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他任命杨愿公为民政厅长，吕一夔为财政厅长，林伯棨为省府直辖军务处长。其它教育、司法、实业等暂设科办理。上任伊始马君武便雄心勃勃，励精图治，提出禁烟、禁赌，整顿金融、发展实业、兴办教育、修筑公路、建立新军等改造广西的计划。
他上任的第二天，南宁商会便派代表到省长公署见他，代表说道：
“马省长，陆荣廷逃离南宁时，已将广西银行的现金席卷一空，银行早已关了门。原来陆荣廷发行的纸币，票面己跌到三、五成，起落无定，我们请求马省长给予维持原票面值。”
“不行！”马君武断然地说道，“广西银行过去发行的纸币一律按照票面五成行使。省款、地方款一律按照规定收支，严禁低价操纵！”
商会的代表刚走，又有几位南宁市民来到省长公署门口鸣冤叫屈。马君武命人把他们带到办公室来，询问他似有何冤屈。
一位市民答道：“禀告省长大人，粤军进入南宁后，烧杀抢劫，小民的一间店铺，昨晚被粤军抢劫一空，请大人为小民做主，迫回财物，……”
另一位市民接着说道：“禀告省长大人，小民的一位女儿，昨日黄昏后被粤军抢走了，至今生死不明……”
马君武听了两条浓眉一竖，拍案而起，愤然说道：“竟有这等事！”
那几位禀告的市民一齐跪下道：“小民所告，俱是事实，如有半点捏造，甘受制裁！”
“这是土匪行径，强盗所为！”马君武又拍了一下桌子。
“陆荣廷当政时，尚未有这等事……”一位胆子大些的市民自言自语地又说了一句。
“你们先回去，我去找粤军总司令陈炯明，要他下令追查，勒令粤军退财、放人！”马君武毫不含糊地说道。
“省长恩典，小民没齿不忘！”几位市民又作揖又打拱，千恩万谢地退出了省长公署。
马君武也走出了办公室，出得省长公署，上了轿子，直往麻雀巷走去。进了那座显赫的公馆，陈炯明已在大客厅外迎候了。
“陈总司令，鄙人上任伊始，便接到几起市民告发贵部在邕的不轨行为，乞望约束贵部，与民休养生息……”马君武刚坐一下，便直言道。
“哦，这等事，我也曾听说过。”陈炯明一边慢摇着他那把檀香骨大折纸扇，一边斜视着马君武，“嗨，难呐，马省长，谁叫陆荣廷把我们广东弄成那个样子呢？弟兄们心中的怨气，实在难以消除啊！我给你讲个小小的笑话吧。”
马君武听陈炯明这么说，心中已极大不快但仍忍耐着，照他过去的脾气，他早就要给陈炯明两手杖的。民国二年三月，在孙中山召开的一次会议上，宋教仁反对起兵讨伐袁世凯，马君武大怒，指责宋教仁为袁的说客，出卖革命，说着几步奔上前去，挥拳击伤宋教仁的左眼。民国六年二月九日，在国会讨论对德宣战提案的会上，国民党议员猛烈抨击段祺瑞内阁，但国民党议员李肇甫却赞成对德宣战，马君武拍案而起，大呼：“放狗屁！”说罢挥舞手杖，狠狠地叩打了李肇甫两棍。现在听陈炯明这番类似“放狗屁”的话，马君武怎能不怒火中烧，他那双眼睛已经燃起了怒火，两只脚不停地搓着地板，那根手杖被右手攥得紧紧的。
