经过居正底支持以后，安御史底奏疏来了，一切和光懋底话一样。兵部尚书和蓟辽督、抚还在设法隐饰，但是事情已经隐饰不来了。最后的结果，内阁、兵部、督、抚、总兵底恩赏一齐革除。居正在万历七年曾经说起：“赏、罚明当，乃足劝惩，未有无功幸赏，而可以鼓舞人心者！”又说：“近日辽左虚冒功级，虽督、抚、大将，已降之恩皆追夺。”（书牍十一《答总宪吴近溪》）经过这一番振饬，鞑靼武士们可以瞑目了。
居正这一次的作风，真有些操切，莫说已降之恩一概革夺，似乎不近人情，最初报捷的梁梦龙，题请的方逢时，拟旨的吕调阳等，不感觉难堪吗？这里有的是内阁多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的门生，然而居正顾不得，在为朝廷整饬纲纪的前提下面，居正不顾私人底关系。国家赏罚倒置，还成什么国家，居正在这方面，当然有他底决心。
话又说回来了，在文明葬事既毕以后，居正又匆促地准备入京。从前人说：“身在江湖，心在魏阙”，正是居正这时的心境。御史周友山给他的信上，说他“恋”。居正坦然地答复道；孤之此行，本属初意，今荷圣慈特允，获遂夙行，所谓求仁而得仁也。他何知焉？兹奉翰示，“恋之一字，纯臣所不辞。今世人臣，名位一极，便各自好自保，以固享用。”至哉斯言，学者于此，能确然自信，服行勿失，便可为天地立心，为生民立命，为万世开太平，非切见该闻所可规也。（书牍十《答宪长周友山》）
“恋”是不肯放弃。在古代的政治术语上，不肯放弃成为一种罪恶，所以骂人久于禄位，说他“恋位”，“恋栈”。在“恋”字底意义，经过这样地转变以后，政治界最高超的人生观，便是那优游不迫，漠不关心的态度。做小官的说是“一官如寄”，做大官的便想“明哲保身”。至于国家的事，倘使有人在那里切实负责，那么，骂他一声“恋位”，背后也可以指手划脚，诅咒“俗吏”；倘使没有人负责，那么，也好，天下事自有天下人负责，风雅的官长们不妨分韵赋诗，何必管这么多的俗务？居正对于“恋”字，直认不讳，正在那里提倡当时政治界的一种新人生观。
在辞别老母和吩咐司礼太监魏朝护送太夫人秋季入京以后，居正又从江陵出发了。从此以后，他再没有看到江陵。三十二人的大轿，在五月二十一日，仍向北京开拔。但是夏天的道路，经过淫雨以后，更不易走，眼看五月底入京的限期无法遵守，居正只得再请宽限道：“臣已于本月二十一日，更服墨缞，星驰就道。伏念臣违远阙庭，已逾两月，今恨不能一蹴即至，仰觐天颜。但臣原籍去京师，几三千里，加以道途霖潦，每至迍邅，哀毁余生，难胜劳顿，今计五月中旬之限，已属稽违，私心惶惶，不逞宁处。除候到京之日，伏藁待谴外，谨先奏知，以仰慰圣母、皇上悬念。尤冀圣慈曲垂矜悯，特宽斧钺，稍假便宜，俾孱弱之躯，获免困仆，裂肝碎首，杀不敢辞。臣无任惶悚陨越之至。”这一奏疏上去，神宗下谕：览奏，知卿已在途，朕心慰悦。炎天远道，宜慎加调摄，用副眷怀，便从容些行不妨。（见奏疏七《奉谕还朝疏》）
居正还京的行程，因此从容下来。路过襄阳，襄王出城迎接；以后再过南阳，唐王也同样迎接。明朝的故事，臣民遇见藩王，都行君臣之礼，但是现在不同了，只行宾主之礼。从南阳向北，不久便到新郑。居正再去访问高拱，这一次高拱更颓唐了。居正到京以后，还去过一次信：比过仙里，两奉晤言，殊慰夙昔，但积怀未能尽吐耳。承教二事，谨俱祗领。翁第专精神，厚自持，身外之事，不足萦怀抱也。初抵京，酬应匆匆，未悉鄙悰，统容专致。（书牍十四《答中元高相国四》）
