能一战而胜之，不俟登岸而遏之于外洋，功尤奇矣。天下事岂不贵豫哉！慰甚。彼前锋既折，必不敢窥吴，祸当中于浙矣。（书牍七《答应天抚院宋阳山言防倭》）
浙无倭患久矣，一旦联舟突犯，必有勾引之好。且地方安恬日久，骤寻干戈，恐无以待寇，幸折以忠义，鼓以赏罚，悉力一创之，庶将来不敢再窥。亟剿此寇，然后徐究其祸本而除之，可也。浙人咸云：“谢公非用武之才，恐不能了此事。”仆日，“不然，谢公沈毅有远虑，贼不足患也。”愿公勉就勋庸，以副鄙望。（同卷《答浙抚谢松屏言防倭》）
万历三年，居正决心整顿驿递，这也是居正招怨的一件大事。
明代从北京到各省的交通干线都有驿站，驿站是当时的惟一交通制度。驿站有主管官吏，有马，有驴，有夫役；水驿有红船，有水夫：都很完备。马、驴从哪里来？马、驴来自民间。船只从哪里来？船只也来自民间。马、驴底草料，船只底装备，莫不来自民间。民间还要按粮出夫，马夫、水夫当然也来自民间，自备工食，三年一轮，周而复始。除开马夫、水夫以外，各驿还有馆户，专为过往人等，治造饭食，不许片刻稽留：当然馆户也是来自民间，自备工食。最初的时候，夫役还享到免粮的特权，从嘉靖二十七年议准以后，连这一点特权也取消，于是夫役不仅没有权利，只有义务，而且还要供给马、驴、红船以及其他必要的配备。交通干线附近的人民，实际成为国家底奴役，他们底地位，甚至落到清代的乌拉娃子以下。
对于交通干线附近的人民，这不能不算一种虐政，但是国家如此庞大，为维持中央和各省的交通起见，在交通工具尚未发达以前，驿站制度，纵是需要合理的调整，不是没有存在的理由。一切全看这个制度底运用。太祖时代，关于使用驿站的规定，非常严密，非有军国大事，没有使用的权利，即是公、侯、驸马、都督奉命出差的时候，也只许随带从人一名。所以驿站制度虽然存在，人民的痛苦，还得到一些缓和。有一次，吉安侯陆仲亨从陕西回京，擅行使用驿站车马，给太祖知道了，太祖痛责道：中原兵燹以后，百姓开始复业，买马出丁，非常艰苦。倘使大家和你一样，民间卖儿鬻女，也供给不起啊！
太祖时代究竟是老远的过去了。以后的条例，便逐日地宽大！太祖时代，给驿条例只有六条：到嘉靖三十七年，便扩充到五十一条。五十一条的使用者，都有勘合，现代称为护照。勘合分为五等：温、良、恭、俭、让。北京的勘合由兵部发出，各省的勘合由巡抚和巡按发出。填发的机关，总算还有相当的限制；但是在填发的时候，便来一个宽大的作风！兵部可以填发勘合送人，各省也可填发勘合送人。领用勘合的人，没有缴还的限期，一张勘合，成为终身的护照，而且自己不用，还可转赠旁人，姓名不合，更不妨洗去重填。宽大之外，还有宽大！交通干线附近的人民，真是民不聊生。领用勘合的官员，大都既不温良，也不恭俭，更谈不到让；勘合底五个号码，只成为刻骨的讽刺。官员到了驿站以后，百般需索。他们要粮食，要柴炭，要酒席，要疏菜，要夫，要马。有时在拉到夫马以后，人民也可按照道路远近，讲明价值，经过一番磋商，索性缴纳银两，放走了事。于是官员们在沿站滋扰以外，连带也成为掳人勒赎的强盗。这一点，官员们久已视为他们应有的特权。在宽大的政体之下，没有人敢于侵犯他们底特权，以至引起自身底不利。
直到万历三年，居正提出整顿驿递的计划：
