有更正弊政的心志，乃致书吴充，陈述救济时弊的方法。司马光书云：自新法之行，中外汹汹，民困于烦苛，迫于诛敛，愁怨流离，转死沟壑，日夜引领，冀朝廷觉悟，一变敝法。今日救天下之急，当罢“青苗”、“免役”、“保甲”、“市易”，而息征伐之谋。欲去此五者，必先别利害，开言路以悟人主之心。
今病虽已深，犹未至膏肓，失今不治，遂为痼疾矣。
吴充得书，颇想照司马光的意见，请神宗罢除“青苗”、“免役”、“保甲、”市易“诸新法，广开言路以征求多士意见。蔡确听得，暗吃一惊，若是罢免了这些新法，引进忠良，他便要像化子没了蛇弄，不能再有饱饭吃，忙向吴充道：”这些新法怎能变更得呢？皇上费了多少勤劳，才得到今日的成绩，我辈好意思请求他废掉吗？而今只有萧规曹随，遵守前制，才是继往开来的善策。若一更变，便惹万代骂名了！“吴充听了，惧怕起来，不敢采用司马光的建议，仍旧履行新法。因此，王安石虽然罢了相位，新法却是一点也没有变更什么。
忽一日，中丞李定，御史舒亶，劾奏知湖州苏轼，怨望朝廷，毁谤君父，交通戚里，诚属大不敬，请严格究治。神宗大怒，降诏逮苏轼入都，下付台狱。原来苏轼前因论新法不便，谪贬杭州后，再徙于徐州，不久又徙湖州。他一路游山玩水，放情诗酒，消磨他郁郁不得志的烦恼岁月，也尝借着吟咏讥讽朝政。摘句如次：咏青苗云：赢得儿童语音好，一年强半在城中。
咏水利云：东海若知明主意，应教斥卤变桑田。
咏课吏云：读书万卷不读律，致君尧舜终无术。
咏盐禁云：岂是闻韶解忘味，迩来三月食无盐。
像这一类的诗歌，不胜枚举，原不过诗人一时感触，发为吟咏，并不是真个存着什么大不敬的心思，怨谤君父。李定、舒亶一班小人，便把这个指作苏轼怨谤君父的证据，硬加他大不敬的罪名，要把他处死。神宗一时也被谗言所蔽，以为苏轼真个是逆臣。可巧被曹太皇太后知道了，召神宗进去问道：“听得现在诏逮苏轼下付台狱，苏轼究竟是犯了什么罪案啦？”
神宗对答道：“苏轼怨望朝廷，毁谤君父，犯着大不敬的罪名。”曹太皇太后惊道：“果然吗？苏轼何至于是呢？有证据么？”神宗对道：“有的。”即把苏轼作的诗歌，像前面摘出的，举诵数首作证。曹太皇太后听了，侧然道：“这个可作证据么？
就这种无理的证据，就可认定苏轼是大不敬，要将他处死么？
须知文人制作诗歌，乃是一时的感触，并非有什么成见；就是有一二讽刺朝政处，这乃是诗人应有的态度。诗三百篇，不多是含着讽刺的吗？人君不能因而嘉念诗人忠君爱国的苦心，改善一切，反要罗织成罪，处以极刑，岂是人君慎狱怜才的道理？
当初苏轼兄弟初入制科，仁宗皇帝便重视他二人的才学，欣慰道：“朕为子孙得到两个好宰相了！‘而今诸人之指控苏轼，不是忌才，便是挟仇，不可不加熟察！”神宗恍然，唯唯受教而退。吴充及同修起居注王安礼，亦上奏替苏轼解辩，神宗遂决意宽贷苏轼。王珪听得神宗要赦苏轼，忙再举苏轼的《咏桧》诗二句入奏。诗句云：根到九泉无曲处，世间惟有蛰龙知。
王珪奏道：“苏轼这两句诗，显然是不臣的表证，若不严行谴责，将来把什么儆示后人呢？”神宗道：“卿何吹毛求疵一至于此！苏轼这诗，他自咏桧，何干朕躬呢？”王珪又奏道：“苏轼确系不臣，陛下必当重处才是。”神宗怫然道：“卿想使后世讥议朕不能容才么？”王珪才吓得不敢再奏了。舒亶又奏附马都尉王诜辈，与苏轼交通声气，朋比为奸；司马光、张方平、范镇、陈襄、刘挚等，亦与苏轼隐相联络，同一举动，都非严办不可。神宗不听，但从轻发付，谪苏轼为黄州团练使，本州安置；苏辙、王诜连坐削职；张方平、司马光、范镇等二十二人，罚锾而已。一场文字狱，总算因曹太皇太后几句话，未曾小题大做，便轻轻地解决了。