这是他们最后一次的见面了。所说二事，大致是指高拱立嗣，和身后请求恤典的事。高拱底暮年真凄凉，六十几岁的人了，连嗣子还没有确定；身后的恤典，一切还得仰仗自己的政敌。立嗣是高家自己的事，恤典毕竟要由居正维持，在这方面，居正没有忘去多年的交谊。
从新郑北上，渡过黄河，六月十五日未时以后，居正到达北京郊外真空寺，神宗已经派司礼监太监何进在那里赐宴。本来在居正上疏请求宽限以后，皇上固然盼切，内阁、六部、都察院、各寺、六科，连同南京部、院、寺、科，联名请求催促居正还朝。现在果然到了，皇上派员设宴，两宫皇太后也派管事太监赐银八宝，赐金钱、川扇，赐点心、果饼、鲜果、清酒。何进口传圣旨：若午时分进城，便著张先生在朝房伺候，朕即召见于平台。若未时分进城，著先生径到宅安歇，次日早，免朝召见。（见奏疏七《谢遣官郊迎疏》）
十五日来不及入朝，居正回宅安歇。第二天十六日是早朝的日期，上谕免朝，神宗到文华殿，仍在西室召见居正。
“臣以前者蒙恩准假葬父，”居正叩头道，“事竣，臣母老，未能同行，又蒙圣恩，特留司礼监太监魏朝，候秋凉伴行。臣一门存殁，仰戴天恩，不胜感切。”
“先生此行，忠孝两全了，”神宗说。
“臣一念乌鸟私情，若非圣慈曲体，何由得遂？感恩图报之忱，言不能宣，惟有刻之肺腑而已，”居正说。
神宗安慰居正说，“暑天长路，先生远来辛苦。”
居正叩头谢恩，一面又请求违限之罪。
神宗把请罪的事搁下，只说“朕见先生来，甚喜。两官圣母亦喜。”
“臣违远阙庭，倏忽三月，”居正慨然地说，“然犬马之心，未尝一日不在皇上左右。不图今日重睹天颜，又闻圣母慈躬万福，臣不胜庆忭。”
“先生忠爱，朕知道了，”神宗说。经过一度停顿以后，神宗又问，“先生沿途，见稼穑何如？”
居正奏明往来道路所经畿辅，河南地方，二麦全收，秋禾茂盛，实丰登之庆。
神宗又问道，“黎民安否？”
“各处抚、按、有司官来见，臣必仰诵皇上奉天保民至意，谆谆告戒，令其加意爱养百姓。凡事务实，勿事虚文。臣见各官兢兢奉法，委与先年不同。以是黎民感德，皆安生乐业，实有太平之象，”居正说。
“今边事何如？”皇上又关心地问道。
“昨在途中见山西及陕西三边督、抚、总兵官，俱有密报，说虏酋俺答西行，为挨落达子所败，损伤甚多，俺答仅以身免。此事虽未知虚实，然以臣策之，虏酋真有取败之道。夫夷、狄相攻，中国之利，此皆皇上威德远播，故边境乂安，四夷宾服。”居正又在下面叩头称贺了。
神宗说，“此先生辅佐之功。”
居正看定这是一件重大的事件，所以愈说愈高兴，连古代那些圣王之道，都说上了，语句中间，也越发文绉绉的。他说：“虏首若果丧败，其运从此当日衰矣。但在我不可幸其败而轻之。盖圣王之制夷狄，惟论顺逆，不论强弱：若其顺也，彼势虽弱，亦必抚之以恩；若其逆也，彼势虽强，亦必震之以武。今后仍望皇上扩并包之量，广复育之仁，戒谕边臣，益加恩义。彼既败于西，将依中国以自固，又恐乘其敝而图之。若我抚之，不改初意，则彼之感德益深，永为藩篱，不敢背叛，此数十年之利也。”
神宗听到这一篇议论，很高兴地点头道，“先生说的是。”停了一下以后，又说，“先生沿途辛苦。今日见后，且在家休息十日了进阁。”
