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十八日，大行皇帝入殓后，以同治皇帝名义，尊孝贞皇后为皇太后即母后皇太后，尊懿贵妃为孝钦皇太后即圣母皇太后。
八月
初一日，恭亲王奕获准赶到承德避暑山庄叩谒咸丰的梓宫。《我的前半生》记载：相传奕化妆成萨满，在行宫见了两宫皇太后，密定计，旋返京，做部署。奕获准同两宫太后会面约2个小时。奕在热河滞留6天，尽量在肃顺等面前表现出平和的姿态，麻痹了顾命大臣。两宫太后与恭亲王奕，破釜沉舟，死中求生，睿智果断，抢夺先机，外柔内刚，配合默契。恭亲王奕同两宫太后密商决策与步骤后，返回北京，准备政变。此时，咸丰皇帝刚驾崩13天。
初五日，醇郡王奕为正黄旗汉军都统，掌握实际的军事权力。
初六日，御史董元醇上请太后权理朝政、简亲王一二人辅弼的奏折。
初七日，准兵部侍郎胜保到避暑山庄。胜保在下达谕旨不许各地统兵大臣赴承德祭奠后，奏请到承德哭奠，并率兵经河间、雄县一带兼程北上。
十一日，就御史董元醇奏折所请，两宫皇太后召见八大臣。肃顺等以咸丰遗诏和祖制无皇太后垂帘听政故事，拟旨驳斥。两宫皇太后与八位赞襄政务大臣激烈辩论。八大臣“哓哓置辩，已无人臣礼”。《越缦堂国事日记》记载：肃顺等人恣意咆哮，“声震殿陛，天子惊怖，至于涕泣，遗溺后衣”，小皇帝吓得尿了裤子。两宫太后不让，载垣、端华等负气不视事，相持愈日，卒如所拟。八大臣想先答应两宫太后，把难题拖一下，回到北京再说。
十八日，宣布咸丰灵柩于九月二十三起灵驾，二十九日到京。
九月
初一日，同治上母后皇太后为慈安皇太后、圣母皇太后为慈禧皇太后徽号。
初四日，郑亲王端华署理行在步军统领，醇郡王奕任步军统领。先是，两宫太后召见顾命大臣时，提出端华兼职太多，端华说我只做行在步军统领；慈禧说那就命奕做步军统领。奕做步军统领就掌握了京师卫戍的军权。不久，奕又兼管善捕营事。
二十三日，大行皇帝梓宫由避暑山庄启驾。同治与两宫皇太后，奉大行皇帝梓宫，从承德启程返京师。两宫太后和同治只陪了灵驾一天，就以皇帝年龄小、两太后为年轻妇道人家为借口，从小道赶回北京。
二十九日，同治奉两宫太后回到北京皇宫。因为下雨，道路泥泞，灵驾行进迟缓。同治奉两宫皇太后间道疾行，比灵驾提前4天到京。两宫皇太后到京后，即在大内召见恭亲王奕等。
三十日，发动政变。同治与两宫皇太后，宣布在承德预先由醇郡王奕缮就之谕旨，宣布载垣等罪状：
（1）“上年海疆不靖，京师戒严，总由在事之王大臣等筹划乖张所致。载垣等不能尽心和议，徒以诱惑英国使臣以塞己责，以致失信于各国，淀园被扰。我皇考巡幸热河，实圣心万不得已之苦衷也！”就是将英法联军入侵北京、圆明园被焚掠、皇都百姓受惊、咸丰皇帝出巡的政治责任全扣到载垣等八大臣头上。
（2）以擅改谕旨、力阻垂帘罪，解载垣、端华、肃顺、景寿任，穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛退出军机。《清史稿·肃顺传》记载：此前，“肃顺方护文宗梓宫在途，命睿亲王仁寿、醇郡王奕往逮，遇诸密云，夜就行馆捕之。咆哮不服，械系。下宗人府狱，见载垣、端华已先在。”《清穆宗毅皇帝实录》记载：“以醇郡王奕管善捕营事。”这可能同奕逮捕肃顺事有关。
同治帝载淳（4）
十月