“陆荣廷的大舅子谭浩明的参谋长名叫陈继祖，家住贵县，在广东搜刮了大宗财富，在本县修了座大洋楼，刚刚竣工，我粤军就打到贵县了。当然这座大洋楼结果是遭到了破坏。事后，我曾下令追查，但是部下却报告道：‘总司令，那洋楼上写着一行字，怎好追查？’”陈炯明象个说书人似的，在故意卖弄关子：“马省长，你道那墙上写的是什么字？”陈炯明顿了顿，用眼斜视了马君武一眼，接着说道：“那墙上的一行字原来是一位粗通文字的士兵写的，他写道：‘你凭仗陆荣廷的势力到我地广东去铲地皮，回来建筑大屋，你现在也不得住，等老子来开张。’嗨，这都是些无知的士兵所为。马省长，我这当总司令的如何约束得住？还有，”陈炯明又瞟了马君武一眼，说道，“桂军驻防广东时，军中曾有一句流行话，就是桂军每到一处，官长就对士兵说：‘弟兄们，有鸡劏鸡，冇鸡丢害！①’……”
①“丢害”粤语意即玩女人。
“叭！”地一声，马君武挥动手杖，狠狠地劈了下去。陈炯明一怔，本能地跳了起来，他是深知这位怒发冲冠手下无情的马博士的厉害的。只不过，马君武的那一杖却并没有向陈炯明身上劈去，而是打在那铺着青砖的地面上。马君武圆睁双眼，怒不可遏，指着陈炯明道：
“陈总司令，孙大总统命令你率粤军入桂讨伐强盗，救斯民于水火，没想到撵走了陆荣廷这班强盗，又来了一些新的强盗！”
马君武说完，提着手杖，头也不回地走出了陈炯明的客厅。
过了两天，马君武任命到贵县去当县长的贵县人梁世昌狼狈地跑回来向他报告道：
“马省长，这……这太不象话了！他们粤军眼里根本就没有省府和马省长！”
“怎么回事？梁县长，你慢慢说嘛！”马君武十分诧异地问道。
“说起来气死人，马省长！”梁世昌十分愤慨地陈述道。
原来，梁世昌奉命接任贵县县长时，其时驻贵县的正是粤军的游击司令杨坤如，杨知道梁世昌是马君武所委任的，事前没取得他的同意，因此暴怒起来，拍着腰上的手枪说道：“马君武算个什么东西，他不先问问我腰上的家伙，就敢任命县长！姓梁的如果来，我就把他的头扭转向来，看他是怎样！”杨坤如说完，便派兵到水筏上等候南宁船泊岸，准备逮捕梁世昌。好在梁世昌的家人和朋友探知这个消息，预先派人雇艇到上游离城十里的独山旁边，等候南宁船开落，便急过船通知梁世昌，先行逃避，船到贵县时，杨部军士上船搜查，找不到梁世昌，这才了事。
听梁世昌这么一说，马君武气得连话都讲不出来，只是倒提着手杖，在办公室里走来走去。梁世昌见马君武不说话，忙说道：
“马省长，写状子到广州找孙中山大总统，告他们去！”
马君武放下手杖，两手扶着杖柄，好久才说道：“中山先生，也有他的难处啊！我们何必去打扰他，我只要在省长任上一天，就鞠躬尽瘁，为广西民众做些有益的事情，别的，也就管不了许多了！”
这一夜，马君武由他的爱妾彭文蟾陪伴着，独自喝闷酒，长叹短吁，竟至半夜。
半夜里，马君武上床刚睡去，一阵粗暴的喝叫声、打门声、急促的枪声，把他惊醒。文蟾虽是位弱女子，却倒镇静，她一边摸黑穿衣，一边问道：
“君武，这是怎么回事？”
马君武穿好衣服，戴上眼镜，仄耳细听，答道：
“恐是士兵闹饷哗变，你在屋里等着，我去喝退他们！”
马君武虽是文人出身，但追随孙中山革命多年，危险场面也自见过，加上他秉性刚直，不良强暴，因此在危急时刻，能镇静如常，不为暴力所屈。在广州总统府时，他曾亲眼看见孙中山大总统处理一起伤兵闹饷事件。那一日，他正随孙大总统在总统府办公，忽报一群伤兵持枪闯进总统府闹饷，吓得府中上至部长下至阁员无不惊慌失措。有人主张急调部队将这伙伤兵包围消灭，但孙大总统不同意。他从容地提上手杖，走出办公室，来到院中，亲切地接见伤兵们，问暖问寒，慰勉有嘉，伤兵们深受感动，一齐高呼：“孙大总统万岁！”然后散去。
