松加斯把他的竞选延期到3月末，那时克林顿获得提名已经志在必得了，而且克里的批评家坚持认为他正在迎合领先者克林顿。克里甚至在他的讲话中借用了克林顿主义一词，把阿肯色州统治者号召“一个全新的社会和个人责任的契约”转化成为他自己的号召——“社会契约，一个其中的每个权利都有与之相匹配的责任的契约”。
在他耶鲁演讲之后，有人问克里是否对竞选副总统感兴趣。他反对说：“那是不切实际的想法。”当他在星期日的电视上被问到他是否想当总统时，他回答说：“并不是现在。我会在将来考虑这个问题吧，会考虑的。”
前一年春天，克里办公室曾经回绝了有人请克里参与竞选副总统的邀请。尽管他的支持者对克里进入选举充满信心，但马萨诸塞参议员克里并没有出现在副总统候选人名单上。克林顿最终选择了与克里同年进入参议院任职的阿尔·戈尔。
那年5月下旬在洛杉矶的一次午宴上，克里放弃了原来想要争取的民主党内提名。当克林顿起身致辞时，他开玩笑地说：“我从未想过我能在任何一方面超过约翰·克里。”尽管克里一直扮演忠诚士兵的角色，他却为克林顿在逃避兵役上为其辩护。9月，他带领国会的一个战争老兵代表团为克林顿辩护，使克林顿免于遭受共和党对其提出的逃避越南兵役的诉讼。1992年的总统竞选是在老布什、比尔·克林顿和独立党候选人罗斯·佩罗特三人之间展开的三向竞争。克林顿以不到50％的得票率在竞选中胜出。1993年1月，他入主白宫，此时他的政府正处于很大的压力之下。新总统决定兑现他在竞选中的一个小承诺，起草了一项行政命令来保证在武装军队中废除同性恋的禁令。这个决定激起了巨大的骚动，即使是他自己的军事顾问也表示反对。
针对克林顿政府的辩护，克里声称这条禁令是“根本上错误的，没有任何理由限制同性恋者服役”。5月，克里在参议院武装服役委员会（armed service mittee）上作为证人出现，在唇枪舌剑的辩论中击败了两个支持禁止同性恋性行为的人：民主党的萨姆·纳恩、佐治亚和南加利福尼亚共和党的斯特罗姆·瑟蒙德。
克里指出在国会里有同性恋者，但是他们不会因为性行为而被捕。
“你希望他们因此而被捕吗？”瑟蒙德问。
“你希望吗？”克里反问。
“同性恋是违法的，”瑟蒙德回答说，“为什么不逮捕他们？”
禁令的支持者争辩说公开的同性恋者会破坏军队的纪律和严谨的气氛。克里和其他人则争辩说如果执行禁令的话，人们态度就会发生转变。“变化是难以接受的。”克里那时候说。
克林顿总统最终通过采取一种“不盘问不宣扬”的政策来划分他们之间的区别，这种政策即只要同性恋者不暴露他们的性取向，就允许他们服役尽可能长的时间。七年后，克里稍稍改变了他的姿态，说他喜欢给予指挥官们些微权力，如果男同性恋者或者女同性恋者的行为影响了军队，他们有权开除他们。指挥官拥有开除一个棘手军人的灵活权力——不管那个人是否是同性恋者、心理变态或是偏执狂，这种权力都能够帮助阻止军队内部的暴力，他补充说。
新时代新时代（3）
1993年6月，克里作为克林顿减少5000亿赤字计划的执行人员，开始谋求行政机构的援救，克林顿的减赤计划目的是通过减少支出、增加税收达到财政平衡。在众议院或者参议院没有一个共和党人会支持这项减赤法案，所以投票将会是势均力敌的。克里说他希望能减少更多的开销，起初还打算反对这项法案，但最终还是与总统站在同一边。当时的赞成与反对票是平局，副总统阿尔·戈尔掌握最关键的一票。
两个月后，克里提交了一份报告，提议国会要求总统每个月都向国会提交一份他所建议的削减开销的报告。当时，国会很多成员都享有政府发给的形形色色的补贴。（1993年，马萨诸塞的参议员克里和肯尼迪最终取消了那些补助金的发放。）
克里在另一个法案上对克林顿政府提供了主动帮助：犯罪法案。1993年居高不下的城市犯罪率——以任意谋杀旅游者和其他人群为代表——一直占据着媒体头条位置。作为竞选承诺的一部分，克林顿曾许诺投入使用联邦资金在街道上增加十万名警察。但是随着预算赤字的膨胀，这个计划在初级阶段就面临着内在阻力，克林顿政府不得不计划把原先许诺的巡警数量削减一半。
同年秋天，克里给克林顿国内事务顾问布鲁斯·里德的办公室打电话。“他认为行政部门对原先十万名警察的削减是犯了一个错误。”里德回忆说，“他用图表向我说明联邦近年来一直在削减对地方的警力补充。他向我谈起他当公诉人的那段执法经历。我因为有这样一个同盟而狂喜不已。我也曾在政府内部做过类似的争辩。”
“这自然让我在政府内部的力量得到了加强。”里德回忆说，“有一个地位相当的民主党参议员依靠我们来完成这个法案。”以特拉华州民主党参议员约瑟夫·拜登为首，参议院通过了一项打击犯罪的提案，这项提案计划拨款135亿美元用来增加十万名警察、执行对攻击性武器的禁令以及扩大执行死刑的范围。在修正法案中，克里投票反对执行死刑的地区继续增加，但是他却投票支持包括死刑在内的打击犯罪法案。稍后，国会通过了一个类似的法案，但是在众议院民主党人的坚持下，拨款又增加了许多。在新民主的新时代下，克里正逐渐进入主流中心。1993年的秋天，他为克林顿在另一个中立派问题上投了至关重要的一票，支持北美自由贸易协定。由老布什——克林顿的前任共和党总统发起的这项协定，旨在清除美国、墨西哥和加拿大之间的大部分贸易壁垒。但是以AFLCIO（美国劳工联合会和美国产业工会联合会）为代表的反对派担心，这项协议会允许美国公司利用墨西哥低薪的特点把他们的工作地区搬到国界以外，从而导致美国的失业率继续攀高。
