司礼监太监王臻到居正宅中，口传圣旨，着居正于三月十一日到文华殿面辞。这一天居正到文华殿，神宗在西室里坐着。居正面奏道：“臣仰荷天恩，准假归葬，又特降手谕，赐路费银两、表里及银记一颗。臣仰戴恩眷非常，捐躯难报。”
“先生近前来些，”神宗吩咐道。
居正向前挪近几步。
“圣母与朕意，原不肯放先生回，”神宗说，“只因先生情辞恳切，恐致伤怀，特此允行。先生到家事毕，即望速来。国家事重，先生去了，朕何所倚托？”
居正叩头称谢，又说：“臣之此行，万非得已。然臣身虽暂违，犬马之心实无时刻不在皇上左右。伏望皇上保爱圣躬。今大婚之后，起居食息，尤宜谨慎。这一件，是第一紧要事，臣为此日夜放心不下，伏望圣明，万分撙节保爱。又数年以来，事无大小，皇上悉以委之于臣，不复劳心；今后皇上却须自家留心，莫说臣数月之别，未必便有差误。古语说：”一日、二日万几，‘一事不谨，或贻四海之忧。自今各衙门章奏，望皇上一一省览，亲自裁决。有关系者，召内阁诸臣，与之商榷停当而行。“
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。
“臣屡荷圣母恩慈，以服色不便，不敢到宫门前叩谢，伏望皇上为臣转奏，”居正说。
“知道了，”神宗说，一边又叮咛道，“长途保重，到家勿过哀。”
居正感动的了不得，伏地呜咽，话也说不得了。
“先生少要悲痛，”神宗安慰他，但是神宗也呜咽了。
居正叩头，退出西室，在他退出的时候，听得神宗和左右说：“我有好些话，要与先生说，见他悲伤，我亦哽咽说不得了。”（奏疏七《召辞纪事》。对话用原文。）
一直到十六岁，神宗还是一个天真的孩子。他看到这个当国多年的老臣，长长的一络长须，现在精神困惫，形容摧朽，（居正居丧中情状，见书牍十四《答徐存斋二十四》）眼看又要回去，固然二、三月以内，居正还要回朝，但是神宗心里，毕竟有一点恋恋不舍。居正辞出以后，神宗再着文书官孙斌等赐居正食品八盒。慈圣太后也派慈宁宫牌子太监李旺赐居正银八宝豆叶六十两，途中赏人。李旺口传皇太后圣谕道：“先生行了以后，皇上无所依托。先生既舍不得皇帝，到家事毕，早早就来，不要待人催取。”（见奏疏七《召辞纪事》及《谢召见面辞疏》）
三月十三日居正出京，神宗特着司礼监太监张鲸，到郊外饯送，又赐甜食二盒、干点心二盒。文武百官一概出郊远送。
据王世贞底记载，居正这一次回去，真有些威风。轿子是特制的。前面是起居室，后面是寝室，两廊一边一个书僮焚香挥扇。三十二名轿夫抬着一架大轿，赫赫煊煊地从北京南下，一路还有蓟镇总兵戚继光派来的铳手、箭手随同保护，沿路巡抚和巡按御史出疆迎送，府、州、县官跪着迎接，开路办差，更加忙得不亦乐乎。三月十九日过邯郸，随后入河南界，开封城内的周王已经派人迎到界上，礼物奠品，一齐送上，居正收了奠品，其余一概璧谢。渡过黄河，路经新郑，高拱住在这里，这是二十年来的旧交，六年以来的政敌。高拱有病，带病出来迎接。他病得太厉害了，说话都不十分清楚，这两个敌对的政治家，只有对面痛哭。居正记得上年嗣修匆匆南归的时候，曾派他到高拱那里问候，彼时已经听说有病，真想不到竟是这样地狼狈。
三十二名轿夫底膂力，就在四月初四日，把这一位首辅送到江陵了。到家以后，他有一封信给高拱：相违六载，只于梦中相见，比得良晤，已复又若梦中也。别后归奔，于初四日抵舍。重辱遣奠，深荷至情，存殁衔感，言不能喻。使旋，草草附谢，苦悰痛切，不悉欲言。还朝再图一披对也。（书牍十四《答中元高相公三》）