马君武因估计是士兵闹饷哗变，便提着手杖，开门出来准备说服制止。刚出得房门，正遇省府卫队长匆匆而来，慌张地报告道：
“马省长，粤军已经包围省署，扬言要收缴我们卫队枪械！”
“岂有此理！”
马君武气得用手杖戳得地板咚咚直响，他直奔办公室，抓起电话筒就给粤军总司令陈炯明打电话。可是，摇了半天，对方却无人接电话，马君武将电话筒“乒”地一声摔在桌上。卫队长跑进来报告道：
“粤军已砸破省府大门，冲进大院，马省长，他们欺人太甚，我们拼了！”
“拼什么，把枪交给他们！”马君武冷冷地说道。
“马省长，弟兄们都气不过……”卫队长极不情愿地说道。
“还不快把枪交出去，”马君武向卫队长厉声喝道。
“是！”卫队长出门执行任务去了。
院子里，到处是粤军，有的鸣枪吼叫，有的骂着“丢那妈”，四周的围墙上都架着机枪。卫队长看了方知马省长命令他交枪的原因，实是寡不敌众，进行抵抗只有徒遭牺牲。
办公室里的电话铃响了，马君武拿过话筒，里边传来陈炯明阴阳怪气的声音：
“马省长，你受惊了！”
“为何半夜三更打上门来，缴我卫队枪械？”马君武怒气冲冲地喝问道，“这不是强盗行为又作何解释？”
“马省长，请别见怪，你的卫队乃是由桂军改编过来的，有人向我密报，说他们私通陆、谭，欲谋害你马省长，然后发动政变，夺取省府机关。为了保障马省长及僚属之安全，严惩不轨之徒，我特令粤军以迅雷不及掩耳之势，夤夜行动，收缴阴谋叛变之卫队枪械，遣散他们，此举乃是实不得已而为之，望鉴谅。”
陈炯明在电话中解释着，但马君武却冷冷地说道：
“军人横行，武人侵政，辛亥以来中国早已司空见惯。我虽身为一省之长，但甘愿作全省民众之公仆，公仆何须卫队？陈总司令不必介意，几支破枪，尽管拿去好了！”
马君武说完，便断然撂下电话筒，背着双手，在室内不停地踱步，直到天亮。用过早餐，他命人把省府实业科长请来，对他说道：
“我决定从南宁到蒲庙修条公路，你准备一下，后天随我去进行实地勘测。”
实业科长听了不由大吃一惊，说道：“省内不靖，何能修路？再说，经费从何而来？税收皆被粤军霸占……”
马君武把实业科长拉到地图前，指着地图说道：“陆荣廷治桂十年，省内还算安宁，桂军长期占领广东，收刮了不少民脂民膏，但他只修了一条由自己家乡武鸣到南宁的公路，供他专用，其他实业建设，则一片空白。如此说来，纵使天下太平，府库充裕，如不为民众谋福利，又何能谈实业建设？”
实业科长点了点头，马君武又道：“诚然，省府经费拮据，陆、谭逃出南宁前，已将金库席卷一空。粤军入桂，霸占税收，省内贫瘠，经此变乱，民不聊生，实业建设，经费难以筹措。幸我由广州赴桂时，多得孙大总统支持，亲自批给我数万元毫银作开府之用，目今尚未动用，我欲将这笔钱用来修筑公路，也算对省内实业建设尽了绵薄之力。别的方面，虽百废待举，但我心有余而力不足了！”
实业科长深受感动，遂告辞回去作准备去了，第三天，马君武头戴凉帽，身着中山装，足登博士布鞋，持根手杖，亲自率领勘测人员出发了。说起勘测人员，也是可怜。陆、谭治桂，提倡武力扩张，扩军备战，侵略邻省，但对省内文化教育及实业科技人材之培养，则毫不重视。实业科长费了九牛二虎之力，也找不到一个工程师，只觅得几个能写