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尽管如此，我第一梯队的3支登陆部队在25日凌晨2点分别登陆成功。左翼244团在金门岛蜂腰部北岸琼林、兰厝间登陆成功，抓获国民党官兵100余人，占领了敌十多个碉堡；中路的251团先头营在金门岛西北部的安歧以北、林厝以东顺利登陆后，后续营的登陆却遭到敌炮火的猛烈袭击，伤亡近三分之一；右翼253团在西北角的古宁头、林厝间顺利登陆后，随即向敌发起进攻，于拂晓前攻占了古宁头滩头阵地。
我第一梯队登陆是较为顺利的，但除了右翼的253团3营巩固了团的登陆场外（后来的事实表明，253团3营巩固的登陆场，为整个登陆部队后来坚持3昼夜的抗击创造了极为基本的条件），3支登陆部队没有统一的指挥，在“有几个人打几个人的仗，不等待，不犹豫，向里猛插”的战术思想支配下，兵分几路向纵深处猛插狠打，在突破了敌第一道防线之后，于拂晓前攻至西山、观音亭山、湖尾、湖南高地及安歧、埔头一带，之后，又乘胜向敌第二道防线发起了猛烈的进攻。
第一梯队登陆成功之前，28军前指已分别安排了3名军部参谋负责组织船队返航。
临行前，28军副军长握着3位参谋的手说：“你们别无其他任务，你们的任务就是组织和督促船队抵滩登陆后迅速返航，切记！切记！一定要迅速返航！”
可是，登陆部队成功登陆之后，船队却没有返航。
原来，第一梯队船只登陆时，在早晨2点钟左右，是涨潮的最高峰，国民党军原先设在海滩的障碍物多被潮水覆盖，许多船只冲到障碍物的上面，船底被挂住了，部队被迫在障碍物中下水，而船只却一时难以动弹，加上当时敌人的火力较猛，船工们纷纷躲避，各船抵滩也有先有后，3位参谋的叫喊声被巨大的枪炮声淹没了，只有等待我军攻占了滩头阵地后，才能将到处藏身的船工召回返航。可谁也没有想到，我军还未站稳滩头，大海就已开始退潮，而且退得极快，当三位参谋发现退潮时，潮水已经退到10米开外。
这几十艘返航的船只在离开金门岛时，就遭到敌滩头的排炮袭击，不少船只被击沉、击伤，后来，船队又遇到了国民党海军军舰的拦截，从古宁头返航的船队又莫明其妙地误驶入敌军舰潜伏区，后又被我军情报船误为国民党的增援船队，而后竟离奇地被我军布置在厦门湾、石码一线的远程炮群全部击沉。
25日上午6时，萧锋副军长，85师师长兼政委朱云兼政委等心急如焚，已经放亮的天空一片渗烈的景象留下了：指挥员们隔海看到了在敌军轰炸和炮击中燃烧的船只，原定运送11000人登岛作战的第二、第三梯队计划已经难以实施。无可奈何之中，他们向兵团领导请求援助。请求立即派船只支援，可此时哪里还有什么船只？
（4）老蒋不惜代价守金门。
我军的强打猛攻给国民党的守军以极大的杀伤，为了保住台湾岛的前沿阵地，为了给台湾岛留下一个屏障，蒋介石决定不惜一切代价守住金门岛。
25日凌晨4点，国民党海防第二舰队司令黎玉玺少将受命率舰队旗舰“太平”号自澎湖基地开往金门岛增援。黎玉玺到达金门之前，已令驻守金门岛的国民党海军进行海上封锁，敌202号扫雷舰、“南安”舰驶入古宁头西北岛沙水道，炮击我登陆部队，而“楚观”、“联铮”、“淮安”等舰和“203”号扫雷艇、“15”、“16”号炮艇等则开至大小金门之间，守护大金门的四侧后方。