苏轼奉旨出狱，即赴黄州治所。到了黄州，苏轼还是豪放如昔，常手策行杖，足登芒鞋，与田父野老，徜徉山水，载酒携琴，引朋挟妓，优游取乐。就东坡建筑一小室，满贮图书，作为居住的地方，自号做东坡居士。这所房子，虽系竹篱茅舍，却是精雅绝伦，净几明窗，古香古色。他常到人家饮酒，半夜才归。他的家僮都睡着了，他敲了半日门还是敲不开，便站在门前听听江流的自然音调，停一会再敲。怎见得？有《临江仙》为证。词曰：夜饮东城醒复醉，归来仿佛三更。家僮鼻息已雷鸣。敲门都不应，倚杖听江声。长恨此身非我有，何时忘却营营？夜阑风静縠纹平。小舟从此逝，江海寄余生。
苏轼此时，还喜欢听人讲鬼，遇到人家没得说了，便道：“你只瞎说一回就是。”这是何等有趣的事啊！他的职位虽然是在官，而行径却异常浪漫，好像无拘无束的一般；每遇宴集，谈笑终日，一无倦容；间若醉后挥毫，真行参半，闳幽粲落，峻厉绝世。原来他的书法，少时习兰亭，后来又学颜鲁公，所以越加超妙了。当时那些营妓，见他不甚惜墨，争着跑来索题索书，拿回去增光斋壁。因此，苏轼的文名，益加洋溢起来。
神宗后来也爱他多才，想起用他作史馆修撰，终被王珪等多方阻扰，未果实行，只将他移徙于常州。这是后话。
神宗在十一年时，改元作元丰，此时已是三年了。忽曹太皇太后违豫，神宗乃与曹太皇太后弟曹佾同进慈寿宫省问病状。坐了一刻，神宗先起告退，意思想使曹太皇太后姐弟略叙私衷。不料神宗刚离座起，还未退出，曹太皇太后遽命曹佾道：“今日许尔进宫，已是偏在姐弟情分上，格外加恩的。尔当知道，此地不是尔得独留的，快随官家一同出去。”曹佾听了，连忙随了神宗出来。原来曹太皇太后一向不许曹佾入宫，也不许他干与国政。今日乃是神宗见得曹太皇太后病势不比往常，固请懿旨，才允许他入宫一面，毕竟不许他久留，可见曹太皇太后遵守宗法，虽属骨肉至亲，丝毫不肯宽假咧！过了两日，曹太皇太后的病益剧，神宗侍疾寝门，衣不解带，通宵守候，毫无倦容。最后一日，曹太皇太后自知将长辞斯世了，乃命宫女扶起，亲启金匮，取出章奏一束，亲手固封，付与神宗道：“待我死了开看，但只许儿自己明白此中故事，断不可因此罪人！”神宗含泪接收了。曹太皇太后又提笔写“博爱亲民”四个大字，作飞白书，笔势飞动，有游龙行空的气概，写完，钤盖慈寿宫宝，赐与神宗道：“这四个字，就抵得千言万语的遗嘱了，儿善体我的意思吧！”神宗忙跪下接受了，泣对道：“儿臣敬遵懿旨！”曹太皇太后听了，心甚欣慰，即命神宗起来。
神宗遵命起来，侍立一旁。曹太皇太后乃复卧下。停了一会，忽问宫女道：“今日是什么日时了？”宫女奏答道：“今日是十月二十日。”曹太皇太后颔首道：“呵！”又自语道：“只此日来，只此日去，免烦他百官。”说毕遂崩。原来这日乃是太祖皇帝大忌日，曹太后死在此日，省得别日立忌，使百官有司有奉慰行香的麻烦。当下神宗号啕恸哭，宫廷内外，齐放悲声。神宗哭了一会，群臣劝止。神宗乃启开曹太皇太后所授与的密缄观看。神宗阅罢，把它收在怀中，复又放声大恸，经群臣百般劝慰，才渐渐止住。你道曹太皇太后这封密缄里所藏的章奏，是议论的什么事情，神宗看了要这等哀恸？原来不是别的章奏，乃仁宗皇帝立英宗皇帝作皇嗣时，群臣谏阻的章奏，所以神宗看了要这等恸哭。神宗果然遵着曹太皇太后遗命，不追咎这些臣子，只自己感戴曹太皇太后的慈德，尽礼尽孝服丧。
