叛乱发动后迅即扩大，领袖们就引兵北伐，进入长江流域。官军在湖南省长沙固守，但在其他地方都被击溃或作战略撤退。官军“打胜仗”（这是官军头目照例必须向皇上奏报的消息）的地点越来越接近北京。1853 年初，太平军攻占并焚烧武汉，以50 万之众开始乘船沿江而下。1853 年3 月，他们占领了南京，定都该城。远征部队继续往北推进，迫近天津不到30 英里，但未能占领皇朝政权的象征——北京。太平军于是在长江下游建立基地，但起初没有采取攻占上海的措施。其后10 年间，双方血战多次，但官军与叛军仍相持不下。这样大的一次叛乱为什么发动得那么快，时间拖了那么长才宣告失败，这自然需要一番解释。但按今天研究所得，我们关于太平军的思想意识和领导人员的情况能够谈得多一些，不细谈关于它的实际施政情况。
太平教。洪秀全从教会翻译的书籍，主要是从《旧约》 里挑选基督教的一些原理来创立他的新教：独一无二的、万能的创世主，他所具有的一切人的精神父亲的身份，祷告的灵验，洗礼，守安息日，十诫，天国的报应，连同创世、洪水、从埃及出亡等故事。可是，他认为耶稣关于爱、宽恕和关怀邻人等精神力量的教导没有多大用处。洪自封为耶稣的弟弟、上帝的次子，是被上帝派到世间来建立新天堂的。这样他就成为一个伪基督启示的新源泉。
洪为了准备应试曾经读了那么多年的儒家经书，所以他在自己的神学里表达的孔子，必然比耶稣社会准则来得多。据史文生分析，太平军的传道书里夹杂着许多来自《论语）、（孟子》 以及其他中国古书中的引语，但往往没有指出来源或者稍有改动。他们抛弃了基督教关于原罪的基本思想，赞成中国人关于性本善这个比较乐观的信念，这当然使基督教的忏悔意义不那么大了。太平军重视许多传统的道德观念：必须保持基本的社会差别和关系，应当按照身份表现正确的行为，需要听从天命，抱有大同理想。
最有意思的是他们对位记译名的选择，这对中国所有提倡一神论的人来说是个关键性的决定。早期的耶稣会教士决定把它译成“天”和“上帝”，但在著名的“礼仪争论”中，他们的敌手于17 巧年获得教皇的赞同，译为“天主”。19 世纪中叶的耶稣教各派教会对“上帝”和“神”两种译名始终相持不下，彼此的意见不可调和，以致他们终于出了《圣经》 的两种译本。洪秀全选用“天”作为主要译名，因此他的天（Od ）就一下子具有中国的传统意义，例如受命于天的“天”。由此可见，太平天国的宗教表面上具有基督教的架子，但这架子被他们歪曲，以适应他们的需要。他们的宗教文献里搀进了不少零零碎碎的儒家经典学说，但取消了像孝道这样一个关键的因素。总之，他们炮制了他们自己的混合物。
狂热是他们一下子取得成功的宝贵因素，这种精神一部分是由太平军的另一领袖、？以前的烧炭工人杨秀清提供的。杨所受的教育比洪少，但在政治组织和军事领导方面的才能比洪高明得多。他很早就具有直接从上帝获得启示的能力，因为在危难之际上帝常常通过他的口作出明确的指示。洪从来没有找到这种能力，因此几乎无话可说。杨领中军主将，是上帝兼圣灵的第三个儿子，在1856 年被洪秀全谋杀前，执掌南京的主要大权。总起来说，有一件事似乎很明显，并且也是各学派的中国学者共同指出的，即这次大叛乱的失败主要是由于领导措施失当。尽管他们有冲天热情，手下的信徒起初都乐于为他们效命，但洪、杨和其他领袖都被他们的宗教蒙住了眼睛，不能建立一个有效的政府。这批客家领导者是一个少数集团的失意落魄的人。在南京他们就立即仿效以前各个朝代，建立贵族阶层和六部，实行科举，设置层层官僚机构，根据服饰和礼仪给这批显贵中的各级人员规定各种节约的费用标准。但他们从来没有对农村实行一套有效的民政和管理办法，因此完全不能在各个村庄领导一次真正的社会革命。正如库恩所说的，太平军“实际上始终被围困在城市里”，而他们的敌人，即儒家的上层士绅则仍控制着农村，并终于动员了农村的力量来反对他们。
