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隆庆五年，谣传昆都力哈（即把都）和吉能死了，居正准备扶植把都底儿子青台吉，使他和黄台吉对抗。他说：把酋之子，不知何如。仆料黄酋必思东并，今当扶植青把都，使之力抗黄酋。黄酋若有东并之志，只可责之以大义，亦不必力禁之。待其两敝而归命于我。（书牍四《咎总督王鉴川计处黄酋》）
把都、吉能，一时俱殒，黄酋亦且病发，天之亡彼，于兹见矣。但在我处之，须以恩信。其子但能管束其部落，即令告于顺义，奏请袭职，不必择贤。要令其势分而衅构，则我可因其机而制之，数十年之利也。（同卷《答王鉴川论东运之衰》）
俺答底问题解决了，但是一个桀骜不驯的黄台吉，连俺答也无可奈何。昆都力哈之妻，又联络永邵卜，不肯进贡，事情有些棘手。隆庆六年居正当政以后，又说起：昆妇愚悍，似无来期，永邵卜虽为所牵，终贪嗜关市财物，可招而致，然皆无足为轻重，第常以大义责之，时出小利诱之，毋令东合土蛮，为蓟镇害，足矣。（同卷《与王鉴川言虏王贡市》）
就在这一年，昆都力哈提出要求来了，他要和俺答一样封王。封王只是一个名义，在中国没有什么损失，但是中国不能受他底威胁。居正明白现在不是世宗时代了，中国有的是准备。所以他再和王崇古说：辱示昆都力、黄台吉二酋事情，先已有人言之。黄酋骄悍，诚为难驯，然刚躁寡谋，部下多怨，且其于父不和，势难独逞，将来疆場小衅，或不能无，然使处置有方，亦终当归吾羁绁也。昆都老而谲，数年以来，东纠土蛮，西合俺酋，皆此人为之，比之黄酋，反为难制。然俺答既已帖服，黄酋素不附之。昨已令蓟人散布流言于边外云，“昆都与吾有约，将合兵以击土蛮”。虏性多疑，必相猜忌，则此酋亦孤立，无能为也。如再言封王事，可以好语款之云，“俺答汝兄，伦序为长，且首发归顺之端，又执吾叛人，奉吾约束，朝廷嘉其悃诚，故厚赉而王之。汝频年为患，于中国未有尺寸功，何得遂与汝兄等？我皇上并包兼容，何惜一王号而不汝畀，但于事体，有未顺耳。汝若能依汝兄之言，遵奉约束，坚守盟誓，二、三年后，当与汝奏闻朝廷，一体封王加赉。若欲借此事以启衅，则我惟有一战耳。”渠闻此言，必不敢动。量此孤虏，以上谷一镇之兵当之，东连云朔，彼虽入，亦不足畏也。（书牍四《答总督王鉴川计处黄昆二虏》）
居正对付鞑靼的计划，是充实边防，准备随时出击，同时利用一切机会，使鞑靼分裂。这样一来，北边底敌人，只是散漫的部落而不是整个的集体，无形中减轻北方的威胁，北方底军队，便随时有决胜的可能。在这一点，很有些类似帝国主义“分而灭之”的政策，但是中间有一个绝大的区别。帝国主义底目标，是对于敌人，加以奴役或剿灭；居正底目标，是容许敌人底存在，而消弭敌人底威胁。帝国主义是攻势的，居正是守势的；帝国主义只希望片面胜利，居正却希望双方共存。中国强盛的时候，对外采取的方略，经常和居正底主张一致，这是中国文化和近代帝国主义的区别。
隆庆六年过去了，次年改元万历，是年正月庚子，发生王大臣之狱。
事情本来很简单。这一天神宗在乾清宫，看到一个人，神色仓惶地走过，吩咐左右把他拿下。经过讯问之后，才知道这是王大臣，从蓟州来的一个逃兵。逃兵底处分也还简单，但是消息到了冯保，便不简单了。冯保认定这是一个机会。他想起高拱，真是恨之切骨。高拱已经卸任回籍了，但是冯保底怨恨没有消灭。惟有血、血、血，才能洗尽冯保底怨愤。王大臣送到东厂了，经过东厂底搜检，王大臣身上，果然搜出刀来。证物有了，这一定是行刺，而且在乾清宫外走过，不是谋刺皇上是刺谁呢？谁主使的？东厂所录的供词里明明写着，是高拱主使的。凶手有了，凶刀有了，主使的人也有了，冯保决定要彻查这一件案子。
彻查又怎样呢？东厂的威权在冯保手里，要杀王大臣，杀高拱，不是很容易么？但是冯保手中的东厂，和宪宗时代汪直手中的西厂，以及熹宗时代魏忠贤手中的东厂相比，差得远了。冯保底人品，不知道比汪直、魏忠贤究竟怎样，但是神宗初年的朝廷，确实比宪宗、熹宗时代高明了。居正曾经说过，“朝多长者”。在这个环境之下，即使冯保有作恶的意志，他也没有作恶的机会。“朝多长者”，一切出于居正底布置，这里更显出居正底作用。
不幸居正和冯保的关系太密切了，而且高拱底解职，居正又是最大的收获者。“冯保底阴谋，有居正参豫吗？甚至还是他主谋罢！驱逐高拱已经过分了，现在又要杀高拱！”一般人底怀疑，又集中到居正身上。从嘉靖二十七年杀夏言以来，掌握政权的人，最后都发生身家性命底危害。严嵩当权，杀夏言，徐阶当权，杀严世蕃，八十几岁的严嵩，也被平白逼死；高拱当权，徐阶底儿子充军，徐阶也旦夕莫保。二十五年的传统了。惟有血，才是政权底代价，现在大致又是高拱支付代价的时候了。这个传统，真是又惨酷，又凶暴。大众指着居正，认定他正要压迫高拱，支付最后的血债。