四月十六日，张文明下葬，地址在太辉山。会葬的官员有司礼监太监魏朝、工部主事徐应聘，这两位是钦遣经营葬事的；有礼部主事曹诰，这是谕祭的；还有护送居正回籍的尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书；地方官有先任湖广巡抚、升刑部右侍郎陈瑞，抚治郧襄都御史徐学谟及司、道等官。一切都很煊赫，也许这一位不第秀才、荆州府学生可以瞑目罢。
四月眼看过去了，神宗限定五月回朝，居正想起七十三岁的老母，经不起暑天的跋涉，只得请求宽限，准备八、九月间，天气凉爽，扶侍老母，一同赴京。这一来可把神宗急坏了，神宗一面吩咐内阁拟旨，着太监魏朝留待秋凉，伴送张母入京，仍着居正务须于五月下旬，回阁办事，一面另下手谕：谕元辅张先生：自先生辞行之后，朕心日夜悬念，朝廷大政，俱暂停以待。今葬事既定，即宜遵旨早来，如何又欲宽限？兹特遣锦衣卫堂上官，赍敕催取。敕到，即促装就道，以慰惓惓。先生老母畏热难行，还著太监魏朝将先生父坟未尽事宜，再行经理，便候秋凉，护送先生老母同来。先生宜思皇考付托之重，圣母与朕眷倚之切，早来辅佐，以成太平之治，万勿耽延，有孤悬望。先生其钦承之。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还南，整个的政府机构停止下来，神宗吩咐拣重要的公事，送到江陵，其余都待居正入京处理。次辅吕调阳感觉到有些难堪，从前有过伴食中书，自己不成为伴食大学土吗？因此他索性请了病假，难得到内阁办事。例行公事由张四维处办，稍关紧要的公事，都送到江陵，听候居正决定。得、得、得！从北京到江陵的大路上，正有无数的公文，在马背上送来送去。
三月间，辽东又报大捷了，这是所谓“长定堡之捷”，捷报一到北京，神宗高兴极了，立即告谢郊庙，感谢天地和祖宗底保祐，同时吩咐内阁大行赏赍。神宗和内阁提起慈圣太后底话：“赖天地祖宗默访，乃国家之庆，元辅平日加意运筹，卿等同心协赞之所致也。”（见奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）四月十一日，神宗派兵部差官把上谕送到江陵，他还说起：“著兵部马上差人，星夜前去与张先生看，将一应叙录，比前再加优厚。”（同上）同时吕调阳等四位大学士底信也来了，内阁底题稿，辽东底捷报，都送给居正看。这一次真是一个惊天动地的大捷，怪不得神宗高兴。事情是这样的。鞑靼的武土们，大致是七、八百人罢，带了牛羊向辽东边界象风暴一样地冲过来。他们口口声声说是投降。谁相信！鞑靼底诡计多得很，这一定是诈降。辽东副总兵陶成喾看定以后，一马当先，率领部下的将士，也是狂风一样地杀过去。这一次的鞑靼真无用，象割草，象切菜，杀、杀、杀！一共杀去四百七十几个鞑靼，陶副总兵底刀柄溅满了血腥，手腕也有些酸痛，看看只剩少数的敌人，哭丧着脸，狼狈地抱头鼠窜，这才点验人头，三百，四百，斜斜的鞑靼眼，半睁半闭地在血泊里瞧着长定堡底青天。最奇怪的是自己底部下一些损伤也没有！自古以来，有过这样的胜仗吗？这才把陶副总兵乐得忘去了杀人底疲倦。经过几次申报以后，现在这些公文完全在江陵张府底案上。