于是尊谥曹太皇太后做慈圣光献；推恩曹氏，进曹佾中书令，官家属四十余人。曹佾及家属等，亦能遵慈圣光献遗志，虽蒙恩宠，无敢不谨的。慈圣光献丧事办毕，不觉又是三年六月了。
神宗因得自太祖皇帝开国以来，所有官制，多因袭唐朝，不过稍有异同罢了。太师、太傅、太保，三师；太尉、司徒、司空，三公，不常置。以同平章事为宰相，参知政事为副，中书门下，并列于外，别在禁中设置中书，与枢密院对持，文武两柄，号做二府。天下财赋，悉隶三司。所有纠弹等事，属御史台掌管。至若尚书令、侍中、中书令，三省；吏、户、礼、兵、刑、工，六部；太常、宗正、光禄、卫尉、太仆、大理、鸿胪、司农、大府，九寺；国子、少府、将作、军器、都水、司天，六监等，往往由他官兼摄，不设专官。草诏归知制诰及翰林学士：知制诰掌外制，翰林学士掌内制，号做两制。修史属三馆，便是昭文馆、史馆、集贤院。首相充昭文馆大学士，次相或充集贤院大学土，有时设置三相，即分领三馆。馆中各员都称学士，一经此职，遂成名流。又有殿阁等官，亦分大学土及学士的名称。这些概无定员，大半由他官兼领虚名而已。
乃诏中书详定官制，设详定官制局，命翰林学士张藻，枢密副承旨张诚一主办这事。九月，官制议订完毕，凡旧有虚衔，一律罢去，改为官阶。自开府仪同三司至将仕郎，分作二十四阶。
领侍中，中书令，同平章事等名，改为开府仪同三司；领左右仆射，改为特进；自是以下，易名有差。至此，宋朝才有了一定的官制。神宗因谓执政道：“新官制将行了，朕的意思，以为新旧两派人物，宜并行引用才好。”指御史大夫道：“这个官职，非用司马光不可。”王珪、蔡确听了，相顾失色。怎么唤做新旧两派呢？新派就是指维新的一派。这一派，奉王安石为首领，王珪、蔡确对于政治的观念，统是以王安石的政治观念为依归，系属于新派。旧派就是指守旧的一派。这一派，以富弼、文彦博、司马光一班人为首要。还有道学一派，以胡瑗、周敦颐、孙复、程颢、程颐、邵雍、张载一班人为首要，政治观念与旧派同，都是主张守旧的。世称胡瑗作安定先生，孙复作泰山先生，周敦颐作濂溪先生，邵雍作康节先生，张载作横渠先生：诸人已先后死了。因为新旧两派是极不相容的，如果司马光见用，势必连类同升多人，大减新派的势力，且将摇动新派的政治地位，所以王珪、蔡确听了神宗说要用司马光，不由得要陡吃一惊。这时吴充已退职，王珪居首相，遂与蔡确商定个计策，荐俞充知庆州，使他上“平西夏策”，引得神宗专心戎事，便不召司马光。神宗乃任王珪为左仆射、兼门下侍郎；蔡确为尚书右仆射、兼中书侍郎；章惇为门下侍郎，张璪为中书侍郎，蒲宗孟为尚书左丞，王安礼为尚书右丞。更命冯京为枢密使，薛向、孙固、吕公著为枢密副使，诏民畜马，拟从事西征。不久冯京、薛向并罢去，即命孙固知枢密院事，吕公著、韩缜同知枢密院事。
忽知庆州俞充上奏，称夏将李清，本属秦人，曾劝西夏主李秉常以河西的地方来归。李秉常的母亲梁氏知道这事，立即把李秉常幽囚着，把李清杀了。这桩事件，我朝应兴兵问罪，此是千载一时的机会！神