5月29日，刘少奇、周恩来、邓小平召集中央有关部门开会，研究怎样处理现在越来越乱的局面。决定：由中央文革小组组长陈伯达带领临时工作组，到人民日报社掌握报纸版面，并指导新华社和中央人民广播电台的对外新闻；由中共河北省委书记处书记张承先带领华北局工作组到北京大学领导文化革命。
周恩来马上到隔壁房间打电话，向在杭州的毛泽东请示。毛泽东表示同意。
5月30日，刘少奇、周恩来、邓小平三人联名向毛泽东发出请示电报：
我们今日开会讨论，拟组织临时工作组，在陈伯达同志领导下，到报馆掌握每天的版面，同时指导新华社和广播电台的对外新闻。在京工作组人员拟于5月31日即进报馆工作。吴冷西和其他副总编辑的职务暂时不动。内部整风学文件，也可以继续写大字报，但一部分态度较好、愿意积极工作的编辑人员，要集中力量，维持每日版面。在报纸版面改观后，再进一步解决内部问题。这种措施是否恰当请速指示。
毛泽东当夜即回电批示：“同意这样做。”
6月1日，“文化大革命”中第一个工作组，在陈伯达率领下，进驻人民日报社。
6月3日，刘少奇紧急召集中共中央政治局常委扩大会议，出席会议的，除在京的中央政治局常委刘少奇、周恩来、邓小平外，还有中央有关方面负责人和“文革小组”、北京市的负责人。
刘少奇主持会议。会议提出了布置学校工作的八条要求：（一）大字报要贴在校园内；（二）开会不要妨碍工作、教学；（三）游行不要上街；（四）内外区别对待，不准外国人参观，外国留学生不参加运动；（五）不准到被揪斗的人家里闹；（六）不准打人、污蔑人；（七）注意保密；（八）积极领导，坚持岗位。
新成立的北京市委的书记李雪峰最后说：“有的学校领导瘫痪了，领导不起来，就派工作组进去领导。希望团中央、中组部组织人力帮助。”
会议同意北京市委的意见，向北京市一些大学、中学派驻了工作组，到各学校传达和贯彻八条要求。
刘少奇说：社会主义文化革命已是高潮，要使北京市大中学校有良好的秩序，把学生很快地组织起来，走上轨道。
这样，在刘少奇的指导下，中共北京市委在团中央、中组部的协助下向北京的各单位及各学校派驻了工作组。
6月1日晚，张承先率工作组进驻北京大学。
这一消息很快传遍北京市，各学校、各单位纷纷要求派驻工作组，从6月5日起，北京市委在中央同意后加快了派驻工作组的步伐。全国各省市及中央单位也纷纷仿效北京市的做法陆续派出工作组。
但形势继续下滑，没有止住的迹象。
6月9日，刘少奇、邓小平、周恩来到杭州向毛泽东汇报工作并讨论进一步领导运动的方针。毛泽东在听汇报时模糊地说了一句：“派工作组太快了并不好，没有准备。不如让它乱一下，混战一场，情况清楚了再派。”
但是，这时大部分工作组已经派出。
紧接着，10日至12日，毛泽东主持了两次会议，讨论“文化大革命”的问题。
毛泽东说：“文化革命是政治斗争。”
刘少奇说：“学校如何搞法？有的是夺权，有的是批判学术权威，然后就搞教学制度改革，解决考试和教材等一连串的问题。城市工厂和农村文化革命运动，是不是同四清结合起来搞。”
毛泽东没有提出明确的答复。会议也没有形成具体安排的决定。
刚刚回到北京，刘少奇就了解到在中央文革小组的支持下，北京的形势愈演愈烈。
6月14日，刘少奇、邓小平召集了中央政治局常委扩大会议，传达杭州会议精神。
刘少奇说：“（中学）工作组是团中央派的，有的是好的，能与学生三同，同吃、同住、同工作，不好的应该撤回”，“工作组派下去被赶回，证明他不行么，乱就好么！”
6月18日上午，北京大学部分学生擅自揪斗了40多名所谓“黑帮”、“反动学生”。工作组组长张承先严肃批评了这种违法乱纪的乱批乱斗的行为，并主持将这一事件的经过和处理情况编印成《北京大学文化革命简报（第九号）》，呈报北京市委。北京市委立即把该件上报刘少奇等人。
6月19日，清华大学出现公开驱赶工作组情况；北京师范大学也贴出了反工作组的大字报，并正在酝酿新的更激烈的行动。
形势有失控的危险。
刘少奇对家人说：“这是全国大分裂的开始，不可忽视。后面可能有高级干部。”
6月19日，刘少奇让王光美去清华大学作为校工作组顾问，了解情况，并及时汇报。
6月20日，刘少奇又将《北京大学文化革命（第九号）》转发全国，并在批语中指出：“中央认为北大工作组处理乱斗现象的办法是正确的，及时的。各单位如果发生这种现象，都可参照北大的办法处理。”
同一天，刘少奇同北师大一附中工作组的同志谈话：“现在人家向你们进攻，人家向你们采取攻势了，这好嘛，敌人出来了，这个蛇出洞了，你消灭它就容易了。”
6月21日，刘少奇又一次召集中共中央政治局常委扩大会议，部署对运动的领导，指出：要划一个界线，不要把什么人都说成是黑帮；不要党的领导、中断党的领导是不好的，大部分党委是好人嘛，不要打倒一切；运动的整个过程，要抓生产、工作、生活，恢复星期日，注意劳逸结合，注意反革命的破坏；要用《二十三条》的精神，禁止打人、侮辱人和变相的体罚；就是当权派、黑帮，也允许他们改正错误，给出路。