居正沈吟了，皇上已经告谢天地祖宗，还有什么说的！他上疏说：“窃照辽东一镇，岁苦虏患，迩赖圣明加意鼓舞，屡奏肤功。乃今以裨将偏师，出边遏剿，斩馘至四百七十余级，而我军并无损失，功为尤奇。况当嘉礼美成之会，两月之间，捷报踵至，而今次所获，比前更多，此诚昊穹纯祐，宗社垂庥，我皇上圣武之所致也。”（奏疏七《奉谕拟辽东赏功疏》）皇上要他从优叙录，他只有从优拟议。陶成喾升官，辽东总兵李成梁升前世袭指挥佥事。蓟辽总督梁梦龙，辽东巡抚周咏升级，兵部尚书方逢时，和左、右侍郎也加俸加级，连带内阁大学士吕调阳、张四维特加武荫，马自强、申时行特加文荫，其余照例升赏的大小官员，尚不在内。四百七十几位鞑靼武士啊，你们不是枉死的了，你们那半开半闭的眼睛，会从血泊里看到别人得了这么多的赏赐！
但是这一次的胜仗，未免胜得太容易，太离奇了，居正总有些不放心。他一面函嘱蓟辽督、抚查究，一面函询兵部尚书方逢时。他给逢时说起：辽左之功，信为奇特，伏奉圣谕俯询，谨具奏如别揭。但细观塘报，前项虏人有得罪土蛮，欲过河东住牧等语，虽其言未可尽信：然据报彼既拥七、八百骑，诈谋入犯，必有准备；我偏师一出，即望风奔溃，骈首就戮，曾未见有抗螳臂以当车辙者，其所获牛、羊等项，殆类住牧家当，与入犯形势不同。此中情势，大有可疑。或实投奔之虏，边将疑其有诈，不加详审，遂从而歼之耳。今奉圣谕特奖，势固难已，但功罪赏罚，劝惩所系，万一所获非入犯之人，而冒得功赏，将开边将要功之隙，阻外夷向化之心，其所关系，非细故也。（书牍十《答本兵方金湖言边功宜详核》）
居正在奏疏里留着一句：“虽其中有投降一节，臣未见该镇核勘详悉。”这是一个活着。明朝是监察权高于一切的时代，辽东有巡按御史，未经核勘以前，其实算不得定局。辽东巡按安御史一经查实，随即函告居正，这才明白真相。鞑靼七、八百名武士是真的，他们因为得罪土蛮，所以携带牛、羊，拚命东奔，准备向朝廷投降，却想不到遇着一位杀人不眨眼的陶副总兵，给他们一个死不瞑目。但是怎么办呢？天地祖宗都谢过了，恩赏一直荫到大学士底子、孙，难道都要推翻。居正还准备息事宁人，但是口口声声，抱怨吕调阳等底糊涂。他和蓟辽督抚说起：向者南归，奉圣谕辽东大捷，命孤拟议恩赏，比时心窃疑之，曾以请教，随具一密疏入告，及孤入朝，则业已处分矣。近得安道长（即巡按御史）一书，据其所访，则与小疏一一符合，何当事诸公之不审处，一至于此也！今大赉已行，固难追论，但赏罚劝惩所系，乖谬如此，殊为可恨。谨录疏稿及安君书奉览，幸惟秘存。（书牍十《答边镇督、抚》）
这是万历六年居正还朝以后的事。不久，给事中光懋上奏，指实陶成喾杀降要功，请求治罪，并请将大学士，兵部尚书、侍郎及蓟辽总督、辽东巡抚、总兵恩赏一并剥夺。这真是一个有力的奏疏，事情已经揭开，当然只有彻查。居正立即函致巡按御史，切实说起：去岁，承示长定事，鄙意以其事已成，可置勿论矣，不意该科又有此疏，已奉旨并勘。今惟当据实分别真伪，以俟宸断，量其虚实大小，以为予夺厚薄。明主悬衡鉴以裁照，决不致有枉抑也。辱示事情，一一领悉。去岁之事，不谷到京，闻人言啧啧，不独执事言之，今虽欲曲隐，而人之耳目，可尽涂乎？近日彼中督、抚书来，又言执事云，见不谷奏对稿中，有投降等语，不敢具核册，须使人密探而后行者。此必执事畏诸人之怨恨而托之不谷以自解也。然执事有纠察之责，为朝廷明功罪，慎赏罚，何嫌何畏，惟当核实，作速勘明，则公谕自昭，人心自定矣。（书牍十《答辽东安巡按》）
经过居正底支持以后，安御史底奏疏来了，一切和光懋底话一样。兵部尚书和蓟辽督、抚还在设法隐饰，但是事情已经隐饰不