成，志尚未定，先生既去，前功尽隳。”陛下言及此，宗社无疆之福也。虽然，弼成圣学，辅翼圣志者，未可谓在廷无人也。且幸而居正丁艰，犹可挽留，脱不幸遂捐馆舍，陛下之学将终不成，志将终不定耶？臣观居正疏言：“世有非常之人，然后办非常之事，”若以奔丧为常事而不屑为者：不知人惟尽此五常之道，然后谓之人；今有人于此，亲生而不顾，亲死而不奔，犹自号于世日，“我非常人也‘，世不以为丧心，则以为禽彘，可谓之”非常人“哉？
奏疏上去两天以后，元标廷杖八十，谪戍都匀卫。天启年间，元标为左都御史，一次在进侍经筵的时候，跌倒下去。燕宗连忙派内官去慰问，大学士朱国祚说道：“元标在先朝，因为直言受杖，至今步履犹艰。”四十余年的事了，这一次的廷杖，留下不灭的遗迹。元标后来也曾说过：“大臣和言官不同：言官只要风裁卓绝，大臣非大利害，即当护持国体，那能和少年一样地轻动？”大致他对于万历五年的建言，感觉到一些懊悔。万历十年，居正身死，次年，革除官荫谥号，直至天启年间，才能追复官职，那一次却完全得力于元标底建议。
在这两次廷杖中间，福建巡抚庞尚鹏有书到居正，为诸人营救；南京操江御史张岳上疏请令居正奔丧。西南方的彗星，还是直射到东北，苍白色的光芒，造成万历五年十月间的恐怖。群臣都感觉不安，谣言好比没有根蒂的柳絮一样，正向四围激荡。有的甚至说居正豫备造反，情形离奇到不成样子。神宗底上谕又下了：朕承天明命，为天下君，进退予夺，朕实主之，岂臣下所敢自擅。元辅张居正，受皇考顾命，辅朕幼冲，掳忠宣酸，迅成化理，以其身任天下之重，岂容一日去朕左右！兹朕体其至情，厚加恩恤，凡人子所以荣亲送终之典，备极隆异，元辅孝思，已无不尽，亦不在此一行。且纲常人纪，君臣为大，元辅既受皇考付托，义不得复顾其私，为朕倚任，义不得恝然自遂。朕为社稷至计，恳切勉留，群臣都当助朕留贤，才是同心为国。叵耐群奸小人，藐朕冲年，忌惮元辅忠正，不便己私，乃借纲常之说，肆为挤排之计，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，殊为悻逆不道，倾危社稷，大伤朕心。兹已薄示处分，用惩奸罔，凡尔大小臣工，宜各明于大义，恪共职业，共成和衷之治。如或党奸怀邪，欺君无上，必罪不宥。钦哉，故谕。（见奏疏六《乞恢圣度宥愚蒙以全国体疏》）
这一道镇压的上谕，果然奏效，不但谣诼宁静下来，连群臣进言，也因此稍息。谁愿意“乃借纲常之说，肆为挤排之计”呢？居正随后疏称：今言者已诋臣为不孝矣，斥臣为贪位矣，詈臣为禽兽矣，此天下之大辱也，然臣不以为耻也。夫圣贤之学，有遁世不见是而无闷者，人臣杀其身，有益于君则为之，况区区訾议非毁之间乎？苟有以成臣之志，而行臣之忠，虽被恶名，不难受也。臣之所惧，独恐因是而益伤皇上之心，大亏国体之重，凿混沌未萌之窍，为将来无穷之害耳。今诸臣已被谴斥，臣不敢又救解于事后，为欺世盗名之事；前已奏称遵谕暂出，今亦不敢因人有言，又行请乞，以自背其初心：但连日触事惊心，忧深虑切，故敢陈其缕缕之愚。伏愿皇上恢宏天地之量，洞开日月之明，察兆心仰戴之诚，悯迂儒拘挛之见，卓然自信，尽挥群疑，今后凡有言者，谅其无知，勿与较计，宁使愚臣受辱，毋致有伤圣心。仍乞鉴臣初请，俟大礼既成，放臣归葬，则纷纷之议不俟禁谕而群喙自息矣。（同上）
