，他底行为，便和高拱没有分别。在应付官庭和内监方面，居正比高拱高明多了，他知道敷衍和迁就，他知道走曲线，然而他永远认清政治目标，宫庭和内监对于实际的政治，没有过问的余地。高拱提高内阁政权的目标，在居正手里完成，但是居正没有遇到高拱所遇的挫折。不过这是高拱失败以后，居正所得的教训：假使高拱有第三次入阁的机会，以他那样的能力，不是办不到的。简单一句，高拱和居正，只是同一范畴的人物，因为环境底不同，不免有少许的差异。不明白实际政治的人，也许因为他们不能合作，发生诧异，其实整个的政权不能容许两个“政治家”共同掌握，正和整个的家庭不能容许两个主妇共同主持一样。
六月十六日过去了，十九日神宗召见居正。这时是辰刻，比平常的早朝，稍微迟一点。神宗吩咐居正跪到宝座面前，他说：先生为父皇陵寝，辛苦受热，国家事重，只在内阁调理，不必给假。
居正叩头，承认在阁调理，神宗又说：凡事要先生尽心辅佐。
在神宗提起穆宗对于居正的言论，称为忠臣之后，居正感激涕零，不能仰视，俯伏奏称：臣叨受先帝厚恩，亲承顾命，敢不竭才尽忠，以图报称。方今国家要务，惟在遵守祖宗旧制，不必纷纷更改。至于讲学亲贤，爱民节用，又君道所当先者，伏望圣明留意。
“先生说的是，”神宗说。
“今天气盛暑，望皇上在宫中，慎起居，节饮食，以保养圣躬，茂膺万福，”居正说。
“知道了。”神宗又说，“与先生酒饭吃。”（奏疏二《谢召见疏》，对话用原文。）
居正在召见以后，有《谢召见疏》，历称：“臣之区区，但当矢坚素履，罄竭猷为，为祖宗谨守成宪，不敢以臆见纷更；为国家爱养人才，不敢以私意用舍：此臣忠皇上之职分也。仍望皇上，思祖宗缔造之艰，念皇考顾遗之重，继今益讲学勤政，亲贤远奸，使宫府一体，上下一心，以成雍熙悠久之治，臣愚幸甚，天下幸甚。”
这一次的召见，是居正为首辅以后，第一次的召见。他发表大政方针，只说“遵守成宪”。这是居正和王安石不同的地方。宋神宗的时候，安石充满了一头脑的理想，他要改革，要创制；但是明神宗的时候，居正只是充满了一头脑的“成宪”，他只要循名，要核实。安石是理想的政治家，而居正是现实的政治家。居正所称的祖宗旧制，便是太祖底旧制，一年以前，他为会试主考的时候，曾经说过：夫高皇帝之始为法也，律令三易而后成，官制晚年而始定，一时名臣英佐，相与持筹而算之。其利害审矣！后虽有智巧，莫能逾之矣！且以高皇帝之圣哲，犹俯循庸众之所为，乃以今之庸众，而欲易圣哲之所建，岂不悖乎？车之不前也，马不力也，不策马而策车，何益？法之不行也，人不力也，不议人而议法，何益？下流壅则上溢，上源窒则下枯：决其壅，疏其窒，而法行矣。今之为法壅者，其病有四：愚请颂言而毋讳，可乎？夫天下之治，始乎严，常卒乎弛；而人之情，始乎奋，常卒乎怠。今固已怠矣，干蛊之道，如塞漏舟，而今且泄泄然，以为毋扰耳。一令下，曰：“何烦苛也？”一事兴，曰：“何操切也？”相与务为无所事事之老成，而崇尚夫坐啸画诺之惇大，以此求理，不亦难乎？此病在积习者一也。天下之势，上常重而下常轻，则运之为易。今法之所行，常在于卑寡，势之所阻，常在于众强。下挟其众而威乎上，上恐见议而畏乎下，陵替之风渐成，指臂之势难使。此病在纪纲者二也。夫“多指乱视，多言乱听”，言贵定也。今或一事未建，而论者盈庭，一利未兴，而议者踵至：是以任事者多却顾之虞，而善宦者工遁藏之术。此病在议论者三也。夫屡省考成也，所以兴事也，故采其名，必稽其实，作于始，必考其终，则人无隐衷而事可底绩。今一制之立，若曰“著为令矣”，曾不崇朝，而遽闻停罢。一令之施，若曰“布海内矣”，而畿辅之内，且格不行。利害不究其归，而赏罚莫必其后。此病在名实者四也。四者之弊，熟于人之耳目，而入于人之心志，非一日矣。今不祛四者之弊以决其壅，疏其窒，而欲法之行，虽日更制而月易令，何益乎？（文集三《辛未会试程策》二）