克里争辩说，在其他地区扩张市场会抵消美国在某些地区的失业率。“失业率与北美自由贸易协议没有关系。”1993年11月他对记者说，“对一个国家来说，真正困难的现实是我们不能逃避现实。”
在感恩节的前几天，国会通过了北美自由贸易协议，但是在进入投票的时候，众议院的票数不相上下，以至于不能通过。在参议院内，克里考虑的是为总统——一个由于政治原因需要大多数的民主党同人支持他的总统——投上至关重要的一票。“在民主党最困难的精神战斗中，每一票都有至关重要的价值。”里德说。众议院以234票对200票通过了该提案，而参议院以61票对38票通过，同时泰德·肯尼迪也和克里一同支持克林顿。
克里在北美自由贸易协议上的态度与他对中国的态度是一样的。1991年，他不顾意识形态的差异坚持支持对中国的最惠国待遇。1994年秋天，克里带领从马萨诸塞州各个公司来的经理主管人员代表团访问中国，表示他希望他们能够进入中国潜力巨大、利润无穷的消费市场。同年，他提出一个修正法案，促使克林顿缓解美国对访问古巴的限制。预算赤字一直是克里所关心的问题，克里是1985年对格拉姆拉德曼开支控制法案最早的民主党支持者。1994年上半年，他声称他仍很矛盾是否要支持要求预算平衡的宪法修正案的提案。到2月，克里仍是十个未定的参议员之一；3月，他决定反对这个修正案。“那不是我们的国父所希望的。”他说。修正案最后以失败告终。
克里对克林顿提出的健康保健计划上的态度并不明朗。这是一个范围很广的提案——包括政府对卫生保健市场的空前干涉——大幅度的扩大保险责任范围。1993年9月当克林顿初步提出该提案时，克里声称总统提出的“法案必定会导致激烈的争辩”。克里这样的态度是因为他有切身体验，他自己就不幸经历了暴涨的健康费用，当时克里被迫自掏腰包为自己长脓疮的牙齿支付500美元，他说我们必须考虑一个至关重要的问题：“费用会减少下去吗？”
4个月后，克里出现在CNN“交火”这个节目中，为克林顿的这个计划同保守派评论员帕特·布坎南和得克萨斯州共和党参议员菲尔·格拉姆进行争辩。两个保守派的人都坚持共和党的观点，说克林顿的计划将会导致“公费医疗制度”。
“你们这些家伙一直在这些术语上绕来绕去，而且乐此不疲。”克里抱怨说，“这是在这里玩儿政治游戏的方法，目的是突出社会的恐慌。菲尔走进来说：‘你们想选择。’这是一个可以选择的计划”
“让我在这里插入一点，”布坎南回答说，“我想大多数美国人想说的是：‘看，如果有人想要健康保险而又没有这种保险，那么我们想办法让他们得到’”
“非常正确。”克里插嘴说。“但是（他们正在说）‘我有了一个很好的计划，不要接管我的计划。不要让计划社会化。我的意思是，不要改变我的计划’”
“但是你要明白，”克里回答说，“你说的是社会化。这是一个竞争体制。碰巧我并不同意所有的体制，但是总统这种整体性的体制至少是国家所面对的一个重大问题得到解决的良好开端，而这个问题是你们和你们的总统一直所避免的。”
新时代新时代（4）
1994年秋天，由众议院少数派领导人魏普·纽特·金里奇（Whip Newt Gingrich）领导的起义共和党对克林顿发动全线攻击。这位上任伊始就引起军队中同性恋者的骚动的总统，现在又由于这个有争论性的健康保健计划提议而遭受攻击，这个提议是希拉里·克林顿和他的高级助手们在幕后谨慎策划的。由一个工业广告所赞助的竞选，共和党人所描绘的“公费医疗制度”这个保守的标签开始产生作用。来自不同团体的宗教上的激进主义分子，如基督教联合体以及自由贸易者，如美国税收改革团体，毫不吝啬地给共和党的众议院和参议院候选人提供人力和金钱。
在选举日当天，共和党在40年以来第一次对国会的众参两院都进行了控制。巨大的反响远远超出了华盛顿：共和党获得了11个地方行政长官的职位以及472个州立法机关的职位。控制了国会让共和党斗志昂扬，他们渴望对克林顿和他的民主党同盟发动一场战争。
克里与克林顿白宫的步调基本是一致的。但是随着共和党的全面性胜利，他的党派立场似乎有所动摇，他说这样的胜利“直指克林顿的软肋”，并说他“对这种重新组合非常高兴”。“我是一个民主党党员，”他说，“而且我加入民主党是有原因的。但是我不得不诚实地承认我们犯了错误，民主党白宫的计划并没有像原来应该的那样紧凑。不承认错误只会招致更大的灾难。”
但是克里的评论在国内为他自己招致了政治灾难。强大的众议员J。约瑟夫·莫克利是南波士顿州民