太平军未能争取任何一批儒士文人来参加他们的运动，总起来说这是他们政治失败的主要因素。与此同时，他们未能与反满的秘密会社、特别是三合会通力合作，其部分原因似乎是由于太平军狂热分子所奉行的“基督教”礼仪和信条，同三合会所奉行的来自中国民间宗教的仪式互不相容。例如，三合会仪式中使用字典里所没有的怪字，三合会员敬拜北斗，诵三十六咒，献血为盟，祭祀代表天、地、人的三才。
三合会在华南广泛分布，分五处山堂，首脑在福建，其他堂口在广东和广西，在清朝下级文武官员中拥有广大徒众，因此，三合会对太平天国事业的帮助本来是会有实际价值的。三合会在南方各口岸与外贸有关的小商人和海员间也有不少成员。1853 年，与三合会有联系的叛乱分子竟然攻占了靠近新设租界的上海旧城，并坚守了17 个月，但这时南京的太平军又未能同他们协力作战。太平军也未能在上海森得通商各国的友谊。
太平天国的共产生义。太平天国领袖在社会和经济方面对中国生活进行改组的摸索工作，从他们运用孔子以前的经书如《周礼》里面的古代乌托邦思想这一点可以明显看出。这种方案是中国较早时期的改革家也曾提倡过的。这些古代的经文要求实行一种原始共产主义，其办法是每25 家农户组成一公社，各有其仓库、祠堂和两名主管人员。公社的田地规定共同耕种，就象今天共产党的集体农庄那样。粮食、衣服和钱由大家分享。收获的余粮统归公仓。这种制度似乎只是在太平天国的军事组织里真正实行过，但这也表明他们对平均主义有兴趣。
他们以同样的精神鼓吹按需使用土地而重新加以分配，但这一办法未能付诸实施。他们主张把耕地分为九类分配给人民，16 岁以上50 岁以下的男子得优先分配。同时农业人口也要重新分配。他们打算按这种方式来分配土地和人口，以便大家的生活都过得一样好。这基本上就是一种平均使用土地的政策，使人联想到传统的改良计划。这同日后中国共产党人在实行集体化以前提出的土改主张相似。
太平军领袖在其他方面的社会主张是提倡男女平等。他们猛烈抨击蓄奴、娶妾、缠足、包办婚姻、酷刑和吸食鸦片。这些主张反映了民众的愿望，在以后的几十年中得到了更充分的表现。
他们的军事政策缺乏统一领导。主要的领袖通常各行其是，互相仇恨和嫉妒而不能自拔。1854 年以后他们太偏重保持守势，一再错过有利的战略机会。除洪秀全外，原来起事的所有领袖到后来都被杀或被逐。洪的盲目热忱几乎近于疯狂。在19 世纪印年代初想在新领导下重振旗鼓的企图失败后，洪在1864年南京陷落时自杀。
这次伟大起义虽然有许多潜在的力量和可能性，但其终于瓦解是其初期措施失当的必然结果。它没有争取到儒士和反满秘密会社的支持，因而不可能完成传统式的改朝换代的革命。另一方面，它的宗教太浅薄，它的社会和经济主张太不充分，不足以取代儒家思想。
捻军及其他叛军