以上所说的是制度方面。在人才方面，居正说过，“为国家爱养人才，不敢以私意用舍。”这一点见出居正底精明。高拱掌握政权的时候，异己的人一概排斥，这是高拱底偏私，以后高拱得到揽权擅政的恶名，未始不由于此。居正从这方面，得到教训，决不重蹈复辙，这是一。其次高拱是一个干练的吏部尚书，他所提拔的人，没有不是当时的人才。隆庆三年的冬天，内阁决定进攻广西古田“叛”僮的时候，高拱用殷正茂为广西巡抚。正茂有才，但是贪污是免不了的。高拱说：“给他一百万，正茂也许吞没一半，但是只有正茂会把事情办好。”后来正茂果然“平定”古田。隆庆五年辽东巡抚李秋去职，高拱主张任用张学颜。旁人不以为然，高拱说：“张学颜底才具，大家没有知道，遇到盘根，自然会认识利器。”正在说着，吏部侍郎魏学曾来了，高拱向他要辽东巡抚。学曾思索很久以后，答复道：“张学颜去得。”高拱得到这个印证，随即提出学颜，后来在辽东也有极好的成绩。高拱赏识的人才，不用，那才胡涂，这不是居正做的。居正曾经说过：孤虽不肖，其于人之贤否，略窥一斑，内不敢任爱憎之私，外不轻信毁誉之说。自当事以来，鉴前人之失，首陈皇极之论，以开悟上心，消弥偏党。（书牍十一《答南列卿陈我度》）
最有兴趣的是张佳胤。佳胤是当时有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱关系太深，又因为在应天巡抚任内，办事棘手，他很有些消极，居正接连去过两次信：自公在郎署时，仆已知公，频年引荐，实出鄙意。不知者，乃谓仆因前宰之推用为介，误矣。天下之贤，与天下用之，何必出于己？且仆于前宰（前宰指高拱）素厚，顷者不恤百口，为之昭雪，区区用舍之间，又何足为嫌哉？“蔡人即吾人”，况前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？愿努力勋名，以副素望。（书牍五《答总宪张崌崃言公用舍》）
惟公俊才厚蓄，又富于春秋，不以此时取旗常，勒钟鼎，乃顾恋庭闱，忘“在公”之义，非所望也。兹属休明之会，方将招遗佚于薖轴，宁肯纵鸾鹤于云林？大疏已属部复，而雅志必不得遂。愿勉奉简书，以徇国事。（同卷《答总宪张崌崃》）
但是居正对于高拱底爪牙，决然不能容忍。他和汪道昆说：“二、三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，所谓‘芝兰当路，不得不锄’者，知我罪我，其在斯乎！”（同卷《答汪司马南溟》）
高拱去了，政治中枢当然重有一番布置。要求干练如高拱的吏部尚书，是不可能的，但是当时有一个最负重望的大臣，这是管兵部尚书事的杨博。杨博自嘉靖三十四年以来，三任兵部尚书，嘉靖四十五年，调任吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用，在资望方面没有比杨博再高的了。因此提出杨搏仍还吏部尚书。居正说过：今上登极，首命公还秉铨衡，余受先帝遗托，方欲与公同心戮力，共佐休明。（文集五《襄毅杨公墓志铭》）
居正又说到杨博历佐三朝，以及自己和杨博始终相与的关系：桓桓世庙，经武纬文，公媚天子，耆定策勋。穆穆庄皇，（穆宗）垂衣拱手，公佐太平，声色不有。迨于今皇，两作继明，询兹黄发，还公宰衡。我求一德，惟公是与，不吊昊天，夺我心侣。有谋孰谘，有难孰夷，山颓木坏，沧矣其悲。（同上）
