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对这种情况，刘少奇说：“可以提挖上面的根子，这是群众提出的，是有事实根据的，要好好想一想。在什么时候提，什么时候往这方面引导，要看情况。现在就要搜集犯有严重四不清错误的干部同上面联系的材料。”
刘少奇之所以提出要“挖根子”，实际上与他对社会主义教育运动性质的判断有关。他认为是“四清”、“四不清”的性质，而不是毛泽东所说的是阶级斗争、敌我矛盾的性质。
王光美回河北后，向中共河北省委传达了刘少奇谈话的内容。后来在5月中央工作会议时，刘少奇将这次谈话的要点送毛泽东审阅。
王光美到下面蹲点搞“四清”，掌握的情况毛泽东也很注意听。
王光美后来回忆说：
我参加“四清”每次回北京，主席都问我很多情况，也不是专门的汇报，是在跳舞时谈的。记得第一次回来是12月（1963年），大约在中旬。在一次跳舞时见到主席。主席就问我，桃园是一类队，为什么群众有那么多意见呢？我说可能是上面人支持，还举了干部吃吃喝喝的例子。公社干部带着下面的干部吃，群众都说干部“吃懒了”。讲到这里，主席就说，根子在上面。回来后，我把同主席谈话的内容向少奇汇报了。
看来，刘少奇同王光美说的“挖根子”的问题，也是受到了毛泽东的影响。
于是，刘少奇在“四清”运动中，也逐步转向了“左”的一面：“挖根子”，“挖上面的根子”。
3月27日，刘少奇致信王光美说：“要团结95％的群众，也要团结95％的干部，这是运动和斗争达到的最终目的。要达到这个目的，不能不经过批评和斗争。对于那些违反人民利益、违反党的方针政策，只顾取得少数人的非法利益，而且坚持不改，并企图进行破坏的人，是不能不继续进行坚决斗争的。”
但是，没有多久，刘少奇就改变了团结两个95％的看法。
包括毛泽东、刘少奇在内，党中央领导人对形势的错误估计越来越严重，对运动中的方针政策也越来越“左”。
5月15日至6月17日，中共中央召开工作会议，讨论了农业规划和农村工作、第三个五年计划、政治工作等问题。
在会议上，一些人发言，提出了一些过火的不恰当的意见和措施，也包括刘少奇。
刘少奇首先提出了要修改《后十条》的问题：《后十条》强调发动群众不够，比较多的强调依靠基层干部，强调团结两个95％。于是，基层干部和那些“四不清”的干部，就拿团结两个95％来反对“四清”。
有人说：要在农村社会主义教育运动中“搬石头”，要在城市“五反”中划阶级。
6月2日，刘少奇主持了政治局常委、书记处书记和各中央局第一书记的会议，讨论社会主义教育运动问题。
刘少奇说：“和平演变”已经演变到高级机关中的某些人了，省委、市委都有他们的人。有些地方“四不清”干部对工作队的办法是“喂、顶、拖、混”，要想办法摆脱他们。他们抵抗“四清”就是“反党”，破坏就是“反革命”，要开除党籍。群众没有充分发动起来以前，不能强调团结95％以上的干部、依靠基层。
刘少奇提出，要“追”上面的“根子”。
6月8日，毛泽东召集了一个有部分政治局委员和各中央局第一书记参加的小型会议。
周恩来、彭真先后在会议上谈了运动中暴露出来的一些基层干部蜕化变质的材料。
毛泽东说：“总之，国家有l／3的权力不拿在我们手里；掌握在敌人手里，如白银厂、小站就是搞修正主义。中国出了修正主义，怎么办？”
按照毛泽东后来的判断，他认为是掌握在“走资本主义道路当权派”的手里。
说到这里，刘少奇插话说：“现在下边的问题就是不追上边，恰恰问题就出在上边。抚宁县的农民说，不仅下边有根子，上边也有根子。朝里有人好做官。这句话引起了我们的注意。”
形势被估计得越来越“严重”。毛泽东说1／3的权力不在党的手里，刘少奇说要追上边的“根子”，都对国内阶级斗争形势和干部队伍状况作出了错误的判断，也对于社会主义教育运动的向“左”发展产生了极大的影响。
这幅阶级斗争的图景被“描绘”得越来越黑。
这次中央工作会议后，整个运动明显地向“左”转，而且迈出了很大的一步。
刘少奇逐渐走上了领导“四清”运动的第一线。
7月13日，刘少奇视察安徽时就说：“这个运动是个大革命，实际上比土地改革、合作化，比过去任何一次革命都广泛、深刻、复杂得多，它和过去历次革命不同，非要自己亲自去做不行。社会主义教育运动，既要解决人民内部矛盾，解决四不清，又要开展对敌斗争，还要解决干部参加劳动，这些事情过去都没有解决，解决这些问题比土地改革困难得多。自己不去取得直接经验，就不能领导这个革命。”
这仅仅是刘少奇视察的一个点。1964年7月、8月，刘少奇先后到天津、山东、安徽、江苏、上海、河南、湖北、湖南、广东、广西、云南等地了解运动的进行情况，王光美随行作了“桃园经验”的报告。同时，刘少奇不断发挥毛泽东对形势的估计。
