不进。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回。后来，康熙来到西安，指名要见李颙，李颙托病推辞。康熙不仅没有怪罪他，还亲题了“志操高洁”的匾额赐给他的儿子以示褒扬。太原的傅山被役夫用床抬到京城外30里的地方，誓死不入城，京中的王公大臣们慕名纷纷前来看望，傅山大模大样地躺在床上，既不迎送，也不施礼。结果地方官员只得以傅山老病为由奏请免试，得到康熙的准许。康熙所以能够容忍这些人抵制考试的种种大不敬行为，一方面是因为他们名满天下，影响极大，不愿意轻易触动他们，另一方面他们拒绝出仕，只是退居家中讲学著书，还没有直接触犯清王朝的统治。
不过，康熙朝也发生了十几次文字狱。如果说发生在康熙亲政前的庄廷钅龙一案与他没有直接关系，那么发生在康熙五十年至五十二年（公元1711年～1713年）的戴名世一案，便确系康熙所为了。戴名世是安徽桐城人，自幼聪颖好学，喜读史书。晚年他身居故里，整理了《南山集》一书。书中记载了南明诸王的史事，并采用了同乡方孝标的《滇黔纪闻》中的一些史料。戴名世还主张以桂王死后的第一年作为清的定鼎之年。戴名世57岁才考中进士，担任了翰林院编修。谁想到59岁这年便大祸临头，他的《南山集》被左都御史赵中乔告发为诽谤朝廷之书。结果戴名世被判凌迟处死，戴氏、方氏家族16岁以上的男子全部被判处斩，女子及15岁以下的男子被没为家奴。族人的所有职衔全都被剥夺。到结案时，经“宽大处理”，戴名世才免遭凌迟，改判为处斩，方孝标这时已死，还被剉尸。只有族人方苞幸免于难，他原也被判处斩，只因其文章早已名满天下，康熙怕引起众怒，才下令“免治”，但仍然一度被编进汉军旗中受到管制。平时与戴名世有交往的官员，有30多人被降职。受到案件牵连的，多达300多人。
由此可以看出，出于巩固统治的需要，康熙确实笼络了一大批人才为清王朝所用，但他对汉人的猜疑也是根深蒂固的。
五、重农贵粟勤勉好学
清兵入关以后，在多尔衮执政时曾大规模地进行圈地，把落后的农奴制生产方式强加在中原人民头上，严重阻碍了生产力的发展。顺治亲政后虽有所缓和，但由于当时大规模的战争尚未结束，因此，到康熙时，广大农村还是满目疮痍，农民不得温饱，国家财政入不敷出。于是，康熙采取了一系列措施恢复和发展农业生产。
康熙即位后，便下令停止圈地。但由于鳌拜一伙人从中作梗，圈地仍禁而不止，有时规模还相当大。清除鳌拜后，康熙重申了永远停止圈地的命令，并要求将已圈土地还给农民。康熙二十四年（公元1685年），康熙再次明确规定不许圈种民间新开垦的土地。这样，阻碍农业生产的圈地活动才逐渐被制止。直隶各省修建寺庙，侵占了大片农田，康熙也明令禁止。
鼓励垦荒是康熙采取的又一项重要措施。明末农民战争期间，许多藩王的土地被农民耕种了。康熙承认了这一既成事实，下令各地督抚正式将这些土地给予原来耕种的农民，并禁止作价转让部分土地。这些被称为更名田的土地，约计有16。6万多顷，而且多是肥沃的良田，一经承认属于农民，即大大激发了农民的生产积极性。康熙十二年，为了鼓励在更大范围内垦荒，康熙宣布：各省今后开垦的土地，耕种10年后再交税。同时用授与官职的办法鼓励地主招民垦荒。规定开荒20顷以上，又通晓文义者，授予县丞，不通文义者，授予百总；开荒100顷以上，通晓文义者，授予知县，不通者，授予守备。这些措施对地主和贫苦农民都很有吸引力，于是河南、山东、直隶的老百姓纷纷前往东北垦荒，湖广人民也踊跃去四川垦荒。垦荒农民的汗水不久便换来了丰硕的