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三月十日，“贝格尔”号又停泊在福克兰群岛附近的巴尔克里湾。
达尔文在这里仍然顽强地、毫不动摇地继续进行自己的博物学家的工作。三月十六日，他带着两名高楚人，环绕着这个岛的部分地方，进行了一次旅行。不管是寒冷的天气，还是夹杂着冰雹的暴风雨，也不管是只有地质意义的不毛之地，都阻止不住达尔文。在旅途中经常碰见一小群大雁和田鹬。而野牛和从前法国人运到这里来的马匹，却吸引住了达尔文的主要注意力。他满意地观察着高楚人多么灵敏地往野牛脖子上投套索，向野牛后腿的主腱上用刀一刺，使它不能再迅速地向前奔跑，刹那间就把刀刺入脊髓的顶端，然后就把这头野牛杀死。他和高楚人一起吃野牛肉，为了不使一滴肉汁流失，他们连皮烧烤。“因为这个岛上通常是把容易对付的母牛杀死吃肉，所以这里就大量出现了野公牛，它们常常向人和马猛冲过来”。达尔文观赏了高楚人拖倒野牛的敏捷动作，他们一个人把一根套索抛到牛角上，另一个人把另一根套索抛到它的后腿上，刹那间就把向马猛冲过来的这头公牛拖倒在地。
达尔文指出，特别重要的是，在福克兰群岛上，变野了的牛不断繁殖增多，而且具有健壮结实的特点；而一群群的野马却在不断地退化，它们个子长得不大，许多野马都害有跛脚病，所以小马经常死掉。达尔文认为马的跛脚病是由蹄子变长所造成的。至于小马的死亡，他认为是由于公马强迫母马抛弃小马而造成的。在任何情况下，变野了的家畜向他清楚地表明，有一些类型的生物能比其它一些类型的生物更能适应新的生存条件。他还注意到牛在这里分成了三种不同的毛色。
两种事实向达尔文提出了关于物种的问题，关于难于辩别本种与变种的问题。在从引进（外地运来）的和福克兰群岛上野生的动物中，有一种家兔，它的分布情况象野马一样，只局限于该岛的东部。达尔文知道，居维叶把另一些法国博物学家曾认为是变种的那些黑兔中的品种，看作是一种单独的品种。达尔文向高楚人详细打听后才得知，黑兔和灰兔的分布情况是一样的，它们栖息在一起，相互交配，并生育出杂色后代。关于物种的这个问题，在福克兰东西两岛上都分布有当地唯一最大的哺乳动物——狼形狐方面也发生了。这是一种好奇的肆无忌惮的野兽，它能钻进帐篷里，甚至能把放在睡觉的人头下面的肉拖走。菲茨·罗伊舰长坚持说，这是一种叫作南美洲狐的变种，它可能是在某些漂浮的树干上被水流冲到福克兰群岛上来的。可达尔文却认为，这是只有福克兰群岛才有的一种特殊的种。
同高楚人一起旅行是在困难的情况下进行的。一开始就下了几场夹杂着冰雹和雪的大雨，高楚人毕竟本领高强，能在毫无遮盖的地方把火吹旺，燃起篝火。后来虽然天气暖和起来，可马却开始常常滑倒，达尔文的马曾滑倒了十二次。最后不得不涉水过海湾，水淹到了马背处。风儿掀起了细小的浪花，使旅行者的衣服更湿了，所以当他们回到家时，全身都湿透了，冻得直发抖。
四月七日，“贝格尔”号起锚，又向巴塔哥尼亚驶去。菲茨·罗伊舰长想修理一下“贝格尔”号（因为“贝格尔”号在宽阔的希望港撞了暗礁，被刮掉了一块铜包皮），同时（乘小船）想考察一下不太为人所知的圣克鲁斯河。四月十三日“贝格尔”号停泊在该河的河口里。达尔文在《航海日记》中写道：“早晨起了大风，我们好不容易才上到岸来”。接着又写道：“我从来没看到过船只受到风帆这样大的压力，或者离背风岸这样近的情况”。看来“贝格尔”号在岸边被碰碎的危险特别大，它好不容易避免了这种危险才驶进港内。三天之后，船被拖上岸来。发现船的损坏并不那么严重，假龙骨被刮断了几米。在两次涨潮之间很快就修好了，随后把“贝格尔”号重新放下水去，又把它系在岸边。
四月十八日，菲茨·罗伊舰长同二十五名船员一起，乘坐三只捕鲸船，动身沿圣克鲁斯河上流对该河进行考察。第一天，捕鲸船趁大涨潮之机，逆流而上。晚上，他们就已经行驶到了涨潮区以外的河面。河面宽约三百——四百米，河中心的深度约五米多。这条河流环行于其间的河谷宽达十六公里。象台阶一样的阶地相互对称地分布在河谷两岸。因为河水湍急，无论用桨还是张帆都不能逆流而上，于是他们只好把三只船首尾相连系在一起，把人分成两批拉起纤来。每只船上的军官和船员都住在一个帐篷里，吃一样的食物。日落后，他们就宿营在一片灌木丛旁。这样一来，他们每天只走十六——二十公里，有时稍微多一点。河谷里到处是光秃秃的沙漠，沙漠上稀稀拉拉长着一些毫无生气的植物和带刺的灌木。而动物呢，和往常一样，羊驼很多（有时能碰见几大群羊驼）。沿途碰见了许多脖子脱了臼和骨折的羊驼骨骼，这是在兀鹰和白兀鹫的助威下，美洲狮捕猎羊驼留下的痕迹。灌木丛中有许多经常受到小狐狸追逐的小鼠，它们长着一对大耳朵和一身软毛。