在太平天国控制长江下游地区期间，在其北面的淮河和黄河之间的地区出现了几股叫“捻”军的叛乱活动。捻军在华北平原南缘，以有土墙防护的村寨为根据地，照白莲教的传统起事。他们按自己的旗制，组成马队四出劫掠，并接管当地团练来控制他们的根据地。捻军虽无建号称帝的野心，但从1853 到1868 年间，已在一片面积可观的地区内取代了清政府，并掠夺邻近各省的粮食，使清廷大伤脑筋。
官军力图拔除捻军固守的巢穴，屡遭失败。土墙刚夷平，马上就又修筑起来。曾经击溃太平军的儒将们力图不让村民支持捻军，答应保障民众安全，宣布首恶者死，胁从不究。但华北许多地方又爆发其他的反叛。最后这些叛军和捻军终于被拥有现代武器的新建地方军镇压下去。他们建立封锁线，以马队对付马队，切断了叛军马队的粮源和兵源，终于在平原上消灭了那些叛军。在这几次震撼华中和华北的叛乱平息后的余痛期间，中国西南和西北的回民在60 和70 年代又掀起了流血叛乱，这些残酷的斗争现在刚有人开始研究。总而言之，近代中国的改革运动在开头总是按照传统的格局，掀起以农民为基础的叛乱，结果除了造成纷乱和灾难之外，很少有什么成就，留给后世革命者的，只是民众领袖因思想准备不足而失败的惊人事例而已。
儒家政府的复辟
代替叛乱的建设性办法是，恢复旧帝制统治而在某种程度上结合一些西方的办法。1860年清朝似乎即将垮台，因为那时太平天国在长江下游地区重振军威，又有英法联军人侵，攻占北京。然而，就在这个时刻，在年青慈禧太后听政下，起用了新的满族领袖。他们接受了西方的条约体系，支持了各省保守的汉族儒将，到1864 年完成了平定太平军的大业，硬清朝获得一段新的生命。有一小支华洋混合的雇佣军，按中国人的方式号称“常胜军”，先后由一个美国人和英国人（美国塞勒姆城的华尔和英国的戈登）指挥，协助击败上海四周的叛军；但胜利主要是靠中国人取得的。
结果在仍年代出现了十足保守的“中兴”事业，如同东汉成立后或8 世纪中唐大乱后出现的情况一样。在60 年代，传统孔教政府的机器部件得到了能量，又开动起来：一批科举出身、有高度道德原则而又忠于当朝的文官，坚定地把叛乱镇压了下去，并试图在农村经济和大众福利事业上施行仁政。中原各省的秩序恢复了，赋税减轻了，土地又开耕了，学校办起来了，有才能的人被选拔当官了；尽管这只是高级官员在上面提倡，下面基层实际做的并不那么多。中兴的领导人物在以这种方式恢复传统秩序时，也开始实行西化。他们设立火药局、制造局以供应现代武器，修造轮船，翻译西方科技和国际法教科书，并在军机处之下以特别委员会（总理衙门）的形式设立了雏形外交部。他们新建的备有现代武器的省防军和地方军，很快就使农民起义不可能获得成功。他们这些工作得到西方列强合作政策的帮助，而西方列强的帝国主义角逐争雄得到了70 年代才激化起来的。然而，清政府内部这个重新出现的活力终于既显示了中国传统政治形态的力量，也暴露了它的惰性：它是不可能西化的，只能按它自已那一套越来越过时的老规矩办事。如玛丽？ 赖特的研究所指出的，在必然要遭到失败的整个环境下，这次复辟的成功使它成为一项引人入胜的故事题材。
复辟的代表人物是儒将曾国藩（1811 一1872 年）； 他是中国保守派的大头目，一直受人尊敬或谴责。曾忠于清朝，因为它是中国社会秩序的不可分割的部分。他在种族问题上不是现代意义下的民族主义者，而是因袭中国旧传统的抱有爱国热忱的文化主义者。他被栽培成为擅长古文的学者和在京的文官，但在印年代成了地方将领