同治帝在大典上穿过的小朝袍初一日，命恭亲王奕为议政王、军机大臣。随之，军机大臣文祥奏请两宫皇太后垂帘听政。《清史稿·文祥传》记载：“十月，回銮，（文祥）偕王大臣疏请两宫皇太后垂帘听政。”命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、侍郎宝洌А⑽南槲蟪肌�
初三日，大行皇帝梓宫至京。
初五日，从大学士周祖培疏言“怡亲王载垣等拟定‘祺祥’年号，意义重复，请更正”，诏改“祺祥”为“同治”。“同治”含义可做四种诠释：一是两宫同治，二是两宫与亲贵同治，三是两宫与载淳同治，四是两宫、载淳与亲贵同治。
初六日，诏赐载垣、端华在宗人府空室自尽，肃顺处斩，褫景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛职，穆荫发往军台效力。据记载：“将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。”
初九日，载淳在太和殿即皇帝位。
二十六日，礼亲王世铎奏遵旨会议并上《垂帘章程》。懿旨：依议。于是，皇太后垂帘听政之举，舆论已经造势，章程亦已制定。
十一月
初一日，同治奉慈安皇太后、慈禧皇太后御养心殿垂帘听政。垂帘听政之所设在大内养心殿东间，同治帝御座后设一黄幔（初为黄屏），慈安皇太后与慈禧皇太后并坐其后。恭亲王奕立于左，醇亲王奕立于右。引见大臣时，吏部堂官递绿头笺，恭亲王奕接后，呈放在御案上。皇太后垂帘听政，这在中国历史上，既是空前的，也是绝后的。在这里附带说一点。慈禧本来没有文化，但她注重学习。两宫太后命南书房、上书房师傅编纂《治平宝鉴》，作为给两宫太后的教科书，仿照经筵之例，派翁同龢等定期进讲。后来慈禧也能批阅奏章，但常有语句不通和错别字之处。
这次政变，因载淳登极后拟定年号为祺祥，故史称“祺祥政变”；这年为辛酉年，又称“辛酉政变”；因政变发生在北京，又称为“北京政变”。其时，“辛酉政变”的三个主要人物——慈安皇太后25岁，慈禧皇太后27岁，恭亲王奕30岁。
“辛酉政变”取胜的直接原因是：
第一，两宫皇太后和恭亲王奕，抓住并利用官民对英法联军入侵北京、火烧圆明园的强烈不满，对“承德集团”不顾民族、国家危亡而逃到避暑山庄的不满，而把全部历史责任都加到顾命八大臣头上。也把咸丰皇帝到承德的责任加到他们头上。从而两宫皇太后和恭亲王奕取得政治上的主动，争取了官心、军心、旗心、民心，顾命八大臣则成了替罪羊。
第二，两宫皇太后和恭亲王奕，利用了顾命大臣对慈禧与奕的力量估计过低而产生的麻痹思想，又利用了帝后虽是孤儿寡母，却掌握“御赏”、“同道堂”两枚印章——顾命大臣虽可拟旨不加盖这两枚印章却不能生效，两宫太后与奕可由大臣拟旨加盖这两枚印章便能生效的有利条件。
第三，两宫皇太后和恭亲王奕，抢占先机，先发制人，没有随大行皇帝灵柩同行，摆脱了顾命大臣的控制与监视，并从间道提前返回，利用自七月十七日咸丰死，到咸丰灵柩运到皇宫，其间74天的充分时间，进行政变准备。原定九月二十三日起灵驾二十九日到京，因下雨道路泥泞，而迟至九月初三日到京，比原计划晚了4天。两宫太后于二十九日到京，三十日政变，时间整整差了3天。这为她们准备政变提供了时间与空间，打了一个时间差与空间差。