蒋介石在派海军封锁海面的同时，于25日凌晨4点30分派胡琏兵团的18军118师、19军14师、18师52团和11师的一个团在坦克和炮兵的配合下从料罗湾登陆。当时，解放军登陆部队离滩头阵地已达十多里路，胡琏看到这一情况，下死命令将该兵团主力18军投入战斗，来了个反包围，又派迂回部队占领了解放军滩头阵地，切断解放军后撤的退，并用炮火将解放军登陆部队因潮水退却而搁浅的船只全部击毁。
解放军244团团长刑永主带领全团战友一直顽强战斗到25日中午12点，在全团官兵大多牺牲的情况下仍坚守阵地。251团的主力则一直与敌激战到3点。之后突出重围，与古宁头的253团回合。
251团副团长冯绍堂带领固守林厝的两个班的战士，苦战了整整9个小时，打退了敌人的7次进攻，后来，为保存实力，主动突围到古宁头，与253团会合。我三支登防部队在敌强我弱的情况下一齐会合至古宁头与敌激战。整整一天一夜，我官兵滴水未进、粒米未入，而数倍于我的敌人则仗着人多势众、不断地轮换着包围解放军登陆官兵，就这祥，战斗一直坚持到25日的黄昏，官兵们借肋于夜幕才又赢得一个有利的作战时机。至此，解放军3个团的登陆兵力已损失半数以上，据岛上步话机的报告，第244团仅剩700多人，第251团剩下1200多人，第253团剩余人数较多，但弹药却十分缺乏，而国民党军队在黄昏前又投入较多乓力，企图将解放军首批登陆部队全歼于古宁头，后被解放军借助夜幕打退。
整个金门岛战役，10月25日晚至26日天亮前的一夜是决定整个战斗成败的关键一夜，关于这一夜的重要性，国民党第19军军长刘云瀚于1980年1月在台湾出版的《中外杂志》上发表了题为《追述金门之战》的文章中写到： 到了10月25日入夜以后，成为最危险的一夜。因为我军经过了整天激战，所有的控制部队都投入战场，除伤亡相当大外，且多感疲劳，……甚至胜负之数还未易言。幸好由于匪军没有船只，无法继续航渡来援，所以我们能够平安渡过这最危险的一夜。
（5）弹尽粮绝全军覆没。
当时，面对隔海的金门岛我10兵团和28军前指的指挥员心急如焚。10兵团领导机关一面研究作战对策，一面再度派人搜罗船只。虽经多方努力，所汇集的船只只够截运4个连的兵力。28军前指的领导认为，以如此少的兵力“添油”式的增援，于事无补，还不如派船去尽量多撤运一些人回来。可兵团领导这时仍求胜心切，认为还有挽回局面的一线希望，基于此，28军前指决定由已内定为82师副师长的第246团团长孙玉秀率该团2个连及85师的两个连增援金门第一梯队登陆部队，并决定由孙玉秀负责整个登陆部队的指挥。
25日夜间，国民党部队最为担心的就是解放军进行后援，因而派飞机在海面上巡逻，并投掷了大量的照明弹，“太平”号旗舰也率两艘炮艇往返巡行于古宁头以北的海面上，拦截一切从大陆来的船只，并不断向大陆及古宁头方向炮击。
面对如此困境，孙玉秀带领4个连的官兵，不顾炮火袭击，机动灵活，利用夜幕的掩护躲过了国民党海空军的巡查，终于在25日凌晨3时分别在湖尾乡和古宁头登陆成功。
4个连分成两部分，从湖尾乡登陆的是孙玉秀带领的246团的2个连，他们一登陆即歼灭了国民党军1个营，随后又向双乳山一带推进，并积极与第一梯队取得联系。从古宁头登陆的85师259团的2个连，一上岸就走进被国民党部队封锁了的区域，他们只得利用火力占领了几个碉堡，然后依据这些碉堡顽强抗击了整整一天；打退了国民党部队的一次次进攻，直到26日夜间弹尽粮绝而失利。