凡官员人等非奉公差，不许借行勘合；非系军务，不许擅用金鼓旗号。虽系公差人员，若轿扛夫马过溢本数者，不问是何衙门，俱不许应付。抚、按有违明旨，不行清查，兵部该科指实参治。若部、科相率欺隐，一体治罪。
抚、按、司、府各衙门所属官员，不许托故远行参谒，经扰驿递；违者抚、按参究。
有驿州、县，过往使客，该驿供送应得廪粮蔬莱，州、县止送油烛柴炭，不许重送下程纸札，如有借此科敛者，听抚、按官参究。
凡经过官员有勘合者，夫马中火，止令驿递应付，有司不许擅派里甲。其州、县、司、府官朝觐，给由入京，除本官额编门皂，量行带用外，不许分外又在里甲派取长行夫、马，及因而计路远近，折干入己。
凡官员经由地方，系京职方面以上者，虽无勘合，亦令巡路兵快防护出境，仍许住宿公馆，量给薪水烛炭，不许办送下程心红纸札，及折席折币礼物。
凡内外各官丁忧、起复、给由、升转、改调、到任等项，俱不给勘合，不许驰驿。（万历本《明会典》卷一四八）
这年又规定自京往外省者，由兵部给内勘合；其中仍须回京者，回京之日缴还勘合；无须回京者，即将该项勘合，缴所到省分抚、按衙门，年终一并缴回兵部。自外省入京者，由抚、按衙门给外勘合，至京以后，一并缴部，其中有须回省者，另由兵部于回省之日换给内勘合。
居正底规定，较之太祖时代的给驿条例，已经太宽，但是从太祖到神宗，这二百年间，整个的时代变了，一切只能做到“去泰去甚”。就是这样的规定，也还有成为具文的危险，嘉靖、隆庆年间，都曾有过类似的规定，其后只成一张废纸！但是居正手中有的是考成法，他用六科控制抚、按，用内阁控制六科，章程、条例都要切实执行，不容成为具文，这是考成法底作用。
对于万历三年整顿驿递的心情，居正自己说过：
近来驿递困敝至极，主上赫然思以厘振之，明旨屡饬，不啻三令五申矣，而犹不信！承教，谓外而方面，内而部属以上，凡得遣牌行者，有司不敢不一一应付。若如近旨，但无勘合者，皆不应付，则可尽复祖宗之旧，苏罢困之民。夫有司官卑，岂敢与大官相抗，所赖以行法振弊者，全在抚、按耳。抚、按官狃于故常，牵于私意，而责有司以奉法令，抗大官，势不能也。朝廷欲法之行，惟责之抚、按，不责之有司。异日倘有犯者，或别有所闻，则抗命之罪，必当有归。（书牍九《答总宪李渐庵言驿递条编任怨》）
丈田、赈饥、驿传诸议，读之再三，心快然如有所获。盖治理之道，莫要于安民。究观前代，孰不以百姓安乐而阜康，闾阎愁苦而危乱者？当嘉靖中年，商贾在位，货财上流，百姓嗷嗷，莫必其命，比时景象，曾有异于汉、唐之末世乎？幸赖祖宗德泽深厚，民心爱戴已久，仅免危亡耳。隆庆间，仕路稍清，民始帖席，而纪纲不振，弊习尚存，虚文日繁，实惠日寡。天启圣明，虽在幼冲，留心治理。仆每思本朝立国规模，章程法度，尽善尽美，远过汉、唐，至于宋之懦弱牵制，尤难并语。今不必复有纷更，惟仰法我高皇帝怀保小民一念，用以对越上帝，奠安国本耳。故自受事以来，凡朝夕之所入告，教令之所敷布，惓惓以是为务，锄强戮凶，剔奸厘弊，有不得已而用威者，惟欲以安民而已。奸人不便于己，猥言时政苛猛，以摇惑众听；而迂阔虚谈之土，动引晚宋衰乱之政，以抑损上德，矫扞文罔，不知我祖宗神威圣德，元与宋不同，哺糟拾余，无裨实用，徒以惠奸宄贼良民耳。（书牍十二《答福建巡抚耿楚侗言致理安民》）