在讲话中，刘少奇除突出强调领导干部要下去蹲点，要追上面的根子直至中央，1/3的政权不在共产党手里外，还特别强调三点：一是《后十条》关于团结95％以上的干部的规定不那么妥当，强调放手发动群众不够，要修改，对农村基层干部开始不能依靠，等问题摸清后才能依靠；二是要扩大“四清”的范围，提出“四清”不只是清经济方面的问题，而是经济、政治、思想、组织四个方面存在的问题，统统要搞清；三是要在运动中集中精力打歼灭战。
但是，当时各省市区的行动，由于在思想上对这场运动的理解方面存在着同中央不一致的地方，就难免在执行中有些力度不够的问题。刘少奇对此非常不满，并在视察过程中一再督促各地加大力度。
当时的江苏省委书记江渭清回忆了刘少奇一次发火的情景：
在刘少奇同志一行抵达合肥后，魏文伯同志来电话向我和省委打招呼。一个总的精神是，刘少奇同志对前一段“四清”运动很不满意。魏文伯同志在电话里说：“渭清同志，你要小心！这次少奇同志脾气大得很。他在山东发了脾气，到合肥发了大脾气。”提醒我要有思想准备，要在刘少奇同志到南京后“注意”。
临他离开南京前夕，我偕同我爱人徐敏，去看他和王光美同志。少奇同志与我个别交谈，严肃地说：你昨天那三个不同意见（即农村“四清”、城市“五反”是有成绩的，基层干部多数是好的，对王光美同志的报告不能盲目执行），是不对的。我坚持原来的看法，这就引起了“顶撞”，少奇同志发了脾气。
显然，刘少奇对运动执行不力很不满，尤其认为党内存在着严重的右倾思想。
8月1日，刘少奇在北京党政军机关和群众团体负责干部大会上作了一个报告。
刘少奇强烈要求负责干部要亲自到农村去蹲点，取得社会主义教育运动的直接经验，“我们的‘四清’、‘五反’，社会主义教育，是一次大革命，是比过去的土改、合作化还要更深刻、更复杂、更艰巨的大革命”，如果负责干部不去蹲点，“就不能领导今后的工作，就不能做领导工作了”。“除开有病的、年老体弱的以外，凡是能够下去的，都应该去参加这个大革命，搞两个典型”。
刘少奇说：
过去一年多的“四清”、“五反”是起了一些好作用的，是有它的成绩的，主要我看是起了煞住歪风的作用，也起了推动生产的好的影响。但是，不论农村也好，城市也好，据我的估计，“四清”、“五反”多数是搞得不深不透，甚至没有搞开，没有入门。过去一年多，我们在这个革命斗争中间打了败仗，不是打胜仗。
现在，我们是在无产阶级专政的条件下来进行阶级斗争的。而阶级斗争现在可以说到处都有。
刘少奇把这种对运动贯彻执行不力，认为是党内的右倾思想所致。
1964年8月5日，中央书记处会议决定：《后十条》修改由刘少奇负责。同时，会议根据陈伯达的提议，中央决定成立“四清”、“五反”指挥部，由刘少奇挂帅。
此后，刘少奇就转向了领导“四清”、“五反”运动。
首先要做的，就是主持修改《后十条》。
8月5日当天，刘少奇带毛泽东秘书田家英赴广州修改《后十条》。行前，田家英请示毛泽东对《后十条》的修改有何意见。
毛泽东说了两点：第一，不要把基层干部看得漆黑一团；第二，不要把大量工作队集中在一个点上。
在飞往武汉的飞机上，田家英把毛泽东的意见转告了刘少奇。
抵达广州后，8月11日，刘少奇在听取广东省委汇报时，再次强调说：“现在党内严重右倾相当普遍。我过去怕讲右倾，有顾虑。回去向主席汇报后，主席说不要怕‘左’，半年总结一次。后来在北京作了一次报告，不戴右倾的帽子，实际上全是反右的。”
但是，刘少奇接着就说：“但是要掌握火候，掌握火候者，就是防‘左’。”
自8月11日至20日，刘少奇在广州10天，主要修改《后十条》。《后十条》由田家英执笔，刘少奇最后修改定稿。修改时，刘少奇加写了一些十分尖锐的语言。
16日，刘少奇致信毛泽东，汇报了湖北、湖南、广东视察的情况和在农村社会主义教育运动中出现的问题，并对社会主义教育运动的进一步开展提出了一些全局性的意见。
刘少奇在信中说：中南各省准备每一个县搞一个区或一个相当于区的公社，这样分散进行能否搞深搞透是难于保证的。我已向湖北、湖南建议把各县工作队集中到地委，省委工作队也分到各地委，在省委、地委领导下集中搞一个县，县以下各行各业和城镇的“五反”也同时进行，这样“一个县可以集中工作队员数千人上万人，声势浩大”，“力量集中，领导加强，便于打歼灭战，便于掌握运动的火候”。改变过去“以县委领导为主”的方法，把工作队集中起来。同时，“中央各机关也抽出人来组织工作队，在北京进行初步训练和准备，然后分到各大区的若干省，再由省分到几个县，由省委领导。”
18日，毛泽东复信刘少奇：“8月16日来信收到，我于昨天看了一遍，觉得很好，完全赞同。今天即与中央各同志商量，照此办理，迅速实行。十月会议还应该讨论此事一次，取得一致意见，统一党内思想。8月中旬至10月中旬，中央、省、地、县委、各中等城市市委以两个月时间，即照你的办法，立即训练工作队，以利秋冬实施。”
这实际上把“四清”运动的规模更加扩大了。中央工业、交通战线的16个部、局共抽出3901人，占干部总数的26％，其中正副部长、司局长分别抽出34％、31％。
据当时中组部部长安子文掌握的数字：全国下