杨搏调回吏部，遗下兵部尚书，照高拱定下的原则，应由总督继任。当时的口号是国防第一，北边第一。北边三位总督：前任蓟辽总督谭纶，现任宣大总督王崇古，和前任三边总督王之诰，都有重望。杨博和居正商定，起谭纶为兵部尚书。居正给崇古去信说：昨本兵虚席，公论咸归公与西石，（王之浩）乃太宰（杨博）谓渠复铨之始，嫌于首用其亲，且贡市方殷，犹借重望以镇之，计非久当别有简命也。（书牍四《答王鉴川》）
正在布置底当中，高仪死了。内阁只剩居正一人。问题又到了面前，应当补怎样一个人呢？在不知明朝政体的人，也许以为既是杨博底资望最好，当然应补杨博。但是事实不是如此的。明朝的中枢，是二元制：吏部尚书底地位，本来在内阁大学士以上，即使到了内阁权重以后，吏部尚书，终于不曾落到内阁以下。当时的故事，吏部尚书在路上遇到大学士，照例不避道，便是显然的证据。（见《明史》卷二二四《孙鑨传》）孝宗弘治年间，吏部尚书王恕底声望，始终不受内阁底压制，更是实例。还有，由吏部尚书入阁的，不是没有，但是这是特旨。在推举的时候，通常是礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士。因此，神宗吩咐居正推举阁员的时候，居正不能推举吏部尚书杨博，（推举吏部尚书入阁非故事，见《明史》卷二二四《陈有年传》）只能推举礼部尚书吕调阳。其实居正底经验多了，他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实，和衷共济的长者，并不需要一位雄才大略、器度恢宏的重臣。这是居正底私心，但是这是隆庆年间内阁混斗的经验。为国求贤，固然是对的，但是为内阁谋安定，也何尝不是为国家？居正对于调阳，在辛丑会试主考的时候，已经认识了，现在正准备和他长期合作。万历七年调阳死后，居正说过：余与公同政府，知公深。公为人，外温而心辨，中毅而貌和，于事呐呐不轻为可否，于人恂恂不苟为异同；尝曰：“大臣协心体国，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其间？无论彼己懻伎，即贤者各是所见，政本之地，龂龂而争，如国体何？世儒嘐嘐，猥小曹参而卑丙吉，然则，虞廷云‘寅恭’者非邪？”自余柄政，与公共事者六年，内奉冲圣，勤缉熙，外赞密勿，定计划，莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。（文集五《豫所吕公墓志铭》）
吕调阳入阁，递遗礼部尚书，居正便起用陆树声。树声嘉靖二十年会试第一，嘉靖中，屡掌南京翰林院，南京国子祭酒，后来召为吏部右侍郎，称病不拜。隆庆中，再起故官，仍不就。这是一位声望隆重的大臣，现在居然来了，居正用后辈进见先辈之礼待遇他。
七月间户部尚书张守直、刑部尚书马自强致仕。守直在封贡的一件事，意见和居正不一致，自强也有些不满意，他们去了，居正便补进王国光、王之诰。王国光原来以户部尚书，总督仓场，现在调回管部，后来在任内完成《万历会计录》，是一部有关国计的著作。王之诰是居正底亲家，（居正第四子简修娶之诰女）但是之诰隆庆三年总督陕西三边军务，进南京兵部尚书，资望久已够了，而且卓然自守，并不附和居正，因此更得一般的推重。
诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任；朱衡在河工方面的成绩，和守礼底操守，都是当时物望所归。明朝的内阁，当然不是现代的内阁，对于阁中