驿递条例既经整顿，以后便是执行的事了。居正认定这是一件致理安民的大业，所以始终没有放松。执行底时候，当然从自己做起。儿于回江陵应试，吩咐儿子自己雇车；父亲过生日，吩咐仆人背着寿礼，骑驴回里祝寿。万历八年，居正次弟居敬病重，回里调理，保定巡抚张卤发出勘合，居正随即缴还，并附去一封信：亡弟南归，辱给勘合，谨缴纳。禁例申严，顷有顽仆擅行飞票，骑坐官马，即擒送锦衣，榜之至百，其同行者，俱发原籍官司重究矣。仰惟皇上子惠穷民，加意驿传，前遣皇亲于武当祈嗣，亦不敢乘传，往来皆宿食逆旅，盖上之约己厚民如此。仆忝在执政，欲为朝廷行法，不敢不以身先之。小儿去岁归试，一毫不敢惊扰有司，此台下所亲见，即亡弟归，亦皆厚给募资，不意又烦垂怜也。此后望俯谅鄙愚，家人往来，有妄意干泽者，即烦擒治，仍乞示知，以便查处，勿曲徇其请，以重仆违法之罪也。前奉旨查朝觐官遣牌驰驿者，久不闻奏报，辱在知厚，敢以直告。（书牍十二《答保定巡抚张浒东》）
惟有始终不懈，从自己做起，才算得“综核名实”，这是居正给我们的教训。在整顿驿递底当中，一切都从大官做起。外勘合由抚、按衙门发出，所以便先行整顿抚、按。甘肃巡抚侯东莱底儿子擅行驰驿，言官提出弹劾了。甘肃虽然不是最吃紧的地方，但是究在北边，而且东莱是一个应付鞑靼号称得力的边臣。居正确实感到一点困难，但是不能因为一个巡抚底原故，破坏国家底定法。没奈何，把东莱底儿子应得的官荫革去了，以后再慢慢地设法补救。保定巡抚张卤奉到居正底催促，恰好保定正在交通干线底要点，只得实行稽查。他发现违反规定的，一共十几人，一齐都奏报上去。这一次太严重了，居正只得稍行容忍，先把太仆寺和太原府的官员处分一下。他和张卤说：两承翰示，一一领悉。前奉明旨所查，惟朝觐遣牌驰驿者，即所参苑寺、太原二人，亦足以应诏矣。若概及其他，恐干连人众，所伤者多。今姑为隐涵，后若再犯，即达官显贵，亦不能少贷矣。旧染颓俗，久难骤变，彼顽梗玩肆之人，以为法虽如是，未必行也，今量处数人，以示大信于天下，庶几有所惮而不敢犯乎！然惟在各抚、按以实奉行，不敢废格诏令可耳。今台谏诸君屡奉严旨诘责，常虑无以塞明诏，苟搜得一事，如获奇宝，一经指摘，声价颇损，故愿诸公之毋舍己以徇人也。至于三司官在本省地方，夫马廪饩，用之自不为过，惟出境则不可。若宣大之于蓟辽，则地隔两境，各有军门统属，自难以相通。若奉敕者，则不在此例矣。（书牍十二《答顺天张巡抚》）
这一次的处分，有一点出人意外的，是太原府知府上书兵部和都察院，声明并非本人有意违例，因为山西巡抚派人护送，所以竟在省外使用驿站车马。责任落到山西巡抚身上。居正当然犯不着因为这个问题，动摇边疆大臣，所以只得去信加以严重的诰诫：太原守投揭部、院，自辩驰驿非其本意，悉由相知者差人护送。都台即欲据揭并参，不谷喻之乃止。原揭奉览。盖闻智者不先人而后己也，仁者不危身以邀恩也。夫各抚、按、司、道之公背明旨，而以传驿徇人也，冀以避怨而施德也，今既不施德于人，而又有累于己，岂不两失之乎？仁智者不为也。公尝告我曰，“今内之纪纲政事，已觉振肃，而外之吏治民风，尚未丕变，则诸大吏不以实奉行之故也。”不谷深韪其言。今若此，未可谓之奉法也！以公之高明强毅，而犹若此，况其他乎？已矣乎，吾无望于人已！恃在知厚，直献其愚。诗云，“他山之石，可以攻玉。”幸惟原谅。（同卷《答山西徐巡抚》）
整顿驿递，当然不是一年的事。最感觉棘手的是内监和衍圣公。内监