居正叩头称谢，神宗赐银一百两、纻丝六表里、新钞三千贯，还有两只羊、两瓶酒，连带茶饭一桌，烧割一分。神宗又差司礼太监张宏，引导居正到慈庆宫、慈宁宫叩谢两宫皇太后。
居正回内阁办事之先，第一还得办自己底事。在居正葬父的时候，湖广的大官都来会葬，偏偏湖广巡按御史赵应元没有到。应元自称出差已满，正在襄阳和新任巡按郭思极办理交代，所以不能来。理由尽管举得出，但是居正总有一点不舒服。应元巡按事毕，照例当回都察院听候考察。明朝是一个重视监察权的时代，巡按御史当然有巡按御史底本分；但是中期以来，把这个听候考察的故事，视为具文的，不止一人，在逐渐松懈的局面下，这并不是意外。应元告了病假，回籍养病，没有回院。都察院左都御史陈炌是主管官，负有整顿纪纲的责任，立即提出弹劾，认为托病规避，应予罢斥。应元随即受到除名底处分。这是居正还朝以前的事。但是问题来了。据说这一次陈炌提出弹劾，受了佥都御史王篆底指使，王篆是居正底门客，平时和应元不睦，现在更要讨好居正，以致挑逗出这一个局面。于是事情又集中到居正身上。户部员外郎王用汲上疏攻击陈炌，但是主要的对象还是居正。他说：陛下但见炌论劾应元，以为恣情趋避，罪当罢斥，至其意所从来，陛下何由知之？如昨岁星变考察，将以弭灾也，而所挫抑者，半不附宰臣之人：如翰林习孔教则以邹元标之故；礼部张程则以刘台之故；刑部“浮躁”，独多于他部，则以艾穆、沈思孝而推戈；考后劣转赵志皋，又以吴中行、赵用贤而迁怒。盖能得辅臣之心，则虽屡经论列之潘晟，且得以不次蒙恩；苟失辅臣之心，则虽素负才名之张岳，难免以“不及”论调。臣不意陛下省灾塞咎之举，仅为宰臣酬恩报怨之私；且凡附宰臣者，亦各借以酬其私，可不为太息矣哉！孟子日，“逢君之恶其罪大。”臣则谓逢相之恶，其罪更大也。陛下天纵圣明，从谏勿咈，诸臣熟知其然，争欲碎首批鳞以自见。陛下欲织锦绮，则抚臣、按臣言之；欲采珍异，则部臣、科臣言之；欲取太仓光禄，则台臣、科臣又言之：陛下悉见嘉纳，或遂停止，或不为例。至若辅臣意之所向，不论是否，无敢一言以正其非，且有先意结其欢，望风张其焰者，是臣所谓逢也。今大臣未有不逢相之恶者，炌特其较著者尔。以臣观之，天下无事不私，无人不私，独陛下一人公耳。陛下又不躬自听断，而委政于众所阿奉之大臣，大臣益得成其私而无所顾忌，小臣益苦行私而无所诉告，是驱天下而使之奔走乎私门矣！陛下何不日取庶政而勤习之，内外章奏，躬自省览，先以意可否焉，然后宣付辅臣，俾之商榷，阅习既久，智虑益弘，几微隐伏之间，自无逃于天鉴。夫威福者陛下所当自出，乾纲者陛下所当独揽，寄之于人，不谓之旁落，则谓之倒持；政柄一移，积重难返，此又臣所日夜深虑，不独为应元一事已也。
用汲这次奏疏，完全是对准居正的。在他上疏的时候，居正还没有回朝，内阁诸人，吕调阳在病假中，张四维拟旨，用汲革职为民。居正六月十五日入京，十六日召见，事后会见张四维、马自强、申时行，知道事情原委，这才调出用汲原疏细看。不看犹可，看了增加不少的愤慨。居正随即上疏请求鉴别忠邪。他指明用汲微意所在，只在居正一人；他说用汲底本心，只在离间君臣；他甚至说用汲请皇上独揽乾纲，只是要皇上为刚愎自用之秦始皇，谗害忠良之隋文帝。然后他慨然地说起：夫国之安危，在于所任，今但当论辅臣之贤不贤耳。使以臣为不肖耶，则当亟赐罢黜，别求贤者而任之。如以臣为贤也，