第四，两宫皇太后和恭亲王奕，意识到并预感到：这是他们生死存亡的历史关键时刻，惟一的出路就是拼个鱼死网破。慈禧曾风闻咸丰帝生前肃顺等建议他仿照汉武帝杀其母留其子的“钩弋夫人”故事，免得日后皇太后专权。这个故事，《汉书·外戚传上》记载：汉武帝宠幸钩弋夫人赵婕妤，欲立其子，以“年稚母少，恐女主颛（zhuān）恣乱国家”。赵婕妤遭汉武帝谴责而死。汉武帝临终前，立赵婕妤子为皇太子，以大司马、大将军霍光辅少主，是为汉昭帝。但是，咸丰帝没有像汉武帝那样做，而是用“御赏”和“同道堂”两枚印章来平衡顾命大臣、两宫太后之间的关系，并加以控制。结果，这两枚印章被两宫太后所利用，打破了初始的权力平衡结构。
“辛酉政变”是君权与相权的一次大的冲突，表现了两宫皇太后和恭亲王奕的聪明才智。它的重大结果是清朝体制的一大改变。经过“辛酉政变”，否定“赞襄政务”大臣，而由慈安皇太后与慈禧皇太后垂帘听政，这是重大的改制。“辛酉政变”后，恭亲王奕为议政王，这是当年睿亲王多尔衮辅政的再现。但有一点不同：既由帝胤贵族担任议政王、军机大臣，又由两宫太后垂帘听政。这样皇权出现二元：议政王奕总揽朝政，皇太后总裁懿定。这个体制最大的特征是皇太后与奕联合主政，后来逐渐演变为慈禧独揽朝政的局面。随之产生一个制度：领班军机大臣由亲贵担任，军机大臣满洲两人、汉人两人。在同治朝，大体维持了这种五人军机结构的局面。
“辛酉政变”就满洲贵族而言，主要是宗室贵族同帝胤贵族的矛盾与拼杀。两宫皇太后特别是慈禧皇太后，主要利用和依靠帝胤贵族，打击宗室贵族，取得了胜利。
同治帝载淳（5）
同治皇帝在辛酉政变后，内有两宫皇太后垂帘听政，外有议政王奕主政，从而开始了同治新政。
同治新政
同治朝遇上了难得的历史机遇：在国内处于“太平天国”与“义和团”两次重大社会动荡之间，在国际处于英法联军与八国联军两次入侵之间，如同处在两次大风暴中间的缓冲期。同治之前的道光、咸丰，之后的光绪、宣统，都没有这样的有利条件。这就给同治朝实行新政提供了难得的机遇。日本明治维新也正在此时。两宫太后垂帘听政、议政王奕主持政务，互相配合，推行新政。在奕集团的主持下，新政的主要措施是：成立总理衙门、设立同文馆、办新式学校、派人出洋、办厂开矿、修筑铁路等，实行学习西方近代化举措，开始走向开放、进步。
（一）设立总理衙门。全称为总理各国通商事务衙门，一般称作“总理各国事务衙门”，于咸丰十年（1861年）十二月初十日正式批准成立。它的实际职能是总揽新政的中央政府机构，是面对世界局势、完全创新的机构。它不仅掌管清廷与各国间的外交事务，而且包括对外贸
易、海关税务、边疆防务、海军建设、新式工矿业，以及建新式学校、兴修铁路、矿务等，实际上它相当于清廷的内阁兼外交部。这是二千年来第一个专门处理外事的中央机构。总理衙门由亲王一人总领，实为首席大臣，其他大臣从军机大臣、大学士、尚书、侍郎等中指派充任。下设独立公所，计有英、法、俄、美和海防五股等机构。其中，俄国股，兼理俄、日两国外交事务；英国股，兼理奥地利交涉事务；美国股，掌办对美、德、秘鲁、意大利、瑞典、挪威、比利时、丹麦、葡萄牙各国交涉事务；法国股，兼理法国、荷兰、西班牙、巴西各国交涉事务；后设海防股，掌管南北洋海防等。总理各国事务衙门的主旨是办理同西方关系事务，创办近代化事业，它的出现是中国走向近代化的一个标志。随之，设立驻外使领馆。
（二）出洋考察。西方国家两次破门而入，清朝才被迫开门而出。中国走向世界，世界也走向中国。汉、唐盛世时，中国没有