26日凌晨，我第二梯队登陆的孙玉秀与第一梯队登陆部队取得了联系，当时，第244团团长刑永生、第251团团长刘天祥和第253团团长涂博都向军前指报告，说部队受到很大鼓舞，并一致拥护孙玉秀统一指挥。
在孙玉秀的带领下，246团的两个连很快突破了敌人的封锁，来到古宁头，与第一梯队会合，不过，由于第二梯队增援人数实在太少，众寡悬殊且四面受敌而无法改变战局。
26日，是我进攻金门岛将土极为悲吐的一天，天亮后，岛上的情况急剧恶化，经过休整的国民党驻岛主力部队又一次在海空军的掩护下向古宁头、林厝、埔头一带猛烈反扑，据当天上午接到登陆部队川来的报告称，我251团、253团现存人数不过数百人。
26日上午，国民党第12兵团司令胡琏赶到金门，和汤恩伯等一起到前线督战。国民党步兵对古宁头久攻不克，胡琏、汤恩伯等要求台湾派飞机对村中建筑猛轰狂炸，再用坦克炮和火箭筒逐一抵近民房射击，即使如此，在我军顽强的巷战、肉博战的坚持下，敌3个师的兵力经过整整一天反覆冲击，也未能冲破我军的阻击。
26日深夜，早已弹尽粮绝，两昼夜未进粒米的我登陆部队已难以支持，孙玉秀、刑永生、刘天祥、田志春、涂博华、陈立华在一个山沟里举行了临时作战会议，鉴于我军登陆的10个营已伤亡5000多人、已没有完整的连和营，决定将所存部队分为几股打游击，同敌人周旋到底。
22时，28军前指在毫无办法可施的情况下，电告我登陆部队，为保存最后一分力量，希望前线各级指战员机动灵活，从岛上各个角落，利用敌人或群众的竹木筏及船只，成批或单个越海撤回大陆，我们沿海各地将派出船只、兵力、火器接应刘抢救撤回的人员。
26日深夜之后，28军前指与登陆部队的联系逐步中断。27日凌晨，我253团团长徐博来电说，该团1营600多官兵已在古宁头全部牺牲，剩余的150多人和244团的70多人正准备到海边找船，这是253团最后一次来电，之后！
就音讯沓无了。251团团长刘天祥最后一次同军前指通电说，我的生命不长了，为了革命没二话，祝首长好。新中国万岁！共产党万岁！毛主席万字！刘团长的话还未说完，耳机内传来一阵爆炸声，刘团长光荣牺牲了。
26日午夜，我登陆部队在夜幕的掩护下向北突围，在海边寻船未获的情况下向东南方向转移，准备到山区与敌人长期周旋。以等待后续部队的到来。到27日下午，这部分官兵被敌发现，随即突围至双乳山附近，再度与敌遭遇，激战中，我官兵边战边再次完成突围。
然而，我完成突围的官乓遭到了国民党海军军舰的炮击，这些军舰绕到古宁头北面海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击，在敌海陆武器的夹击下，我有武器的官兵一直战至牺牲，没有弹药的官兵被俘，至27日上午10时，金门战斗基本结束。
金门战斗结束后，我少数突围成功的官兵仍坚持在山区打游击战，一直到28日下午，我军官兵仍在山崖、浅滩处与敌军周旋，在246团团长孙玉秀的带领下，悄然到达沙头，遗憾的是，在沙头附近再度被国民党军队合围，在突围无望的情况下，孙玉秀负伤后自尽，其余战士全部被俘。我244团团长刑永生负重伤后被国民党军队包围，被俘后不久即牺牲。我251团团长刘天祥牺牲后，政委田志春率50人打游击，终因弹尽粮绝被俘。
我253团政委陈立华在打游击中被包围，战至最后牺牲。另据台湾出版的战史称，253团团长徐博隐蔽在山洞一个多月，靠夜间出来到农田中挖番薯过活，后经国民党部队反覆搜山而被俘。
至此，我登陆部队包括船工、民夫在内的9086人