四月二十六日，这一地区的地质情况开始发生变化。稀疏的小玄武岩砾石没有了。出现的是更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水就是穿过这种玄武岩块流动的。玄武岩的厚度显著增大。达尔文认定，河水是在海底上升到地面后，在原来海湾的地方，为自己开辟一条通道的。“贝格尔”号的船员们接着就进入了石隘口地区，这里有几个罕见的喷泉。河流逐渐变窄了，拖拉船只的劳动愈来愈艰苦。陡峭的河岸的悬崖上有大量兀鹰，这是一些巨大的猛禽，它们的翅膀从一端到另一端几乎有二米半长。二十九日，科迪列拉山脉的一群雪峰出现在地平线上，开始碰见大量斑岩砾石，达尔文认为，从前这里是大海时，这些斑岩砾石就在浮动的冰块上被冲来了①。五月五日旅行者们开始返回，途中用了三天时间，因为他们是顺流而下。经过的地方都特别凄凉和寂寞，所以达尔文在《航海日记》中写道：“除我以外，大家都各有各的不满意的理由”。
①砾石如此远距离的转移现在都是用冰川的活动来解释的，而这些冰川所占的空间要比现在的冰川大得多。
五月十二日，“贝格尔”号再次出海。这是一个狂风暴雨的天气，现在达尔文也有不满意的理由了。他在日记中写道：“我由于害病而倒了霉”。
“贝格尔”号结束对南美洲东岸的旷日持久的测量工作，经麦哲伦海峡向西岸驶去。六月八日，旅行者们驶进了不久以前发现的马格达累纳河，并经马格达累纳河来到塔尔纳角，那里的岩石、冰、雪、风、水令人望而生畏，不过到了早晨，覆盖着一层雪的萨尔明托山的壮丽景象又显露出来，山麓下有着一片片阴森的树林和一条条通向海边的冰川。“贝格尔”号沿着狭窄的海峡迂回行驶，于六月十日从两大悬崖——东符里岛和西符里岛——之间进入太平洋。达尔文写道：“一个居住在陆地上的人，只要看到这样的海岸的形状，整个星期都会想到翻船、危险和死亡，因而忧心重重”。达尔文就是带着这种印象与火地岛永别的。
“贝格尔”号的船员们，在离开火地岛时，曾希望躲开这种对火地岛来说已司空见惯的风暴。六月二十八日，“贝格尔”号停泊在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港。奇洛埃是一个山峦起伏的大岛，处处覆盖着密林，生长有常绿树木和热带植物，经常刮着来自海上的风并带来大量的雨水。岛上和睦而又勤劳的居民是由具有印第安人的血统的混血人种组成的，他们使用最原始的工具来开垦土地和磨碎粮食。居民主要吃鱼、马铃薯和猪肉，栖身于清除掉树林的海岸上。圣卡尔格斯是一个居住很分散的小村庄，村中房屋的四壁和屋顶都是用松木板构造成的。
七月十四日，“贝格尔”号离开了这一处潮湿多雨的地方，向智利的主要海港瓦尔帕来索驶去，七月二十三日到达该港，并停泊在那里。在离开火地岛和奇洛埃海岛之后，瓦尔帕来索的气候使达尔文大为赞赏。城市也很美，由一条长街组成，它座落在一排特别鲜艳的红壤土大山丘的山麓旁。远处显现出山峦起伏的科迪列拉山脉的轮廓和圆锥形的阿康卡瓜火山。达尔文在这里遇见了老同学和老朋友李察德·科尔菲德，感到万分高兴，达尔文就住在他家里。
应当认为，经过艰难困苦的海上奔波之后，能够稍事休息，对此达尔文就已感到心满意足了。“在南方雾气弥漫的阴沉气候里长期航行之后，呼吸清新的干燥空气，享受美好的暖和天气，品尝有味的新鲜煎牛肉，乃是人生最大的幸福”。（达尔文一八三四年六月二十四日给汉斯罗的信）。此外，毫无疑问，他也怀念起故乡、朋友和剑桥自由自在的生活来。看来，菲茨·罗伊不大招人喜欢，舰长与达尔文在政治上存在的分歧，大概使他们的关系有点紧张。至少，向来不动声色的达尔文在给剑桥朋友们的信中，有时在字里行间流露出对舰长辛辣的讽刺语气。这是多么不一样啊！达尔文与剑桥的同学的关系是多么的友好、多么的真诚啊！是的，这些朋友几乎把他忘了，而且也看不出这些朋友对他想与之通信的想法能作出反应，但他给他们写的信是多么的诚恳和亲切啊！他回忆起剑桥大学的游览和印象，大学生活中的一些可笑的或有趣的事，并竭力使他们对自己旅行中的一些事件感兴趣。
如果看不出达尔文的老同学们有乐意回他的信的愿望（稍晚，他收到福克司一封十分亲热的信，使他深受感动），那么对他的挚友，博物学问题方面的导师汉斯罗就不能这么说了。达尔文象以前一样曾期待得到他的帮助，期待他对他的搜集工作给予有益的建议和批评。达尔文所收集的一切搜集物都给他寄去了。用达尔文的话来说，汉斯罗的住所成了这些搜集物的“大本营”。不过汉斯罗的信有时一年，甚至更长一些时间还到不了达尔文的手里，这一点在“贝格尔”号经常航行和难于事先知道停泊地点和时间的条件下是毫不奇怪的。达尔文特别焦急地等待着汉斯罗对他在一八三二年八月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的复信。汉斯罗是怎样对待达尔文的搜集物呢？汉斯罗会不会说他所收集的搜集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有谁会尝试在炎热的太阳下比他搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说是关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些，标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采