大臣中最有声望最有气魄的是杨博和葛守礼。守礼约杨博一同去访居正。
“已经和他说过了。”杨博说。
“一般的舆望都在杨公，”守礼说，“认定只有杨公能不杀人媚人。目前事情更吃重了，谈不得已经说过，不便再说啊。”
他们一同拜访居正。他们替高拱辩护，他们指明东厂没有良心，他们惟恐株连大众，他们甚至于以全家百口，担保高拱底无辜。
也许他们说得太热切了一点，居正有些气愤了。他不期望一般人底谅解，然而他不能想象平生所钦佩的人也会对自己怀疑。
“两位以为我也要甘心高公吗？”他愤愤地说。
“不是的，”杨博说，“但是只有相公，才有回天之力。”
居正决定了办法，东厂底讯问只是初审，居正奏明神宗，交掌锦衣卫左都督朱希孝和左都御史葛守礼以及冯保复审。葛守礼和冯保当然责无旁贷。希孝是第二名靖难功臣成国公朱能之后，第六代成国公朱希忠之弟。明朝自成祖以后，特别看重靖难功臣，第一名靖难功臣淇国公丘福底后代削除了，所以成国公是当时的第一世家。加以希忠、希孝，自世宗以来，都是特蒙思宠的勋臣，居正提出希孝，正是看重他底资望。但是事情却把希孝难住了，他和希忠商量。遵照冯保底计划吧，他们不愿意得罪士大夫；遵照良心吧，他们又不愿意得罪冯保。希孝认定了事情底困难，他向居正请教，居正教他再和杨博、葛守礼商量。审讯底经过相当复杂，但是这件事情底结果非常简单。万历二年，希孝逝世，居正在他底神道碑记着：今上践祚之元年，有贼挟刃至官门，惊跸。捕得，下东厂治，贼冀缓死，妄言有主者。于是内外错愕，索贼甚急。然余心知其诬，乃见上，言斯事重，请令锦衣卫与东厂杂治之。上日，“可。”公既受命，即独宿外舍，燕居深念，多设方略，密侦之，如是十余日，乃得其情，趣具狱上，戮止一人，余无所问。当是时，微公，摚鸹銮也徊猓渌婊睿秽词偾艘印＃ㄎ募摹逗缶级礁蠖级街旃竦辣罚�
王大臣灌下一杯生漆酒，哑了；他不能诬赖高拱指使，也不能陈述冯保唆供，就这样胡涂地交给刑部拟罪，得到斩首的处分。王大臣底无辜的血液，洗清高拱底被诬，但是没有洗去居正底嫌疑。居正在给总理河道万恭的信中说起：昨会舍亲西石公言：顷者内狱之起，众情汹汹，独公以为朝有人焉，无足虑者。此足以见公知我之深也。今士大夫亲见仆行事，无一人知及于此者，而公乃在外得之，人之相去，岂不远哉。（书牍五《答司马万两溪》）
居正对于当时士大夫之不相知，真有些愤意了。他对于高拱。不是不恨，但是他没有置之死地的意念。他在这一年曾和吴百朋说起：“仆平生所厚士大夫甚多，见背者亦不少，然终不以是而易其好贤之心，即今日内狱之事，可以观矣。”（同卷《答吴尧山言宏愿济世》）这几句话，透露他对于高拱的怨恨，但是他没有意思要杀高拱。居正《杂著》（文集十一）里，痛责王猛计陷慕容垂的错误。他说：“猛盖自揣才略，不能驾驭垂，故百计欲去之，以为足以弭将来之患，而乃出于阴贼险狠之谋，类小人女子妒宠忌能者之所为，此诸葛孔明辈所不道也”他知道高拱已经倒了，自己有控制底力量，何必得罪清议，更揭示自己底不能容物。居正底自信力，正在逐日加强。
万历元年六月，内阁上疏请随时考成。在居正底一生，这是一件重要的政治事业。居正平时常说遵循祖宗成宪；假如我们要探求居正创制的行为，那便只有他底考成法。全文如次：臣等窃闻尧之命舜曰，“询事考言，乃言底可绩。”皋陶之论治曰，“率作兴事，屡省乃成。”盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。臣等窃见近年以来，章奏繁多，各衙门题复，殆无虚日。然敷奏虽勤，而实效盖鲜。言官议建一法，朝廷日“可”，置邮而传之四方，则言官之责已矣，不必其法之果便否也。部臣议厘一弊，朝廷曰‘可“，置邮而传之四方，则部臣之责已矣，不必其弊之果厘否也。某罪当提问矣，或碍于请托之私，概从延缓；某事当议处矣，或牵于可否之说，难于报闻。征发期会，动经岁月，催督稽验，取具空文。虽屡奉明旨，不曰”著实举行“，必曰”该科记着“，顾上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐。鄙谚曰，”姑口顽而妇耳顽“，今之从政者殆类于此。欲望底绩而有成，岂不难哉？臣居正当先帝时，曾上《便宜六事》，内《重诏令》一款，亦尝亹亹言之，随该吏部题复，欲各衙门皆立勘合文簿，事下各抚按官，皆明立程限，责令完报，然亦未闻有如期令而以实应者。甚者寝格如初。兹遇皇上躬不世出之资，励精图治，百执事亦皆兢兢务修其职业，无敢以玩愒弛废者；独所谓考言屡省者，尚未加之意焉，窃恐致理之道，有未尽也。查得《大明会典》内一款，”凡六科每日收到各衙门题奏本状，奉圣旨者，各具奏目，送司礼监交收；又置文簿，陆续编号，开具本状，俱送监交收。“又一款，”凡各衙门题奏过本状，俱附写文簿，后五