经过这几次会议，中央对运动的领导开始逐步有所控制，各学校、单位的日常教学、工作、生活秩序开始恢复，社会又逐步走向安定。
安定，能符合毛泽东的想法吗？他的想法是由“天下大乱”达到“天下大治”的。
毛泽东的态度急转直下。
毛泽东在南方巡视了近8个月后，于1966年7月18日回到北京。
当天，他就听取了“中央文革小组”的汇报，并看了“中央文革小组”报送的一些材料，对北京的“文化大革命”形势非常不满，但还没有在派驻工作组问题上表态。
但是，刘少奇去汇报工作时却吃了个闭门羹。
这难道不是毛泽东的一种态度吗？
7月19日，刘少奇主持中共中央政治局常委扩大会议。陈伯达提出撤销工作组，“工作组不会比学生高明，工作组都自称是党中央、毛主席派去的。有的工作组整学生。”
邓小平当即反驳说：“对工作组要正确估计。我们对这样的运动没有经验，他们也没有经验。坏的工作组可以先撤，好的工作组可以保留，代理党委工作。”
刘少奇说：“工作组有好的，有坏的，他们在第一线，有他们的辛苦，要求不能过高。现在是如何帮助他们、教育他们、总结工作经验。学生中间认识不一致，行动不一致，可以再辩论一个时候，取得经验再向黑帮进攻。”
22日，刘少奇再次主持中央政治局常委扩大会议，指出：多数工作组是好的，还是教育帮助，改正错误。赶工作组，有的不应该赶。
陈伯达、江青等人所主张的撤销工作组的意见在这次会议上受到大多数中央领导人的抵制。
在八届十一中全会8月5日的一次小组会上，江青谈到这一情况时说：
22号晚上胡克实同志汇报说：“已经走上正规了。”这次汇报会雪峰同志参加了。我们的组长、顾问没有发言权，讲一句话就被打断。这次汇报会共用了5个多小时，薄一波、陶鲁笳却讲了3个多小时，他们的锋芒完全针对学生的。他们有充分的发言权。
但是，正如林彪说的“背靠大树好乘凉”，“中央文革小组”的“大树”就是毛泽东。
7月24日、25日，他同各中央局书记和中央文革小组成员谈话，严厉批评了工作组：有这么一段，运动冷冷清清，就是6月20号左右以后，有许多地方冷冷清清；工作组一不会斗，二不会改，只会起阻碍运动的作用，都要把它撤出来。最近一个月，工作组是阻碍群众运动。阻碍革命势必帮助反革命，帮助黑帮。工作组捣了很多乱，要他干什么？
对此，刘少奇没有表示什么不同的意见。他服从了毛泽东的决定。
26日，中央政治局常委扩大会议决定撤销工作组。27日，中央文革小组起草了撤销工作组的决定。28日，根据毛泽东的指示，中共北京市委下达《关于撤销各大专学校工作组的决定》，同时这一决定“也适用于中等学校”。
29日，人民大会堂，人头攒动，来自北京市的万余名师生正在听刘少奇、周恩来、邓小平、李雪峰等人的讲话。大会宣布了中央的决定：撤销工作组。
刘少奇的心情同其他领导人一样，都有一种“老革命遇到新问题”的感觉。
形势发展了，自己却落后了。
这就是“很不理解”。
刘少奇对派驻工作组问题代表中央承担了责任，并宣布中央决定撤销工作组，同时向同学们表达了自己的迷惑不解的心情：
至于怎么样进行无产阶级“文化大革命”，你们不大清楚、不大知道，你们问我们怎么革，我老实回答你们，我也不晓得。我想党中央其他许多同志、工作组的成员也不晓得。主要是靠你们各个学校广大的师生员工在革命的实践中间来学会革命。
我现在要讲一句老实话，包括我在内，我们现在只能向你们学习，只能听取你们的意见，不能提出什么意见来帮助你们，我们不了解情况。
整个会场鸦雀无声。人们都在静静地倾听着共和国主席、党中央副主席那茫然无措的话语：
怎样革命，现在只能讲一句话，放手发动群众，依靠广大的群众，依靠革命的同学、革命的教师、革命的员工。团结广大的群众，放手发动他们进行革命。更具体的方法你们不知道，我也不知道。现在，北京各学校的“文化大革命”已经有两个多月，你们知道的比我们多，我们要向你们学习。你们现在有饭吃，吃饱了又不上课，党中央决定半年不上课。半年不上课干什么？干革命，专门干革命。在这半年中间你们可能取得很大的进步。我们也可以跟着你们学习一些。
刘少奇不得不对撤销工作组一事提出赞成的意见：
过去曾经派工作组，刚才雪峰同志、小平同志、恩来同志都讲了，派工作组是中央决定、中央同意的。现在发现，工作组这个方式不适合于当前无产阶级“文化大革命”运动的需要，中央决定撤销工作组工作队员过去这一段时间的工作是在你们学校里面做的，他们犯了错误或者做了好事，是在你们学校里面做的，成千上万的人看到了，你们都清楚。
对运动的后果，刘少奇此时不可能预见到。但是，他还是以商量的口吻，向同学们提出了一个建议：
根据最近运动中的经验，我只是提一点建议。就是你们在运动中间要保护少数，保护那些意见不同而占少数的人你今天是多数，经过辩论之后，明天可能变成少数。你在这个问题上是多数，在另外的问题上你又是少数。不只是错误的意