居正疏中虽请神宗恢宏圣度，但是居正底度量，委实亟待恢宏。假如他认识吴中行等只是“迂儒拘挛之见”，那么为什么不能救解于事后？为什么认为上疏救解，只是欺世盗名之事？居正只是心地窄隘，谈不上容人之量。
在七七之中，居正虽然不入阁办事，但是对于国事，始终不曾放手，内阁的公文，一直送到孝闱批阅，十月过去，到十一月初，七七已满，圣谕于初六日吉期，入阁办事。这一天，文书官孙斌宣召居正到平台入见皇上。
“臣父不幸，仰荷圣恩，赐吊赐赙，”居正叩头以后，面奏道：“又遣官治葬，恤典殊常。臣于国家，未有尺寸之功，叨此隆思，感洞心膂。”
“先生孝情已尽了，”神宗说，“朕为社稷，屈留先生。先生只想父皇付托的意思，成全始终，才是大忠大孝。”
居正底眼泪落下了，他说：“伏奉皇上前后谕旨，委曲恳切，臣愚敢不仰体？又昔承先帝执手顾托，誓当以死图报，今日岂敢背违？但臣赋性愚直，凡事止知一心为国，不能曲徇人情，以致丛集怨仇，久妨贤路。今日若得早赐放归，不惟得尽父于微情，亦可保全晚节。”
“先生精忠为国的心，”神宗说，“天地祖宗知道，圣母与朕心知道。那群奸小人乘机排挤的，自有祖宗的法度治他，先生不必介怀。”
殿上沈嘿了半响，神宗又继续地说：“今日好日子，先生可就阁办事。”（奏疏六《谢召见疏》。对话用原文。）
居正叩头谢恩。神宗加赏银五十两、彩段四表里、酒饭一桌；同时再着文书官孙斌送居正到阁。张文明这一死，经过几度的波折，终于在十一月初六日，居正青衣角带，仍回内阁办事。
在夺情起复的中间，还有一件意外的故事。宁国府生员吴仕期听说首辅不奔丧，认为这是人心世道底大变。也许是一种好名的冲动，也许只是衷心的刺激，他决定上疏谏止。事情还没有做，太平府同知龙宗武知道了，立刻告给操江御史胡槚，胡槚再转告居正。恰在此时，南方流传海瑞《劾张居正疏》。海瑞自从隆庆四年罢官，久已回到琼山，只因在应天巡抚任内，声名太大，所以这篇惝恍离奇的奏疏，居然流传一时。居正、胡槚当然知道没有海瑞上疏的事，但是在揣摩伪疏作者的时候，大家都想到吴仕期。居正一面把胡槚底奏疏搁起。一面再和他说：承示狂犯之狱，不胜骇异，诈传诏旨，律有明条，彼自罹于辟，谁得而贳之！但详其伪疏之意，不过以海君为世望人，故托之以阴鼓异类，窥窃虚名，而不知先陷于大辟之罪，所谓喷血以自污，求名而不得，可恶也，亦可哀也。近年以来，人心不正，邪说横行，包藏祸心，欲伤善害正者何限，特斯人不幸而败露耳。大疏一上，主上必且震怒，根求党与，其所芟除，将恐不止斯人，虽群小自作之孽，无所归咎，然于宇宙太和之气，得无少损乎？吾闻国君不仇匹夫，虮虱之流，杀之不武。公若不以告我，死生惟命，不敢与闻，今既已知之，则愿以解网之仁，乞之于左右。大疏特令差人停进，惟高明裁之。（书牍十一《答操江胡玉吾》）
仕期这时已入太平府狱中，胡槚正在等待上疏的结果。居正复书来了以后，胡槚看清居正不愿株连的意思，当然他再给信宗武。七天以后，仕期果然在太平狱中被笞身死。一件刑事重案就算用政治处分结束了。对于这一件事，胡槚、龙宗武都应当负责，就是居正也不免要负道义的责任，但是他最初只是不愿株连，却想不到会发生严重的后果。
万历五年十一月到了，黄星底苍白色的光芒，还是向东北直射。就在这一月，再由神宗下诏考察京官。本来京官是照例六年考察一度的；不在京察之年，举行京察的，称为“闰察”。武宗时代，宦官刘瑾当权的时候，阉党吏部尚书张彩请不时考察京官，留下一个恶例，现在是居正运用这个恶例的时候了。居正本来不相信自然界的现象对于人事会有什么关系的。他自己不曾说过吗？“夫天道玄远，灾祥之应，皆未可知。孤尝学此于天官氏矣，考其占验，咸属茫昧。”（书牍九《答河道吴自湖》）所以他假借星变的名义，举行闰察，排除异己，不能不算是一种褊狭的行为。在这一次京察，主张维持纲常名教的调任南京礼部尚书何维柏罢职了，请令居正驰驿奔丧的南京操江御史张岳罢职了，疏救吴中行等的侍读赵志皋，调任南京国子司业张位也罢职了。居正死后，吏部尚书杨巍疏称“六年京察、祖制也，若执政有所驱除，非时一举，谓之闰察，群情不服，请永停闰察。”万历十三年，永停闰察，便是这一次的后果。
万历五年九月以后，居正在百感俱集的当中，决定了两件大事：第一是河漕机构的合并，第二是各省田亩的清丈。
明代对于河、漕的事务，最初分属于两个机构，河道总督专管黄河，漕运总督专管漕运。其后漕运总督兼管淮安以下入海的河道，而淮安以上仍属河道总督。但是从淮安到茶城，借河为漕，河道总督底职权，只能管到这一段的黄河，对于河南以上的黄河，其实没有管到，当时也没有整理黄河上游的主张。因此河、漕两个机构，永在摩擦的当中。这是一向的事实。万历四、五年间，河道总督傅希挚更和漕运总督吴桂芳不断地争执。五年九月，调山东巡抚李世达为河道总督。调河道总督傅希挚为陕西巡抚。居正以为有了办法，但是随即发现这是制度的问题，不是人的问题。十月中，再把世达调开，命桂芳兼理河、漕。六年正月，升桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河、漕、提督军务。（《明史·河渠志》“五年命桂芳为工部尚书兼理河漕。”语误。兼理河、漕在五年、进工部尚书在六年。明《万历实录》、《明史稿》及《明史·吴桂芳传》语皆合。）河、漕两个机构，到此正式合并。六年之初，居正有信给桂芳说：治河之役，朝廷以付托于公者甚重。……承示，恐流言之摇惑，虑任事之致怨。古人临事而惧，公今肩巨任事，安得不为兢兢？若夫流议怨谤，则愿公勿虑焉。孤浅劣无他肠，唯一念任贤保善之心，则有植诸性而不可渝者。若诚贤者也，诚志于国家者也，必多方引荐，始终保全，虽因此冒险蒙谤，亦无闷焉。顾近一、二当事者，其始未尝不锐，至中路反为人所摇，自乖其说，或草率以塞责，或自障于垂成。此岂庙堂不为主持而流谤之果足为害耶？子产曰，“政如农功，日夜以思之，思其始而图其终，行无越思，如农人之有畔。”愿公审固熟虑，集思广益，计定而后发，发必期成。至于力排众议，居中握算，则孤之责也。使孤得请而归，后来之事，诚不可知；若犹未也，则公可无虑矣。（书牍十《答河道司空吴自湖言任人任事》）
不幸就在六年正月桂芳病死，随后再命潘季驯为右都御史兼工部左侍郎、总理河漕，至此河、漕方面得到一个正当的解决。
明代以前，国家岁入，以赋役为大宗，赋是田赋，役是丁役。要整顿国家底收人，便要从调查田地和户口人手。滕文公要行仁政，使毕战问孟子，请他指示井地的办法。孟子说：“子之君将行仁政，选择而使子，子必勉之。夫仁政必自经界始。经界不正，井地不钧，谷禄不平，是故暴君汙吏必慢其经界。经界既正，分田制禄，可坐而定也。”孟子这几句话，固然透露他对于井田的理想，但是行仁政必自经界始，是一句颠扑不破的话。当时推有把田地、丁口，调查清楚以后，人民底担负才能平均，不至于有一部分逃避责